（1）整体性和综合性原理。系统的整体性又称为系统功能的整合性，即“系统整体功能大于部分功能之和”。系统具有各要素所没有的新的性质和行为，即新生特征。系统整体性不能表述为要素性质的简单叠加，这是因为要素与要素之间还存在着某种关系。系统首要的原理就是整体性原理，所谓整体性，是针对机械论的系统观而提出的。
（2）有机关联性原理。系统的整体原理作为一般系统论的核心，是由系统的有机性，即由系统内部诸因素之间以及系统与环境之间的有机联系来保证的。
（3）动态性原理。系统的有机关联性不是静态的，而是与时间有关的，是动态的。系统的动态性原理，同有机关联性原理密切相连，一方面系统的内部结构，其分布位置不是固定不变的，而是随时间而变化的；另一方面，系统在与外界物质、能量、信息交换过程中一直处于连续不断动态变化之中。
（4）协同性原理。生态系统中存在竞争，但同时也存在协同与合作，协同与竞争是矛盾的，而协同应是系统中的主流。
（5）层次性原理。即客观世界的结构是有层次的，任何系统既是其他系统的子系统，又是由许多亚系统组成的。层次结构包括横向层次和纵向层次，横向层次又叫系统的水平分异特性，是指同一水平上的不同组成部分；纵向层次又叫系统的垂直分异特性，是指不同水平上的组成部分。