陈云在传达提纲中，还对遵义会议之后的一些组织安排作了简要介绍：“扩大会完毕后中常委即分工，以毛泽东同志为周恩来同志的军事指挥上的帮助者。在由遵义出发到威信的行军中，常委分工上，决定以洛甫同志代替博古同志负总的责任。”这些新的改变都是在遵义会议结束后，在行军途中作出的。在一定程度上，遵义会议党中央作出的正确决策，是一个时间段内而不只是3天。
（一）中央在遵义会议后的行军途中边战边实现党权和军权的交接
遵义会议开完之后，中国共产党并不是一切顺利，前途就无限光明了，万里长征只是走了一半。中国共产党的领导人也不知道在他们开完遵义会议之后会发生什么。中央红军仍然面临着几十万敌军的围追堵截，也有可能一着不慎陷于灭顶之灾，严峻的历史考验新的中央领导。张闻天、毛泽东、周恩来、朱德等为首的党中央只能抖擞精神，迎接新的挑战。遵义会议的成果在进一步扩大，其中也经历过曲折，差一点前功尽弃，最终在会理会议得到稳固。成败转换中更好地体现了毛泽东机动灵活、合理听取建议、夺取胜利的高超指挥艺术。
在中央获得发言权的毛泽东真想一展身手，实现自己被压制的雄心壮志。但是天公不作美，一开始，毛泽东指挥的土城战役打了败仗。这是给毛泽东减分的战役。
毛泽东后来在八大预备会议第二次全体会议上讲过曾经打过四次败仗，其中土城战役是其中之一。也许很久没参与决策，对军事指挥生疏了。其实，还是那句话，知彼知己，百战不殆。土城失败的原因在于不知对方实力有多大，不知彼，轻敌，导致失败。
1935年1月19日，中央红军撤出了遵义城。20日下达“渡江作战计划”。22日告知四方面军配合一方面军过江。23日，潘文华命令郭勋祺率领两个旅在赤水河东岸拦截红军入川。25日红军占领土城，而川军占领赤城，渡江难度大增。27日，林彪的一军团在赤水城南与川军交火。28日，红五军团和三军团在土城东青杠坡与郭勋祺展开决战。郭部不是红军估算的六七千人，而是一万多人，战斗力非常强。朱德、刘伯承都不得不上了前线。
当晚，毛泽东提议召集中央政治局几个领导人开会。会议根据各路国民党军队正奔集而来进行围堵的新情况，判明原定在这里渡长江的计划不能实行，决定迅速撤出战斗，渡赤水河西进。按哈里森·索尔兹伯里的说法是：“这一仗实际伤亡数字没有记载。从共产党和国民党的一些材料看，双方伤亡均十分惨重。国民党的统计材料认为，共产党方面伤亡了2000多人。共产党方面现在无人敢于估计当时的伤亡情况，甚至也不愿提到国民党的数字，因为数字太高，容易造成错觉。毛泽东在掌握领导权后的第一仗中幸免于难。青杠坡这一仗不会载入史册。”博古曾说：看起来，狭隘经验论者指挥也不成。
1月29日，红军一渡赤水，进入川南古简、叙永地区。2月5日，遵义会议的后续工作进一步进行，在川黔滇交界的鸡鸣三省的地方，张闻天代替博古负总责，最高领导人实现替换。确定毛泽东为周恩来军事指挥上的帮助者。遵义会议的成果进一步丰富。
对于张闻天代替博古担任总负责人，至今有以下争论。一是张闻天在1943年延安整风笔记中说：“当时政治局许多同志推举我当书记”。一是周恩来、杨尚昆、聂荣臻在回忆中，都说赞成毛泽东出来领导。对于张闻天代替博古及与毛泽东的关系，现在有一说法，周恩来同博古有一次长谈。他说你和我都是做具体业务的人，不合适做领袖。毛泽东搞农民运动出身，熟悉中国国情。他经过井冈山斗争，总结出打游击战、运动战的经验，有很强的军事才能，也是很有智慧的帅才。只有他能率领红军打败蒋介石，这是最重要的。所以遵义会议周恩来力主他进入政治局常委，参与军事领导。你的讲话不检讨军事路线错误，遭致很多人不满，促使我不得不站出来检讨反“围剿”失败的领导责任，批评你的错误。会议发展到集中批评你，是因为大家憋了一肚子话要说，你应想开些。对毛泽东，你要看大处，希望你能抛弃和他的前嫌，同心同德，一切为了打败蒋介石、建立无产阶级新政权这个大局。这一席谈话，使博古解开了思想疙瘩，他服从革命事业的需要，顺利实现了博洛交权。
为摆脱川军，2月8日，红军进驻云南的扎西，召开会议总结土城失利原因。当红军集结扎西时，蒋介石从贺国光、薛岳送来的情报中，获悉中共在贵州遵义召开了重要会议，毛泽东已获全权指挥红军的行动，与毛泽东多次交手、深知毛泽东厉害的蒋介石不敢怠慢，迅速调整了围歼红军的作战部署。这样，敌人的主力大部被红军吸引到川、黔边境，黔北兵力出现空虚。
2月16日，中共中央和中革军委发布《告全体红色指战员书》指出：“为了有把握的求得胜利，我们必须寻求有利的时机与地区去消灭敌人，在不利的条件下，我们应该拒绝那种冒险的没有胜利把握的战斗。因此红军必须经常的转移作战地区，有时向东，有时向西，有时走大路，有时走小路，有时走老路，有时走新路，而唯一的目的是为了在有利条件下，求得作战的胜利。”明确体现了毛泽东灵活机动的作战思路。
2月20日前后红军二渡赤水河，回师黔北。2月28日二次夺取遵义。这次战役，先后击溃和歼灭国民党军队两个师又8个团，俘敌约3000人，取得长征以来最大的一次胜利。毛泽东高兴地赋诗《忆秦娥·娄山关》：西风烈，长空雁叫霜晨月。霜晨月，马蹄声碎，喇叭声咽。雄关漫道真如铁，而今迈步从头越。从头越，苍山如海，残阳如血。
毛泽东因此役获得更多赞誉。但是蒋介石却气急败坏，哀叹遵义战役失败是“国军追击以来的奇耻大辱”。为雪此耻，他亲自飞到重庆“督师”，要与中央红军和毛泽东决一雌雄。他自任战场指挥官，于3月3日发出电令：“本委员长，已进驻重庆，凡我驻川黔各军，概由本委员长统一指挥，知无本委员长命令，不得擅自进退。务期共同一致完成使命。中正手令。”蒋介石部署重兵在川滇黔边界，想一举全歼红军。
3月初，担任中共中央总负责的张闻天，看到毛泽东成功指挥红军，不断取得胜利，所以他提议成立一个前敌司令部，请毛泽东到前方担任前敌总指挥。3月4日中革军委朱德（主席）和周恩来、王稼祥（副主席）签发命令：“为加强和统一作战起见，兹于此次战役特设前敌司令部，委托朱德同志为前敌司令员，毛泽东同志为前敌政治委员。”不过整个军事领导的体制依然保留，周恩来仍是军事上下最后决定的负责者。这样毛泽东就有权在前线更好地指挥红军作战。
3月8日，毛泽东和军委纵队进驻苟坝。这里毛泽东经过大悲大喜又获得一次加分的机会，用实际行动证明了自己的才能比其他红军将领高出一筹。事情是这样的：3月10日红一军团林彪和聂荣臻以“万急”致电军委，建议野战军攻打打鼓新场，并且提出了5条具体建议。周恩来与多数军委委员赞成攻打打鼓新场。但是毛泽东根据他对敌情的了解，认为黔军、滇军正纷纷向打鼓新场集结，完全不同意进攻打鼓新场。10日，张闻天召集军委开会围绕是否进攻打鼓新场问题，展开了激烈的争论。争论的结果是绝大多数与会者都赞成攻打鼓新场，仅毛泽东一人持反对意见。他又孤立了。应该少数服从多数，但是这是事关红军生死存亡的时刻，毛泽东不肯妥协，坚决不同意打，没办法，毛泽东只得说：“你们硬要打，我就不当这个前敌司令部政委了！”有人说：“少数服从多数，不干就不干。”
主持会议的张闻天没办法，建议交付军委会议表决。举手表决不但通过了进攻打鼓新场的林、聂电报的建议，同时也就把毛泽东刚上任一个多星期的前敌司令部政委表决掉了，由彭德怀暂代。会后，毛泽东再三反思，不能打。晚上披上衣服，提上马灯，决定再找周恩来去做工作。他对周恩来说，进攻打鼓新场的命令，晚一点发吧，还是得好好考虑一下。周恩来采纳了毛泽东的建议。第二天早上军委又开会，毛泽东和周恩来说服了与会者，放弃了进攻打鼓新场的主张。3月11日军委发出《关于我军不进攻新场的指令》。事实证明毛泽东是正确的。在打鼓新场附近，聚集了国民党周浑元和吴奇伟纵队，孙渡和郭勋祺纵队。如果打，红军有迅速被敌人“包饺子”的危险。多亏毛泽东棋高一着，坚持不打并说服周恩来，避免了红军的重大损失。
这次争论进一步提高了毛泽东的声望。通过此事，毛泽东建议，成立三人军事小组，以便集中指挥。作为中央总负责的张闻天通过这件事，认识到军事指挥必须临机决断，经常开中央会议决定重大军事行动，对军事指挥不利，自己对打仗不熟悉，成立以毛泽东、周恩来、王稼祥三人为成员的中央新“三人团”，便于作出决断。所以，3月12日张闻天就在苟坝附近召开中央政治局会议，将成立“三人团”的提议提交会议讨论。会议决定由周恩来、毛泽东、王稼祥组成三人军事领导小组，团长是周恩来。三人军事领导小组是党中央当时最重要的领导机构。
至此，遵义会议变换领导的重要决策可以说最终完成。
毛泽东进入了当时最重要的军事领导机构，这样毛泽东的正确主张更容易得到实施，也说明毛泽东的军事指挥才能得到全党认可。张闻天到延安后曾对他夫人刘英提起过这段经历说，从此以后，长征的军事行动就在毛泽东指挥下进行。四渡赤水，佯攻昆明，巧渡金沙，迂回 穿插，打得十分主动，牵着蒋介石的鼻子走，红军跳出了包围圈。实践证明毛泽东的指挥是正确的，而且完全称得上是英明的。
这样，军事问题都是最后由毛泽东、周恩来、王稼祥决定。由于毛泽东多谋善断，周恩来、王稼祥又是一直赞同毛泽东的军事才能，所以三人能够团结一致，使红军军事上不断取得胜利。也许是性格原因，毛泽东是非常自信、强势的人。周恩来善于四面八方，长于贯彻具体事务搞统战，慢慢地成了毛泽东的最好的副手。
担任过红九军团政治部主任的黄火青曾说过：我们打胜仗靠的是毛主席战略方针路线，但每次战役布置，使战争胜利是靠周副主席指挥。周恩来指挥作战，一贯重视“知己知彼”，这给大家留下了深刻的印象。他在作战前，总要首先认真研究敌我双方的军情，每天夜里他都要研究清楚了，再下命令到各个部队，哪个部队到哪里，后方应做什么，然后到三四点钟才去睡觉。他的精神特别好，年轻人都熬不过他。周恩来对敌人中哪个是嫡系，哪个是杂牌军，作战能力如何，都很清楚；对我们自己哪个师战斗力强，哪个战斗力弱，更是了如指掌。因为熟知敌我双方，他就能让我军各个部队发挥各自的专长。
对于周恩来与毛泽东特殊关系的确立，美国作家哈里森·索尔兹伯里在《长征——前所未闻的故事》一书中，曾有过一段恰当的描述：周恩来以其政治家的风度和杰出的才智而著称。他有丰富的军事经历，曾任黄埔军校的政治部主任。他在莫斯科学过军事，并在血雨腥风的上海和大胆的南昌起义中进行实践。而在长征之前他还在南方打了三年多仗。无论从哪一方面来讲，他都是杰出的人物，他具备足以担当一名领袖的才能和背景。他现在已全力支持毛泽东，直至1976年生命终结之时，他都从未对毛泽东的领导提出过任何异议。对于周恩来之所以作出这一抉择的复杂因素，不可能完全弄清楚。对他内心深处的感情，人们没有足够的了解。但是从遵义以后，不论他担任何种职务，实际上他都充当了毛泽东的参谋长。