总统面临的问题
很多人会说，杰斐逊在当选总统之后，他的人生最高峰就达到了，之后开始缓缓向下滑落，而且他之后也没有什么作为了。更有人说，杰斐逊在胜任总统之后，把他一生中最精彩的，都留在了之前还有第一次就职演说的时候，以后还剩下些什么呢？似乎什么都没有。至于后来杰斐逊购买路易斯安那的土地，完全是个偶然的事件，他能够买到这片土地，最大的原因是拿破仑的痴心妄想，而不是杰斐逊凭着他外交能力而取得的。其实，这种说法很不正确。
1803年的《亚眠和约》终于还是让西欧的国家都暂时保持了很长时间的和平，而这也能让杰斐逊有时间实施他的计划，将美国的陆军减到了3000人，海军更是减到了只剩几艘战舰而已。虽然杰斐逊就任总统之后立刻就产生了小范围的战事，但是他凭着坚定的决心小心处理了此事，而没有让这战事波及整个美国。
杰斐逊也开始了修整虽然看着表面十分稳定但是内部却是千疮百孔的共和国，下令恢复出版和言论的自由，并且彻底杜绝了军国主义的思想与政策。当然，这些事情都是他悄无声息地进行的，从来没有大事宣扬过，要知道杰斐逊是个厌恶吹捧自己的人。
新的共和国国会从诞生之后，立刻废止了叛乱法案和外人法案，对那些受到其他国家压迫剥削而逃亡的流民美国再次向他们打开大门。在杰斐逊的内阁里，起用了一个瑞士后裔为财务部长。这个人确实有能力，杰斐逊在这位能干的理财家的协助之下，减少了1000万美元的国债，以此同时还适量减轻了人民的税赋。除此之外，杰斐逊还对税务进行了调整，废止了联邦政府抽取的威士忌酒税。之后，杰斐逊越来越受到人民的支持，他的声名也响彻整个美国，而联邦党也在慢慢地消失，由以前有组织有力量的政治团体，变成了只有几个人坚守的政治势力。
联邦派的势力变得大不如以前，所以杰斐逊辞退了不少联邦派人士，恰恰约翰·亚当斯的儿子约翰·昆西·亚当斯也在其中，但是杰斐逊并不知道这个情况，不过后来亚当斯的儿子也马上就原谅了他，因为他觉得杰斐逊身上有一种实干的魅力。
能说明杰斐逊有魅力的例子还有一个。在那些年轻有为的共和党员里面，有个人名叫塞缪尔·哈里生·史密斯，他是华盛顿《国家通信报》的出版人，他家有一个很美丽的太太。选举后之后不久杰斐逊到他家拜访，刚开始塞缪尔的妻子并不知道前来拜访的人是谁，就单独跟他聊了一会儿，她只觉得这个人的神态和身体里仿佛有什么魔力似的，立刻将别人的防线击破并俘获。等她的丈夫进来跟她介绍完之后，她突然觉得一颗心狂跳不已，总统就在眼前那么的真实而又有魅力。
杰斐逊不仅能够攻破别人的心理防线，更是个很好的治理者。他所追求的领导方式，是本着人类的本性，而不是本着一味的命令。在他的邀请之下，好友詹姆斯·麦迪逊现在成了杰斐逊的贴身助手，担任了新任国务卿，他的作风可以说跟杰斐逊如出一辙。杰斐逊在1801年10月3日写给好友威廉·肖特的信上说：“我们感到自己在壮大，而且还在日益精壮之中。”这不仅仅是他对自己的一种描述，更是对美国当时情景的一种描述。
有些人觉得路易斯安那土地的购买功劳不在杰斐逊，但是谁也不知道只有这么办才能够真正避免战事，不过一般的人谁有这个远见呢？当然，买地这种事情曾经也有人做过：路易十四就曾经在英国人手里买下了敦刻尔克。
1801年12月，西班牙政府下发命令关闭新奥尔良港口，此时议会的联邦派人士就怂恿用武力去争夺，但是这种十分传统而不和谐的想法也是需要用流血付出代价的。可是，杰斐逊认为西班牙的这次举动只是一时而已，因为密西西比河河道仍然十分畅通，如果动用武力，才会真正招致西班牙的海军封锁港口。如果再想占领新奥尔良的话，将意味着起码七年的战争，至少牺牲100万人的生命，另外增加10亿美元的外债作为战争的代价。战争最可怕的地方是能够让人道德沦丧。最好是等到密西西比河附近增加足够的人口，让他们有自己的事情做，而不必从大西洋海岸派出兵员走1500英里，舟车劳顿，还要与不适应的天气“争斗”。这些道理顿时让那些好战分子安静了下来，而这归功于杰斐逊理智的想法。
杰斐逊总是在强调一句话：“和平是我们酷爱之物。”而这一句话，完全体现出了他这一生的思想精华。之前，杰斐逊追求的是解放，现在早已被对宁静的需求所取代了。如此的个人需求影响了杰斐逊的外交政策，也影响了他处理国内事务的政策。他这种“和平就是一切”的思想价值观念，让他在他的第一届总统任期内出奇的平静，但是这也造成了他政治生涯里最大的败笔，那就是在摧毁奴隶制度上没有重大建树。
18世纪70、80年代的革命风潮，曾使许多的州开始立法解放黑奴。到1804年的时候，马里兰州以北的各州都已经废止了奴隶制度，而弗吉尼亚州、南北卡罗来纳州和佐治亚州解放的努力只是昙花一现，到1793年轧棉机发明之后，更使得解放运动的势头消逝得无影无踪了。因为城市圣多明各的危机仍存在着，国内相继发生了两件重大事情，让杰斐逊对于解放的事情迟疑不决，不敢放手去做。其中一件是1800年盖比瑞的谋反；另一件则是新闻记者詹姆斯·汤姆森·卡伦德对他私生活的揭露。
盖比瑞是个自由的黑人，但是他计划用粗制的剑、枪、刺刀等武器武装1000名奴隶，于1800年8月30日的晚上在里士满带领奴隶造反，不过由于消息被透露，许多奴隶被捕，25名被执行了吊刑。当时杰斐逊在蒙特沙罗度假，他写信给弗吉尼亚州州长詹姆斯·门罗说，他认为吊刑已经用得够多，对于其他涉嫌的黑奴，他主张驱逐出境，不要再用吊刑处死他们了。后来路易斯安那土地之所以能够顺利地购买，主要还是因为50万绝望而又英勇的海地黑人不愿意再被奴役的结果。
在1800年总统竞选期间中杰斐逊就有很多预兆，有人想曝出他的私生活，而这很可能成为政治宣传的一个鲜活的题材。但是每次有机会，杰斐逊就急忙赶回蒙特沙罗。他就任之后前22个月里，一共回家三趟，总共待了有八个月的时间。虽然两个女儿都不在家，但是就职后不到四个星期他就首次返家，一住就是一个月，直到1801年4月26日才回到华盛顿。而这时候萨莉·赫明斯在5月里的某一天又生下了一个女婴。
新闻记者詹姆斯·汤姆森·卡伦德在亚当斯任总统期间，因为写了一篇《我们的展望》而触犯了叛乱罪条例被抓捕入狱。他在杰斐逊就职之前就已经服满九个月的刑期出狱，只是又被加罚了几百元钱。1801年3月16日，杰斐逊给了卡伦德一项官方的赦免，并让首席检察官送信给里士满的警长戴维·伦道夫，让他发还罚金。但是钱都已经入了腰包，伦道夫又是个死硬的联邦派，怎么能轻易拿出来呢？这时，卡伦德已经收集了很多有关杰斐逊爱奴一家的资料，这足以成为他勒索杰斐逊的工具了。而此时恰好杰斐逊少回了他的一封信，于是他对麦迪逊埋怨说，他的罚款杰斐逊没有还给他，而他曾经为共和党撰写过文章，杰斐逊就这样不知感恩图报。
杰斐逊接到麦迪逊的消息之后，立刻写信给詹姆斯·门罗，请他从私人款项中代拨50元给卡伦德。而这时，戴维·伦道夫已同意还钱，不过要卡伦德去他家拿。小心而谨慎的新闻记者恐怕会遭人毒打，不敢前去，只要求以邮寄方式付款。这时，他的眼睛已经不看在200元上了，他看上的是里士满邮政局长的职位。麦迪逊把这事告知了杰斐逊，杰斐逊给了自己的秘书梅里韦瑟·刘易斯50元，让他立刻交给卡伦德。1801年6月20日，伦道夫终于把那200元罚款还给了卡伦德，但是卡伦德也明白了杰斐逊和他的手下只是把他当成了一般的勒索者，他也看出来自己与共和党已经走到头了。
1802年夏天，一份在费城出刊的联邦派文学刊物上，有一首匿名的歌谣，暗示总统喜欢黑女人。这时卡伦德已经加入《里士满记录报》，这是联邦派的报纸。他开始在7月初攻击杰斐逊，说杰斐逊曾很赏识他，并给过他金钱，他还引述杰斐逊的信为证据。这时人们才第一次知道，这个曾经抖出汉密尔顿的风流艳事而且曾经贬损华盛顿和亚当斯的记者，在杰斐逊任副总统的时间里也曾经接受过他的赞助与鼓励。杰斐逊感觉自己被出卖了，这着实让他痛心难过了一番。
1802年9月1日，卡伦德把收藏了数月的资料正式公布出来，说大家敬爱的总统多年以来，和他的一个家奴产生爱情，她的名字叫萨莉，等等。《波士顿报》曾经请求总统杰斐逊出面澄清，但是一直没有消息。因为许久之前，杰斐逊就曾说过，他绝不对报上的攻击加以答辩，因为回答了一个，还会再生出20个新的。他似乎对朋友、对敌人都一样保持着缄默，因此难免让人觉得，这就代表他默认了。但是卡伦德在此事的九个月之后，因为酒醉溺死于詹姆斯河中。
当卡伦德的这篇爆炸性的文章在1802年9月在里士满刊登之时，杰斐逊正在蒙特沙罗和女儿们一起度假，但是没有哪家报社敢派记者去那里，但都在纷纷揣测，这三个关爱着杰斐逊的女人之间的感情与嫉妒。也许没有人知道，很久以前三个人都已经彼此适应了，萨莉·赫明斯与玛莎年纪相仿，从小就一块儿长大，而波丽在萨莉生三个孩子的时候也在蒙特沙罗。
杰斐逊最终还是没有出来答辩，只是他的朋友说，杰斐逊对周遭的人都一样好，他不会对我们孩子们表现出对谁偏爱，或是特别表现出父爱。1802年7月里，弗吉尼亚流行麻疹，杰斐逊害怕玛莎刚出生的儿子会感染，立刻命令蒙特沙罗所有染患这种病的奴隶小孩在他们回到家之前完全撤出该地区，萨莉的孩子例外，他让他们迁往别的住处。不过，重要的是杰斐逊并没有因害怕流言而把萨莉和她的孩子派往别的农场。
现在，杰斐逊面临有两个问题：第一是如何维持女儿对他的情感，第二是如何尽快化解那些流言而不至于影响他竞选连任的机会。
杰斐逊从当选总统一开始，就劝她们搬到华盛顿长期居住，但是她们总因孩子生病不能过来。现在却不同了，杰斐逊先回华盛顿，波丽随后就跟了来，把才满周岁的儿子留在家里，玛莎紧接着计划带两个年长的儿女去，其余的也留在家里，让他们的爸爸去照顾。这两个女人丢下丈夫和儿女，过来与父亲一起住冬天，可以显示出他们之间的感情是多么的深厚。玛莎和波丽在这一年的11月到达华盛顿，停留了六个星期。刚从法国归来的杰斐逊好友托马斯·潘恩此时过来拜访，他对于这姐妹两个对父亲的关爱和孝顺感到十分欣慰。
杰斐逊从担任总统职务之后，他的服饰就力求节俭朴素，这也是共和党的要求，因为共和党很厌恶外国宫廷里的奢华。这位在巴黎居住之时对自己的服饰精挑细选的总统，现在却是穿着“一件老旧的褐色外套，红色的背心，旧而污损的棉布衣服，羊毛的长统袜，以及无跟的拖鞋”，这很容易让人误以为他是个奴仆。
但是不管怎么样，杰斐逊对食物和酒从来没有那样节俭过。杰斐逊从来不单独吃饭，他十分好客，有时候座位上多达八九个人，最多的时候达到过18个人。女儿们也为自己在华盛顿居住的花费感到不安，因为她们的父亲坚持要替她们付全部的费用，包括新衣服的钱在内。
当拿破仑的军队秘密开到密西西比河，获取了西岸广大土地时，大部分的美国人对这种情况的严重性还不甚了解。在杰斐逊周全的计划下，他让国会秘密通过了一项法案拨给他200万美元，让他自由运用，以便与拿破仑进行磋商，并进行外交程序，用来达到购买路易斯安那的目的。同时杰斐逊又用同样精密的策略，赢得了国会的支持，向西推进往太平洋地区进行探测。因此，杰斐逊在自己私生活受到干预的时候，还为他在总统任期内的两大建树奠下了根基——购买路易斯安那土地与开拓通往太平洋的道路。担任前往太平洋沿岸地区探险的探险队队长的是梅里韦瑟·刘易斯，他是杰斐逊的信徒和私人秘书。
不过，卡伦德的攻击仍然继续着。从1802年10月13日至1803年3月9日之间，他又写了一连串的文章，继续对杰斐逊进行人身攻击。1803年4月，杰斐逊写了一篇精辟的论述——《耶稣教义评估大要》，与其他人的比较，可以说是对于社会之流称他为无神论者的自我辩护。《大要》大致是说，他是个尊崇耶稣的好教徒，只是不接受他的神性，可是他接受他的道德规范。
杰斐逊在写《大要》的同时，也想到了要删修《圣经·新约》。他删除了一些“以讹传讹”的部分，略去了所有关于超自然现象的叙述，他在1804年至1805年间删修完成，他觉得这46页的小册子可用以教导印第安人对基督教的认识，而不必要他们改变宗教信仰。1816年，杰斐逊终于完成了全部的编纂工作，用红皮金边装订，书名为《耶稣的德范》。书成之后，因为害怕遭人借此指责他为无神论者，所以他没有宣传出去，直到杰斐逊去世之后，才出版改名为《杰斐逊版圣经》。