红四军主力出击赣南，没有实现“围魏救赵”的计划，但逐步开辟了赣南、闽西革命根据地。与此同时，在井冈山根据地的基础上，也逐步形成了一个新的根据地，即以永新为中心的湘赣革命根据地。
（一）湘赣边界地方党组织的恢复
井冈山失守后，湘赣边界党的组织也遭受不同程度的破坏。边界特委在遂川大汾被冲散，特委书记邓乾元不知下落。除永新县党组织保存完好外，宁冈、莲花、酃县、茶陵的党组织都有很大损失，遂川只剩一个书记和几个基层支部，遂川与永新、茶陵的关系也被隔绝。
当此严峻的形势，1929年2月中旬，中共湘赣边界特委常委兼特委巡视员来到九陇山，召集中共永新、茶陵、宁冈3县县委联席会议，成立中共湘赣边界临时特委，刘真、朱昌偕、宛希先为常委，朱昌偕任书记，机关设在永新的小江区。
3月11日，原边界特委副书记陈正人历尽艰辛，从遂川来到永新，与宛希先、朱昌偕等会合。14日，陈正人主持召开特委扩大会议，决定将原正式特委及3县县委联席会议产生的临时特委取消，另行组织中共湘赣边界临时特委。朱昌偕、何长工、宛希先、刘真、陈正人为特委常委，刘宗义、王怀、龙超清、谭思聪为候补常委，朱昌偕为书记。会议决定召开中共湘赣边界第三次代表大会，产生正式特委。在新的边界临时特委领导下，永新、茶陵、宁冈等县党的组织大部分恢复健全起来，并开展了正常的活动和斗争。在此期间，临时特委沟通了与莲花和遂川党组织的联系，边界共有党员3000人。
不久，原特委书记邓乾元回来，原特委5个常委有4个人重新会合。于是，召集原特委扩大会议，决定恢复特委工作，领导湘赣边界工农群众继续与敌人展开游击斗争。
5月10日，中共湘赣边界特委在宁冈古城召开第四次执委扩大会议。会议着重讨论4月13日毛泽东以红四军前委名义给特委的信。前委的信中高度赞扬东固革命根据地的斗争经验。来信指出，在接近总暴动之前，党、政、军、群组织处于秘密状态这种形式是最好的。执委扩大会议根据东固根据地的经验和边界斗争实际，重新研究和部署了工作。会议决定，边界由公开割据改为公开与秘密相结合的割据；党组织由公开转为秘密；党的领导机关由山上转到山下；赤卫队改为游击队，克服守土观念，开展灵活机动的游击战争。会议改组了特委常委会，邓乾元、朱昌偕、刘天干、陈正人、刘真、谭思聪为常委，邓乾元为书记，刘天干为副书记。
5月20日，湘赣边界特委就边界的党务、事务、土地革命、游击区域等问题向江西省委作了详细报告。8月，特委书记邓乾元又亲赴武汉、上海，向中央详细报告了边界的情况。9月6日，江西省委就党的改造、游击战争、群众工作等8个问题，给湘赣边界特委作了明确的指示。
9月25日，中共中央给湘赣边界特委发来指示信，指定边界特委归江西省委领导，管辖永新、莲花、安福、宁冈、攸县、酃县等县。同时派出彭清泉巡视并指导边界特委的工作。至此，湘赣边界地方党的组织得到了全面恢复。
（二）边界逐步收复及彭德怀部重返井冈山
井冈山失守后，李灿率红五军第一大队、王佐所部隐蔽到井冈山密林深处，在群众的支持下，不断地骚扰和打击敌人。
3月上旬，蒋介石与桂系军阀的矛盾激化，处于临战状态，“会剿”井冈山的湘、赣两省国民党军队陆续撤离边界。侵占井冈山和九陇山的湘军于3月2日由莲花、宁冈、永新分途向高安开拔。
何长工得到消息后，认为这是把敌人赶出五大哨口的好机会。他连夜和李灿、王佐协商，决定集中兵力消灭驻扎在茨坪的贾少棣挨户团。
第二天拂晓，何长工、李灿、王佐带领部队向敌人发动进攻。敌人遭到突然袭击，慌忙逃窜。红军分路进行追击，共歼敌130余人为了集中兵力应敌，李灿部、王佐部和边界地方武装组建了边界红军独立第一团。4月间，独立第一团打破了宁冈、永新、茶陵、酃县4县联防“会剿”，收复了宁冈、莲花等地。而在另一方面，从井冈山突围的红五军也踏上了重返井冈山的征途。
1929年4月11日，红四军前委扩大会议同意了彭德怀提出的率红四军第五纵队（由红五军及红四军三十二团改编而来，习惯上仍称红五军）打回井冈山、恢复湘赣边界政权的意见。
14日，彭德怀和伤愈归队的滕代远率部离开雩都向井冈山进发。途经信丰时，郭一清率赣南红二十六纵队170余人编为彭德怀部保卫大队，郭一清任大队长，黄达任党代表。随后，部队经过南康、上犹、遂川等地，历经近20天的拼杀，于5月2日回到茨坪。彭德怀分别会见了坚守井冈山的王佐、何长工、李灿等人。
第二天上午，红五军、游击队、赤卫队在茨坪北桥召开茨坪和大小五井群众大会，向群众宣讲红五军为什么要回井冈山的道理。彭德怀从军中拨出2000银元接济百姓。会上，茨坪和大小五井的男女老少每人分得一块银元。
此后，新成立的湘赣特委的决定，边界红军独立第一团编为红五军第六纵队，以王佐为纵队司令。根据湘赣边界游击计划，红五军以永新、宁冈、莲花、茶陵4县为中心，开展遂川、万安、泰和、安福、吉安、萍乡、万载、攸县、酃县、桂东等地区的游击战争，打击敌人，扩大革命根据地。
（三）袁文才、王佐被错杀与井冈山陷落
前面我们说过，1929年初柏路会议上，毛泽东传达中共六大文件时，隐去关于“杀戮土匪首领”的内容，而在紧接着的小范围讨论中，毛泽东说服了一些人，认为袁文才、王佐不能杀。
然而，湘赣边界领导人在毛泽东率红四军主力离开井冈山实施“围魏救赵”计划后不久，就改变了毛泽东对袁、王的分析和定性，坚持认为袁、王是“土匪首领”。再加上党内“左”倾错误的影响、井冈山由来已久的土客籍矛盾的不断激化、袁文才和王佐自身的一些不足等复杂的原因，悲剧最终酿成。1930年2月24日，袁文才、王佐在永新被错杀。袁、王被错杀，其后果非常严重。袁文才旧部的连长谢角铭把茶陵县靖卫团团总罗克绍带回茶陵释放并发表反共通电，王佐的哥哥王云龙将其部下带到遂川投奔反动民团首领肖家璧并发表反共通电。随后，王云龙被国民党委任为井冈山防共“剿匪”指挥部主任，带领国民党军队进驻井冈山。从此，苦心经营两年多的井冈山军事根据地沦为白区。以后，宁冈、永新党组织和地方武装几次想打进井冈山都未能成功。直到1949年江西全境解放时，井冈山才获得解放。
到20世纪50年代初，袁文才、王佐被追认为革命烈士。1965年5月，毛泽东在重上井冈山时，接见了袁文才与王佐的遗孀，对她们说：“袁文才、王佐为中国革命的胜利作出了贡献。”
（四）湘赣革命根据地的形成
1929年5月10日，湘赣边特委召开第四次执委扩大会。鉴于井冈山根据地被敌占领，会议确定以永新为中心，建立新的根据地。经过一年的艰苦斗争，逐步形成了以永新为中心的新的根据地，实现了边界特委政治、军事中心的转移。
赣西南地区在1929年前也相继发生了万安暴动、吉安东固与延福暴动，建立了东固与延福两小块根据地。1929年间，在赣西、赣南两特委的领导下，这个地区的革命斗争获得了新的发展。湘东南地区在秋收起义和湘南暴动之后，各地党组织领导群众开展各种形式的斗争，建立武装，积极开展游击战争，建立根据地。1929年11月，将赣西和湘赣边两特委领导的地方武装合编为红六军（后改为红三军），继续开辟赣西根据地。
1930年2月，赣西、赣南、湘赣边3特委合并为赣西南特委，随后，成立了赣西南苏维埃政府。由此，在井冈山、赣西南、湘东南地区革命斗争基础上，开始逐步建立发展起来湘赣革命根据地。
1930年10月7日，江西省苏维埃政府在吉安成立。江西红色割据区域的革命斗争从此有了统一的领导机关，这为后来中央革命根据地的形成和苏维埃中央政府的建立奠定了坚实的基础。