一、台湾当局政治地位的历史变迁
（一）1949年10月1日至1991年所谓“第一届中央民意代表”退职前台湾当局的政治地位
1949年10月1日，中华人民共和国中央人民政府正式成立后，在国内法意义上，“中华民国政府”作为中国这个主权国家的中央政府的地位已经失效。国民党政权退据台湾地区后，仍沿用“中华民国国号”及“国民政府”称谓在台湾地区进行事实统治，其地位只能是作为中国内战延续状况下一个地区的割据政权。在国际法的意义上，由于当时美国的干涉，国际社会多数国家特别是联合国仍以所谓“中华民国政府”为代表中国的合法政府，尽管中国政府以及与中国友好的国家一直坚决反对，但在诸多国际事务中，其仍然代表中国行使“主权”。就国内法而言，由于中国绝大多数人民和地域已经处于中华人民共和国中央人民政府的有效管治之下，所谓“中华民国政府”的上述“主权行为”并不能作为其仍是中国合法中央政府的证据。
在1971年联合国2758号决议生效前，所谓“中华民国政府”是国际社会多数国家承认的代表主权国家中国的。随着联合国2758号决议明确承认中华人民共和国政府是代表中国的唯一合法政府，并把蒋介石的代表从它在联合国组织及其所属一切机构中所非法占据的席位上驱逐出去，国际社会绝大多数国家不再承认所谓“中华民国政府”作为代表中国的合法政府的地位，所谓“中华民国政府”不论在国内法意义上还是在国际法意义上真正成为“台湾当局”。尽管其还与少数国家保持所谓“外交”关系，并继续实施签发“护照”等具有“主权行为”性质的活动，但不足以改变其台湾地区政权的性质。国际社会以及与中华人民共和国建交的国家只承认台湾当局为有效管治中国台湾地区的地方当局。而对于与台湾当局保持“外交”关系的少数国家而言，其仍是代表包括大陆地区、台湾地区在内的主权国家中国（名称为“中华民国”）的“唯一合法政府”。至今尚无一个国家同时在两岸保持这种关系，说明国际社会承认台湾与大陆同属一个中国，并非两个互不隶属的主权国家，也不是两个互不隶属的主权国家的政府。
（二）1991年“宪改”后台湾当局的政治地位
随着台湾地区的变革，台湾当局的政治格局和生态也发生了变化。1949年10月1日至第一届所谓“中央民意代表”退职之后由台湾地区居民选举产生的政府组成人员就职之前，台湾当局的政治性质为在中国内战中因失去大陆地区人民支持而失败并丧失中央政权地位，退据台湾地区的割据政权。此后，由台湾地区居民通过其所认同的“民主程序”选举产生的台湾当局，尽管仍然延续了所谓“中华民国国号”，但由于其在产生方式上的变化，强化了台湾地区大多数民众对台湾当局的“正当性”及“台湾是政治实体”的意识。只是这种政权产生方式的变化，并未改变台湾地区和大陆地区同是中国领土的法律现状，也不能说台湾当局因此就具有了独立主权国家政府的地位。实际上，很多人在两岸问题上，混淆了国家和政府这两个不同的概念，台湾地区一些人提出的所谓“中华民国地位问题”，在本质上其实是“中华民国政府地位问题”。而台湾当局提出的“中华民国四阶段论”，其实准确的表述应为“中华民国政府四阶段论”，即1912-1949年，“中华民国政府”在大陆（其间为代表全中国的中央政府）；1949年“中华民国政府”到台湾（因失去人民支持而在内战中失败，退据台湾）；1949-1991年，“中华民国政府”在台湾（内战延续状态下的割据政权）；1991年到现在，“中华民国政府”是台湾地区当局（经台湾地区居民通过其所认同的民主程序授权）。
二、两岸在不同时期相互的政治定位
两岸问题在很长时间内受到国共两党关系的影响。国共两党历史渊源很深。1949年以前的历史此处不再赘述。1949年后，两党的关系以海峡为界，发生了迥别以往的变化。中国的整个版图因国共两党的敌对而处于事实上的未统一状态，并因这种未统一状态而引入了外国势力的干涉。同时，由于台湾的历史原因、政治原因，以及国际方面的原因，两党关系问题也受到台湾的所谓“国际地位问题”、“联合国席位问题”、“国际组织地位问题”、“主权问题”、“台湾独立问题”等等的干扰。概括而言，自1949年至今，在这一历史阶段中，从两岸关系的状况考察，可以归结为五种状态：1.国共两党在各自实际控制、管辖的范围内拥有稳定的执政地位，采取对立的态度；2.国共两党在各自实际控制、管辖的范围内拥有稳定的执政地位，两党谋求对话的状态；3.国共两党在各自实际控制、管辖的范围内拥有稳定的执政地位，两岸实际接触对话的状态；4.共产党在实际控制、管辖的范围内拥有稳定的执政地位，国民党虽然在台湾岛内执政，但受制于台湾地区政党政治的发展，已经无绝对控制能力，必须谋求以所谓“政府”名义与大陆方面发展两岸关系的状态。5.共产党在实际控制、管辖的范围内拥有稳定的执政地位，民进党在台湾岛内执政，国民党作为在野党与共产党谋求以两党的沟通与合作带动两岸关系发展的状态。
（一）国共两党在各自实际控制、管辖的范围内拥有稳定的执政地位，但两岸军事对峙
1949年中华人民共和国中央人民政府成立，国民党政权退据台湾，当时两党仍处于武装敌对状态。当时，两党都坚持自己的正统地位，中国共产党宣布改国号为中华人民共和国，废除伪法统，宣告国民党政权在中国的统治就此终结；而国民党方面则坚称“国民政府是中国唯一合法政府”，指称中华人民共和国政府是非法政权。1950年3月1日，蒋介石恢复所谓“总统”职权，坚持“一个中国即中华民国”，“中华民国”是中国的唯一合法政府，有权对中国大陆地区（包括外蒙古地区）及台湾地区行使主权。国民党政权虽然仅仅占据台湾，但仍设立台湾省政府，其地位只是地方省级政府规格，并把台湾地区称作“自由地区”和“复兴基地”，称大陆地区为“沦陷区”，以“反共复国”为“国策”。蒋介石之坚持“一个中国”，一方面除有其民族情结外，更重要的是当时的客观形势使然，蒋介石要统治台湾必须有法理依据，必须保持大陆“法统”的延续才有执政的正当性和合法性，其文武百官才有合法行政的基础。
在对待对方的态度上两岸均采取最为敌视的态度，称对方为“匪”，国民党称中国共产党为“共匪”，而共产党称国民党为“国民党匪帮”，或“蒋匪帮”。双方在实际行动上也都在做着与对方直接进行武力对决的准备，大陆方面的口号是“解放台湾”，1949年3月15日，在新华社的社论《中国人民一定要解放台湾》中，中国共产党第一次提出了“解放台湾”的口号；国民党方面应对的口号是“保卫大台湾”；不久，朝鲜战争爆发，美国改变了对华策略，干涉中国内政，台湾当局面临的军事压力得以缓解，进而又提出要“反攻大陆”。这种口号并非空洞的言辞，而是有实际的行动为宣传背景的。自1949年以后，双方的武装对抗还是比较频繁的，台湾当局不断利用特务收集情报并进行破坏等敌对活动。1952年10月，国民党召开第七次代表大会，通过了蒋介石手订的《反共抗俄基本论》，将“反共抗俄”作为其“基本国策”，确定国民党要完成“复兴革命”、“光复大陆”的根本任务，并明确提出了“一年准备，两年反攻，三年扫荡，五年完成”的所谓战略计划。中国共产党方面，虽然早在1953年就调整了解放台湾的思路，提出解放台湾除了军事斗争以外还有其他方面的斗争，是一个综合性的任务，暗含了和平解决台湾问题的可能性，但并没有谋求对话的含意。
（二）国共两党在各自实际控制、管辖的范围内拥有稳定的执政地位，两岸谋求对话、接触
实际上，国共两党谋求对话早在20世纪50年代中期就开始有了端倪。其时，随着国内外形势的变化，中国共产党已提出了“和平解放台湾”的主张，并倡导第三次国共合作。1955年，周恩来总理在与缅甸总理的会谈时说：“只要蒋介石同意中国的和平和统一，同意和平解放台湾，并派代表来北京谈判，我相信即使蒋介石本人，中国人民也可以宽恕他。”鉴于当时中国政府表述政府观点的方式、方法，这个谈话应该是一次提出政府观点的比较正式的方式。在万隆会议上，有人问及台湾如果和平解放，中国政府是否可以委任蒋介石为将军时，周恩来回答：完全可以。1956年1月30日，周恩来在政协第二届全国委员会常务委员会的工作报告中，提出“为争取和平解放台湾，实现祖国的完全统一而斗争”的号召。2月4日，《人民日报》发表了《为和平解放台湾而奋斗》的社论。至此，中国共产党和平解放台湾的方针得以确立。其基本原则是爱国一家、既往不咎。此后，台湾方面也作出反应，双方进行了非正规的间接接触。1956年7月初，与蒋氏父子关系甚为密切的曹聚仁到北京，受到周恩来的三次接见，明确提出了第三次国共合作，并再次表示愿与国民党协商解决台湾问题。10月3日，毛泽东在接见曹聚仁时更提出，如果两岸和平统一，“一切可以照旧”，“台湾可以实行三民主义”。实际上，这已有了“一国两制”思想的基本内容。此后，蒋介石于1957年还曾派宋宜山到大陆进行沟通。
1959年3月底，台湾当局规定，今后对外提及大陆时，不再用“红色中国”或“共产党中国”，而称“中共政权”，提及国民党政权时，不用“自由中国”，而称“中华民国”。此后，虽然两岸关系随着国内外形势的变化，时有反复，比如在大陆三年困难时期，台湾当局曾再度打起“反攻大陆”的主意，大陆也在“文化大革命”中，一度在舆论上从“和平解放台湾”退回到“一定要解放台湾”，但基本上双方都维持现状。1961年，毛泽东在与苏加诺的谈话中提出：“如果台湾不作为一个国家，没有中央政府，它归还中国；那么台湾的社会制度问题也可以留待以后谈。我们容许台湾保持原来的社会制度，等台湾人民自己来解决这个问题。”据此，中央提出了“一纲四目”方针，它可以看做是“和平统一、一国两制”的雏形；台湾当局也先后执行“消极偏安”和“积极偏安”政策。
这个时期，两岸由激烈的军事对峙转化以政治对峙、国际场合的斗争为主，军事对峙为辅的冷战对抗状态，主要在联合国的中国席位代表权问题上角力。整个过程如果从1949年11月15日周恩来首次致电第四届联合国主席罗慕洛、秘书长赖伊，申明中华人民共和国中央人民政府是代表中国的唯一合法政府，所谓“中华民国政府”无权代表全中国人民发言，要求取消所谓“中华民国政府代表团”的一切权利算起（正式提出提案是1950年1月，苏联在联合国提出提案要求中华人民共和国取代当时担任常任理事国的“中华民国”），到1971年中华人民共和国政府取得联合国安理会常任理事国席位代表权，经历了长达20年的时间。台湾当局退出联合国后，虽有不少建议提出双重承认或多国体制模式的观点来防止“中华民国”在“外交”上的连续挫败，但蒋介石仍坚持“一个中国”立场，在“外交”上与大陆方面较劲，直到1979年中美建交，美国政府与台湾当局“断交”，台湾当局见大势已去才开始收场。
（三）国共两党在各自实际控制、管辖的范围内拥有稳定的执政地位，两岸实际接触、对话
1978年以后，国共两党逐渐走向了实际接触对话的状态。中共中央明确把“和平解放台湾”调整为“和平统一祖国”方针。1979年1月1日，全国人大常委会《告台湾同胞书》，标志着“和平统一”方针的正式提出。1981年，叶剑英就台湾问题向新华社发表谈话，进一步阐述了关于台湾回归祖国、实现和平统一的九条方针政策。1982年1月，邓小平提出了“一国两制”的政治概念；1982年，《中华人民共和国宪法》第31条中对特别行政区作了专门的规定，为一国两制的具体实施提供了法律依据。1983年，邓小平又提出了“邓六条”；1984年，六届全国人大二次会议的《政府工作报告》中，首次把“和平统一、一国两制”作为国家的基本国策。1992年10月，江泽民在十四大报告中提出：“在一个中国的前提下，什么问题都可以谈，包括就两岸正式谈判的方式问题同台湾方面进行讨论，找到双方都认为合适的方法。”