第五轮机构改革（2003年3月至2008年3月）：适应入世后宏观调控体制的需要
2003年3月国务院机构改革方案提请十届全国人大一次会议审议，启动了改革开放以来的第五次大规模机构改革。这次改革是在加入世贸组织的大背景之下进行的。改革的重点是，深化国有资产管理体制改革，完善宏观调控体系，健全金融监管体制，继续推进流通体制改革，加强食品安全和安全生产监管体制建设。这次改革设立国资委、银监会，组建商务部、国家食品药品监督管理局、安监总局，将国家发展计划委员会改组为国家发展和改革委员会，国务院组成部门变为28个。
第六轮机构改革（2008年3月至今）：明确将“服务型政府”作为改革目标，首试“大部制”思路
党的十七大报告提出探索实行职能有机统一的大部门体制，随后“大部制”成为机构改革的关键词。这次国务院机构改革是在以往改革基础上的继续和深化。新组建了工业和信息化部、交通运输部、人力资源和社会保障部、环境保护部、住房和城乡建设部。改革后，除国务院办公厅外，国务院组成部门设置27个。2008年的大部制改革迈出了关键的第一步，改变了中国以往数十年机构改革中简单的“加减法逻辑”，组建了以“大部制”为基本框架的政府机构，特别是明确将“服务型政府”作为政府机构改革的首要目标。由于这一轮“大部制”改革更多的是侧重于机构数量的减少，“整而不和”的问题仍然存在。
2013年国务院机构改革方案解读
根据2013年3月14日公布的《国务院机构改革和职能转变方案》，这次改革的重点是，紧紧围绕转变职能和理顺职责关系，稳步推进大部门制改革，实行铁路政企分开，整合加强卫生和计划生育、食品药品、新闻出版和广播电影电视、海洋、能源管理机构，共涉及18个部门职能调整。
实行铁路政企分开
将铁道部拟订铁路发展规划和政策的行政职责划入交通运输部。交通运输部统筹规划铁路、公路、水路、民航发展，加快推进综合交通运输体系建设。组建国家铁路局，由交通运输部管理，承担铁道部的其他行政职责。组建中国铁路总公司，承担铁道部的企业职责。不再保留铁道部。
近年来，中国铁路实现了跨越式发展，保障了国民经济平稳运行和人民生产生活需要，但也存在政企不分、与其他交通运输方式衔接不畅等问题。因此，社会各界对铁路改革呼声很高，有关方面对铁路改革已研究酝酿多年。为推动铁路建设和运营健康可持续发展，保障铁路运营秩序和安全，充分发挥各种交通运输方式的整体优势和组合效率，有必要实行铁路政企分开，加快推进综合交通运输体系建设。
中编办答疑
中央机构编制委员会办公室副主任王峰介绍，此次关于铁道部的改革，主要基于三点考虑。首先，现在在铁道部政企不分的情况下，现代企业制度建不起来，铁路资金问题长期得不到较好的解决，融资比较困难，改革的同时，也意味着资金筹措的渠道打开。其次，改革有利于从体制上或者机制上保障铁路运输的安全。最后，铁老大并入交通运输部有利于加快综合交通运输体系建设。
部委领导说
作为“末任铁道部部长”，盛光祖在2013年两会期间表示：“我当不当铁道部部长没有关系，关键是中国铁路要发展好。改革的好处是很大的，‘大部制’管理以后，对于中国的各种运输方式包括铁路、公路、水运、民航，经过国家的统一规划，形成一个整体合力，运输能力会有很大的提高。对于铁路本身而言，中国综合运输体系可以发挥自己的优势。运距远、运量大、环保、低排放，铁路可以得到更好的发展。
此外，政企分开以后，应该能够研究市场规律、适应市场，更好地服务，同时也取得更大的发展空间。”
代表委员谈
全国政协委员、交通运输部副部长高宏峰表示，这次改革将进一步推进中国综合交通运输体系建设，也是进一步提高组织运输化程度，提高运输效率的一个重大举措，改革能够更好地发挥和完善交通行业的体制，发挥企业的作用和职能。全国人大代表、大连港集团有限公司董事长惠凯说，铁道部和交通运输部的整合有利于构建多种运输方式综合的大物流体系，有利于统一协调、统一规划、统一政策，更好地发挥交通对经济发展的促进作用。全国人大代表朝克说：“从某种程度上讲，铁道部的改革，是打破了计划经济的最后堡垒。现在深水区的改革就是割自己身上的肉，此次铁道部的割肉式改革，体现了政府坚定的改革决心。”
专家深解读
北京交通大学经济管理学院教授赵坚表示，铁路的政企分开是多年没有解决的一个问题，现在开始终于拉开了交通运输领域改革的序幕。
国家发改委综合运输经济研究所研究员董焰说，铁道部的拆分和“大交通部”的成立是改革向前推进非常重要的一步。政企分开之后，政府和企业各司其职，效率也会更高。下一步需要进一步明晰各部门职能，把一些遗留问题和障碍性的问题逐步化解。政企分开之后，铁路投资理论上可以对一切资本开放，但是由于铁路运输的特殊性质，一般的民企很难承担一个重要线路的建设运营，但是一些边缘的支线可以打破玻璃门让更多的企业进入。此外，还可以通过发行股票、债券的方式让一般的老百姓参与其中，同时这也是铁路融资的一种方式。同济大学教授孙章表示，未来20年铁路仍然面临很大的运力需求增加，如何利用好黄金期，开放投资、引入竞争、降低社会资金进入门槛是其中关键。
组建国家卫生和计划生育委员会
将卫生部的职责、人口计生委的计划生育管理和服务职责整合，组建国家卫生和计划生育委员会。主要职责是，统筹规划医疗卫生和计划生育服务资源配置，组织制定国家基本药物制度，拟定计划生育政策，监督管理公共卫生和医疗服务，负责计划生育管理和服务工作等。同时，将人口计生委的研究拟订人口发展战略、规划及人口政策职责划入发展改革委。国家中医药管理局由国家卫生和计划生育委员会管理。不再保留卫生部、人口计生委。
中国实行计划生育以来，计划生育事业取得历史性成就，有效缓解了人口对资源环境的压力。近年来，医疗卫生事业取得显着成绩，但目前卫生与计划生育服务体系资源分散、重复建设的问题日益突出。计生部门从中央直至乡镇的服务体系，开展生殖健康、母婴保健等医疗服务，与医疗卫生机构的服务内容相同。同时，在新的形势下，计划生育工作需要在继续稳定低生育水平基础上更加注重提高出生人口素质，医疗卫生服务水平也需要不断提高。
中编办答疑
中央机构编制委员会办公室副主任王峰表示，合并后，两个机构中相似的职能将被“兼并重组”，而两个机构中医疗卫生和计划生育的职能同时被加强，资源充分利用，另外也方便老百姓办事。现在可以利用的资源更宽了，更大了。因为卫生领域的资源它也可以利用了，卫生系统是比较庞大的。反过来，卫生院、卫生系统医疗服务也得到了加强，它可以对计划生育系统的一部分资源加以利用。
部委领导说
时任卫生部部长陈竺表示，在组建新的国家卫生和计划生育委员会后，计划生育国策必须坚持，医药卫生体制改革也处于关键时刻，必须继续推进工作。在机构改革的过程中，必须要很好地做好整合，“人心不能乱，队伍不能散，工作不能断”。针对有媒体问组建“国家卫生和计划生育委员会”是否意味着计划生育政策的松动？全国政协委员、卫生部副部长陈啸宏表示，计生工作不会弱化，而是会加强。卫生和计划生育职能整合在一起，国家的目标很明确，就是要提高出生人口素质和人民群众健康水平。
代表委员谈
全国政协委员、时任北京市卫生局局长方来英认为，国家机构改革方案确定后，对基层卫生服务和计生服务的职能，将更有促进作用。两种服务力量融合在一起，最终目标是提高出生人口素质。全国政协委员、上海市卫生局副局长黄峰平表示，改革将使人口计生服务管理的有效性得到加强。改革后，从计生服务、优生干预、围产期随访、母婴健康、儿童生长发育等方面，从信息获取、分析管理等层面，都更有力、更直接。机构改革将有效减少扯皮，提高行政管理的效率。全国政协委员、湖北省人口计生委主任杨云彦表示：“组建国家卫生和计生委，有利于整合资源，进一步做好计划生育工作。”这体现了改革发展取向，符合时代要求。
专家深解读
在中国社科院人口与劳动经济研究所副所长张车伟看来，卫生部与国家计生委在过去有多个职能都是重叠的，两部门管理，有时候并不能将职能发挥最大化，部门结构捋顺后，会有利于卫生方面的统筹管理。
北京大学人口研究所教授陆杰华表示，计生和卫生两大部门将在优化现有职能的同时，发挥自身资源优势，一方面，计生部门在全国范围内建立的服务网已较为健全成熟，可以起到服务网底的作用，提供信息资源；另一方面，除医疗服务外，作为卫生部门另一主要功能之一，公共卫生服务有技术和硬件优势，两者优势互补，即可在孕产妇的围产期保健、产后访视等方面提供更好的初级保健服务、降低新生儿和孕产妇死亡率。此外，“二合一”的整合势必将减少行政审批环节，办一个准生证盖40多个章，街道、卫生、计生等多部门来回“踢皮球”的情况也将得到改观。生育险和医疗险的接合也可以期待。
组建国家食品药品监督管理总局
将食品安全办的职责、食品药品监管局的职责、质检总局的生产环节食品安全监督管理职责、工商总局的流通环节食品安全监督管理职责整合，组建国家食品药品监督管理总局。主要职责是，对生产、流通、消费环节的食品安全和药品的安全性、有效性实施统一监督管理等。将工商行政管理、质量技术监督部门相应的食品安全监督管理队伍和检验检测机构划转食品药品监督管理部门。保留国务院食品安全委员会，具体工作由食品药品监管总局承担。食品药品监管总局加挂国务院食品安全委员会办公室牌子，不再保留食品药品监管局和单设的食品安全办。
当前，人民群众对食品安全问题高度关注，对药品的安全性和有效性也提出更高要求。现行食品安全实行分段监管体制，质量技术监督部门管生产、工商行政管理部门管流通、食品药品监督管理部门管消费。
多个部门监管，监管资源分散，每个部门力量都显薄弱，资源综合利用率不高，整体执法效能不高。既有重复监管，又有监管“盲点”，不利于责任落实。同时药品监督管理能力也需要加强。
中编办答疑
中央机构编制委员会办公室副主任王峰表示，过去，食品监管采取分段管理，本来一个相互联系非常紧密的监管环节，被切成三段了。这往往会出现一些问题，要么重复检查、重复管理，要么就形成监管漏洞、形成空白。这次把这三段合起来，第一，解决了分段管理多年没解决的问题，使得机构头绪少了。第二，过去在分段管理体制下出现的问题，有望得到解决，至少可以在体制上，避免监管的漏洞，使得监管能够更到位。
部委领导说
全国政协委员、国家食品药品监督管理局原局长邵明立表示，食品安全问题并非是某一个部门就能解决的，此次整合后这个职能是相对集中的，符合中国经济社会发展的阶段性特征。但是，这并不能解决食品和药品安全领域中的所有问题。重要的是要靠党中央国务院重视，各级政府重视，靠所有相关部门的密切合作，靠所有相关企业高度负责以保证质量。不管是生产食品的，还是生产药品的，只要是从事这个行业的都是产品安全的第一责任人，一定要高度负责，这是更重要的。
代表委员谈
全国政协委员、国际欧亚科学院院士刘昕表示，本轮国务院机构改革整合了四大监管部门，这是在中国现有国情下，协调统筹各方观点后做出的合适的选择。全国政协委员、国家食品药品监督管理局副局长焦红表示，按目前中国幅员辽阔的地域分布特点和产业结构特点，既有国际化食品的生产，也有家庭和地方的传统生产。从众多的食品生产方式、流通、特有的地方民俗饮食习惯来说，目前最可行最好的提高效率方式是尽可能地整合部门职责向一两个部门集中，完全由一家来完成食品监管的职能是有很大难度的，因此，还需要加挂很重要的办公室职能，以协调农业部、卫生部和食品安全相关的其他部门。全国政协委员、国家行政学院副院长周文彰也认为，原来的食品药品监管局和各个部门的食品监管职能划归一个部门，一旦出现问题也容易问责。
专家深解读
政府监管研究学者、中国人民大学公共管理学院副教授刘鹏说，此次改革最直接的影响，就是老百姓能够更清晰地分清食品安全监管部门的职责，明确食品安全的投诉部门，更容易获得食品安全信息，企业在食品安全管理方面的行政成本也有望降低。复旦大学公共卫生学院教授厉曙光说，对生产、流通、消费环节的食品安全和药品的安全性、有效性实施统一监督管理，可望有效改变监管部门“各说各的话、各唱各的调、好事管坏事推”的情况。上海市奶业行业协会副秘书长曹明是认为，此次机构改革后，食品安全监管从源头到餐桌的全链条监管可能实现。