新疆土地面积占全国的六分之一，邻近的国家在边疆各省区中也是最多的，战略地位非常重要。所以，开发新疆是西部大开发中最重要的组成部分。
那么，如何在新疆贯彻西部大开发的战略思想？朱镕基提出以下几个具体意见：第一，要加快资源性工程的建设。主要就是石油、天然气的开发，当前最重要的工程是西气东输。通过油气的开发和输气管的建设，可以带动新疆的经济发展。新疆将成为我国重要的石油、天然气基地。第二，要集中力量开发利用水资源。新疆面积160多万平方公里，沙漠戈壁占一半以上，但只要有水就有绿洲。现在，很多地方没有开发，生态环境还在日益恶化，前途堪忧。新疆人均水资源5400立方米，相当于全国平均水平的两倍多。现在没有充分地开发利用，把水都流掉了，或者搞大水漫灌，造成土地盐碱化。中央领导同志对新疆水资源的开发非常关心。新疆应该加快水资源的开发。就重要性来看，主要是塔里木河的规划和治理。南疆如果不解决水的问题，只解决交通问题，还是发展不起来。北疆地区的水资源开发也要抓紧。首先应该把已经立了项的额尔齐斯河的开发赶快完成，引额济克的工程已经完成，引额济乌以及全流域的规划应该加紧进行。伊犁河的水怎么利用？伊犁气候好、日照长，种植条件相当好，应该尽快把水利建设搞上去。总之，搞水利工程，开发水资源，关键要出效益，要对新疆人民有好处。第三，要大力调整产业结构。要集中力量开发油气资源，建设西气东输工程，积极开发水资源、使新疆变成绿洲，交通基础设施要配套，带动整个新疆经济的发展特别带动旅游业的发展。
江泽民指出：“实施西部大开发战略，加快中西部地区发展，要统筹规划，全面部署。对新疆这样的战略重点地区和重点方向，尤其要加大支持力度。
发展新疆经济，必须靠全国的力量、国家的力量、中央的力量。要加大中央财政转移支付力度，动员干部、科技人员、经营管理人员以及技术工人和农民支援新疆，这样才能使新疆发展得更快些、更好些，使新疆各族群众物质文化生活水平得到更大提高。中央各部委和东中部地区要立足本部门本地区实际，加大支持新疆建设力度。新疆发展得快一些，对周边国家形成发展上的优势，就能增强新疆各族人民的凝聚力，就会使境内外民族分裂主义势力无机可乘。大家都要从这个大局看问题。”
自2000年实施西部大开发以来，中央对西部的投入显着增加，截至2005年，中央在西部地区累计投入财政性建设资金5500亿元，财政转移支付资金7500亿元，长期国债资金3100亿元，总计1.61万亿元；西部地区新开工重点工程70项，投资总规模1万亿元。有力推动了西部地区加快发展，使东西部地区增长速度的差距在缩小，“八五”时期东西部地区增长速度差距为5个百分点，“九五”时期缩小到2个百分点，2001年是0.54个百分点，这是一个可喜的现象。进入新世纪以来，中国经济增长的地区结构已经开始向有利于中、西部转移，西部和中部的增长速度超过东部。
西部大开发使新疆的经济和社会发展进入加速发展时期。
第四节 以胡锦涛为总书记的党中央指导建设和谐新疆
以胡锦涛为总书记的党中央非常关心新疆各族干部群众，非常重视新疆的发展和稳定，针对新疆工作面临的新形势，中央先后颁布了关于加快新疆干部与人才队伍建设的若干意见、《中共中央转发〈中央新疆工作协调小组关于新疆发展和稳定的战略研究报告〉的通知》《关于加强新疆对口支援的若干意见》《国务院关于进一步促进新疆经济社会发展的若干意见》等文件，对新疆的发展和稳定作出总体工作部署，进一步明确了新疆的战略地位、发展思路、战略任务、产业布局和重大政策。
一、提出“稳疆兴疆、富民固边”战略
中央指出，新疆在我国发展和稳定大局中具有特殊重要的战略地位。新疆是我国重要的能源资源战略基地，是西部地区经济增长的重要支点，是我国向西开放的重要门户，是我国西北边疆的战略屏障。促进新疆加快发展，保持新疆长期稳定，不仅具有重大的经济意义，而且具有重大的政治意义；不仅具有重大的现实意义，而且具有重大的长远意义。
这是由新疆的资源优势和地缘区位优势决定的。新疆是中国战略资源的重要储备区，新疆有丰富的矿产资源，石油、天然气和煤炭预测资源量，分别占全国陆上预测资源量的30%、34%和40%，铀、铁、铜、金等矿产资源储量在全国也占有重要地位，同时，新疆有着丰富的土地和光热资源，生物资源种类繁多，比较适合特色农牧业和林果业发展。丰富的战略资源是中国经济发展的重要支点，对确保国家的能源安全、粮食安全，确保中国的可持续发展能力具有重大战略意义。新疆是祖国内地通往中亚、西亚、南亚以至欧洲的重要国际通道，是中国对外开放的重要门户，有着独特的地缘区位优势。中亚地区在世界政治经济格局中的地位日显重要，能源资源富集，市场广阔且潜力巨大。“东联西出，西来东去”方针的贯彻执行，对东可以开拓13亿人口的国内市场，向西也可以开拓13亿人口的中亚、西亚、南亚市场，对中国充分利用好“两个市场，两种资源”将发挥重要作用。
中央指出，做好新疆发展和稳定工作总的指导思想是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，深入贯彻落实科学发展观，始终把提高各族人民生活水平作为新疆一切工作的根本出发点，以发展促稳定，以稳定促发展，确保新疆各族干部群众更加紧密地团结在党和政府周围，努力开创新疆团结稳定、蓬勃发展的新局面。今后一个时期，指导新疆发展与稳定工作的战略方针是：认真实施“稳疆兴疆、富民固边”战略，坚持以经济建设为中心，全面发展各项社会事业，切实增强民族团结，努力维护社会稳定，大力加强干部队伍建设，确保新疆繁荣昌盛和长治久安。
中央提出促进新疆经济社会发展的战略目标是：到2010年，新疆人均地区生产总值接近或达到全国平均水平，位居西部地区前列；城乡居民收入接近或达到西部地区较高水平；人均基本公共服务接近或达到全国平均水平；地方财政收入有较大幅度增长；单位生产总值能耗实现预期目标；生态环境得到改善。
到2020年，把新疆建设成为我国西部新的经济增长点和对外开放的前沿地带，实现全面建设小康社会的目标。各族群众生活水平以及思想道德素质、科学文化素质和健康素质显着提高，基本形成节约能源和保护环境的产业结构、消费模式和发展方式，资源利用率和生态环境质量明显提高，科学发展、和谐发展、可持续发展能力大为增强。
二、全面贯彻落实科学发展观，促进新疆经济社会发展
为了实现新疆经济社会发展的战略目标，中央提出了新疆发展的战略任务、战略重点、产业布局和重要政策。
（一）新疆发展的战略重点是实施四大战略
一是实施以市场为导向的优势资源开发战略。推进重点优势资源开发利用，逐步将新疆的资源优势转化为经济优势。加强农业基础地位，大力发展特色农业，做大做强国家优质棉生产基地。稳定发展粮食生产，积极调整农业结构，支持新疆建设国家粮食安全后备基地。促进现代优质畜产品基地和特色林果基地建设。全面提高农业综合效益，增加农牧民收入。
进一步发挥新疆作为我国重要的能源资源战略基地和能源接替区的作用。
在加快塔里木、准噶尔和吐哈三大盆地油气资源勘探步伐，扩大开采规模，提高油气产量的同时，加快独山子-克拉玛依、乌鲁木齐、南疆和吐哈四大石化基地建设，抓好大型炼油、大型乙烯、大型芳烃、大型化肥项目的建设，充分发挥大型石化项目的辐射作用，在天山南北尽快形成中国重要的石化产业集群。要发挥新疆煤炭资源丰富的优势，实现煤炭勘探开发、加工转化和煤层气产业的有序发展，推进煤炭深加工增值，打造国内重要的煤炭加工转换产业基地。要加快推进风能、太阳能的开发利用，建设我国可再生资源规模化利用的示范基地。
把新疆建设成为国家其他亟需的有色金属和非金属矿产资源开发利用的基地。
新疆拥有独特的自然风光、浓郁的民族风情和厚重的历史文化积淀，发展旅游业前景广阔。要大力发展旅游业，重点建设好天池、喀什、喀拉斯、那拉提、吐鲁番等一批国家级乃至世界着名的旅游景点和景区，开发富有民族和地域特色的旅游品牌，加强文化和自然遗产保护。
二是实施加强薄弱环节的基础能力建设战略。必须集中力量抓好一批事关新疆发展全局的基础设施和生态环境项目的建设，这是发展的条件，更是发展的保障。
水资源短缺是制约新疆发展的瓶颈。要合理开发利用水资源，统筹兼顾生产、生活和生态用水，提高水资源利用效率，建设节水型社会。新疆水资源开发利用要坚持节约优先、合理开发、优化配置的原则，在科学论证的基础上，加快重点水利工程建设，建设重点河流重大控制性水利枢纽，建设山区水利调蓄工程，逐步替代平原水库；大力发展节水农业，推广高效节水灌溉技术，以水资源的可持续利用支撑新疆经济社会的可持续发展。
新疆地域辽阔，地处偏远，远离国内大市场，运力紧张和成本高，造成许多优势特色产品受到运输“瓶颈”的严重制约，因此，加快交通基础设施建设有着特殊重要的意义。要按照统筹规划、突出重点、适度超前、有序发展的原则，加强新疆铁路、公路、民航、管道等交通基础设施建设，构建连接东西、纵贯南北的综合交通运输体系，切实发挥国际大通道和交通枢纽的作用。
中央提出，中央财政转移支付、中央预算内专项资金和中央预算内投资，以及其他中央专项资金，都要加大对新疆的投资力度；要坚持同等优先的原则，适当降低地方投资比例，积极支持新疆重大项目建设。