一是我国水运管理机构类型较为复杂，管理主体既有行政机关，也有事业单位。而事业单位实施行政执法行为，于法无据。
二是虽然经过多年改革，很多地方将海事、运政、港政、港监、船检等诸多职能集中于一家管理机构，大大减少了管理交叉、政出多门的现象，但职能交叉、职能冲突现象依然存在。例如，交通运输部水运局主要从航运企业经营资质的角度对航运市场进行管理，而交通运输部海事局则要求航运企业建立安全管理体系。
二者的管理在部分内容上是重叠的，既浪费行政资源，也给行政相对人增加成本。又如，船舶检验机构向来被认为是保证船舶安全和数量的第一道防线，但体制沉疴、市场变化等因素使船舶检验的监管缺位。国内船舶检验机构分为CCS（中国船级社）和地方船检两块。除CCS理清体制、实现国际接轨外，地方船检因为体制原因，没有彻底与地方海事、港航部门分开。
三块牌子（港航、船检、海事），一套班子，工作经费来源靠收取船舶规费维持。如果不检验或少检验，各种规费就无依据进行收取，这样就失去了维持正常工作而赖以生存的条件。不得已迫使监管部门放宽了对有些船舶的准入关口，对一些不该审批的项目进行审批，忽视了同类型船舶数量的增多对航运的冲击。
三是不同地区的水运管理部门机构设置名称不统一。由于没有明确的法律或行政规定，各地水运管理机构的设置存在很大的随意性。如同为“港航管理局”，在有些地区是管理港口和水路运输的部门，在有些地区却仅仅负责水运基础设施建设。各地水运管理机构设置的差异给各级管理部门在沟通和协调上造成阻碍，也不利于航运企业的业务开展。
建议对目前的水运管理体制进行改革，建立综合的水运管理体制。在发展综合运输体系的要求下，设立水运的综合管理体制势在必行。打破目前分散设置的水路运输、港口管理、航道养护及基础设施建设管理部门职能分隔的现状，以服务航运企业的发展为宗旨，设置综合性的水运管理机构，通过法律或行政法规，明确水运管理机构的性质，并将决策权、审批权与监督处罚权相分离。
5）加大国家政策支持
目前，国家已经加大了对内河水运的政策支持力度。《全国内河航道与港口布局规划》中，已明确了中央政府建立内河水运建设专项资金渠道、各级地方政府安排财政性投入的建设资金渠道。以建设长江黄金水道为重点，2009年5月，国务院出台《长江干线航道总体规划纲要》，计划未来11年里投入资金430亿元，加强长江干线航道整治和装备建设。
但是，除了基础设施建设，我国还可借鉴欧美的实践经验，对内河航运实施倾斜政策，如对内河航运实施补贴、船用燃油不纳税、对船舶制造实行补贴，以行政和经济手段鼓励船舶更新和推广应用新船型，鼓励水运环保技术的研发和应用、鼓励水陆联运、促使公路货运向水运和铁路分流。此外，由于内河水运涉及水利、电力、环保、城市发展等方面，受部门、地方对水资源的不同需求驱动，造成了在水资源开发中形成的合力不足，兼顾不够，发展内河水运的协调难度大，水资源综合利用不充分。为此，需要国家出台相关政策，以利于各部门的统筹规划、协调配合。
6）完善水运相关法律体系
一是要完善内河航运的法律体系。目前，我国虽已出台《港口法》、《水路运输管理条例》、《内河交通安全管理条例》、《航道管理条例》等，但这些法律法规未完全适应现代航运业的发展。
应尽快建立以《港口法》、《航道法》、《航运法》、《水上交通安全法》、《船员法》等为龙头，以相应的《港口岸线管理条例》、《航道管理条例》、《水路运输管理条例》、《国内水路运输条例》、《内河交通安全管理条例》等为骨干的配套水运法律法规体系，与《水法》、《环境保护法》等内河水运发展关系密切的法律、法规一起，构筑起完备的内河航运法律体系，给内河航运发展提供一个合适的法制环境，有利于消除制度障碍，打破地方封锁，形成统一的航运市场，建立健全安全监管制度，依法保护合法经营，提高内河运输经营者的积极性。
3.完善公路网结构与功能
在整个交通运输体系中，公路运输是发展最快的，但我国公路发展并不平衡，目前我国东部地区交通得到了很大发展，而中西部地区和农村地区的交通体系还不够完善，使得偏远地区公路发展尤其是高速公路发展还很落后，中西部地区和东部地区差异很大。按照综合交通运输体系的要求，这对偏远地区来说是不公平的，而且也不利于公路运输网络规模效益的发挥。为了摆脱西部地区闭塞落后的状况，就需要加大对偏远地区公路建设的扶持力度，兴边富民，创造一个安定有序的边境经济发展环境。因此，我们认为目前公路建设主要目标是完善路网结构，为此需要完成以下两项重点工作。
1）加快国家高速公路网建设
高速公路是伴随着交通道路建设事业的发展而发展起来的，是构成综合交通运输体系的基本元素，承担着公路交通运输的重任。高速公路的建设改善了我国公路的技术等级结构，刺激了高速公路附近地区的经济繁荣和发展，使我国现在的交通运输体系更加公平、更加和谐。高速公路的社会经济效益主要体现在以下几个方面。
第一，高速公路推动沿线地区产业结构的调整。高速公路所创造的便利的交通条件，使企业能源、原材料得以及时输入，销售产品能够及时输出，为企业降低了流通成本，通畅的运输加速资金周转，为企业创造了利润，高效的物流条件提高了企业的市场竞争能力，为经济的增长构筑了一系列新的增长点。高速公路为高新技术产业创造了良好的区位条件，能很好地促进高新技术产业的发展。
近年来我国在高速公路沿线出现的产业就表明了这一点，如电子信息、机电、新材料、生物工程技术等产业多集中在交通便利的高速公路出入口周围，形成特殊的产业园区。我国的乡镇企业已在我国现代化建设中具有重要的地位，是我国工业化进程中不可缺少的有生力量，其发展更是离不开公路运输。在我国乡镇企业发达的长江三角洲、珠江三角洲地区，各种经济成分的企业竞相向高速公路聚拢，高速公路的走向对企业群体布局有着明显的诱导作用。
第二，推动区域经济协调发展。高速公路的建成对所在区域产生影响，包括经济、政治、环境、文化及社会的各个方面，而对区域的经济影响又是所有其他方面的根基。从另一方面来说，区域经济作为国民经济的基本单元，国民经济的发展正是通过区域经济的发展来实现的，没有区域经济的协调发展，国民经济的发展无从谈起。根据国外的经验，一条高速公路建成后的十年内，产业聚集的效果十分明显，其两端的大城市沿高速公路走向延伸发展，在各个出入口区域形成一系列卫星城镇或经济开发区，并以高速公路为轴线扩散形成产业带。
我国的京津塘高速全线142.7公里，从北京到塘沽11个出入口附近区域，依次布设了北京经济开发区、河北廊坊经济开发区、武清高科技产业区、逸仙园国际科学工业园区、新技术产业园区、程林庄化工新技术产业园区、军粮城新技术园区、天津（塘沽）海洋高新技术园区、天津经济技术开发区等各类经济技术开发区，开发用地面积约70平方公里。这条高速公路产业带被寄希望成为中国北方的“硅谷”带。
第三，带动第三产业的发展。高等级公路的建设，相对缩短了人员交往和商品流通的时空距离，为人与物的流动创造了有利条件，促进了商业、旅游业等第三产业的发展。高速公路不仅促进了沿线旅游景点的开发建设，而且促进了旅游人数及旅游收入的增加。例如，广深高速公路建成后，内地到香港旅游和从香港入境的游客明显增多。沈大高速公路建成后，旅行观光非常方便、舒适、安全，沿线五市旅游人数和旅游外汇收入年均增长速度分别高出全省平均水平1.3%和3.9%。以高速公路为代表的高等级公路使商品流通在更大的空间进行得以实现，扩大了市场的范围。同时公路交通本身就意味着人和物的流动，会带来沿线地区商业的繁荣，促进各类大小集贸中心的形成。高速公路也为沿线旅游业提供了便利的条件，促进旅游景点向纵深拓展。
第四，有利于促进“可持续发展”。据测算，在提供相同路网通行能力条件下，修建高速公路的土地占用量仅为一般公路的40%左右，高速公路比普通公路可减少1/3的汽车尾气排放，交通事故率降低1/3，车辆运行燃油消耗也将有大幅度降低。
根据2004年12月国务院发布的《国家高速公路网规划》，未来30年，中国将建成8.5万公里国家高速公路网。国家高速公路网是中国公路网中最高层次的骨干通道，服务于国家政治稳定、经济发展、社会进步和国防现代化，体现了国家强国富民、安全稳定、科学发展，满足建立综合运输体系及加快公路交通现代化的要求。当时已建成2.9万公里、在建1.6万公里、待建4万公里，其中待建的4万公里中有一半集中在西部地区。
新路网由7条首都北京放射线、9条南北纵向线和18条东西横向线组成，简称为“7918网”。这个网络将连接全国所有的省会级城市、目前城镇人口在20万以上的城市，覆盖全国10多亿人口，并与其他运输方式相互衔接，连接起包括50个铁路枢纽.67个航空枢纽、140多个公路枢纽和50个水路枢纽在内的全国所有重要的交通枢纽城市，形成综合运输大通道和较为完善的集疏运输系统；规划方案将实现东部地区平均30分钟上高速，中部地区平均1小时上高速，西部地区平均2小时上高速，从而大大提高全社会的机动性。
到2010年底，国家高速公路已建成5.77万公里，超额完成规划要求的2010年完成5～5.5万公里的目标。据悉，目前交通运输部正在调整国家高速公路网规划方案（纳入国家公路网规划一起修编），国家高速规划网计划从8.5万调整到15万公里，据称西部地区的四川、青海、西藏、新疆、重庆的很多项目列入了规划，如新疆的4条共计3905公里高速公路被列入了新的规划、四川大概有2000公里、重庆新增1950公里。
在高速公路建设中，应注意以下几点。
（1）不能盲目铺摊子，发展过快。由于公路运输占地多、能耗高、污染重，公路运输不应该是我国交通运输重点发展的运输方式，因而当前公路建设的重点应该是优化结构而不是规模扩张。我国2004年底制定的《国家高速公路网规划》刚刚实施不到6年，就又要调整且是大幅扩大规模。如果该调整是基于路网结构优化和大力发展西部、振兴东北的需要，无可厚非，但既然只是调整，应该是小范围、局部的，而突然从8.5万增加到15万公里，增加了76.5%，显然很难说是局部调整。
如果论证大规模调整非常必要，那只能说明原来计划实施30年的规划制定得太不成熟、太短视；否则，就与当前管理体制下形成的投资冲动有关。交通运输部的政绩之一就是每年新建了多少公路，各省市也是。因此，交通运输部努力向国家要资源、各省市则努力向交通运输部要资源。规划调整的消息一出，各省市都在开会讨论，如何力争将本省市的项目列入规划就成了大家争相活动的目标。在这种体制下，包括高速公路网在内的公路网规划，铺摊子、扩规模一定成为主要目标，而不是如何提高现有路网规模的运输效率、如何提高运输安全、如何更节能环保。
（2）提高现有高速公路网的运营效率。我国高速公路的运营管理还没有形成智能系统。因此必须加速研制和推广“智能高速公路管理系统”，实现对高速公路的智能化管理及交通事故快速预警、恶劣天气引航、调度救援、违章提示、路况信息发布、车辆定位、车辆紧急呼救等功能，以保障高速公路的高效安全运营。
（3）改革高速公路收费制度。目前由于高速公路收费过高，关卡过多，使得高速公路的规模效应未能得到充分发挥。建议通过“薄利多跑”的原则吸引车流，少设关卡，更好地发挥高速公路的规模效应。
2）进一步加强农村公路的建设
农村公路是农村地区特别是欠发达、欠开发地区最主要甚至是唯一的交通运输通道，是我国公路网的重要组成部分，规模大、覆盖面广。农村公路连接广大的县、乡、村，直接服务于农业、农村经济发展和农民出行，是解决“三农”问题的基础条件之一，是社会主义新农村建设的重要内容，是遏制城乡差距拉大、改善交通公平的重要举措，是构建便捷、通畅、高效、安全的综合交通运输体系的必然要求。