朱全忠率军尚未入关，唐王廷却发生了变故。神策军大将孙德昭经常愤恨宦官任意废立侮辱天子，崔胤想策动他起事，因此派亲信石戬和他一起游玩，乘机观察，孙德昭饮酒过量以后经常哭泣。崔胤揣摸得他的情况，就让石戬游说他说：“自从刘季述废立天子，天下人都瞩目此事，武夫义臣也都扼腕思愤。今日反者刘季述罪大恶极，很多人迫于刘季述的威权，不能有所作为。您若能乘机诛杀这两个奸贼，迎复天子，就会功成名就，名垂青史。您如果不早作打算，恐怕别人会抢先一步。”孙德昭顿受鼓舞，连声称是。石戬就把崔胤的计划告诉孙德昭，孙德昭允诺。崔胤与他斩带盟誓。十二月的一天，孙德昭埋伏兵士诛杀刘季述，迎昭宗重登帝位。昭宗即位后论功行赏，要进位崔胤为司徒，崔胤坚辞不就，以示谦虚。但他还是辅领朝政，兼领三司诸使，执掌大权。昭宗对他更为信任，召见时有时竟然不喊他的名，而只以字称呼，一时宠爱万千，无与伦比。
挟君专权，助纣为虐
鉴于刘季述之乱，昭宗复位以后，更迫不及待地要尽除宦官，便命崔胤、陆宸分掌左右神策军，尽夺宦官兵权。诏令遭到神策军将领反对，不能施行，只得用宦官韩全海为神策军中尉。崔胤病急乱投医，居然想利用李茂贞来制宦官，就暗中邀请他遣兵三千进驻长安，以为援助，谁知事与愿违，李茂贞早与韩全海有勾结，凤翔兵进驻长安，反而助长了韩全海等一伙宦官的气势。昭宗与崔胤谋诛宦官，事机不密，尽为韩全海所知。于是，在韩全海的唆使下，李茂贞表请昭宗驾幸凤翔。崔胤则暗中致书朱全忠，声称奉密诏命朱全忠发兵迎圣驾。朱全忠得书，一面表请昭宗移驾洛阳，一面进军关中。
天复元年(公元901年)，朱全忠攻下河中，进逼同州(治今陕西大荔)、华州，华州韩建不敢抵抗，自动乞降。韩全海因为知道崔胤与朱全忠互通声气，害怕崔胤会引来朱全忠进京诛灭宦官，就上奏昭宗想罢免崔胤。但还没来得及实施，朱全忠已经逼近长安，形势危急。韩全海仓惶挟持昭宗逃往凤翔节度使李茂贞处，崔胤等一批朝官不肯随行，留在长安。
崔胤召朱全忠以武力迎回昭宗，令太子太师卢渥率群臣迎朱全忠。朱全忠入长安，接着继续向风翔用兵。不久，包围凤翔，断其外援。李茂贞久困孤城，十分惶恐。朱全忠上表为崔胤声冤，自此引起昭宗对崔胤的顾忌。昭宗下诏怪责崔胤，崔胤以工部尚书(掌工程营运)罢相，不久出居华州。
开始，唐天复年间后宫宦官迫于崔胤权势，纷纷对他低头。每次君臣在宫中议事，都要谈论诛灭宦官的事。韩全海等人秘密知道消息，都在昭宗面前恳求哀哭。昭宗就让崔胤以后议事都密封奏上，不再当面陈述。宦官们愈加害怕，更想知道他们的计划，就请求后宫宠妃宗柔等刺探消息。崔胤计谋稍有泄露，宦官们相对哭泣，内不自安，所以劫驾凤翔之心愈加坚固。
崔胤在华州时，极力为朱全忠出谋划策，助纣为虐。公元902年，朱全忠暂时引兵还驻河中，崔胤在渭桥迎接，设宴接风，举酒杯为朱全忠祝寿，丑态百出。不久，朱全忠继续兵围凤翔，李茂贞不敌，终于在天复三年与唐昭宗密谈，表示愿意诛杀宦官韩全海等人，礼送昭宗回长安，请求昭宗诏令朱全忠，准他乞和，昭宗应允，同时急召崔胤到凤翔。连续发出七道诏令，崔胤都托病推辞。李、朱讲和之后，昭宗回长安，崔胤率领朱全忠军在道旁迎接，假作殷勤。不久，崔胤又拜平章事，进位司徒。这时诛杀宦官的时机已经成熟，崔胤奏称：“高祖、太宗时不用内侍宦官典掌禁军，天宝以后宦官权势上升，德宗分禁军羽林卫为左右神策军，让宦官执掌。此后宦人参掌机密，权力日大，以至他们插足内务百司。宦人相互勾结，多为不法之事，朝廷微弱，祸始于此。臣因此请求罢免左右神策军以及其他由宦官插手的职务。”他以此为借口，在李茂贞和朱全忠的配合下，将朝中宦官数百人一网打尽。同时又颁诏诸镇，要他们尽杀所在监军宦官，除河东、剑南的宦官因与节度使关系密切保住性命外，其余各地的宦官基本上被杀光了。唐中叶以来，历时一百多年的宦官专政之祸，至此结束。
宦官既诛，崔胤与朱全忠勾结，更是专权恣肆。他先后逐杀宰相卢光君、苏检诸人，排斥从幸近臣陆展等30余人，只留下一个孤立可制的裴贽与己共同辅政。昭宗的举止全部取决于崔胤，臣下都敢怒而不敢言。崔胤积极为朱全忠控制朝廷服务，他谏议以皇为元帅，而让朱全忠为副元帅，以褒扬朱全忠迎驾之功。朱全忠利用皇子辉王年幼，想立他为皇太子，以便于自己日后夺权称帝。崔胤向昭宗进奏此事，昭宗说：“濮王(皇子)年长，怎么办？”昭宗对崔胤的这种无理之请非常愤慨，回宫与学士韩偃商量对策。但韩偃早就与崔胤有勾结，因此无可奈何。
朱全忠引师回开封，群臣列班相辞，唯有崔胤一个人到灞桥置酒相送，很晚才回。昭宗问他：“朱全忠好吗？”又设酒与他相饮，命令官人为舞剑曲，夜半才出宫。昭宗又赐他两个宫女，崔胤假惺惺推辞一下就接受了。这时天子孤危，威令尽失，崔胤挟主专权到这种地步，可谓历代少见。
祸及自身，走狗自烹
昭宗从凤翔回长安之后，崔胤揣摸到朱全忠将要篡位，考虑到自己身为宰相，恐怕终有一天会祸及自己，因此想自己掌握一支军队以自保。他假意对朱全忠说：“京师长安迫于李茂贞的压力，不可以没有战备，终须要募军自保才是上策。今京城禁军，如左右龙武羽林、神策诸军，战斗力均已丧失。因此我想招募一支守城的军队。”他以京兆尹郑元规为六军诸卫副使，陈班为威远军使，负责这件事情。朱全忠心里明白他的意思，但还是允诺了。崔胤于是就毁坏寺庙佛像，炼铜铁铸造兵器。
朱全忠暗中早有防备。他偷偷地让部下数百人应募，并且让他的儿子朱友伦入宫宿卫，以此牵制崔胤。但终于有一件事情，坚定了朱全忠杀死崔胤的决心。朱友伦喜欢马球之戏，但在一次马球比赛中却坠马身亡。朱全忠怀疑是崔胤暗中所为，极为愤怒。而且此时传闻崔胤想挟持昭宗出幸荆襄，朱全忠却想挟持昭宗到洛阳，企图“挟天子以令诸侯”，二者相背，因而对崔胤更为不满。他秘密上表弹劾崔胤专权乱国，请昭宗诛杀他。昭宗马上下诏，把崔胤罢相，贬为太子少傅(太子老师)，朱全忠又令兵士在开化坊崔胤府第诛杀崔胤。长安人士听说崔胤被杀，十分振奋。市人纷纷向他的尸体上投掷瓦砾砖石以泄其忿。崔胤死年51岁，时在唐天复四年(公元904年)正月。
崔胤罢相三日后身亡，他死十日后，朱全忠劫持昭宗迁都洛阳，征发长安居民东迁，自渭水循黄河东行，老幼系路，啼号不绝。百姓都纷纷大骂：“国贼崔胤引导朱全忠毁坏社稷，使我们沦落到这种地步！”开始，朱全忠虽然强据河南，但顾虑到列强诸侯相持，还不敢有称帝之心，等到崔胤因为朝中矛盾与之相结纳，朱全忠终于取得朝权以成强大，灭亡唐朝，而崔胤落得个身亡家灭。世人传言崔胤父崔慎曾言晚年无子，因为得遇异僧，以方术求教，才生崔胤，字叫做缁郎。崔胤入相以后，他的叔父曾感叹说：“我父兄刻苦以支持门户，最终将会为缁郎坏其名声！”不幸而言中。
大唐帝国的雄浑阔大至今犹为多数国人所向往。比较百年来屈辱的近代史，大唐的确会让人重新想起很多东西。然而大唐宏阔壮美的梦也一样会花开花谢，每一帝国衰亡之时，总有一样的权相，一样的奸佞。中国的封建王朝史竟是如此的相似。
晚唐五代的中国史可谓动乱。人言乱世出英雄，但却也多奸佞小人。晚唐诸相之中，崔胤可算亡国害民之大者。尽管唐王朝后期面临着个人无法解决的危机，但毫不夸张地说，大唐之亡，崔胤难辞其咎。历史是公正的。