2． 第三阶段各个地区的反扫荡八路军的两个阶段的进攻，使日本深受震撼，日本为了稳固在华北的统治，从10月6日起，先后对华北各抗日根据地进行疯狂的报复“扫荡”，我军民则进行反“扫荡”。具体是：（1）晋东南反“扫荡”
日军第一军从10月6日至12月5日，先后“扫荡”晋东南的太行、太岳区。目的是打击第一二九师主力，毁灭抗日根据地，没办法，第一二九师还来不及休整补充，就不得不进行艰苦的反“扫荡”作战。
日军10月6日首先对太行地区进行扫荡。冀西武安日军出动800余人，开始“扫荡”阳邑。日军独立混成第四旅一部 11日从辽县、武乡出发，第三十六师一部从潞城、襄垣出发，两支部队共3000余人，14日自洪水、蟠龙、西营一线东犯东田、左会地区。八路军一二九师第三八五、第三八六旅，决死第一纵队等部，在内线阻击进犯之敌，新十旅在外线积极作战。15日上午新十旅2个团在和辽公路弓家沟伏击敌汽车运输队，毁敌汽车40多辆，歼灭押车日军100余人。吓得日军在17日纷纷退去。10月20日，从武安、辽县、武乡、潞城等地出发的日军第三十六师及独立混成第四旅等部近万人，开始对清漳河东西地区进行“扫荡”，重点指向中共中央北方局、八路军总部机关及第一二九师师部、晋冀豫边区党政机关所在地。由于日军报复太快，八路军在思想组织上都准备不足，主力部队只得在内线被动抗击，导致根据地遭受到连续数日疯狂的“清剿”和烧杀。26日，日军在回撤的路上又疯狂实行分区“扫荡”。根据地受到严重破坏和摧残。
八路军总部为了摆脱被动局面，下令要求第一二九师瞅准机会打击日军，迫使敌军不敢明目张胆大肆“扫荡”。29日，“扫荡”黄烟洞之敌 第三十六师500余人，辎重民夫400余人，在返回武乡路上，被八路军第一二九师的第三八五、第三八六旅主力、新十旅及决死第一纵队各一部包围在关家垴，拟于次日4时发起总攻。日军占领了制高点，进行顽抗，到31日拂晓，敌大部被歼，只剩下60多人死守阵地。后来由于黄烟洞方面援敌1500余人，在飞机10余架支援下已经压过来。所以第一二九师迅速撤出战斗。11月初，太行南部黎城、襄垣日军经西营企图合击东田及八路军总部所在地砖壁一带。第三八六旅奉命阻止敌人，掩护八路军总部转移。部队刚在大陌村一带部署就绪，敌军夺占大陌村部分阵地。第三八六旅顽强扼守，一直坚持到八路军总部顺利转移后才撤出战斗。太行区北部有敌2500余人到榆社后，对榆辽公路一带进行了反复“扫荡”。13日，日军先后退回据点。太行地区经过40天抗战，反“扫荡”结束。
日军分别以第三十七师一部从11月17日开始，从沁县等地，独立混成旅第十六旅一部从平遥等地，以第四十一师一个营从洪洞出发，共7000余人分路合击太岳区沁源及其以北的地区，由于太岳区八路军兵少，只得节节防守退却，分成沁源西、东两支，实施战略转移。日军实行“三光”政策，杀害群众5000余人，牲畜近万头，抢走7000余头，毁坏三四万间房子。太岳军区也及时利用日军四处扫荡的时机打击敌人，消灭日军约360余人，日军被迫于12月5日从太岳区撤退。
（2）晋察冀根据地反“扫荡”晋察冀边区反“扫荡”也非常残酷。首先平西革命根据地首当其冲，因为平西根据地直接威胁着日军华北方面军司令部驻地和华北伪政权中心北平，以及华北的主要交通线平汉、平绥，日伪军l万余人分10路10月13日攻向平西根据地中心三坡。14日，晋察冀军区指示平西根据地集中优势兵力，歼灭薄弱之敌。“以内外夹攻密切协同配合作战之方针，击退进犯之敌，粉碎敌之进攻”，“主力已处在内线的保持集结于机动位置，至适当时机，选择敌之薄弱部分解决之，主力免于分散；另以得力一部配合地方武装游击队开展广泛积极的游击战，于必要时主力再分途绕迂敌侧后”。运用游击战术，机动灵活，跳出敌人包围圈。日军进到中心区三坡后，烧杀抢夺。10月23日主力撤走，留下2000人修铁路和据点，抢占一些村庄，压缩根据地。
面对日军对太行和平西的扫荡，10月19日，八路军总部预计到进攻平西、太行区之敌均可能转而进攻北岳区，要求立即准备粉碎敌之“扫荡”的作战，各阶层切实配合，进行深入的战斗动员，主力应集结适当位置，准备坚决消灭一两路进犯之敌。并指示第一二九、第一二○师积极配合作战。晋察冀军区利用1个月时间进行休整，作了相应的部署。日军组织第一一○师等部和伪军共1.4万余人，11月9日首先对第一军分区所属地区“扫荡”。日军妄图逼迫军分区部队进行决战，一举消灭。
根据敌强我弱的态势，11月10日，晋察冀军区制定反“扫荡”的作战方针和部署，决定最先采取广泛积极的游击战，使日军在“扫荡”
中被消耗磨垮，主力兵团立即集结起来，置于机动位置，准备于适当时机打击敌人，歼灭敌之一路或两路，以扭转战局，彻底粉碎敌之“扫荡”；一切后方机关，均须适当编组，独立自主地分散在适当地区内转移隐蔽。八路军利用一切可以利用的机会截击敌人。由涞源、易县、保定等地来的日军6000余人，在进攻管头、银坊、黄土岭和神北等地后，分兵撤回。其中有800余人在撤回时，遭到八路军第一军分区集结第一、 第二十五团、第二十团的截击，死伤惨重。
11月13日，日军分别从完县、唐县等地调动日伪军2700余人，14日从定襄、五台等地调动日伪军约2600人，东西两线合击阜平以北的台峪。面对强敌，晋察冀军区司令部及第三、第五军分区指挥机关和 第二、第三、第六团等部队在敌合围圈即将形成之前，跳出包围。16日，日军合击台峪、张家峪地区，未能转移出去的游击军部队伤亡100余人。
11月21日，日军占领阜平后，由阜平向内，对第三军分区所属地区连续合击，反复“扫荡”、残酷烧杀。晋察冀军区部队主力，尽可能根据敌情变化，机动灵活，搞游击战术，不脱离根据地与敌周旋，有机会就袭扰敌人，反而使敌被动应付。如趁夜间袭击、化整为零的方式偷袭，使其日夜不安，使日军不得不退缩回据点。至12月3日，日军仅在阜平、王快、党城、曲阳之线，留驻1000余人，建设据点和维修公路，企图长期占据。为了拔掉深入根据地的日军据点，粉碎敌人扫荡。12月9日，晋察冀军区组织第二、第三、第四、第六团进行阜（平）王（快）战役，与日军发生激烈战斗，消灭敌人450人，炸毁汽车14辆，占据3个堡垒，迫使日军从阜平等地撤退。到1月4日，持续55天的晋察冀军区反“扫荡”基本结束，共毙伤日伪军2000余人，我军伤亡1382人。日军“扫荡”中，对冀中采取暂时守势。冀中抗日军民为配合各根据地的反“扫荡”，乘势开展了以破袭德石路为主的攻势作战。11月15日至17日，冀中第二十三团先后袭击武强小范镇，歼灭日伪军100多名，连袭深县、交河、郎里、富庄驿等地，攻克了杨庄、铺头日军据点，回 民支队和第二十二团一部围攻深泽县城，歼敌100多名；骑兵第二团破坏袭击沧石公路的深县至晋县段。第十六、第十七团与群众一道，向德石路中段的衡水至晋县间摧毁正在修复的铁路、桥梁和车站。冀中主要采取日扰夜袭，破坏了德石路的修复。其他各地的公路也遭到了破坏。冀中军民“在10天作战中，共毙伤日伪军1100多人，毁铁路10公里、公路240公里”，有力地配合了反“扫荡”作战。
（3）晋西北反“扫荡”
日军独立混成第十六旅等部约4000人，10月25日至11月上旬开始对晋西北第八军分区和第三军分区米峪、娄烦一带“扫荡”，遭到当地军民沉痛打击。日军驻晋南的第三十七师、驻晋东南的第四十一师各一部，12月中旬，配合驻晋西北的独立混成第三、第九、第十六旅及第二十六师各一部共2万余人，计划对晋西北彻底“扫荡”。为了反“扫荡”，10月30日，我军奉命组建晋西北军区，11月7日正式成立。下辖直属军分区及第二、第三、第四、第八、雁北等6个军分区。12月14日，晋西北军区指示各军分区：反“扫荡”作战方针基本上是游击战，但需有相当主力集结，以便机动；各分区需有1个团以上的兵力，以连、营为单位分散游击；各正规军派出的游击队及地方武装，须围绕着进攻之敌，不断扰击，并派一部在敌后破坏交通；各分区须负责保护粮食，立即帮助、检查群众坚壁清野工作。八路军对敌方针具有机动灵活的游击战和运动战，抓住时机袭击敌人，迫其撤出根据地。
12月14日起，日军各路开始对晋西北地区进行全面“扫荡”。从太汾、汾离公路据点出动敌5000余人，目标第八军分区米峪镇地区；从离石、柳林出动敌4000余人，目标临县地区；19日从岚县、岢岚等据点出动敌6000余人，目标兴县和保德以南地区。
至12月23日，日军侵占了晋西北大部分地区，开始有计划地实行烧光、杀光、抢光的“三光”政策。重点破坏八路军后方机关和设施，残酷摧残和破坏根据地。据不完全统计，此次“扫荡”中，群众被惨杀者达5000余人，仅兴县地区被抢、烧了15万斤粮食，仅第四军分区被抢、杀牲畜约5000余头，烧毁的房屋、窑洞约1.9万多间。
晋西北八路军利用游击战与日军周旋。师属教导团等部曾袭入兴县东关，又伏击“清剿”部队。第三五八旅和工卫旅，进行多次袭击和阻击“扫荡”米峪镇之敌。独一旅和决死第四纵队，不断袭击大武以北敌据点，破坏公路和交通。第四军分区部队多次袭击临县和安叶村，还袭击了方山、峪口、信义等据点。日军最后被迫采取对晋西北抗日根据地分割占领的方式，修公路，建立据点，长期固守。12月27日，晋西北军区指示各分区动员一切力量，打破日军修路筑点计划；命令第三五八旅负责打击岚县至大蛇头、普明至赤坚岭修路之敌，独一旅负责破击大武至临县公路，决死第四纵队破击大武至方山公路。根据安排，独一旅第二团组织群众2000余人两次破击大武、三交间公路；离石游击队带领群众两次破击离石至军渡间公路，毁公路30余里；第二、 第三十五团各一部，连续袭击汾阳至柳林公路线上的信义等据点。内线部队不断破坏敌新建据点周围的“维持会”。第七一五团一部与临县游击队进入临县县城，捕捉了南关“维持会”代表。决死第二纵队第四团在下曲镇诱伏文水之敌，歼日伪军100余人；工卫旅在太汾公路连续进行了破击战。独二旅第七一四团、暂一师第三十六团和雁北支队各一部，曾袭入神池、阳方口等据点，并3次袭入义井镇；第七一四团在朔县利民堡西南解家岭击溃了企图伏击该团的日伪军并歼其一部。第三五八旅第七一六团奉命由娄烦以西出发，三天赶到兴县界河口附近，与在该地区活动的第七团相配合，打击“扫荡”之敌与袭击驻扎之敌。日军修路建点计划失败。日伪军从1941年1月2日起，开始撤退，到1月24日全部退回原据点。晋西北军区冬季反“扫荡”，历时40天，歼敌2500余人，破坏公路125公里，桥梁23座，在战役中被敌侵占的所有城镇全部收复。