与庞培决裂
现在恺撒在高卢拥有重兵，当务之急是削弱他手中的兵权。庞培找了一个借口，命令恺撒将驻防高卢的军队调回罗马。
恺撒早就看透了庞培的心思，但他还不准备跟庞培撕破脸皮，于是他将计就计，设了一个局。
恺撒被派往高卢时，可以统领三个军团，后来，元老院派他兼任高卢的拿路波内西斯长官，因此追加他一个军团，总共是四个军团。
恺撒接到罗马来的命令后，就遣送两个军团回国。他把这两个军团的军官召集来，感谢他们连年征战为国效劳，说如今大局已定，理应让他们回国与家人团圆。
将士们听到这个消息，个个都高兴不已。他们在内心里对这位平时和士卒们同甘共苦的长官，忠诚拥戴，感激不已。
此外，恺撒又做了两项部署：一是给每位回国的将士发放优厚的奖金，二是暗中派了几个心腹回国，让他们回国后故意散播谣言，说恺撒在高卢时独断独行、不得军心，以致部下怨声载道等。
恺撒的两个军团回到罗马以后，庞培踌躇满志，非常得意，一则因为恺撒这个傻瓜竟然乖乖地交出了一半的兵权；二来，又听到这批部下的怨言，便断定恺撒不得军心，必然招致失败，因此，庞培更不把恺撒放在心上。
过了不久，元老院更进一步，要恺撒把兵权全部交出来。恺撒向元老院请求说，如果庞培也同时交出兵权的话，他就接受命令，无条件地交出兵权，只身回国。
这个请求合情合理，恺撒的好友安东尼极力支持他，罗马的人民也齐声拥护。可是，庞培怎么肯答应呢？
这件事在议会中引起一场激烈的争辩，但他们势单力薄，终于在表决时被庞培派击败。元老院宣布不接受恺撒的要求。
罗马面临着一场危机，流血不可避免，气氛显得格外紧张。罗马人预感到，大祸即将临头了。
恺撒知道了国内的情况后，再度向元老院列举理由，说明高卢境内的情况，要求至少保留两个军团的军力，才能吓阻土著的叛乱。否则，后果不堪设想！
这时候，西塞罗从西里西亚视察归来了，眼看国内纷争四起，他忧心忡忡，为了避免罗马生灵涂炭，于是自告奋勇出面斡旋，怎奈庞培这一伙人气焰正盛，认为恺撒是心腹大患，必欲除之而后快，因此对于西塞罗这一番话完全听不进去。
眼看着自己一再地忍让、妥协，却换来对方的步步进逼，恺撒实在不能再忍下去了。罗马法律规定，任何指挥官皆不可带着军队渡过卢比孔河，否则就是背叛罗马。思索半天之后，恺撒说了一句话：“渡河之后，将是人世间的悲剧；不渡河，则是我自身的毁灭。”
公元前49年1月11日，恺撒率领手下仅有的5000步兵及3000骑兵，向意大利和高卢交界的卢比孔河进发。
他命令部下轻装疾行，趁着朦胧的月色连夜进军，在黎明前就以迅雷不及掩耳之势，轻而易举地占领了意大利北部的重镇亚平宁城。接着，恺撒的大军浩浩荡荡地向南开拔，不久就抵达卢比孔河畔。恺撒命令大军在卢比孔河畔安营扎寨，军士们饱餐以后立即伐木造桥，傍晚时分已经全部渡过了卢比孔河。
当时，庞培手下有一名叫拉比纳司的战将，此人足智多谋，骁勇善战，庞培对他甚是看重。不过，这位战将曾是恺撒的旧交，对恺撒的雄才大略颇为敬仰，而且他对庞培的结党营私、一意孤行的作风也颇为不满。在离开罗马前往高卢前，恺撒早已在罗马布下了周密的情报网。因此，虽然身在国外，但对罗马的情况却了若指掌。到了这个时候，恺撒当然不会错过机会，把拉比纳司争取了过来。
恺撒的另一好友安东尼此时也已逃离罗马，投奔到恺撒的身边，安东尼也是一位出色的战将。由于安东尼和拉比纳司两人的协助，恺撒的大军更如虎添翼，势如破竹，接连攻占了好几座城池。
罗马城内已经一片混乱，过去与恺撒作对的贵族们愤愤出逃。罗马的百姓们都认为恺撒是被逼而出此下策，即使他率军攻占了罗马，也不会伤及无辜的百姓，因此，他们反倒以镇静的态度观望着，不愿离开。
庞培原打算把罗马城的人民全部迁走，使恺撒一无所获，顶多占领一座空城。如今见到这种情况，才发现自己远不如恺撒那般深获民心。
庞培拥有数倍于恺撒的兵力，但是恺撒在不到两个月的时间里，已经占领了大半个意大利，罗马岌岌可危、朝不保夕。何况庞培手下的一员大将拉比纳司又背叛了自己，投奔了恺撒。拉比纳司不但智勇双全，而且也掌握许多军事机密，走了一个拉比纳司，不啻损失了数万雄师！
庞培知道罗马城是守不住了，于是率领军队及余党离开罗马，到南方去寻找落脚的据点。
二雄之争
恺撒一向军纪严明，此次率军回国，主要是向庞培兴师问罪，所以一路上秋毫无犯，百姓们也很拥护他，使他兵不血刃，在短期内就占领了意大利北部的许多城镇。
恺撒大军开进了罗马，城里一片宁静，没有丝毫骚乱迹象。老百姓知道恺撒此来是向庞培和元老院兴师问罪，不会影响他们的生活，这使恺撒非常欣慰。他清点国库，并贴出安民告示。庞培的党羽都跟着他逃亡去了，留下来的官员，恺撒让他们恢复原职。恺撒罗马人民见到这位虽是贵族出身，却处处为平民着想的恺撒如今又重回罗马，内心里除了拥戴以外，更有一份热望和期待。
庞培放弃意大利后，寄希望于他的海上部队和隶属于罗马的东方各国国王、部落显贵，企图从希腊组织反攻。他在那里集合了11个军团、7000骑兵以及由600艘战舰组成的舰队。同时，庞培派驻西班牙的两个将领在西班牙拥有重兵，仍不时从海上运送给养接济庞培，使得庞培顽强抗拒，不肯与恺撒言和。恺撒决心来个釜底抽薪之计，使得庞培的接济中断，然后再来对付他。
就在当年的六月，恺撒亲自率兵进入西班牙去攻击庞培派驻的守军，八月间，终于将之击败，主将阿富拉纽斯和培特留斯先后投降，恺撒收编了大部分的叛军。
公元前49年12月，罗马的议会一致决议将政权全部交给恺撒，并推举他为独裁官。但是恺撒主动放弃独裁官的地位，而和赛维莱斯及依萨利库斯共同担任执政官，以保持罗马传统的政治精神，这是他第二次担任执政官。
恺撒固然是一位亲民爱民的政治家，但他更是一位卓越的军事将领，具有无人可及的军事才能。
庞培虽然已经逃到了南方，但恺撒始终觉得如芒在背，寝食难安，庞培一日不除，国家就难望统一。他和赛维莱斯及伊萨利库斯商议对策，当下决定，罗马暂时交由赛维莱斯及伊萨利库斯共同管理，自己则率领军队去讨伐庞培。
公元前48年1月，恺撒率军向庞培的盘踞地——布隆迪休姆出发，庞培知道自己不是恺撒的对手，因此带领部下乘船逃往希腊和小亚细亚去了。
恺撒虽然不费一兵一卒而取得了布隆迪休姆，却没有真正打击庞培的有生力量，心里很是不甘，他认为放虎归山必然后患无穷，必须趁热打铁，于是就在布隆迪休姆征集大小船只，率领先头部队渡过了爱琴海。
恺撒的部队气势如虹，很快就攻占了奥利康和阿玻罗两个重要据点，并俘获了许多船只和物资。随后，他命令这些船只开往布隆迪休姆，去接运陆续抵达的步兵和骑兵，不久，恺撒的主力部队已经全部结集在东岸了。
当时，庞培拥有3.6万个步兵、3000个弓箭兵、1200个投石兵、7000骑兵以及300艘战舰。恺撒这方面有3.4万个步兵、1400个骑兵和百余艘战舰。论实力，恺撒比不上庞培，何况他千里远征，背海作战，休息和给养都跟不上。
这一场战斗的胜败关键，就在于信心和斗志。
庞培见到恺撒率师远征，背海而战，认为这是犯了兵家大忌，心中不免暗暗高兴。两军在都拉基乌姆展开了阵地战，双方战斗非常激烈，庞培军以他优势兵力步步进逼，恺撒军虽然拼死搏斗，仍然屈居下风，伤亡颇重，不得不暂行撤退。恺撒很后悔自己在这荒野的海滨和敌人展开厮杀，由于补给的不足而影响了士气。为今之计，必须先找到一处有充分给养的富庶地区，才能和庞培决一死战。
这时候，他的一名部下向他进言说，前面不远就是一大片肥沃的平原，那儿有两座城市，都很富足，何不将主力移往那边，再作计较。
恺撒听从了部下的建议，转向法萨罗平原进军，很顺利地占领了那两个城市，士兵们获得充分的休息后，兵强马壮，军威大振，准备下一次的殊死战。
庞培这方面看到恺撒溃退，许多将领都劝庞培趁胜追击，一举消灭恺撒的残部。但是庞培认为恺撒已成强弩之末，不足为患，等自己的部队稍作休养、整补后再去追剿，还不是手到擒来吗？此外，不是军人出身的加图见到战场上的惨烈情况，也觉得于心不忍。因为死的都是自己的同胞，所以他也附和着说：“恺撒劳师动众率军远征来攻打自己人，一来出师无名，二来给养困难，久而久之，他的部下必然心生怨怼，离心离德，谁还愿意为他卖命？过不了多久，就是他的部下也会生起叛离之心，杀了恺撒来投奔我们的。我们且拭目按兵不动，拭目以待吧！”
加图因不忍再见到血流成河的悲惨景象，以为只要敌军内部把恺撒解决掉，就可天下太平，这种这种观点纯属幻想。
如果以军事的观点来看，这样做绝对是养虎为患。因此，大部分的将领们仍然据理力争，劝庞培不可松懈。庞培拗不过将领们的力劝，终于决定率军进击了。
恺撒早就料到庞培不会放过他，于是在当年的八月，两军在法萨罗平原的决战就此展开了。
庞培率有骑兵7000、步兵4.5万人，恺撒则仅有骑兵1000，步兵2.2万名，实力非常悬殊。
战前，恺撒的士兵们拆毁了他们的军营，填满了他们的壕沟，以示必死之心。而庞陪的属下们已经争论着将来谁要接替恺撒的位置，或是暗中派人到罗马去物色华丽的宅邸。他们纷纷沉醉在虚幻的美梦中，反而把作战视为次要的事了。恺撒的百战之师虽然在数量上占有劣势，但是他们士气高昂，反观对手，庞陪的很多军队还是新兵。
恺撒把自己仅有的部队分为左、中、右三翼。将中翼和左翼分别交给卡本尼斯和安东尼负责指挥，自己则统率第十师作为右翼。庞培也将自己的部队分作三翼，庞培自己和西庇阿分别统率右翼和中翼，左翼的骑兵则由托米特斯指挥，以对付恺撒亲自率领的右翼。
庞培的战略是先用骑兵以闪电式击溃恺撒的右翼，然后再向左、中两翼去包抄，使恺撒的后方不战自乱，紧接着，庞培自己统率的右翼和西庇阿的中翼出动猛攻，使得恺撒首尾不能兼顾，然后将他一举歼灭。
恺撒看到敌方的骑兵全都集中在自己的对面，自忖单靠第十师不足以应付，于是紧急调补人员，来右翼增援，同时，传令左、中两翼，密切注意敌方骑兵的动态。
大战的序幕就此拉开了。
首先是庞培军的左翼骑兵以排山倒海之势，向恺撒的右翼直冲而来。恺撒早有准备，他把紧急抽调来的几营人埋伏在阵前的壕堑中，有的手持长矛，专刺骑在马上的骑兵，有的手执大刀，专砍马脚。
当骑兵队向前猛冲时，这些埋伏的人一拥而出，使得托米特斯指挥的骑兵人仰马翻，侥幸没有被砍倒或刺到的则立刻调转马头，企图后退，不料又撞上接踵而来的骑兵，顿时阵脚大乱，自相践踏。
此时，恺撒布置在第二线的弓箭手万箭齐发，可怜6000骑兵，还没有接触到恺撒的第十师，就已经折损了一大半，剩下的则纷纷落荒而逃了。
庞培的左翼既已崩溃，中军和右翼也无心恋战，而恺撒亲率的第十军却及时赶到，加入厮杀。庞培的麾下虽人数众多，却已经军心大乱。失去了自家骑兵保护的庞培步兵哪里能抵挡得住罗马骑兵的铁蹄，转身便逃，只恨爹妈少生了两条腿。而那些仆从军更是吓得屁滚尿流，边跑边喊：“我们被打败了，我们被打败了！”数万大军顷刻间就全面崩溃，这岂是庞培始料所及的。他知道大势已去，躲在堑壕中，偷偷地剥下一个战死的士兵的衣服换上，混在败兵之中，仓皇逃往海滨。
恺撒见大胜己成定局，欣喜万分。不过，当他巡视战场，只见尸骸遍地，受伤者惨痛的呻吟在原野上飘荡，他心里不觉一阵凄楚，他立即下令，不得赶尽杀绝，而且要尽快抢救伤员，安葬阵亡的人。
时近黄昏，恺撒独自巡视战场，心中想着一段难以告人的秘密。过去，恺撒曾经和他的情妇塞西莉亚生过一个孩子，名叫布鲁图斯，如今这个孩子已经长大成人，听说在庞培军中服役。
恺撒挂念着这个孩子的生死，他在岑寂的战场上高呼着布鲁图斯的名字，一遍又一遍，一处又一处，终于在一个战壕里把他找到了。
世上也真有这么巧的事，布鲁得斯果然没有死，他躲在一条堆满尸体的战壕里，本来打算趁黑夜来临以后再逃亡的。当他听到有人喊他的名字，而且声音里并无恶意时，于是便大胆地从战壕里爬出来，站在恺撒面前。
恺撒一句话都没说，他已经感觉到，这正是他的儿子！他把布鲁得斯带回营房，让他洗澡，换上新的军服，这才又重新打量了一番。他发现布鲁得斯和他年轻时非常相像，英俊挺拔，目光坚毅。他既兴奋又感慨地说：“你已经长得这么大了，看来是一位标准的罗马军人，真令人高兴！”恺撒当场赐给他一把短剑和一柄犀利的匕首，并对他说：“孩子，这些都是作为一个军人所不可少的，你把它们留着吧。”
庞培之死