出发之后，军队时时遭到当地民族的反抗，亚历山大花了一个月的时间加以平叛。逐渐地，大军就离开了海岸往北走，这一带是内陆部分的沙漠地带，阳光灼热，风沙满天，连当地的向导都会迷失方向。全程300公里的沙漠行军却耗费了两个月之久。当脚踏进柔软的细沙之中时，人就如同陷进了泥沼。白天沙漠里的气温超过38℃，因此只能在夜间行军，靠着天空中大熊星座和小熊星座辨认方向。沙漠中行军实在艰苦，饮水补给的地点间隔越来越远，而且水源越来越少。原来一天行军20公里，最后必须加紧到25公里。士兵们在沙漠中忍受着饥饿和焦渴，刺眼的阳光，使人睁不开眼睛，又干又烫的沙漠，像海一样无边无际，即使是年轻力壮的士兵们也受不了这种肉体的折磨。比军队人数更多的妇女们，跟随在这些队伍的后面，她们的命运是可想而知的，这块大沙漠终究要成为最终埋葬她们的地方。许多身体衰弱的士兵一个个落在队伍的后面，有的是因为太过疲劳，有的是得了热病，有的是耐不住饥渴，于是相继脱离了队伍。大家都自顾不暇，所以没有人会留下来照顾他们陪伴他们，他们只好在沙漠里自生自灭。许多载满了东方的珍奇异宝的车辆，最后也被遗留在沙漠里。他们甚至不得已把那些一同征战沙场的马匹杀了当食粮。一旦发现了水源，士兵们便迫不急待地跑去痛饮一番，很多士兵因为在严重的脱水情况下急切地喝下了大量的水而当场胀死了。
在这种情况下，亚历山大是如何统治军队的呢？有这样一个传说：一天，有一个士兵将非常珍贵的一碗水递给了亚历山大，看着将士们干裂的嘴唇和被风沙严重侵蚀的面部，亚历山大怎么忍心一个人喝掉它，可是，一碗水又如何缓解所有将士的焦渴？亚历山大毅然地把这碗得来不易的水倒在热沙中，虽然流入沙地的水瞬间蒸腾消失了，可他那种愿意和将士们共甘苦的决心，深深地感动了每一个部下，大家顿时精神大振，好像每个人都喝下了这一碗水似的。就这样，亚历山大的军队慢慢地走出了沙漠。沿着西北的草地前进，不久就到达一处城邦，亚历山大下达紧急命令，叫当地的郡守带着大量救援的物资前来迎接，大军在这里充分地休养了100天之久。原来浩浩荡荡的队伍，如今却已经没有多少人了。那些曾经因为即将要结束军旅生涯而兴高采烈的士兵中，仅仅有四分之一的人看到了第二年的春天，最后剩下来的将士只有1.5万名左右。
而与亚历山大分手之后的，纳亚鲁克斯率领的舰队等到东北季风来临的时候就从印度河口的港口出海，并依照预定计划于9月抵达亚历山大港。而当地的居民却筑起了堡垒来袭击他们。后来舰队再度出海，预定10月下旬再在另一个港口停泊。每一艘船上只带了十天的食粮和五天的饮水，他们的粮食补给全依赖亚历山大的陆军部队，可是亚历山大的军队转入内陆之后，在沙漠中发生了空前的悲剧，因此对海上的补给中断了。舰队的困苦情形可想而知。在缺乏补给的情况下，他们沿着荒凉的海岸靠自己去寻找食物。
尽管纳亚鲁克斯所率领的舰队要为生存奋斗，可是他们还是没有忘记探险的任务。在沿岸的地区，有一些过着原始生活的土著们，引起了他们的注意，这些人是以打鱼为生，而且都吃生食，酋长住的小屋非常别致，是用鲸鱼的筋骨和贝壳很巧妙地建造成的。这些希腊的船员在这里第一次看到鲸鱼的时候，一个个都吓得目瞪口呆，看见鲸鱼喷水时他们简直不敢相信世界上还有这么巨大怪异的鱼。纳亚鲁克斯告诫部下要镇静，并且将船向怪鱼的方向驶去，他们有的敲打器皿，有的吹喇叭，有的用船桨在水面上乱拍，希望能够吓退鲸鱼……这一次的探险让船员们大开眼界。经过了饥饿和不安的两个月后，船员们仍能维持原有的秩序，这都归功于纳亚鲁克斯临危不乱的沉着使船员们对他产生信赖感。
到了12月，波斯湾口的阿拉伯半岛已经出现在眼前，于是舰队改变方向，朝海峡的更深处航行，并且在港口抛锚休息。这块土地，除了没有橄榄树外，都非常酷似故国希腊，“这里水草丰美，果实累累，景色秀丽”，纳亚鲁克斯曾在航海日记上写下了这样简短的感想。船员们又饿又渴，到达港口时，当地的人民以奇异的眼光警戒地看着他们，这使船员们十分感慨，他们日夜盼望能够早日回到故乡希腊的克里特岛，如今面对着酷似故乡的景色，却只能聊以慰藉。船员们相继登陆到各处去查看。
纳亚鲁克斯带着6名部下往内陆走去，这时突然发现一个身穿希腊服装并说着一口希腊语的男子，原来这个人也是亚历山大的士兵，竟然这么巧合！他告诉纳亚鲁克斯说，亚历山大扎营的地方离此只有5里的路程，纳亚鲁克斯听了兴奋极了。这个消息也很快地传到了亚历山大的耳朵里，再次听到纳亚鲁克斯的名字时，他觉得恍如隔世，他也难以相信有这么巧的事！可是经过了沙漠里的折磨，他现在所剩下来的物资几乎为零，当初要给舰队补给的承诺现在却无法兑现，他感到非常痛苦，并且自责不已。
尽管如此，纳亚鲁克斯和亚历山大再度相逢，彼此还是异常兴奋。亚历山大几乎无法认出这个蓬头垢面、衣衫褴褛的人就是他的海军指挥官。他把右手放在纳亚鲁克斯的肩上，离开了贵族和身边的大臣及卫兵们，当他单独面对着这位海军指挥官的时候，悲从中来，再也控制不住自己的感情，和纳亚鲁克斯抱头痛哭，好不容易才逐渐控制住激动的心情。
亚历山大向纳亚鲁克斯说：“只要你们平安地回来，我就感到非常高兴了，船只和船员们的情形如何？”
纳亚鲁克斯回答：“船只和船员们都平安地跟着我呢。”
亚历山大听了非常欣喜，又高兴地流下了眼泪。他没有想到，这支舰队在中断了物资补给和航路不熟的情况下还能够安然无事。他恳切地说：“你知道吗，我听到你们全都平安无事，比征服了整个亚洲还要高兴！”
亚历山大不忍心让纳亚鲁克斯再航行到波斯湾，他打算换一名指挥官，可是纳亚鲁克斯却一再地恳求，让他完成任务，这不但是他的责任，也是他的荣誉，他这种执著、不畏艰险的精神，宛如另外一个亚历山大。
军事家的政治才干
亚历山大从小就认为只有希腊民族才是唯一真正开化民族的代表，而所有非希腊民族都是野蛮民族。这是当时整个希腊世界的主流观点，甚至连他的老师亚里士多德也持这种看法。尽管亚历山大已经彻底打败了波斯军队。但是他逐渐认识到波斯人根本不是野蛮人，他们与希腊人一样具有智慧和才能，一样值得尊敬。亚历山大产生了将他的两个帝国融为一体的设想，由此创造了合二为一的希腊波斯民族共和王国。在他出征期间，后方也一直无法稳定，很多高级行政官员贪污腐化、目无法纪，政治与风化亟待整肃。回波斯的第二年，亚历山大用了将近一年的时间对他的帝国和军队进行重新整编，并在政治上进行了大力整顿。
公元前324年的早春仍然带着寒意，亚历山大重新回到离开五年多的故土。他早就料到当地人不会举行热烈的欢迎仪式，果然，当他率领着大军凯旋时，看到的是无数带有猜疑的目光和反抗的表情，亚历山大能够很敏感地从他们的表情中读出他们的心意。
后方的人们谁都没有想到亚历山大会从万里之外活着回来，亚历山大率军出征的这几年里，后方的高级行政长官们生活腐化堕落，他们贪赃枉法，无所不为。有许多东方的郡守们竟然受人挑唆，鼓励民族自立，背叛亚历山大，由此导致后方一直不稳。这些人当然不会欢迎亚历山大，亚历山大的回归使他们不能再胡作非为。但如今亚历山大已经回来了，他们一个个只好装出恭顺忠诚的样子，希望能幸免于难。在23个州郡之中，有14个州的行政长官被检举、告发，亚历山大分别予以严厉的处分。
这一年的春天，政界上下充满了紧张的气氛。亚历山大不禁想起了帕曼纽，如果他在的话，后方一定会被他治理得井井有条，绝不会像现在这样乌烟瘴气；不过，话说回来，说不定帕曼纽已把整个的后方据为己有了。亚历山大心里反复地思考着，目前，他确实很需要一位辅佐之臣做他的左膀右臂。继帕曼纽之后，亚历山大提拔了当年杀死帕曼纽的那位指挥官，想不到这个杀害旧主的人却专横无道，使亚历山大感到非常痛心，悔恨自己当初有眼无珠，竟然会假他之手杀掉了帕曼纽，每每想到此处亚历山大都会懊悔不已。
而对亚历山大来说，接下来发生的事情无异是更重的一击：亚历山大早年结交的好朋友汉巴罗斯曾经获得了亚历山大极大的信任，甚至亚历山大把征服各地所得到的财宝和波斯帝国价值连城的宝库都交给他管理。但万万没有想到，他把亚历山大交给他保管的大量财富任意地挥霍，在巴比伦的宫殿中过着王侯般的生活，不仅如此，汉巴罗斯还叫他的部下对他行东方式的跪拜礼，俨然是一个君王。这样的情景在当地已经无人不知，几乎是公开的秘密。汉巴罗斯一听到亚历山大回来的消息非常惊恐，他知道这些劣迹绝对逃不过亚历山大的政治整肃，他和亚历山大从小一块儿长大，对亚历山大的个性非常了解，他知道亚历山大是绝对不会饶过他的。情急之下，他竟然席卷了巨额的财富，带着6000名佣兵逃到了雅典。当初亚历山大听到各地都不稳定的情报，曾经下了一道命令，除了正规军之外，任何私人的士兵一律予以解散，因为这些佣兵很可能造成不稳定的局面。如今汉巴罗斯公然带了6000名佣兵逃跑，显然是对亚历山大这项敕令的大胆挑战。汉巴罗斯之所以选择雅典，是因为那里是反抗亚历山大最激烈的城市。雅典曾经一度遭受饥荒，汉巴罗斯派人送了大量的粮食赈救灾民，感激之余，雅典市民就赠送汉巴罗斯“雅典市民权”。起初，亚历山大一直不肯相信汉巴罗斯会背叛自己，第一个向亚历山大报告这个消息的人还被认为是诽谤和诬告而被关到监狱里去。
亚历山大下令解散佣兵，使这些佣兵成为无所事事的流浪汉，这对安定的社会来说是相当危险的。这些佣兵有些是因为内战而受到放逐的政治犯，有些是因为受到经济衰退的影响不得不当佣兵以谋求生活。亚历山大的本意是让这些佣兵到殖民城市去从事建设工作，以减少对希腊各城市的危害；另一面，也希望他们自己的国家能够重新接纳他们，并恢复他们从前的身份和地位，对这些流浪的佣兵来说这应该是一大福音。可是他的理想和现实政治却格格不入，因为这么一来，那些国家凭空增加许多现实的矛盾和困扰。譬如说过去已经没收的财产如何发还？政治上的摩擦又如何清除？最重要的是，亚历山大过去一直向希腊诸国表示准许他们有政治上自治、独立的自由，可是他现在却露骨地表现出事事干涉的态度。
雅典对于亚历山大的处处干涉深表不满，因此萌生了反叛的心理。当汉巴罗斯带着金钱和佣兵来到雅典的时候，雅典和亚历山大之间的纠纷就变得更复杂了。当时当雅典正着手向亚历山大讨回萨摩斯岛，而汉巴罗斯所带来的佣兵和金钱以及大量的礼物对雅典的市民来说，简直是个千载难逢的好机会，当地的民众当然非常高兴。这个时候，亚历山大又给雅典下了一道命令：他自称是神的儿子，希望雅典能把他当神一样祭祀。亚历山大每做一件事，都是经过一番准备，而且一定要达到目的才肯罢休。古代的希腊市民会把特殊人物当做神一样祭拜，可是那都仅限于死去的英雄人物，从来没有在某人生前就把他当神一样祀奉的先例。但是这个时期的希腊人对神的态度已有所改变，对于亚历山大的这个要求倒是没有直接拒绝。但是雅典人却对他这种说法嗤之以鼻，甚至冷嘲热讽。当时，雅典有一位向亚历山大交涉归还萨摩斯岛的人曾经以讽刺的口吻挖苦亚历山大：“关于天上的问题，你用不着大做文章，最重要的是你脚底下的‘地’的问题，请你不要忘掉。”
不过对于那些徒具虚名的事，很多现实政治家们觉得并没有必要去争论什么，因此在市民大会之后，雅典人决定顺着亚历山大的心意——称他为神。雅典一心争取的就是“希腊的自治”，这才是最现实的事，亚历山大自大妄为的行为他们倒不介意，在这一方面，他们的态度很富弹性、能屈能伸。至于汉巴罗斯的问题，亚历山大曾经命令大批的舰队去威胁雅典，表示他态度的坚决和强硬。
因为知道雅典不会因为自己而与亚历山大开战，汉巴罗斯只好从雅典一路逃到克里特岛，最后被自己的部下杀害。
帝国融合