3、中介服务机构加强协作，科技资源加快整合
科技中介机构是国家创新体系的重要组成部分，在整合相关科技资源、促进科技成果转化等方面起到不可或缺的作用。长三角科技经济的快速发展对科技中介服务提出了越来越高的要求。一方面，科学技术迅猛发展，高新技术成果层出不穷，导致技术转让的周期大大缩短，要求中介机构必须加快把研究成果推向市场；另一方面，长三角经济发展处于投资驱动向创新驱动的转变阶段，产业的结构优化和转型升级客观上形成了对技术、人才、资本的旺盛需求。为进一步发挥科技中介机构在区域科技合作中的作用，2004年两省一市组建了“长三角科技中介服务战略联盟”，并先后组织了“科技民营企业苏北行”、“长三角高新技术项目合作洽谈会”、“大院名校浙江行”、“长三角科技创新创业大赛”等一系列活动，促进了长三角地区技术、资金和人才等要素资源的整合，推进了区域间的技术合作以及资金和技术的对接，加速了科技成果的转化。与此同时，科技中介机加强合作，协同推进区域科技资源整合与共享。“长三角大型科学仪器设备远程共享与协作平台”已率先开通，平台整合了长三角区域内近400家单位的3600多台（套）科学仪器设施，通过网络开展共享服务，提高了仪器设备的利用率，减少了重负投资，降低了科研成本。为进一步推动科技资源在更大范围、更广领域和更高层次上的高效配置和共享利用，2007年两省一市共同签署《长三角科技资源共享服务平台共建协议书》，采用“统一规范、自主建设、资源分区、系统整合”的建设模式，依次推进“科学仪器共用”、“科技文献服务”、“科学数据共享”、“实验基础协作”、“专业技术服务”、“自然资源保障”、“计量检测服务系统”、“技术转移交易系统”8个子系统建设，最终形成长三角科技资源共享服务平台“1＋8”的框架体系，即：在建成8个子系统的基础上，建设1个“资源共享平台门户”，通过统一的平台门户对外服务。
4、产学研合作不断深化，合作方式不断创新
长三角科教力量雄厚，各类人才荟萃，知识技术密集，是国内产学研合作最活跃的地区之一。在中央确立的“加大对自主创新投入，加快建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系，引导和支持创新要素向企业集聚，促进科技成果向现实生产力转化”的方针指引下，长三角不断加大产学研合作力度，积极探索合作新途径，不断提高合作的效能。目前，长三角地区的产学研合作已由过去举办项目需求对接会的单一模式向共建创新载体、共建创新联盟等多种方式发展。一是许多高校在高新技术开发区内设立常驻办事机构，保持与园区内企业的经常性沟通，及时了解企业的技术需求；二是引进国内大院名校，与企业联合共建研究院所、工程中心、实验室等科技创新载体；三是建立跨区域的产业创新联盟，如“长三角纺织产业协同创新联盟”、“长三角区域科学仪器技术创新战略联盟”、“长三角嵌入式系统与软件产业联盟”等，另外，部分市县根据地方产业特色和需求，建立了专门的产学研合作平台。长三角产学研合作的不断深化，加速了科技成果转向现实生产力转化，促进了创新要素的整合，提升了企业自主创新能力和竞争能力。
5、人才开发一体化，制度障碍逐步破除
2003年长三角开始启动人才开发一体化工作，5年来，苏浙沪两省一市先后共同发表了《长三角人才开发一体化共同宣言》，签署了《关于建立高层次人才智力共享机制的协议》等十个制度层面的合作协议，人才开发一体化已被纳入各级政府工作议事日程，共建长三角网上人才市场，共同开展长三角紧缺人才培训、资质和证书互认等合作。2007年5月18日正式开通“长三角网上人才市场”，网站整合了三地人才交流信息资源，集中公布人才引进政策和人才需求信息，求职者和用人单位只须登录统一的交流页面，就可方便、快捷地查询三地相关人才政策和人才需求信息，目前长三角5千多家企事业单位已经在网上发布了9万个招聘岗位。同时，采取网上信息发布与网下招聘会相结合的方式，吸引了60多万人次参加长三角各城市举办的专题招聘会，有力推动了人才在区域内的有序流动。人才资质和证书互认也取得实质性进展。长三角两省一市已经在职称资格方面施行了互认；上海市人事管理岗位资格证书已经在无锡、杭州、宁波等城市实现通用；上海、南京、杭州、宁波、湖州6个城市联合开展物流、中高级口译、国际贸易单证、汽车营销等长三角紧缺人才培训，统一教材和考试标准，统一颁发《长三角紧缺人才培训证书》，截至目前，已有上万人参加长三角紧缺人才培训，几千人已经拿到了这本“含金量”很高的证书。行政壁垒和制度障碍的破除，跨区域合作开发政策举措的出台，加速了长三角地区间人才的流动，人才逐步得到更为合理的优化配置。
6、加强知识产权协作服务，维护产业发展环境
随着经济全球化和科学技术的迅猛发展，知识产权日益成为提升核心竞争力的关键。近年来，长三角地区两省一市认真贯彻《专利法》、《商标法》、《着作权法》等法律法规，知识产权保护工作取得了较好成效，长三角两省一市的专利申请量和驰名商标数量已连续数年均占据国内第一。但是仿冒假冒商品累禁不止、企事业单位专利意识薄弱、知识产权市场发育不良等突出问题依然存在，加强知识产权战略协作、推进知识产权事业共同发展已成为长三角合作的一项迫切任务。2003年，上海、江苏、浙江十六城市发表了《长三角16城市加强知识产权保护倡议书》，建立“长三角知识产权工作联席会议”制度，加强省际间专利行政执法的信息沟通、案件转移和调查取证工作。同年11月，长三角16个城市创建“长三角知识产权保护联盟”，联通专利技术交易网络，实现异地举报、案件转办和移交，开辟跨城市维权的快速通道。2005年9月，长三角地区27家知识产权局共同签署《长三角地区专利行政协作执法协议》，协议主要内容包括网上信息交流、区域案件移送、协助调查取证和重大案件协作办理等内容。在加强制度建设的同时，两省一市还在知识产权服务方面开展协作，组建了长三角地区知识产权服务与专利交易协作网，共同开展为企事业科研立项的专利文献检索和分析、专利的侵权分析、专利情报信息库建设等服务，共建行业专利交易市场，盘活专利技术信息。长三角地区知识产权合作为区域产业发展和科技创新营造了良好的环境。
三、长三角科技创新存在的主要问题及原因分析
长三角的科技创新水平已达较高层次，区域科技合作发生了历史性变化，但从发展所面临的新环境、新任务以及与长三角肩负的国家使命相比，仍然存在着一些深层次的矛盾和问题：产业规模大，但重大知名品牌还不多；外向度高，但核心竞争力还不强；制造能力强，但高端研发能力还不突出；创新资源丰富，但支撑发展的优势还不足。突出表现在：
1、产业自主创新能力不强，处于全球产业链分工的低端
目前，长三角的自主创新主要活跃在传统产业，工业专利的70%集中在传统产业，高新技术产业专利的80%又集中在产业链的中低端，位居高端的重大产品几乎没有自主专利和核心技术，体现产业国际化水准的PCT专利不足1%，核心技术的掌控能力不强，区域内80%以上的企业从事OEM（贴牌加工），只有18.3%的企业做ODM（即具备一定的设计能力），产业对外技术依存度达70%以上，制造层次和效益都有待提高。究其原因，关键还是在于结构。目前长三角外资所占比例较高，尽管有力带动了经济规模的不断扩张，但外资的生产经营却大多集中在劳动密集程度相对较高、附加值相对较低的加工装配环节，处于跨国公司全球产业布局中价值链的低端，研发设计基本不掌握在我们自己手中。以目前长三角规模最大的电子信息产业为例，从全球来看，电子信息产业链可划分为4段：（1）研究开发，（2）芯片的设计、生产和其它关键元器件的生产，（3）一般零部件和配件的生产，（4）组装。我们主要在加工组装，高端的研究开发、芯片设计及生产等大多依赖境外，其直接结果是电子信息产业利税率比高新技术产业平均水平低2-3个百分点。据苏南企业反映，生产一只销售价格大约41美元的无线鼠标，外国母公司得8美元，原材料供应商得15美元，外国销售商得15美元，而生产企业只得到3美元，这其中还包括工人工资、水电、交通等成本；一台售价79美元的MP3，国外要拿走45美元的专利费，制造成本要32.5美元，企业获得的纯利润只有1.5美元。这种长期定位于价值链低端的产业结构受国际市场影响较大，抗风险能力弱。今年以来，在全球金融风暴影响下，长三角相当一部分行业效益下滑、增速放缓，也正是因为结构性问题造成的后果。
2、领军型龙头大企业不多，企业技术创新水平总体位于中低层次
没有巨型企业的发展带动，就难以成就全球领先的创新高地，这已经成为创新型国家和国际大都市圈形成的一条基本规律。辉瑞、克莱斯勒两家企业一年的研发投入就相当于长三角两省一市的总和；飞利浦公司一年的PCT专利申请量就是长三角的5倍，与国际创新巨头相比，我们本土企业的创新实力仍处于发展初期。不过近几年来，长三角企业创新意识不断提高，有48.3%的大中型工业企业开展科技活动、28.6%建有自身研发机构，分别比珠三角高23%和12%；R&；D经费占销售收入比例以及科技活动人员占全部从业人员的比例也比珠三角高出0.1和1.7个百分点。从创新投入的核心指标明显反映，长三角企业的创新活跃程度和投入强度都高于珠三角，但长三角大中型工业企业平均每家申请专利和拥有发明专利授权数仅为2.2件和0.9件，低于珠三角的3.8件和1.1件，最具创新活力的民营科技企业每万人专利申请数和授权数也只有广东的70%，企业创新效率不高，创新产出不多，已成为长三角与珠三角最明显的差距。
初步分析主要有三个方面原因：首先，长三角普遍缺乏像中兴、华为这样的创新型龙头企业。江苏产值在50亿元以上的高新技术企业仅占总数的1%，100亿元以上的高新技术企业比广东少30%，上海软件产业现有1000多家企业，100人以上的只占1/3，公司规模普遍较小，而浙江更是以中小企业为主。缺乏创新龙头企业的组织带动，整个产业创新活动就必然分散，创新的效率和效益也自然无法提高。其次，企业缺少国际知名大品牌。除少数以国内市场为导向的企业已形成区域性品牌外，绝大部分本土劳动密集型企业都是在低附加价值的环节进行国际代加工。主要的客户订单来源于欧美的品牌商或由其主导的二三级经销商，品牌、销售渠道、售后服务、技术标准等都掌握在外商手中。第三，产学研合作不够紧密。产学研合作本是现阶段提高企业竞争力最高效便捷的途径，但由于受现有高校科研评价体系和组织方式的影响，企业和高校利益驱动和分配机制不协调，导致重大成果应用转化能力较差，制约了产学研合作的深度，而企业自身条件又难以支撑高水平研发的需要，造成企业自主创新能力无法有效增强。
3、高新园区创新先导作用不突出，发展模式仍然依靠投资驱动
长三角绝大多数高新园区仍处于规模扩张阶段，追求引进体量大的生产项目，特别是把外资作为园区发展的主要支撑，成为“招商区”，与园区的基本功能定位不相吻合，集聚创新资源、培育高科技中小企业、引领新兴产业兴起等的作用还远未发挥。据科技部国家级高新区统计数据显示，长三角除上海张江高新区创新实力较强，位居全国前列外，R&；D经费投入、技术性收入、创办科技机构数量等与创新能力直接相关的排名中，其它园区都未能进入前五名；每万人拥有发明专利数是衡量高新区创新水平的核心指标，全国平均为56件左右，超过这一比例的高新区有12个，而长三角也只有张江高新区一个。而在统计指标中，我们排名靠前的主要是外商累计实际投资额，有3家位居全国前5名，这种大量招商引资的做法与当前地方政府对高新区的考核体系有很大关系，许多地方仍把招商引资和GDP增长作为绩效考核的最重要指标，不重视GDP增长的质量，这就必然造成高新区重招商引资、轻培育内生增长点，重引进“短平快”项目、轻长期可持续发展，高新园区的内生增长机制尚未形成。