但是除朱棣外，马皇后亲生皇子都有谁，又有着不同的解释。一种说法认为马皇后生懿文太子、秦王、晋王、燕王、周王。朱棣在夺取皇位后，马上让人编了一部叫《奉天靖难记》的书，为自己篡夺皇位辩解。该书开卷就标榜自己是马皇后的嫡子：“今上皇帝（指成祖朱棣），太祖高皇帝第四子。母孝慈高皇后生五子：长懿文太子，次秦王，次晋王，次今上皇帝，次周王也。”还有一种说法认为马皇后只亲生燕王和周王，懿文太子、秦王、晋王都不是马皇后亲生。其实仔细推敲起来就会发现，《太祖实录》为成祖朱棣所修（成祖为了抹杀自己即位前的真实事实，曾两次改修《太祖实录》，删减篡改之处甚多），其中自然也有粉饰的成分。
另外还有人认为马皇后根本就没有皇子，这几个都不是她亲生的，只不过是抱过来抚养成人而已。
妃子说。成祖为马皇后所生的说法到了明中后期就受到了质疑，而妃子说浮出水面。有人认为这个妃是高丽人，也有人称她是元顺帝的妃子，抑或是高丽人而成了元顺帝妃子，不得而知。
这种说法的直接证据是《太常寺志》。太常寺是明朝管理祭祀礼乐的机构，皇家宗庙的祭祀就由其负责。《太常寺志》对孝陵（即太祖朱元璋的陵寝）神位的记载如下：
左一位，淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晋恭王。右一位妃，生成祖文皇帝。
太常寺是皇家机构，这样严肃的问题不应该胡乱记载，可惜这本书没有流传下来。明代文人对这种资料将信将疑，但还是觉得有合理的地方，万历时期的文人何乔远就持这种观点：“臣于南京见《太常寺志》，云帝（明成祖）为妃所生，而玉牒则为高后第四子。玉牒出当日，史臣所纂，既无可疑。南（京）太常职掌相沿，又未知其据。臣谨备载之，以俟后人博考。”
明末清初的钱谦益和李清见到这样的记载也无法判断孰是孰非。钱谦益当时是南明弘光朝的礼部尚书，李清曾任大理寺左丞，二人利用职务之便，于弘光元年元旦利用祭祀孝陵的时机，悄然打开孝陵寝殿，“入视果然，乃信”。
还有一个证据。朱棣在即位之后，在南京天禧寺的旧址上翻盖新寺，取名大报恩寺，是为了报答马皇后的养育之恩。然而令人不解的是，寺中正殿的大门经常紧闭，外人无法看见里面的情况，有传闻里面供奉的其实是成祖的生母。
还有的学者考证当年明惠帝之所以先削周王，是因为周王与朱棣是同母所生，故削周王而去燕王羽翼。周王与朱棣的母亲不是马皇后。
社会上更加流行的却是另外一种说法，即成祖生母是蒙古人洪吉喇氏。洪吉喇氏是元顺帝的第三福晋，是太师洪吉喇特托克托的女儿。元顺帝败，朱元璋入大都（今北京）见洪吉喇氏貌美，就留在身边。然而她入明宫时就已经怀孕，所生的就是明成祖朱棣，所以朱棣即元顺帝的遗腹子。其实这只是民间的传说而已。徐达攻陷大都是至正二十八年（1368年），而朱棣生于至正二十年（1360年），两者相差达8年之久。这种情况可能由于朱元璋刑罚过严、朱棣杀戮过重，从而导致民情激愤，因而编造谣言以发泄胸中的不满情绪，以至于以讹传讹。
还有其他一些说法，比如说成祖是达妃所生，或元主妃不是洪吉喇氏而是翁氏等等，但都影响不大。实际上，争论的焦点是成祖到底是嫡出还是庶出。以上看法都可以归纳到这个问题上来。朱棣非马皇后亲生而生母为妃的说法，经过明史专家李晋华、吴晗等人的精细考证，已为大多数学者所接受。在这里，可以提供一条可以佐证成祖庶出说的史料。成祖即位以后，禁止一切有关其夺位的史料，但他左右不了国外的史籍，而这条史料恰恰出自邻国朝鲜，其真实性是可以信赖的。洪武二十二年，朝鲜使臣权近一行曾在北平拜谒燕王，权氏着有《奉使录》记其事，其中有诗题云：
到燕台驿，进见燕府。先诣典仪所。所官入启，以是日先太后忌日，不受礼。命奉嗣叶鸿伴接到馆。七月十五日也。
此处“先太后”当是从汉制之称诸侯王母，显然指燕王自己的生母。诗题中明言太后忌日在七月十五日，而高皇后马氏的忌日在八月初十，显然不合。洪武二十二年，还不存在嫡庶之差别问题，故燕王即使对外国人也不遮掩其真实生母身份。所以，成祖非马氏所出无可怀疑。那么，朱棣为何一再强调自己是嫡出呢？这是因为明朝的皇位继承制为嫡长子继承制，只有嫡子继承皇位才是深孚人心的，否则会危及皇权的稳定。特别是朱棣通过靖难之役，将明惠帝赶下台后取而代之，更恐难以服众。他担心后人说他篡权，所以才千方百计强调自己嫡出的身份。这种此地无银三百两的伎俩，是不足为怪的。
明成祖残杀宫女之谜
明成祖朱棣在历史上很有作为，但他又是一位性格固执、刚愎自用、猜忌多疑、杀人如麻的皇帝。永乐末年，他大肆屠杀宫女、宦官，在这次大惨案中，被杀的宫女有近三千人之多，为明代后宫最大的一次惨案。如此滥杀宫女，许多人不明白明成祖此举的用意何在。
其实，成祖杀戮宫女之事早在永乐年中期就曾发生过。事情还得从恭献妃权氏说起。永乐初年，国家逐渐恢复强大。朱棣追求享乐主义，后宫美女渐多。永乐五年（1407年），皇后徐氏病死，从此一直没有再立后，王贵妃和贤妃权氏是他最宠爱的妃子。权氏是一位选自朝鲜的美女，天姿国色，聪明过人，能歌善舞，尤其是善吹玉箫，成祖十分怜爱她。永乐八年（1410年），成祖率大军出征，特地带权贤妃作为随侍嫔妃宫女，随军出塞。没有料到，这位独得天宠的妃子，在大军凯旋回宫时，死于临城，葬在峄县。成祖伤心欲绝。
宫中两名姓吕的朝鲜宫人与宦官相好之事恰好此时发生。本来，历代宫中都有宫女与宦官结为假夫妻，明代也有这种现象，宫中称之为“对食”，也称某宫女为某宦官的“菜户”。因为宫中有很多的宫女嫔妃，皇帝又不能一一宠爱，宦官虽然不能行夫妻之事，但毕竟还是男性，宫女与之结为“对食”，很多是出于生活上互相照顾和心理上寻求安慰的需要。明朝后期的皇帝对此类事，往往采取听之任之的态度，明熹宗甚至还亲自将宦官与宫女结为对食。大约在明成祖时，宫中还较少见这类事，而成祖丧失宠妃，心情不佳之时恰恰发生两个姓吕的朝鲜女子与宦官相好，竟酿成宫内惨祸。
起初，吕氏是朝鲜商贾的女儿，史载中称“贾吕”，见到本国先期入宫的宫人吕氏，因为都是朝鲜人，又是同姓，贾吕想与吕氏交往。谁料，吕氏对贾吕的为人很是不屑，拒绝与她结好。贾吕一直心存不满。不久，成祖贤妃权氏死于北征凯旋回师途中，吕氏曾随军侍候过贤妃，于是贾吕诬告贤妃是被吕氏在茶里下了毒药而死的，明成祖朱棣正在悲伤难过之时，闻后大怒，没有细查，诛杀吕氏及有关的数百宫女、宦官。永乐十八年（1420年），成祖独得天宠、准备立为皇后的王贵妃也死去，成祖再一次经历丧失宠妃的伤痛。贾吕与宫人鱼氏私下与小宦结好之事又在此时发生了。成祖甚为恼火，雷霆大发。贾吕和鱼氏惧祸，便上吊自杀。成祖竟以此为由，亲自刑审贾吕侍婢，不料却查出这一班宫女要谋杀皇帝的口供。朱棣极为恼怒，亲自下手对宫女们动用酷刑，其中受株连被诛杀的宫女近两千八百名。而且成祖每次亲临施刑，有宫人临刑时当面斥骂成祖：“你自己年老阳衰，宫人与小宦官相好，有什么罪过！”朱棣让画工画了一张贾吕与小宦官相抱的图，羞辱宫人，同时更加大肆屠杀。据《李朝实录》记载，当宫中宫人被惨杀之时，适有宫殿被雷电击震，宫中的人都很高兴，以为朱棣会因害怕报应而停止杀人，可是朱棣依旧如故，丝毫“不以为戒，恣行诛戮，无异平日”。
有的学者认为，明成祖如此残杀宫人，可能因他晚年所患疾病所致，据说：“明成祖晚年患疾病，容易发怒，且难以控制，甚至歇斯底里，他本人残忍好杀，又添上晚年的疾病，就更加狂暴异常。”至于他患了什么病，官修《明史》及《实录》只说他晚年容易发怒，这究竟是一种什么病，发病的诱因是什么，历史上已找不到相关的记载了。两次屠杀事件，被诛的宫女及宦官达三千人之多，明成祖为何让她们屈死冤魂，疑案难解，终将成为千古之谜。
明英宗朱祁镇
帝王档案
朱祁镇：1436年-1449年在位，宣宗朱瞻基长子，性格昏庸而软弱。两次登基，共在位22年，期间被太监乱政误国，导致土木之变；虽励精图治已晚，无甚功绩，却开了明王朝宠信宦官之首。病死，终年38岁，死后葬于裕陵（今北京昌平十三陵）。谥号法天立道仁明诚敬昭文宪武至德广孝睿皇帝，庙号英宗。
被俘皇帝两次登基之谜
明英宗朱祁镇是宣宗皇帝的长子，他的一生充满了传奇色彩。宣德年间，宣宗朱瞻基的正宫胡皇后举止得体，贤良温淑，是一位不可多得的好皇后。宣宗还有一位贵妃，姓孙，这位孙贵妃深得宣宗皇帝的喜爱，唯一遗憾是没有得到皇后的宝座，于是孙贵妃绞尽脑汁总想挤掉胡皇后而自立。机会终于来了，宣宗皇帝的子嗣一直不旺，胡皇后没能为宣宗生下一个皇子，孙贵妃虽然也没能生子，但她想出了一条偷梁换栋的计策，他派人在宫中四处打探看哪位宫女被皇帝临幸后怀有了身孕，于是将找到的宫女藏在秘室之中，与外界隔绝，派专人送饭、照看；然后买通御医，对外号称怀孕，并伪装了许多怀孕的迹象。由于当时孙贵妃深得皇帝的宠爱，因此无人敢透露半点风声，就这样十月怀胎，宫女顺利产下一子，孙贵妃马上派人将孩子抱到身边，然后秘密处死了宫女，并派人立即通知宣宗，自己也装出一副产后非常虚弱的样子。就这样这个小男婴就成了孙皇后的亲生儿子，而这个小孩就是后来的明英宗朱祁镇。孙贵妃也因此得以正位后宫，胡皇后被迫让位。由于宣宗皇帝一手导演了废后的闹剧，因此在他的一生英明中点上了一个很大的污点。
这样一个宫女的孩子，在7岁时就登上了皇帝的宝座，年号正统，开始了他传奇的一生。朱祁镇继位初期，由三杨及张辅等人辅政，国家比较安定，社会经济也有所发展。但他年幼贪玩，宠信太监王振，随着皇太后和仁宣朝重臣“三杨”的相继去世与引退，后宫宦官势力急剧上升，着名的大太监王振就是宦官专政的代表人物，英宗对他言听计从，他也依仗皇帝的威严排除异己，树立朋党。大臣下狱者不绝，政治日趋腐败，土地兼并日益严重，激起了叶宗留、邓茂七等起义。
而当时的元朝余部（即北元）在漠北的势力已经一分为二，瓦剌与鞑靼两个部落互相征伐。到了英宗时期，瓦剌强大了起来，并不断骚扰明朝的北边，瓦剌部当时的实权掌握在太师也先的手里，他经常派人以向朝廷进贡为名，骗取赏赐，因为当时明朝对进贡国家的使者，无论贡品如何，总要有非常丰厚的赏赐，而且是按人头派发。也先也是看中了这一点，派出的使臣不断增加，最后竟加到3000多人。王振对此忍无可忍，下令减少赏赐，也先以此为名对明朝发动战争。英宗年少气盛，想御驾亲征，王振也想耀武扬威，名留青史。于是极力撺掇英宗亲征，但是由于当时明廷的主力都在外地作战，一时难以调回，因此朝中大臣都劝阻英宗不要亲征，但最后还是没有改变英宗的态度，于是从京师附近临时拼凑了50万大军，在英宗的指挥下浩浩荡荡开始亲征。由于连天大雨，加之粮饷接济不上，军队的士气非常低下。行到大同附近，看见被杀的遍野明军尸体，英宗和王振都动摇了，于是决定撤军。
但是王振的老家在蔚州，离大同非常近，于是他决定大军绕道蔚州撤退，王振的提议立即遭到群臣的反对，认为这样会耽误撤退的时机，但是王振哪里听得进去，加上英宗也希望给王振衣锦还乡的机会，于是大军开始朝蔚州方向移动。这时，王振又心血来潮，怕大军经过会踩坏家乡的庄稼，自己就会背上骂名，于是建议按原路撤军，就这样宝贵的时间被耽误了。当大军行到怀来附近时，由于锱重还没有赶到，于是王振下令原地驻扎等待。如果这时英宗能够进怀来城驻守，那么历史将被改写，不过历史就是历史，没有那么多的假设，就在怀来城外的土木堡（今河北省怀来县以东20里处），明军被也先军赶上，并包围。也先切断了明军的水源，明军被困死地。也先假意议和，趁明军不备，发动总攻。明军全军覆没，英宗被俘，王振被明将樊忠杀死，英国公张辅、兵部尚书邝野等大臣战死。这就是着名的“土木之变”。英宗也开始了他一年的北狩生活。
英宗被俘后，也先觉得非常难办，是杀是留无法决定。好在也先的弟弟伯颜帖木儿认为英宗奇货可居，劝也先留下英宗，他的提议得到了也先的认同，英宗也得以保全了性命。英宗被俘的最初一段时间，也先总是带着英宗到处招摇撞骗，但都遭到了明朝边将的回绝。不久孙皇后与朝廷重臣立成王朱祁钰为帝，年号景泰，这样朝廷上下都安定了下来，同时皇帝也明发诏谕，不许私自与也先联系。这样，也先想靠英宗大捞一把的计划失败了，于是气急败坏的也先率领瓦剌精锐骑兵浩浩荡荡杀奔北京，明朝方面早已做好了准备，北京军民在兵部尚书于谦的带领下给也先军以沉重的打击，也先率队败回蒙古。