一、构建中国知识产权保护制度的理论基础
从新制度经济学的产权、交易费用出发来分析：如何判断知识产权的保护是否有利于知识和经济的发展并确定一个标准来做出这个判断。
（一）历史上有关知识产权保护的理论
1.专利是鼓励发明所绝对必需的
边沁的观点：建立思想产权制度使社会能够得而不失“要做到一分耕耘，一分收获，专有特权是绝对必需的”，因此“发明者无望得到收获，就不会费力耕种”。同时，边沁认为专利制度是“不花费任何代价的”。
克拉克的观点：如果专利物是社会在没有专利制度时就完全得不到的东西，那么，发明者的垄断就不会损害任何人，他的收益在于，即使他享有这些收益，任何人也不会遭受损失。
2.专利制度基本是多余的
陶西格的观点：他认为专利制度大体上是不得不失的。虽然他对思想的创新给予了很高的社会评价，但他把发明看成是主要来自哲学家的“发明直觉”——“发明者们天生具有不可抗拒的动力，从小就开始计划和实验，并且殚精竭虑。”
庇古的观点是：专利法并没有明显地刺激发明活动，这些发明活动在很大程度上是自发的，但它们切实可以把发明活动引入一般有益的渠道。
（二）知识产权保护制度分析的理论基础
科斯在《社会成本问题》这篇文章中提出了“问题的相互性”的概念，即：如果让牛继续吃农民的谷物，那么农民将受到损失，如果禁止牛吃农民的谷物，那么养牛者将同样会受到损失。在知识产权保护中也同样存在这样的问题，知识产权的发明者可能会由于他人的盗用而遭到损失。同时由于知识产权保护的存在使发明和创造形成一定程度上的垄断，使其他人必须支付一个较高的价格才能使用这项知识产权，非知识产权所有者也会因此遭受损失。继续我们的分析，如果我们禁止对知识产权的保护，那么社会对发明创造的激励会严重不足，从而使科学技术的供给严重不足，最终使社会发展的速度降低，使社会总体福利降低。相反，如果我们对知识产权予以完全的保护，正如前面的论述，也会使社会总体福利降低。
理解“问题相互性”的关键是理解个人成本和社会成本之间的差异。由于知识产权自身的特点，使新技术的创造者往往无法获得此技术的全部收益，从而使发明创造者的个人成本要高于社会成本。这个差异会降低对人们从事发明创造的激励，从而使科学技术供给不足。因此，问题的解决办法就是要消除个人成本和社会成本之间的差异。只要产权界定清楚就可以通过交易来使个人成本和社会成本一致。
根据阿尔钦的定义：产权是一种通过社会强制而实现的对某种经济物品的多种用途进行选择的权力。属于个人的产权即为私有产权，它可以转让——以换取对其他物品同样的权利。私有产权的有效性取决于对其强制实现的可能性及为之付出的代价，这种强制有赖于政府的力量、日常社会行动以及通行的伦理和道德规范。
可以看到，产权是一组权利，而这些权利的获得是通过社会强制获得的，它的获得不是无成本的，而是要付出代价的。而这里所说的代价就是新制度经济学里常提到的交易成本。巴泽尔把交易成本定义为“与转让、获取和保护产权有关的成本。”如果完全保护和完全转让产权的成本达到非常高的程度，那么结论就是，这些权利是不完全的。因为人们将发觉得到“他们”资产的全部潜力是不值得的。
如果交易成本大于零，产权就不能被完整地界定。这些资产的属性，未来的所有者不完全知道，现在的所有者常常也不知道。资产转让必须承担的成本，来自交易双方确定这些资产有价值的属性是什么和获取这些属性的尝试，这些属性的界定是很不完善的，因为完全界定的成本是高昂的。由于有了这样的交易成本，其他方面有吸引力的交换就会被放弃。
从以上我们的分析中我们可以得出这样的结论：如果要使知识产权的发明者得到充分的激励的同时不降低社会的整体福利就要遵循这样一个基本原则——通过花费一定的成本即交易成本来确定发明创造的产权归属，通过市场交易使个人成本和社会成本相一致。从而达到这样一个目的：使知识产权所有者获得充分激励的同时也不致降低社会的整体福利水平，使社会形成一个良性的发展的过程——使知识、技术的发明者获得合理的收益的同时也使社会整体上能以一个较低的成本获得它。
（三）对现存知识产权保护制度的经济解释
根据上面的分析我们就可以解释我们现在的知识产权保护制度对有些发明、创造不给予保护，而对有些知识产权给予保护，但这种保护也是有限的（时间上、地域上）。我们可以利用个人成本、社会成本和交易成本来分析这些现象。
1.基础研究不能获得专利的原因
这是由基础研究的特点决定的。因为基础研究排他性很差，也就是说发明人如果运用他的发明成果，非发明人很容易模仿和盗用。因此，给基础研究成果确立产权的费用（交易费用）是非常高的。即便是要确立它的产权那也是不完全的，社会花费了一定代价为它确立很不完全的产权意味着基础研究成果的发明者并不能获得充分的保护也不能从他的发明中获得应有的收益。从上面的分析可以看出，给基础研究成果赋予专利权的交易成本是非常高的。正是因为如此，一些对社会发展有重要意义的基础研究一般都是由国家来承担开发费用的，并免费提供给社会使用的。这种做法恰好实现了我们前面提到的确立知识产权的目的。因为政府承担的开发费用是通过税收筹集而来的，也就是说基础研究的费用是由全社会成员承担的，而全社会成员均可以从中收益。但这也不能实现我们建立知识产权制度的初衷——确立知识产权，通过市场交易使个人成本和社会成本相一致。因此，我们认为完全依靠市场机制，会产生对基础研究激励严重不足的后果，最终有可能导致没有人愿意从事基础研究。基于此，我们可以看到不论在我国还是在西方发达国家对一些投资大的基础研究，都安排以极低的费用以减小基础研究的个人成本和社会成本的差异。
2.对知识产权保护期施以限制的原因
大部分的发明、创造是专用性很强的技术，它一般只能在本企业或本行业内使用，对其他行业的价值一般不大。在这种条件下，如果有人模仿或盗用该发明者的知识产权时，发现这种侵权并对侵权人进行惩罚的成本是相对较低的。即对这类发明、创造确立知识产权的交易成本是相对低的。因此，他们可以获得较完整的产权。既然已经获得了产权，为什么还要对它的保护期限进行限制呢？这时我们就要从个人成本和社会成本的角度来看这个问题了。知识产权的获得就意味着人为的使这类知识资源产生了稀缺并使知识产权人获得了垄断权，这就使社会必须以较高的价格使用它。起初这种高价是合理的，因为我们赋予它产权就是为了使它获得收益权，而初期的高价就使知识产权的所有者获得了这个收益，并使个人成本、社会成本趋于一致。但是，如果这种垄断权不加以时间的限制的话就使社会长期的以高价获得这种知识资源。这时就会使社会承担很高的代价。从这个角度来看，对知识产权保护期的限制就是合理的。它保证以较低的交易成本使知识产权的个人成本和社会成本趋于一致，使个人得到充分的激励的同时提高社会的整体效率。
（四）知识产权保护制度与经济增长
知识产权制度是创新持续的动力。虽然世界各国发展的进程参差不齐，但经济增长却始终是一个客观存在的事实。在很长一段时间里，人们一直认为经济增长的原因仅仅是人力资本和其他资源量增加的结果。近半个世纪来，一些新兴产业的兴起，尤其是20世纪90年代开始信息产业带动经济持续高增长低通胀，人们逐渐意识到：技术创新是经济增长的主要根源。技术创新导致了产业革命，并使人类的生活环境飞跃发展。早在1957年美国经济学家索罗（R.M.Solow）在他的论文《技术进步与总生产函数》中对经济增长中技术贡献的量作出了令人信服的估计，这篇文献在历史上首次给出了一个测度技术进步在经济增长中贡献的规范方法。然而，法学家和制度经济学家们却有更深刻的忧患和思考，认为创新在一般情况下是人类智慧的一种偶发性活动，它对经济的刺激和带动也可能只是局部的、间段的，如何使这些随机的点串成线段、线段连成无限延伸的直线，也就是说使人类的技术创新成为一个持续的、不间断的活动，激励技术创新的制度问题便被重视起来。一位诺贝尔经济学奖获得者指出：“先进技术是经济增长的一个允许的来源，但它只是一个潜在的、必要的条件，本身不是充分条件。如果技术要得到高效和广泛的利用，就是说，如果它自己的进步要受这种利用的刺激，必须作出制度和意识形态的调整，以实现正确利用人类知识中先进部分产生的创新。”发展经济学权威刘易斯（W.ArthurLewis）也向我们提出了令人深思的问题，“为什么在某些社会可以看到这些因素正在有力地发挥作用，而在另一些社会却不是这样，或者在某些历史阶段这些因素在有力地发挥作用，而在另一些阶段这种作用却很小。什么环境最有利于这些因素的出现呢？”他把注意力转向了制度的功能上。他认为，在制度和经济增长之间存在着某种关系，其结果是限制或促进着经济增长。
事实上，对于制度与经济发展之间的关系并不是从刘易斯那里开始研究的。在20世纪20～30年代，西方的制度经济学派就已经开始用一些经济模型研究制度与经济之间的关系，到50年代中至60年代末是经济增长理论的黄金时期。刘易斯的研究结论是制度和经济增长之间存在着一致性，具体表现为“制度对增长的促进取决于制度把努力与报酬联系起来的程度，取决于制度为专业化和贸易所提供的范围，以及制度允许寻求并抓住经济机会的自由。……制度可能是沿着有利于增长的方向变化，但也可能是沿着限制增长的方向变化。”刘易斯认为，人们应当研究哪些制度有利于增长，哪些制度不利于创新或投资，然后，再进入观念的领域，提出什么原因使一个国家创立了有利于增长而不是制约增长的制度？从严格意义上讲，历史上最早的创新激励制度，是已有400年历史的专利制度，其标志是1624年英国颁布的《垄断法规》，它也是近代专利保护制度的起点。从法律上确定专利权这种无形资产的产权，极大地推动了技术创新活动。可以这样说，18世纪60年代英国开始的产业革命，没有专利制度是难以发生的。知识产权法是一系列保护知识资产的制度，它的目的在于通过赋予一定的人的某种权利或法律地位，保护权利人的权利，鼓励生产知识资产，促进科技、文化和艺术等事业的进步。
《中华人民共和国专利法》第一条规定专利法的目的是：“为了保护发明创造专利权，鼓励发明创造，有利于发明的推广应用，促进科学技术的发展，适应社会主义现代化建设的需要，特制定本法。”《中华人民共和国着作权法》第一条规定：“为保护文学、艺术和科学作品作者的着作权，以及与着作权有关的权益，鼓励有益于社会主义精神文明、物质文明建设的作品的创作和传播，促进社会主义文化和科学事业的发展与繁荣，根据宪法制定本法。”可见两法均以促进文化、科学进步、社会经济发展为目的。微观上，法律为保护知识产权权利人的权利，提供了一种制度基础，使权利人的智力劳动能得到回报、并取得经济效益的可能性，从而调动了人们从事创新活动以生产更多的知识资产并将它们提供给社会的积极性，使社会也同时受益，形成了一种良性循环机制。宏观上，也就是从社会公众利益的角度，经济增长取决于知识的增长，科技和文化的进步将会提高一个国家的生产率，促进一个国家生产的总量和人均值的增长，从而也促进了一个国家的经济增长。