三年后39岁的元文宗死去，燕铁木儿请文宗的皇后立太子燕帖古思。皇后不从，反而立了明宗的次子懿璘质班，是为宁宗。宁宗只做了几个月的皇帝就去世了。燕铁木儿又请立燕帖古思，文宗皇后让立13岁的明宗长子妥懽帖睦尔。太平王燕铁木儿去迎接妥懽帖睦尔来大都即位，见了妥懽帖睦尔后，燕铁木儿与他并马一起走，扬着马鞭向他陈述了迎立的意图。妥欢帖睦尔年纪小，看见跋扈的燕铁木儿十分害怕，一句话也不说。于是燕铁木儿怀疑妥懽帖睦尔，待到了京师很久也不再提立他为帝的话。因为国事都决于权臣燕铁木儿，群臣也不敢过问。几个月后燕铁木儿因荒淫过度溺血而死，妥欢帖睦尔才当了皇帝，这就是元朝的末代皇帝。后来明兵攻入都城，妥懽帖睦尔逃到漠北。明太祖朱元璋说他知顺天命，自动退避到大漠，特加号为顺帝。
顺帝的近臣阿鲁辉帖木儿对顺帝说：“天下事重应该委任宰相决定，假如陛下躬自听断，事情办得不好的话会背负恶名。”于是顺帝便住在深宫里不出来，命伯颜为太师、中书右丞相；燕铁木儿的弟弟撒敦为太傅、左丞相，燕铁木儿的儿子唐其势为御史大夫，三人在朝廷统理百官，全权处理政事。燕铁木儿虽然死了，但他的势力还在。而且顺帝年纪太小，太皇太后开始专擅朝政，她认为燕帖木儿遗功卓着，让他的女儿答纳失里做了13岁的顺帝的皇后。
答纳失里与顺帝两人年纪都小，根本不懂情爱是什么，答纳失里以前蛮横跋扈惯了，加上倚仗叔父与兄长的权势，自然不把顺帝放在眼里。她私自传懿旨，将十万两盐银占为己有，还时常对宫廷的后妃横加责打。徽政院使秃满迭儿进献了高丽女子奇氏入宫服役，奇氏名叫完者忽都，她不仅长得美丽，还十分乖巧伶俐，善于烹茗。顺帝对她十分宠爱，一来二去就上了床。这件事被皇后答纳失里得知，她怒不可遏地召来奇氏，用鞭子打得她遍体鳞伤。此时的顺帝只是一个傀儡皇帝，他的年龄和资历都决定他只能默默地在权力之外忍耐着。
这时的元朝早已经开始走下坡路，顺帝即位以后天灾人祸接连不断。京畿发洪水，黄河泛滥，两淮地区干旱，徽州、秦州、凤州的大山相继崩裂。元统二年（1334年）的春季，彰德路下的雨像白线一样，民间流传成歌谣：“天雨线，民起怨，中原地，事必变。”
不久左丞相撒敦病逝，伯颜一人独秉朝政，唐其势心里十分不平，他曾对密友说：“天下本我家的天下，伯颜算什么东西？位置却偏在我的上面，真是可恨！”唐其势的叔父答里与诸王晃火帖木儿交情很深。唐其势写信给答里，信中说伯颜专权，顺帝昏庸，劝答里带兵入朝行废立的故事。于是答里、晃火帖木儿、唐其势三人辗转联络，蓄图起兵入宫杀伯颜、废顺帝。不料郯王彻彻秃知道了密谋，便密报给伯颜，伯颜便暗暗作了防备。
六月的时候，唐其势在东郊埋伏下人马，亲自率兵突入宫禁，却不知道自己早进了伯颜的伏兵控制里。唐其势被执，伯颜立刻引兵驰往东郊，唐其势的弟弟塔剌海还不知道兄长被擒，经过伯颜的一阵击杀，塔剌海被卫士射倒活擒。伯颜将唐其势兄弟绑入宫中，请顺帝登殿审讯，顺帝说：“唐其势兄弟的逆谋已经昭然，何必再问，你照着律条惩办就是了！”于是伯颜命卫士将唐其势兄弟牵出去杀了。唐其势死命地攀住殿内的阑干高声喊：“先帝曾有明诏，宽恕臣父子孙辈九次死罪，为什么今天食言？！”顺帝怒骂说：“谁叫你谋逆反叛的？！兴兵犯阙还想活命么？”众卫士一起过来牵扯唐其势，直到殿里的阑干拉断，才将唐其势拽出来，然后一刀砍为两段。
唐其势的弟弟塔剌海少年胆怯，竟逃避到他的姐姐皇后答纳失里的座椅下面。答纳失里因为情关手足，于是不假思索地扯开裙子遮住她的弟弟，真好像掩耳盗铃一般。伯颜喝令卫士从皇后的裙子下牵出塔剌海，然后拔出佩剑将塔剌海当场杀死，鲜血喷溅到皇后的衣服上，吓得答纳失里惊叫一声缩在椅子上抖作一团。伯颜大怒，走到答纳失里的面前揪住她的头发将她拖到地上。皇后号泣说：“陛下救我！陛下救我！”顺帝见她有些可怜，不过想起平日的情景横下心说：“你的兄弟谋逆，朕也不能相救。”话还没有说完，伯颜已将皇后牵到了宫外的一间民舍。不久用鸩酒将皇后毒死。这就是顺帝的第一位皇后的下场。
其余依附燕铁木儿的大臣也被一网打尽，从此燕铁木儿家势彻底败落。右丞相伯颜独秉朝政，开始胡作非为起来。他废止了科举取士，又将儒学贡士的庄田租改为宿卫的衣粮。伯颜任性横行，滥杀无辜，胡乱改变国法，朝野的士民都相率怨恨。顺帝对伯颜非常信任，赐给他“塔剌罕”的称号，封号官衔名目非常繁多，加起来有二百四十多个字，顺帝又封伯颜的弟弟马扎儿台为王。天下百姓因生活没有着落，造反的乱祸四起。
至元四年，顺帝在涿州与汴梁为伯颜建立生祠，晋封伯颜为大丞相。伯颜更加骄恣，他将宫禁的卫兵都收为己有，每次出去都旌旗蔽日，侍从填满了街衢。而顺帝的车驾仪卫却一天比一天少。天下只知道有伯颜，不知道有顺帝。因此顺帝也慢慢畏惧伯颜了，开始谋划对付他。伯颜的侄儿脱脱对叔父的滥杀跋扈十分不满，便决定大义灭亲，劝顺帝除掉伯颜。在一次出城打猎后伯颜再也没有回来，因为城门已经关上，接着伯颜被流放岭南。在流放的路上伯颜病死。接着太后不答失里被流放，顺帝才开始自主地做皇帝，这一年他20岁。顺帝起用脱脱的父亲马轧儿台作右丞相。马轧儿台一上任就开始大肆贪污，脱脱暗中让人弹劾父亲，马轧儿台便辞职了。顺帝起用脱脱继任为右丞相。脱脱上任后实施了许多清明的措施，一改前代的弊政，被朝野上下称为“贤相”，这一段除弊革新的历史时期史称“更化”。
皇后答纳失里被毒死以后，第二年顺帝册封伯颜忽都为皇后。（“伯颜忽都”是蒙古语的音译，与伯颜没有任何关系。）她是前朝真哥皇后的侄孙女，父亲名叫孛罗帖木儿曾封毓德王。本来答纳失里被鸩死后顺帝打算立他一向宠爱的奇氏为皇后，只是丞相伯颜强行劝阻，顺帝没有办法，立了伯颜忽都为皇后。
伯颜忽都的性格与第一任皇后完全不同，她性情节俭，而且宽宏大量，于是顺帝对她也很好。册立为皇后不久伯颜忽都生下一个儿子，取名叫真金，可惜真金2岁就夭折了。
顺帝平日在奇氏那里宿夜的时候多，很少去皇后的宫里，伯颜忽都也丝毫没有什么怨言。奇氏生下一个儿子，取名叫爱猷识理达腊，更加赢得了顺帝的欢心。奇氏因宠生骄，除了与皇后没有嫌怨外，其他如太后母子、权相伯颜，都被她视为眼中钉，每天在顺帝面前说长道短。后来伯颜被流放，太后母子被放逐都与奇氏的暗中诋毁有一定关系。奇氏想做皇后，但皇后伯颜忽都为人实在太好，她也不忍加害，便与嬖臣沙剌班秘密商量怎么办才好。沙剌班记起先代皇后曾有好几个，他按奇氏的嘱咐上了一个奏折，于是顺帝顺水推舟册立奇氏为第二皇后。
奇皇后生下儿子以后更是专宠后宫，正宫皇后伯颜忽都无形中被冷落了。连伯颜忽都身边的太监宫女都为她抱不平，而伯颜忽都却没有一句怨言。一次顺帝巡游上都的途中休息，想去伯颜忽都那里过夜，内监传了三次圣旨都被皇后拒绝，她说：“暮夜有许多难以预测的意外，这不是皇帝该来的时候。”顺帝听到了也极力称赞皇后的贤惠。
奇皇后是高丽人，自从做了第二皇后她将许多高丽女子安置在后宫，一时间宫廷里高丽女子如云，高丽族的服饰在宫廷和上层社会流行起来。奇皇后为了培植她的私人势力，将美艳的高丽女子送给朝臣，因此许多朝臣就甘心为奇皇后效力了。
顺帝很信任脱脱，曾命皇子拜脱脱为师。侍御史哈麻是先帝宁宗乳母的儿子，父亲名叫图噜，受封为冀国公。哈麻与母弟雪雪受到顺帝的宠幸，很早在宫禁做了宿卫。哈麻的口才十分出色，升任至殿中侍卫史。哈麻每天去宰相脱脱那里趋炎附势，脱脱误认为哈麻是个好人。当时天下红巾军风烟四起，朝廷派出的征讨大将接连溃败，脱脱准备亲自出征，临行时他入朝奏请哈麻兄弟可以国事相托。顺帝立刻召哈麻为中书右丞，雪雪为同知枢密院事。脱脱很快平息了叛乱，顺帝将一切国政都委托脱脱处理，自己每天在宫中纵情酒色。
哈麻见顺帝厌烦国事，便引进了一个西天番僧入宫。这个喇嘛僧人教给顺帝房中术，称为“演揲儿”法，译作汉文就是大喜乐的意思。顺帝如获至宝，当即授给喇嘛僧人司徒的官职，让他在宫里讲授演揲儿法。顺帝悉心练习，再加以实践，果然行房的时候比以前畅快淋漓了许多。
哈麻的妹婿秃鲁帖木儿以前是集贤院学士，他出入宫禁，见哈麻得到顺帝的宠幸，于是也推荐西蕃僧伽玺真给顺帝。伽玺真会秘密法，秃鲁帖木儿密奏说：“陛下虽尊居万乘，富有四海，不过保有现世而已。人这一生能有几年？陛下应当学习秘密大喜乐禅定。”伽玺真的房中术叫做“双修法”，其实也就是男女交媾的不同方位和姿势。
顺帝下诏以西天僧为司徒，以伽玺真为大元国师。他们的子弟众多，选取良家女子入宫修习秘术，每个子弟赐给他们宫女三四个作为供养。两个番僧结为知己，肉身说法。后宫的美女久旱逢甘雨，都称伽玺真是无量欢喜佛。于是顺帝每天与后宫女子淫戏作乐。僧人又教顺帝选取彩女学习十六天魔舞。每次跳舞的时候有三圣奴、妙乐奴、六殊奴等十六个宫女列成一队，象征着十六天魔。宫女们垂发结辫，头戴着象牙佛冠，身披璎珞络、大红销金长裙、云肩、鹤袖，锦带凤鞋，手中执着乐器吹弹舞唱，好像天女散花一样。又有宫女十一人，穿着唐帽窄衫，用龙笛、头管、小鼓、筝、琵琶、笙、胡琴、响板按乐而奏，度曲而舞，顺帝趁着酒酣的时候，随手抱起几个宫女行云布雨，亲自试演揲儿法与双修法。
僧人的淫荡在元朝是登峰造极的。据记载当时不仅皇宫里，而且民间有许多不法僧尼奸贪淫虐无所不至，“削发披缁，托身外名，归净域实恋尘缘”。元代一位诗人作过一首诗讽刺不法僧道娶妻买妾：“红红白白好花枝，尽被山僧折取归。只有野薇颜色浅，也来钩惹道人衣。”
其实也不是说僧人不一心向佛，专门干淫奸的事情，之所以如此是与佛教密宗的教规有关。佛教的经文、绘画以及雕刻中都表现了性欲的成分。密宗佛像“欢喜天”就是男女裸身相抱交媾的塑像，俗称为欢喜佛。利用女性的身体是达到佛法修为的一个重要途径，在这个过程中的女性称为“明妃”。欢喜佛男女交欢中的男性代表方法，女性代表智慧。佛经《四部毗那夜迦法》中就说僧人与妇女交媾是现身说法。《佛说秘密相经》也有许多性交的记述，在经文中“金刚杵”和“莲华”分别指男女的生殖器官，“金刚杵及彼莲华二事相击”可以修成正果。元朝成吉思汗和忽必烈都大力提倡密宗佛教，到了后来的清朝，欢喜佛还被供奉在雍和宫。
顺帝喜欢亲自操作工匠建造此类的事情，而且手很巧，京师里有“鲁班天子”的美誉。他亲手为近臣刻削屋宇的模型，做得巧夺天工，精致无比，然后让这些近臣依照模型建造房子。模型上因为镶嵌了许多珍奇的宝石，内侍们便哄顺帝说：“这屋宇比不上某某家精美。”于是顺帝便随手将模型毁弃了重新做，内侍乘机从模型上抠下一些珠宝占为己用。
顺帝建造了清宁殿以及前山、子月宫等穷极奢华的殿宇。在内苑制造龙舟，样式是他自己设计的，龙舟首尾长一百二十尺，宽二十尺，上面有五座宫殿，龙舟及宫殿都用五种颜色的金子装饰，二十四个身穿金紫的水手划船。龙舟一移动的时候，龙首及口眼爪尾都可以活动，像是活的一样。顺帝高兴地说：“难怪隋炀帝游江都乐而忘返呢！”
他又自制宫漏，水在上下流动，宫漏上设西方三圣殿，宫漏的腰边雕刻玉女捧腰刻筹，到了时间就浮着水上升，左右各列一个金甲的神仙，一个悬钟，一个悬钲，夜里这两个金甲的神仙按更而音，一刻也不差。鸣钟钲时狮凤在左右飞翔舞动。东西分别有日月宫，设了六个飞仙。逢遇子午时分六个飞仙便度过仙桥，到达三圣殿，子午时分一过又退回去。
皇太子爱猷识理达腊年岁渐长，十分痛恨秃鲁帖木儿等人的所作所为，只是没有什么办法。他将哈麻为恶的事情告诉了脱脱，治书侍御史汝中柏也屡次告诫脱脱哈麻这样的人不能使用，脱脱便进宫劝谏，进来的时候顺帝正在密室里淫乐，看见脱脱闯进来十分厌烦。十四年秋脱脱领大军讨高邮的张士诚，哈麻乘间入中书为平章政事。哈麻向皇后奇氏进谗言说：“皇太子既然已经确立了，而册宝以及郊庙之礼不举行，都是脱脱兄弟的主意。”奇皇后相信了哈麻的话，对脱脱暗中怀恨在心。哈麻又与桑哥实里、明理明古、袁赛因不花等一起诬陷。顺帝派使者去军中夺取了脱脱的兵柄，不久年仅42岁的脱脱被贬逐而死。至正十五年（1355年），雪雪由知枢密院事拜御史大夫，哈麻升任了中书左丞相，国家大权尽归他们兄弟二人掌握。脱脱是元朝的顶梁柱，他一死，腐败的元王朝更加没有力量挽救危亡。起义的百姓如火如荼，遍布中原。元朝的江山已经摇摇欲坠了。
哈麻做了宰相后忽然天良发现，深以从前进蕃僧为耻，对他的父亲父秃鲁说：“我兄弟位居宰辅，应该导人主以正，秃鲁帖木儿专以媚上淫亵为事，天下士大夫必然会讥笑我，将来有何面目见人？我打算把他除去，而且皇帝日趋于昏暗，不能再治理天下。现在皇太子聪明过人，不如立他为帝，而奉今上为太上皇。”哈麻的妹妹知道了哥哥的预谋，回去告诉了她的丈夫秃鲁帖木儿。秃鲁帖木儿唯恐皇太子为帝，自己被杀，便对顺帝说：“哈麻说陛下年纪老了。”顺帝大惊说：“朕头发还没有白，牙齿也没有落，怎么忽然说我老了！”顺帝便将哈麻、雪雪兄弟杖死。因为害死脱脱的缘故，他们兄弟的死没有人怜恤。
哈麻死后搠思监做了左丞相，不久调任右相。搠思监在内献媚奇皇后，在外献媚皇太子。太子爱猷识理达腊见顺帝昏迷不悟，听说哈麻倡议内禅，心里也很赞成。到了哈麻被杀死，内禅也没有了下文，他想当皇帝，秘密与生母奇皇后商议再图内禅的事。奇皇后身边有一个叫朴不花的宦官，与奇皇后幼年时是邻居，朴不花内事奇后外结权相，一时间气焰熏天。三个人勾结在一起祸乱朝政，许多大臣被陷害而死。
监察御史傅公让等人联名弹劾，奇皇后母子扣下诏书，把傅公让等御史一律改任他职，只留下一个御史大夫老的沙，因为老的沙是顺帝的母舅。但是新上任的御史台官吏全体辞职抗议。奇皇后母子又谮毁老的沙，顺帝封老的沙为雍王，遣令他归国，命朴不花为集贤大学士。知枢密院事秃坚帖木儿一向与老的沙友善，也随老的沙西去了大同。
大同镇帅孛罗帖木儿与秃坚帖木儿是几十年的朋友，便将他们留在军中保护起来。奇皇后与搠思监知道这个消息，诬陷老的沙图谋不轨，许多在京人员被牵连成狱。奇皇后遣使到大同索要老的沙。孛罗帖木儿替他辩护，拒绝了来使的要求，搠思监与朴不花便弹劾孛罗帖木儿私匿罪人，顺帝下旨削夺孛罗帖木儿的官爵。孛罗帖木儿当下以清君侧为名率军攻入大都。
顺帝的卫兵不堪一击，很快孛罗帖木儿攻下居庸关，列营清河，京城为之震动。顺帝遣国师达达央求秃坚帖木儿罢兵。秃坚帖木儿说：“罢兵不难，只要将搠思监、朴不花执送到军前。”顺帝只好如约将二人绑去军营。奇皇后除了急泪两行，也没有其他的办法。秃坚帖木儿命军士将搠思监与朴不花用刀剁成了肉泥。然后孛罗帖木儿引兵入建德门，顺帝慰劳他一番，赐授秃坚帖木儿为平章政事，复了孛罗帖木儿官爵，并加封太保，仍旧镇守大同。
奇皇后与太子怀恨不已，遣使到扩廓帖木儿那里命他调兵北讨孛罗帖木儿。扩廓帖木儿与孛罗帖木儿一向有仇，便立刻发兵去打大同。孛罗帖木儿察知此事，再次率兵攻打京师，皇太子亲自督兵守御清河，不料军无斗志都跑得一干二净。皇太子知道京师也守不住，便由小路西去投奔了扩廓帖木儿。顺帝又封孛罗帖木儿为左丞相，老的沙为平章政事，秃坚帖木儿为御史大夫。接着进封孛罗为右丞相，节制天下的军马。
孛罗专权后，驱逐宫中的西番僧，诛杀秃鲁帖木儿等十多个人，遣使请皇太子还京。皇太子与扩廓帖木儿檄召各路人马入讨孛罗帖木儿。孛罗帖木儿大怒，带剑闯入后宫，要顺帝交出奇后。顺帝吓得浑身发抖，不能说一句话。孛罗帖木儿干脆指挥着宦官宫女拉奇皇后出宫，幽禁在总管府。
孛罗帖木儿亲自领兵出通州，路上遇到了大雨，只好返回大都。一个宦官带着几个绝色的美女进献给他。孛罗帖木儿心花怒放，他问宦官是谁送来的。宦官说是奇皇后送来为丞相解忧。孛罗帖木儿高兴地说：“难得奇后的一片心意，让她明天就回宫去吧。”这以后孛罗帖木儿每天与美女在府中恣意淫乐，不闻外事。一天他接到急诏入宫，刚骑马驰到宫门，几十个勇士持刀将他刺死。老的沙听到孛罗帖木儿被杀，挈了他的眷属出大都北逃，被追及后乱刀砍死。不久秃坚帖木儿也被守兵所杀。
扩廓帖木儿接到奇皇后的密谕，让他率兵拥太子入城胁顺帝禅位。扩廓帖木儿没有听她的，快到京城的时候遣还了军队，只带数骑送太子入朝。奇后母子由此非常怨恨扩廓帖木儿。顺帝令扩廓帖木儿为左丞相。当时因军费开支过于巨大，政府筹措无术，靠印发纸币解决，导致纸币滥发无度，时政恶性循环，江、淮、川蜀已全部陷没。扩廓帖木儿自请出征辞别了顺帝。
至正二十五年（1365年），皇后伯颜忽都在冷落寂寞中去世，享年42岁。顺帝册立次皇后奇氏为皇后。因为奇氏出自高丽，立她为正后有背祖制，于是改奇氏为肃良合氏，冒充蒙古族的后裔。
扩廓帖木儿率兵南进，但此时的元朝地方军队都忙着扩充自己的地盘，互相打内战。扩廓帖木儿因为镇将不受调遣，不能去讨贼，便西攻那些拒绝命令的元朝军队。皇太子乘隙进馋言说他奉命南征，却反而西进与自己人互相残杀。顺帝遣使令他罢兵，扩廓帖木儿拒不受诏，皇太子派人离间扩廓帖木儿的部下，不久部下都叛离了扩廓。扩廓帖木儿最后引兵占据太原，尽杀元朝所置的官吏。顺帝令诸军四面进讨扩廓帖木儿。
这时起义军里的朱元璋打败了张士诚与陈友谅，至正二十八年正月建立了大明朝，建元洪武。接着朱元璋命徐达为征虏大将军，常遇春为副将军，率师二十五万北上灭元。明军势如破竹，元朝仍旧内部纷争不息。顺帝只好集合六宫的后妃、皇太子、皇太子妃，半夜开建德门北逃上都开平。
至正二十八年八月，明军攻入京城，元朝至此灭亡，自忽必烈开国到顺帝北奔共一百六十二年。
明朝洪武二年（1369年），朱元璋出师进攻开平，顺帝又逃到和林，后来又颠沛流离到了应昌。不久51岁的顺帝因痢疾去世，元人谥为惠宗，明朝认为妥欢帖睦尔在国破家亡的前夕不背城一战，是为“顺天命”，所以称他为元顺帝。《元史》关于元朝帝王的本记一共四十七卷，但顺帝一个人就占了十卷，接近四分之一的篇幅，这与他在位的时间长有关系。顺帝是元朝15个皇帝中在位时间最长的，一共在位36年，比元世祖忽必烈还多了一年。明军攻克应昌后，皇太子爱猷识理达腊率几十个骑兵向北逃走，他的儿子买的里八剌与后妃诸王等被擒获，奇皇后不知去向。