中共十六大以来，抓住党的先进性建设的契机，自治区在党政机关开展“基层组织建设年活动”，在国有企业开展“四个好”领导班子创建活动，在街道社区普遍开展“五个好”党组织创建活动，在“两新”组织、业主中也开展了相关主题实践活动。新建党组织1078个，调整充实1381个。完善保持共产党员先进性的长效机制，在贯彻落实中央《关于加强党员经常性教育的意见》等4个文件的基础上，自治区制定了《关于加强农村、街道社区、国有企业、学校党建工作的意见》《县以上党员领导干部民主生活会细则》等19个制度性文件。截至2008年底，新疆有党的各级地方委员会113个，其中自治区党委1个、自治区直辖市委6个（其中直辖县级市委4个）、地委7个、自治州委5个、地辖市委15个、县委62个、自治县委6个、自治区辖市区委11个。党组织2302个，其中省（市、区）一级机关65个、地（州、市）一级机关687个、县（市、区）一级机关1359个。各级地方党委派出工委337个，其中省（区、市）党委派出工委2个、地（州、市）派出工委35个、县（市、区）派出工委281个。党的基层组织67000个，其中党委3600个、党总支3700个、党支部59700个。有党员124.83万名，其中预备党员4.75万名，妇女党员32.6万名，占党员总数的26.12%；少数民族党员47.95万名，占党员总数的38.41%。
（四）党的作风建设
1985年3月5日，第三届自治区党委作出《中共新疆维吾尔自治区委员会关于改进领导作风的若干规定》，作出各部门召开的业务会议，区党委领导一般不参加，特殊情况需要到会时，由主管领导参加，凡需书记、常委都参加的重大活动和会议，由秘书长或办公厅统一安排；坚持常委会组织生活制度，每半年举行一次；自治区党政领导同志的活动，除“国庆”、“五一”、代表大会、劳模大会及重大政治活动报道名单（自治区六大班子及乌鲁木齐军区、生产建设兵团）并拍电视外，一般不报道名单，自治区部、委、办、厅、局领导干部的名单一般不登报等规定。同日，还下发了《关于精简会议，减少文件的通知》。同年3月19日，自治区党委发出《关于加强调查研究工作的通知》，《通知》对切实改进工作作风，加强调查研究工作作了如下规定：县以上党政领导干部，特别是党委一、二把手都要带头做调查研究；自治区一级领导同志（除老弱病者外），每年深入实际调查研究的时间不得少于一个半月，要亲自动手写出调查报告，地局以上领导同志每年至少要写一篇调查报告。这些规定体现了区党委领导以身作则，带头转变的作风，对恢复和发扬党的优良作风曾经起过较好作用。
自治区党委坚持党要管党的原则和从严治党的方针，结合新疆实际，提出一手抓思想教育，一手抓查处案件的工作思路，推动反腐倡廉的不断深入。
党风廉政建设和反腐败斗争取得了阶段性成果。
领导干部廉洁自律取得成效。1996年1月-2001年9月，清理违反规定超标超编配备小汽车797辆，清退党政干部违规占用和借用的小汽车109辆；对违规购房、集资建房的161名县处级以上领导干部进行了检查纠正；清理用公款为个人住宅配备的电脑257台、住宅电话5125部、移动电话1350部。
制止新建、购买、改建、扩建、装修办公楼376栋，取消压缩会议5981个、庆典活动860个，取消检查、评比、达标活动1432个，制止、压缩组团出境585批1734人，节约了大量经费。建立了领导干部配偶座谈学习制度，1998年以来，县以上党政机关组织领导干部配偶座谈学习221次，参加4315人。
2001年10月-2006年9月，全区清理出超标准、超编制配备使用小汽车759辆；清理纠正领导干部违规住房1791套；清理纠正了148名县（处）级以上党政领导干部违反规定兼任企业领导职务问题；清理出4193名党政干部拖欠公款3835.85万元；清理出党政机关违规用公款为个人购买商业保险393.08万元；严肃查处党员干部参与赌博的行为，对21人给予党纪政纪处分；领导干部主动上缴礼金705.63万元。
反腐败斗争取得阶段性成果。1996年1月-2001年9月，全疆各级纪检监察机关共初核案件39412件，立案15305件，结案13834件，给予党纪政纪处分15115人，其中地厅级干部74人，县处级干部795人，挽回经济损失43145.94万元。2001年10月-2006年9月，全区纪检监察机关共立案8753件，结案8667件，给予党纪政纪处分9163人，其中地厅级干部30人，县处级干部427人；移送司法机关264人；挽回经济损失5.76亿元。严肃查处了徐西华、于纪豹、阿不都拉·哈木都拉、苏宁、李春明等人的违纪违法案件，查办了2002年元旦音乐会朗诵反动内容诗歌案和“11·6”司法腐败案，震慑了腐败分子，维护了党纪国法的严肃性。2006年，按照中央和自治区的部署，把查处商业贿赂案件作为重点，坚决纠正不正当交易行为，全区共查结商业贿赂案件399件，涉案金额1.64亿元，有力地促进了治理商业贿赂专项工作深入开展。
七、举全国之力，把新疆建设得更美好
2009年乌鲁木齐“7·5”事件后，胡锦涛在新疆维吾尔自治区干部大会上的讲话中提出：中央将一如既往大力支持新疆经济社会发展，采取重大措施改善各族群众生产生活条件，推动新疆实现跨越式发展的战略任务。10月，胡锦涛总书记主持召开中央政治局常委会议，决定2010年第二季度召开中央新疆工作座谈会，专题研究把新疆经济社会发展搞上去，把新疆社会长治久安搞扎实，对做好新形势下的新疆工作作出全面部署，并成立了以中央新疆工作座谈会筹备工作领导小组。同年11月，中央新疆工作座谈会筹备工作领导小组组织中央和国家机关64个部门的500多名干部，先后分三批深入新疆各地进行调研。调研组成员几乎囊括国家所有部委和相关单位，其中副部级以上领导干部就有几十位，涉及部门如此之多、人数如此之众的调研队伍在新疆历史上前所未有。通过广泛听取各方面意见，深入进行研究论证，调研组形成了一系列调研报告和政策意见。
2010年3月29日至30日，全国对口支援新疆工作会议在北京召开。按照中央的总体部署，19个省市分别对口援助新疆12个地州的82个县市和新疆生产建设兵团的12个师。会后，对口援疆的19个省市的省委书记、省长、市委书记、市长亲自率代表团密集赶赴新疆，开展援疆工作的前期调研。