（五）人力资本流动不畅，属地化痕迹明显
据江浙沪三省市企业调查队2005年的联合调查结果显示，高层次人才流动不畅，企业骨干人才主要来自本地，属地化痕迹相当明显。高级管理层中来自本地的比例高达74.1%，而来自长三角其它地区的比例不足10%；中级管理层中来自本地的比例高达76.2%，而来自长三角其它地区的比重只有17.6%。企业中专技术人员70%来自本地，而通过长三角人才流动渠道所获得的专业技术人员仅占15.6%。同时，职业经理人市场发育缓慢，企业经营技术骨干主要还是依赖本地培养，被调查企业中，总工程师、财务总监、营销总监、技术总监这四个关键岗位人员由本公司培养的比例高达75.4%、76.2%、89.4%和82.4%。国有企业人才流动障碍更为明显，高层管理人员中本地比例达83.2%，专业技术人员中本地比例占76.5%，总工程师、财务总监、营销总监、技术总监这四个关键岗位中，由江、浙、沪其它地区企业培养的人员所占比例分别只有7.1%、13.7%、7%和2%。
（六）产业结构雷同，同业竞争严重
长三角地区产业集群协同创新所面临的一个重要障碍就是区域内产业结构的低水平趋同现象严重，上海和浙江的产业结构相似系数为0.71，上海和江苏的产业结构相似系数为0.84，而浙江和江苏的产业结构相似系数高达0.97。这极不利于整个区域形成大范围的产业合理布局和专业化分工协作。区域内各个城市的多元化发展放在长三角地区的大背景下，就成了“重复建设”，既不能充分发挥各个城市的比较优势，又无法使资源在区域大范围内进行合理高效的配置和利用，不能形成区域主导专业化工业行业，降低了区域的整体竞争力和经济效益。从企业集群层面来看，众多企业积聚在某一区域，形成相互竞争，这种竞争犹如一把双刃剑，如果竞争有序，就将促使企业改进技术，积极创新，增强集群的整体竞争力，进入良性循环；但如果企业之间的竞争是无序的，集群的存在就会加剧企业使用不正当的竞争手段，进入恶性循环。由于缺乏分工和协作，集群内各企业同构现象十分严重，企业陷入过度竞争状态。而不同地区之间存在的较为严重的产业同构现象，又使得产业很难在某一区域聚集，形成规模效益。这些都是长三角产业集群协同发展中要特别关注的问题。
（七）区域性政策体系尚未建立
长三角两省一市的科技政策和相关法规不协调，无疑也成为产业集群区域协同创新的障碍之一。2007年6月，在国家科技部组织实施的"关于增强长三角自主创新能力"的调研中，就有不少企业、高校、研究机构反映，不同地区、不同部门出台的政策缺乏协调性，有的甚至相互矛盾。科技项目、科技规划、科技标准不统一、太分散。如，高新技术企业等资质认定标准各不相同，在上海认定的高新技术企业，在江苏或浙江却不被认可。优惠政策缺乏连续性和协调性，政府部门出台的科技项目指南和相关规章时常变动，让人捉摸不定。
三、长三角产业集群协同创新的推进途径
（一）协同创新路线图
根据产业集群协同创新的一般演化途径及形成和演化的机制（理论路径），结合长三角产业集群协同创新的现实情况，我们认为，长三角产业集群协同创新的路径（实践路径）可分为三个阶段，在每个阶段，集群的发展水平、协同创新的层次以及政府管理部门的主要功能都有所区别。
1、第一阶段
这是产业集群跨区域协同创新的初始阶段。产业集群发展刚刚起步，有些尚处在资源的集聚阶段，刚刚出现集群的雏形。同时，受区域行政区划及联系通道的限制，不同区域产业集群之间的合作主要表现为单一要素的交流，缺乏系统的稳定的合作渠道。这一阶段，政府管理部门的主要工作应当定位于“找点”——即如何培育和壮大产业集群，也就是如何通过各种途径，制定相关政策，加速优势资源向集群区域集聚，提升集群竞争力和创新水平。
2、第二阶段
随着集群自身的发展壮大，其生产经营活动已很难在一个区域内全部完成，需要借助于区域之外的资源和力量，特别是需要拓展区域之外市场甚至国际市场。这时候，集群企业就会自觉地与区域外的相关集群或企业取得联系并达成合作，在原材料、产品及技术信息等方面共享，从而促使各自所在的地方市场对接，最后形成区域性乃至国际化的统一大市场。在这个阶段，政府的主要作用应该是“通线”——即如何保持和加强产业集群之间的这种自发的相互关系，也就是如何通过打破各种自然的或人文的障碍——包括行政障碍、市场障碍等——促进相关产业集群之间的合作、交流。
3、第三阶段
随着区域统一大市场的形成，不同集群之间的资源、要素实现充分共享，集群发展进入战略协同阶段。这是产业集群协同创新的最高阶段、最高形态。维持和保持这种状态需要形成一种充分的相互信任机制，需要一个完全成熟的合作环境。因此，在这一阶段，政府管理部门的主要功能是"拓面"——即拓展产业集群协同创新的发展空间，主要是优化合作的社会环境，为集群协同创新提供各类服务，如建立良好的社会信任体系，等等。
（二）协同创新政策建议
通过上面的分析，我们发现，长三角大多数产业集群目前基本上处于第一阶段即要素交流阶段，因此，政府的主要工作任务包括三个方面：一是“找点”——如何识别、培育和壮大产业集群，即如何促进集群自身快速成长；二是“通线”——如何加强和促进集群之间特别是不同地方集群之间的联系，即如何促进集群与集群之间的交流和合作，并最终达到协同创新和互动发展的状态；三是“拓面”——如何拓展产业集群协同创新的发展空间，提供各类服务，优化发展环境。
1、找点——培育产业集群、壮大集群实力
（1）扶持产业中的关键企业，对其发展给予一定的优惠。在产业集群的形成机制中，关键性企业是决定产业集群能否诞生的基础。产业集群好比森林，而关键性企业则是第一粒树种。尽管没人能准确预测出第一粒树种何时会落于何地，但该树种一旦入土，它就可能会长出一片森林。因此政府首先要认识到某一产业中的关键企业，以及关键企业的重大作用，并给予其一定的优惠，为其发展创造更好的空间，减少不必要的行政干预。同时，要鼓励其他企业充分利用关键性企业发展带来的有利环境，加快自身的发展。