然而，在新的计算机软件保护制度已经实施后的今天，以下问题依然困扰着关注软件产业发展及法律保护问题的许多人：①软件盗版问题依然严重；②软件产业发展水平不高，软件开发能力不足；我国软件产业的优势大多集中在财务软件、教育软件、翻译软件等应用软件领域，而在系统软件、支撑软件等高端软件领域几乎没有自主知识产权的产品。③软件保护的法律体系还不够完善——专利保护问题、着作权法与软件保护条例之间的关系问题、其他单行条例的制订问题、刑事保护与民事保护的配合与协调问题，等等，都有待于进一步的研究与探讨。④通用软件用户明显感觉并抱怨的软件价格过高。⑤软件供应商在如此庞大的市场需求面前营利微弱甚至亏损。⑥社会各界面对新问题在理论与实际操作上都感觉力不从心。⑦软件供应商与社会公众之间的对立情绪依然较重。基于制度重于技术的理念，我们把更多的目光投到软件产业的发展环境上。现有及潜在的巨大市场一直是中国软件产业发展的优势因素，缺乏健康有序的市场机制却成为软件产业发展的制肘。其中最突出的问题就是盗版问题。
目前全球计算机使用的软件超过三分之一为非法的盗版软件，而该现象在中国也很严重。2004年6月29日，信息产业部电子知识产权咨询服务中心和中国软件行业协会共同发布的《中国软件产业发展环境调查报告》中，盗版也是该报告十分关注的问题。盗版制约了中国软件产业的发展这是个不争的事实。
据人民日报的一项调查显示，26%的中国软件公司认为软件的非法复制、分发和安装是其软件开发的最大阻碍因素。盗版造成的损失限制了公司在开发软件产品上的投入，从而使得软件企业在发展核心技术和核心产品上存在着资源严重不足的情况。
在中国从事通用软件开发与销售的企业，随着其软件应用的普及，盗版率也随之上升，最高的盗版率超过90%。而软件的专用性越强，其被盗版的可能性就越小。我国软件企业在遭受了长期的盗版打击后，被迫向定制软件或其他市场转移，最终导致因软件盗版问题使软件产业的整体结构出现失衡。事实上软件盗版所带来的损害甚至已经超越了软件行业本身，对中国的经济运行也产生了不好的影响。盗版不仅直接损害了生产、销售正版软件的软件开发商和销售商的利益，而且也会因妨害软件业的健康发展而最终损害广大计算机软件用户的利益，与此同时，盗版行为的违法性也决定了盗版者不可能依照税法的规定向国家纳税，否则将意味着盗版者将其违法所得额公之于众。至于正版软件价格过高的问题，应通过大力发展软件产业而解决。严厉打击盗版，强化计算机软件的版权保护是促进我国软件产业发展的法律保障。
由我国软件产业的现状可以看出不完善、不十分有效、不很切实可行的计算机软件版权制度已经制约了我国软件产业的发展，而且对我国经济也产生了消极影响。因此我国需要更为有效和更为完善的计算机软件版权制度，为我国软件产业的发展创造良好的环境和激励机制，更好地促进我国经济发展。由以下数据可以很明显地看出我国如果采取有效的计算机软件版权制度将会对我国经济产生的巨大促进作用。据IDC的一份调查报告显示，中国是IDC研究的各国当中，最能够因反盗版而获益的国家。中国的软件正版水平如果能够提升10%，就能带来惊人的——除可增加1220亿美元的整体利益外，国内产业收入也会因而增加840亿美元。中国政府更可因此而增加100亿美元的税收，用于各项建设与服务。除此之外，还可创造上百万个高薪的高科技工作机会，相当于中国目前IT产业总就业人数的两倍。IDC调查还说，高科技企业推动着中国的经济成长，软件产业自1996年以来已成长四倍。在软件与IT服务的强劲市场需求刺激下，IT产业的经济利益不断提升，成长速度平均每年近27%。从1995年至2001年间，中国IT产业增加了153亿美元，同时创造了超过60万个IT领域的工作机会。IT产业是近年来中国成长最快的产业，且具有惊人的成长潜力。基于中国经济之快速增长，中国政府如能尽早降低国内的盗版率，获益也会越大。
因此当前应首先完善我国的计算机软件版权制度，在完善时注意坚持知识产权保护适度化原则。因为知识产权制度的重要意义在于平衡，过分强调某一方的利益都必然会损害对方的利益，最终影响这一制度未来的发展。现阶段我国的知识产权保护应当关注社会公众的利益，与我国发展中国家的国情相适应，力求最大限度地发挥知识产权的激励创新作用，同时注重对权利的限制。而且应当使制定的计算机软件版权制度切实可行。其次，制度本身存在着缺陷，而制度作用的发挥还需要在一定的环境中。建立软件产权制度仅仅是软件知识产权保护的第一步，更重要的是软件知识产权保护的切实执行。政府在软件产业知识产权保护上建立更强有力的机制，对于软件产业的长期稳定发展具有不可低估的作用。严格执行《计算机软件保护条例》，对计算机软件着作权人和最终用户都是有利的。严格执行《计算机软件保护条例》是软件着作权人以较低的价格出售软件也能赢利的重要条件；严格执行《计算机软件保护条例》将极大地提高软件开发商开发新软件的积极性，促进我国软件业的健康发展，造福于广大计算机软件用户。此外，还要提高全社会的知识产权意识。一种制度得以建立、贯彻和实施，必须有群众基础，而这种基础中最根本的是实现公众观念的转变。一种文明观念的流行并不是短时间内可以完成的。目前我国软件企业知识产权意识淡薄，没有真正建立起知识产权工作制度。在《中国软件产业发展环境调查报告》中，30%的软件企业对《计算机软件保护条例》表示不了解。在我国，绝大多数软件企业没有建立专门知识产权管理机构，内部制度建设尚不完善，激励约束机制不强。因此当前应深化改革，建立和完善与软件企业发展相适应的知识产权管理机构与制度。
（三）计算机软件版权制度的局限性
计算机软件版权制度虽然保护了软件知识产权权利人的利益，激励了技术进步，促进了经济发展，但同时其自身仍存在一定的缺陷，主要表现为以下几个方面：
第一，以版权制度保护计算机软件存在着缺陷。关于版权保护的缺点学界也有很多论述，主要有：（1）版权法一般只保护计算机软件的思想的表达而不保护计算机软件的内涵，这意味着计算机软件中最有价值的构思技巧和技术方案反倒不受版权法保护。（2）版权法保护难以避免软件重复开发且易导致侵权。（3）版权法保护没有赋予软件权人以专有使用权。（4）版权保护过长的保护期不适应计算机软件更新换代较快的特点。（5）版权法的保护主体是软件开发者，而计算机软件权由于具有工业产权性质，所以法律应重在保护软件生产者的利益。从而提出软件保护的诸多观点，如加强专利保护、多种方法综合保护、专门立法保护等等。
第二，由于随着计算机和网络技术的发展、应用，使得版权制度保护客体扩展到了计算机软件、网络信息和数据库，版权领域出现了一系列新的法律和法令。虽然这些法令的产生适应了技术发展和保护作者版权的需要，但同时对科学研究过程中获取信息的自由产生了不利的影响。计算机网络技术的发展，产生了一个严格意义上的悖论：一方面网络技术使得人们获取信息变得更加容易、快捷，另一方面旨在限制其传播的技术保护措施和“数字权利管理模式”，又限制了人们获得信息的途径。根据传统版权法理论和制度设计安排，合理使用制度是可以保障人们为了个人学习、科学研究而不经作者和版权所有人的同意而“合理使用的”。但是在数字化时代，合理使用的范围因为版权所有者的“数字权利管理模式”而被大大地缩小了。现代技术使得网络上侵权行为变得更加容易了，为了防止侵权和盗版，网络商都采取了技术保护措施。通过这些保护措施，可以防止人们对网络信息的接触、有限的复制和存储，实际上大大地限制了人们合理使用的范围。
第三，知识产权作为一种保护知识产权权利人的私权，禁止或者限制不劳而获、无价而取的行为，从而激励知识创造和知识扩散与利用，其最终目的是为了实现全社会的科技进步、文化繁荣、经济发展。因此要求知识产权制度在保护知识产权权利人的同时，还必须注意对公众利益的维护。因为知识产权制度对知识产权人专有权利的确定便是对社会公众的一种义务要求和权利限制，如果一味强调保护知识产权权利人的利益，而忽视社会公众利益，使得社会公众举步维艰，动辄触犯知识产权，其后果可能造成全面压抑知识创新，阻碍知识传播和使用。而软件作为智力成果，它总是要借鉴在先的研究成果并取得进步。以微软为例，它的Windows用的是Xerox和Apple的技术，Excel是Lotusl-2-3的发展，Web浏览器是借助网景公司的浏览器，Word则来源于Word Star和Word Perfect。所以如果允许过分的垄断，将不利于科技的进步。过分的垄断还容易给版权保护概念带来混乱，使软件开发商无法了解计算机程序版权保护的最终边界究竟在哪里。一项在开发过程中还未被社会认为是侵权作品的软件，投放市场后的某个时间却会突然受到侵害版权的指控。这种情况只会加强那些资格老，产品技术雄厚的大型公司的垄断地位，而给竞争性产品、兼容性产品的开发者带来重重困难，使得后来的中小型公司们感到茫然不知所措。由此我们应对软件这种知识产权适度保护，使其充分发挥计算机软件版权制度的积极作用，平衡好个人利益和公众利益。
第四，计算机软件版权制度应和其他法律制度相结合，才能更好地促进经济发展，仅仅以计算机软件版权制度保护软件产业存在着缺陷。在我国知识产权的内部立法中过分倾向权利人的利益，使权利滑向了滥用的深渊。这种立法失衡现象已对我国企业造成了很大的消极影响。一方面，正是因为没有反垄断法，微软虽然在美国、欧盟、我国台湾地区、日本等地相继遭到垄断指控，但在我国却安然无恙。即使已经存在垄断市场、滥用权利的事实，也正是因为没有反垄断法，当美国软件企业思科起诉我国软件企业华为时，华为就失去了在“主战场”以反垄断为由进行还击的机会。另一方面，与反垄断法互为补充的反不正当竞争法，在“定位”上发生了偏差，更侧重于对知识产权进行“兜底”保护，而没有确立限制知识产权的立法思想。我国的反不正当竞争法也需要“与时俱进”，将调整重心转到对知识产权的权利限制上，对知识产权滥用的不正当竞争行为加以规制，以维护公平的竞争秩序。因此为了给软件产业创造更好的发展环境，应当制定相应的反垄断和反不正当竞争法，对知识产权权利人进行一些限制，避免权利被滥用。
可见，计算机软件版权制度作为一种知识产权制度绝非无弊端，只要其利大于弊或通过趋利避害使其最终利大于弊，就不应否定它。至于创作者与使用者权利义务的平衡方面出现的问题，可通过不断完善“权利限制”加以解决。该制度中对我们自己的长项保护不够，也可通过增加相关的受保护客体加以解决。要防止超水平保护和忽视社会公共利益的倾向，又要充分发挥其利益平衡机制的作用，寻求智力创造者和社会公众之间利益的最佳结合点，有助于它的健康发展和更好地维护各方的利益。
（四）计算机软件版权制度的经济学分析
虽然计算机软件属于作品范畴，但是计算机软件与一般的文学作品相比，有其自身的特点，即计算机软件的创新存在溢出效应。
溢出效应是指“一个经济主体的行为对另一个经济主体的福利所产生的效应，而这种效应并没有通过货币或市场交易反映出来。”完全竞争可以导致资源的有效配置，是在经济活动不存在外部性的假定下的。一旦经济行为主体的活动产生外部性，运行结果将不满足帕累托效率条件，市场资源配置效率受损。
计算机软件亦称“程序系统”或“软设备”，它是提高计算机使用效率、扩大计算机功能的程序总称。软件开发是一个技术创新的过程，凝聚着大量的知识和开发人员的创新劳动，是研究开发者独特思想的表现形式，是一种智力成果，是技术性无形资产。软件创新成果以新产品出现，包含了新的知识。当创新产品进入市场时，信息在商业活动中溢出，受新产品高利润的驱使，相关企业纷纷通过正常或非正常的渠道，对创新产品的有关信息进行分析、研究，对创新产品进行“反求”、模仿以期分享创新者的利益。软件产品表现为一组程序，它的特点是创新成本高，但是传播成本较低，极易被他人学习、盗版、复制，而且整个过程迅速、隐蔽，所以软件创新存在较大的溢出效应。