另外受到欢迎的访客是他的儿子汉斯、汉斯的妻子及两个孩子伯纳德和小艾芙琳。伯纳德严肃而好学，小艾芙琳梳着小辫子，活泼可爱。汉斯在南方待了一阵子之后，带着家人搬往伯克利，在加州大学工程系担任教授。他的弟弟爱德华研究医药，和他的生母一起留在瑞士。
1933年去美国时，爱因斯坦是以观光客的签证入境的，他急于要成为一位美国公民，但根据移民法的规定，他必须先在某处外国土地上向美国领事提出移民申请。因此，爱因斯坦就去了英国属地的百慕大，他在当地受到热烈的欢迎，美国领事也设宴款待他。现在，爱因斯坦已获准以一位永久居民的身份进入美国了。
要想成为美国公民，没有捷径可循，他从百慕大到达美国之后，还要再等上五年，才能成为一位美国公民。他和玛戈尔以及杜卡斯小姐花了很长时间研究宪法及美国历史。1940年是爱因斯坦生命中决定性的一年，对他的秘书及继女而言也是如此。他们顺利通过考试，正式成为美国公民。
对阿尔伯特·爱因斯坦来说，他绝不会盲目信仰他的国家——不管他的国家是美国还是德国。身为欧洲人，他比许多土生土长的美国人更能清楚地看出，侵略国的阴影正缓慢、但肯定地笼罩在欧洲上空。他的恐惧感与日俱增，因为他亲眼目睹了日本在中国东北的侵略行径，意大利占领了无助的阿比西尼亚（现在的埃塞俄比亚），法西斯主义者和纳粹党干预西班牙内政，德国占领了捷克。他对美国及欧洲民主国家的短浅目光及犹疑不决深感纳闷，这些国家居然对世界动乱袖手旁观。
有一次，他问一位美国的高级外交官，为什么这个国家不以商业抵制的方式来阻止日本对中国的侵略？“对我们的商业利益而言，日本实在太重要了。”这是他所获得的答案，“我们的许多大商人坚持出售石油及废铁给日本。”爱因斯坦没有想到，一个爱好自由的国家竟然把战略物资出售给侵略者，这使他十分惊讶。
同时还有人提醒他，抵制某个国家，以及拒绝购买它的货品，实际上就等于是不宣而战。爱因斯坦已不再是一位和平主义者，但他仍深信，战争是人类的最大祸根。他也知道，现在不抵抗的话，就太迟了。当他读到从挪威到苏联的一些非战斗人员遭到屠杀的新闻时，当他想到欧洲最优秀、最勇敢的领袖们正在集中营中受苦时，他深信，暴力只能用暴力来对付，否则，那些善良的人类都要从地球上消失了。一群比利时年轻人问他，如果比利时参加战争，他们是否应该拒绝参战？这位曾是“反战”领袖的科学家则断然宣称，他们应该为祖国的自由与和平而战。
有一次，爱因斯坦的一位同事问他：“在科学发展方面，你下一步将向哪个方向发展？”爱因斯坦的回答更像是一位诗人，而不像是一位科学家。他说：“一棵正在成长中的树，谁能预料它的树枝将会伸向何处？”爱因斯坦本人也没有想到，他那个著名的公式E=mc2会运用在战争中，而且取得了震惊世界的效果！帕萨迪纳的密立根博士在提到这个公式时说这个公式“是有史以来对人类影响最大的一个公式”。他可一点儿也没有夸张。早在1905年，爱因斯坦就曾表示过，能量可以转变成为质量，而质量也可以转变成能量。在他发表这项声明的三十三年之后，这项理论成为铀制造的原理，并导致了原子弹的发明。
1938年，奥托·哈恩和丽斯·迈特纳在威廉研究所一起研究这个公式。爱因斯坦一向十分欣赏迈特纳小姐，他称她为“我们的居里夫人”，他说这位奥地利女科学家甚至比居里夫人更伟大。哈恩和迈特纳小姐发现通过铀核裂变可以释放强大的能量。
幸好德国人还没有能力制造原子弹，这是人类的幸运。丽斯·迈特纳由于拥有犹太血统，因此她的生命很快就受到了威胁，幸好她逃到瑞典去了。后来，由于德国在苏联前线失败，希特勒和他的将领觉得，他们再也不能把庞大的财力和人力用在哈恩和迈特纳的研究工作上，他们认为应把全部人力和物力用于制造急需的弹药。由于他们急于制造战争所需的武器，所以也就无法充分协助德国科学家们研究这项新而可怕的力量。
在以后的发展里，显示了科学家彼此间的惊人合作。物理学家、化学家、数学家及工程师，从爱因斯坦一直到实验室的工作人员，在原子弹戏剧性的制造过程中都扮演了重要的角色。
丽斯·迈特纳带着她的实验结果流亡国外，并见到了哥本哈根理论物理研究所所长尼尔斯·玻尔博士。玻尔虽然不像爱因斯坦那般举世皆知，但在物理学界也同样赫赫有名，而且在英国他曾和卢瑟福一起，对原子的构造做过漫长而深入的研究。丽斯·迈特纳的发现使玻尔更加兴奋，因为恩里科·费米——从意大利法西斯主义暴虐统治下逃到美国的一位科学家——已经预测到这种可能性：分裂一个铀核子之后，经由一系列连锁反应，可以使其他核子重复分裂。
从计算中获知，一磅铀所释放的能量，相当于燃烧几千吨煤的能量，所以许多科学家们深信，如果制造出铀弹，其毁灭力将是一般炸药的几百万倍。
费米在获知丽斯·迈特纳和玻尔会晤的结果之后，和里奥·西拉德——从柏林大学逃出的一位科学家——立即在哥伦比亚大学他们的办公室内会面，讨论需要多久可以制造出原子弹。他们知道，美国政府必须花上几个月的时间，才能建立起实验室，以及提供科学工作人员。他们认为，如果把这个计划告诉美国陆军或政府官员，是很不聪明的做法。这些官员可能会斥责他们是不切实际的大学教授。不过，罗斯福总统倒是经常召见科学家，并给予多方协助。因此，他们认为，如果直接去见这位三军最高统帅的话，也许这件事可以很快得到解决。
但这件事必须保持绝对机密，绝对不能让任何人知道他们急着见总统的目的。西拉德在柏林时就已经认识爱因斯坦，他认为，只要这位美国最著名的科学家能够说句话，就能很快达到目的。于是，他们两人联络了尤金·维格纳——在普林斯顿大学执教的另一位匈牙利物理学家——在1939年8月的一个早晨，一起离开纽约，前往宁静的迪拉威小镇去拜访爱因斯坦博士，爱因斯坦正在那里度假。
“你能写信给总统，”他们问道，“并要求他批准一个秘密的大计划，研究生产原子弹吗？”
阿尔伯特·爱因斯坦有点迟疑：“我写信给总统有用吗？我们以前并未见过面。”他又天真地说道，“他并不认识我啊。”
西拉德笑道：“全美国的每一个人都认识你并且尊敬你。总统当然也知道你的成就，听说他对你也很仰慕，如果你肯给他写信，肯定会受到重视的，不管他有多忙。”
爱因斯坦仍然犹疑不决，他望着夏日阳光下的花园，陷入沉思中。
他悲伤地想，我以前还自称和平主义者呢！我曾一再宣称，将尽一切力量来反对战争，并拒绝参与任何集体性的谋杀；我还一度请求世界上所有善良的人继续这方面的努力，现在，我怎么能利用我的影响力来发展这种有史以来最可怕的武器呢？
他靠在椅背上，心事重重。那几位科学彼此对望了一眼，谁都没有说话。
爱因斯坦又自忖：我们已经听到许多谣言，说德国进口了许多铀。如果再给德国人一些时间，他们必然会发展出原子弹，那时候纳粹就真的所向无敌了。原子弹将成为摧毁人类的最残酷的武器！到那个时候，所有的人都将生活在希特勒的残酷统治下，那岂不是更加残忍吗？
这位满头白发的科学家走向他的书桌，拿起他的笔，慢慢写下他一生中最重要的一封信：“我从费米和西拉德的手稿中，得知他们最近在做一项研究。我深信未来几年里，铀元素将成为一种最重要的能源……这种能源可以制造一种极为强力的炸弹，只要船只携带一枚这样的炸弹驶进港口将其引爆，则整个港口都会立即毁灭，附近的一切也都会化为灰烬。”
爱因斯坦呼吁，由政府主持、科学家负责的调查工作，应立即在美国展开。他警告总统说，德国可能已在积极进行这项研究，如果让德国赶在前头发明了这种武器，那将是人类无可挽救的浩劫！
为了保证绝对的机密，这封信不能直接邮寄给总统。谁能够把这封信亲自交给总统本人，而不致耽误太多时间呢？结果他们找到了一位送信的使者——纽约市的名人亚历山大·萨克斯，他和总统身边的官员都有所接触。即使如此，仍然过了两个月之久，爱因斯坦的信才到达罗斯福总统手中。后来在最机密的情况下，原子弹的研究工作在美国秘密展开了。
大约五年之后，在同样秘密的情况下，第一枚原子弹在美国新墨西哥州的特里尼蒂沙漠里试爆成功。现在的问题是：这种可怕的武器是否应该用在敌国身上？1945年春天，一想到要使用这种可怕的新武器时，每一位参与这项研究的科学家都会忍不住发抖。
阿尔伯特·爱因斯坦曾宣称：“我们这一代人已为这个世界带来从史前人类发现火以来的一项最具革命性的力量。”他和另外一些科学家要求美国向敌方发出警告，让他们知道我们已经发明了一种新的秘密武器。这种武器可在无人的荒地示范爆炸，允许敌国代表前来参观这项试爆，使他们有所畏惧，赶快投降，以结束这场血腥的战争。
但另外的许多科学家，包括杜鲁门总统和他的军事顾问，都觉得这种试爆表演不足以赢得战争。对他们来说，把广岛和长崎的人口消减或使他们受伤，然后再迫使惊慌失措的日本人投降，要比强行登陆日本，造成双方极大的伤亡，更为合乎人道。
爱因斯坦接到一份褒奖令，称他为“原子能之父”，他立即提出抗议。他声明道：“我在这方面的努力是间接的。事实上，我并未想到在我这个时代会出现原子能。我认为，原子能只会在理论上出现。结果由于无意间发现了连锁反应，终于促成了原子能的实现，这是我当初始料未及的。这是由哈恩在柏林发现的，但他本人也未曾真正明白这项发现所具有的真正意义。结果，丽斯·迈特纳提供了正确的解释，然后逃出德国，把这项资料交到玻尔手中。”
当被问到如果当初他能预测到原子弹的后果，是否还会写信给罗斯福总统时，爱因斯坦说：“如果德国人没有先行进行这方面的研究，我就不会采取任何行动。”
他经常谈到原子弹的威胁。如果制造原子弹的秘密公开的话，那么，第三次世界大战中将会毁灭地球上三分之二的人口。爱因斯坦接着又说，这项威胁也许会促使人类恢复一些国际秩序，如果不是出于恐惧，人类恐怕是不会这样做的。
尽管爱因斯坦博士不喜欢参与公共活动，而且年纪也大了，但他仍被推选为原子科学紧急委员会主席，并继续积极参与这项活动。这个委员会募集了一百万美元的基金，推动一项教育计划，以保证“原子能将用在有益于人类的地方，而不是用于毁灭人类”。他在替杂志撰写文章、接受访问，以及在电台发表演说时，总是一再强调世界和平及正义，他说：“到那时候，就不会再有战争发生了。”
有人把原子弹比作潘多拉的盒子，从盒子里跑出许多祸害来危害人类（注：潘多拉是宙斯创造的第一个女人，当她来到人间时，天神宙斯赐给她一个盒子，当她打开盒子时，一切灾害罪恶全部从里面跑出来，散布人间）。在这个传说中，潘多拉最后及时把盒子关上，把“希望”留在了盒底。在未来的几年中，有关原子的研究也许会给人类带来幸福。
即使是在当时，医药人员已经开始赞扬原子是治疗各种绝症的良方。他们认为，利用中子光束摧毁癌组织是可行的，放射性碘用以治疗甲状腺肿也被证明有极好的效果。科学家们已经开始实验，研究利用放射性钙来治疗骨骼的毛病。
进一步的实验指出，原子能已在营养学上制造出新的奇迹。乐观的人说，原子能的开发，不仅可以消灭饥饿，也可以消灭贫穷。无限的能量，就意味着食物、衣物及房子会被大量生产。城市里不再有贫民区，对于能源也无须再节约。房子冷暖气的电费只需每天一分钱或两分钱，煤矿会因无所用途而成为废墟。由于铀即将取代煤及水力，我们也许可期望出现这样的奇迹：在白人至今仍无法居住的热带地区装设冷气；建立大型灌溉系统，将美国沙漠变成肥沃的花园；工业将得到重大改革，工人也将有充分的时间用来娱乐及休息。
爱因斯坦虽然无法看到这种“美丽新世界”的实现，但这将是他对人类热情、无私的爱心的最终目标。哈得逊河的“河边教堂”落成时，里面陈列了许多雕像，不仅有圣经中的人物和各个时代的圣徒，还包括世界上最伟大的领袖及思想家。最初大家以为，这些雕像最好不要包括目前健在的人物在内。但当教堂落成之后，里面却陈列了一座爱因斯坦的雕像，他的雕像和哲学家柏拉图、苏格拉底、科学家达尔文、牛顿等并列在一起。教堂牧师哈里·爱默森·福斯狄克博士有一次提到爱因斯坦，称赞这位伟大的科学家将其一生都奉献给人类，体现了真正的宗教精神。
这种颂词令爱因斯坦相当高兴，因为他一向具有真正的宗教精神。在他的《宇宙宗教》及其他文章中，他企图使大家了解，他并不像许多人想象的那么反对宗教，而是不断地追求及寻找他自己的宗教观念。