（1）自然资源合理利用原理。即在有限的自然资源基础上，既获得最佳的经济效益，又不断提高环境质量的资源合理利用原理。自然资源分更新和不可更新资源两类。可更新资源的利用要保持可更新资源的最大持续收获量同时，保持可更新资源的增殖。自然资源中的矿物资源（金属矿物、非金属矿物、化石能源）和社会资源中的化肥、农药、机具、燃油等生产资料，随着使用逐步被消耗，不能循环往复长期使用，属于不可更新的农业资源。对不可更新资源，必须从物质循环的生态学角度出发，掌握各种矿物的自然循环规律。提高资源利用率，并寻求可替代资源。
（2）生态经济平衡原理。生态经济平衡是指生态系统及其物质、能量供给与经济系统对这物质、能量需求之间的协调状态。
（3）生态经济效益原理。生态经济效益是评价各种生态经济活动和生态工程项目的客观尺度，对任何一项生态工程项目都需要进行生态经济效益的比较、分析与论证，以选择最优或满意的方案。
（4）生态经济价值原理，又称生态资源价值问题，是目前亟待解决的生态经济理论问题。如果不从理论上解决自然资源及环境质量的价值问题，实际生产中不把资源成本和环境代价这些潜在价值表现出来。恰当地进行人为活动的功利性评价，人们就不可能改变对大自然恩赐的无偿耗费，滥用、破坏自然资源的现象就不会杜绝。自然的无情报复就难以避免。