所谓讲科学，就是实事求是，讲真话。笔者要求自己做到：
（1）成绩要讲够，但提法要有分寸，符合实际，不说过头话。比如，第三章政治建设用“开创人民当家作主的新时代”作标题，是比较贴切的。汉朝、唐朝、清朝、中华民国治理新疆采用的政治体制，一方面反映了历史发展和社会进步的历史轨迹；另一方面又体现了剥削阶级剥削压迫广大劳动人民的实质没有改变，广大劳动人民仍然处在被压迫被剥削的境地。新中国与以往不同的地方，就是开创人民当家作主的新时代。（2）不回避曾经犯过的错误，及由此造成的损失。本书对1958-1978年20年间“左”倾错误造成的影响，特别是“文化大革命”对新疆造成的危害，如实加以记述。对改革开放以来，在处理民族、宗教问题上发生的失误也不回避。历史是不应忘记的，认真吸取犯错误的深刻教训，就可以少犯错误或不再犯同样性质的错误。三是着重阐述改革开放30多年来新疆所取得的重大成就。事实雄辩地证明，改革开放是决定当代中国命运的关键抉择，当然也是决定当代新疆命运的关键抉择。
中国特色社会主义道路是新疆人民的发展之路、成功之路、幸福之路。
总之，60多年来，中国共产党为新疆各族人民做了许多实事、好事，这是新疆历史上历代新疆地方政权不可比拟的。中国共产党所犯错误也是自己纠正的，一个能够纠正自己所犯错误的党“该具有多么大的内在力量呵！”
因此，我们要理直气壮、大张旗鼓地宣传60年的成就。我们对国内外敌对势力对新疆的诬蔑和攻击，最好的反击方法是拿事实说话，事实是最有说服力的。本书就是为各级领导干部提供“拿事实说话”的依据。
（三）对中共新疆地方史的研究做一个总结
笔者1961年10月从新疆大学调往新疆军区生产建设兵团政治干部学校（今兵团党校前身）中共党史教研室当教员开始，就与中共党史教学和研究结下了不解之缘，至今已50余年。虽然中间曾一度下放农场劳动和工作，但并未完全中断党史的学习和研究，1980年落实政策，调到自治区党校中共党史教研室任教，给了笔者研究中共新疆地方史的良好条件。对中共新疆地方史资料征集和研究，自治区党校中共党史教研室进行得最早。20世纪50年代末，曲方明等同志就着手访问抗日战争时期在新疆工作的中国共产党人，搜集了“力群电台”的来往电报，后因故被迫中断。1984年底，笔者担任自治区党校中共党史教研室主任，开始对中共新疆地方史进行专题研究，先后在《近代史研究》、《中共党史研究》增刊、《抗日战争研究》、《当代中国史研究》、《民族研究》、《中共党史资料》等全国着名的学术刊物，以及《西域研究》《实事求是》《新疆日报》等省级报刊上，发表论文百余篇，其中中共新疆地方史论文40余篇；出版《新疆革命史》、《中华人民共和国经济简史》、《20世纪新疆史研究》、《新疆与祖国关系史论》、《中共三代中央领导集体与新疆》（合着）、《中国共产党与新疆民族问题》（合着），主编《简明中共党史》《丰碑——中国共产党八十年奋斗与辉煌·新疆卷》等着作。但成绩只能说明过去，更重要的是要创作出新成果，为此必须做到：
一是在以往研究的基础上更上一层楼。本书吸取了笔者以往着作的成果（读者从注释中就可以看出）。对以往缺乏研究的问题，尽力做些研究，以弥补这方面的不足。以三大基本政治制度为例，以往对民族区域自治制度在新疆的实现及发展，研究比较充分，但对人民代表大会制度、共产党领导的多党合作和政治协商制度在新疆的建立和发展，研究得很不够，大多数相关研究新疆当代史的着作都是一带而过。本书对这两大制度在新疆的发展过程及主要内容进行了系统论述。新中国成立后，新疆人民的生活状况发展变化情况，这次也搞得比较清楚了。对一些“小”的问题也尽量设法搞清楚，例如，有关部门在编纂新疆工作文选时，问笔者新疆解放初期1石的重量是多少？
笔者回答不清楚，这次搞清楚了，1石=235公斤。笔者还将保留的以往尚未用过的不少资料运用于本书，如“大跃进”时毁林开荒、毁林大炼钢铁的两个通报，“文化大革命”时期的一些资料。对一些被回忆录弄得面目皆非的重要问题，披露了已公开的原始档案材料对该问题的记述，请读者自己去思考。
二是尽量吸收当代新疆专门史志研究的成果。规模宏大的86卷的《新疆通志》，大部分已经出版，这是广大史志工作者经过十多年努力取得的重大成果，提供了大量的宝贵资料，笔者在写政治建设、经济建设、文化建设、社会建设时，引用了不少《通志》提供的资料，并一一注明出处。这些年还出版了一些当代新疆专史研究着作，如夏冠洲教授等主编的《新疆当代多民族文学史》（4卷本），这是一部很有分量的着作，笔者在写当代新疆文学艺术发展时，引用了该书不少研究成果。在此，笔者对所引着作的作者深表衷心感谢，如果不利用他们提供的资料，本书就立不起来。
三是遵循学术着作规范。《中国共产党治理新疆史》一书，不是政治宣传作品，而是一部严肃的学术着作。学术着作必须遵循学术着作的规范，学术着作首先要有独创性的见解，笔者历来信奉“走自己的路”的格言，长期坚持独立自主的研究，对学术抄袭、学术造假等学术腐败行为深恶痛绝。本书是笔者几十年来研究新疆史的一个总结，坚持摆事实，讲道理，让事实说话的写作风格，观点客观公正，资料丰富翔实。所引资料均一一注明出处；所引数据以国家和自治区统计部门公布的数据为准。但由于新疆的统计制度尚不健全，统计数据先后出现矛盾的情况，使人无所适从。本书就遇到两个数据：一是目前新疆人的预期寿命，同样都是自治区统计局公布的材料，有几个不同说法；一是1978年新疆农民纯收入，20世纪90年代国家和自治区公布的数字，与2005年自治区公布的数字相差80元。笔者只好在书中如实加以说明，并呼吁统计部门拿出权威性的统计数据。
（四）在总结历史经验教训上下功夫
结束语部分是总结中国共产党治理新疆65年的基本历史经验，这是全书的一个重点。
中国共产党治理新疆65年最根本的历史经验是什么？总结这方面的经验不能脱离当代中国的历史，我们应当先了解一下中国共产党领导人对当代中国历史经验的总结。邓小平、江泽民、胡锦涛总结得完全一致：历史经验归结到一点，就是把马克思主义基本原理同中国具体实际相结合，走自己的路，建设中国特色社会主义。由此可见，中国共产党治理新疆的根本经验可以概括为：坚持中国特色社会主义不动摇、不折腾。
具体到新疆来说，新中国成立65年来，特别是改革开放30多年来，坚持中国特色社会主义道路和理论，成为最好的发展时期，其具体的基本的历史经验，可以概括为五个必须：1.必须坚持解放思想、实事求是的思想路线；2.必须紧紧抓住发展和稳定两大主题；3.必须明确存在民族和宗教问题是新疆最大的特点；4.必须充分发挥新疆生产建设兵团的重要作用；5.必须加强共产党的自身建设。
65年只是历史长河的一瞬间，取得如此巨大成就，当然可喜可贺。但与今后的发展相比，这只是中共十一届三中全会开启的中国社会主义现代化建设新长征的第一步、第二步，以后的路程更长，工作更艰巨、更伟大。只要我们能够坚持中国特色社会主义不动摇、不折腾，再经过几十年的奋斗，到中华人民共和国成立100周年时，一个更加富裕、民主、文明、和谐的新疆一定会展现在世人面前。