科歇尔最初的编目曾经修改过好几次，因为随着时间的推移，有些新的莫扎特作品被发现，有些则被指认出正确的日期，也有一些原被认为是莫扎特的作品，经过鉴定却是别人的。科歇尔原来的编号虽然有一些疏漏，但大家对它太熟悉了，所以不好改变，于是新发现的作品就被挤在里面，而在后面加上“A”、“B”以作区分，例如K.285A。科歇尔编列的这份目录虽然在表示作品年代方面仍有缺失，不十分准确，但它的深入人心却可见一斑。每次莫扎特的作品被用来表演或广播时，科歇尔的编号总是和曲名一同被播报出来。
结束旅行演奏
1765年秋天，利奥波德带着家人自伦敦返回欧洲大陆，到达荷兰。这时，南妮尔不幸染上伤寒，一连串成功的音乐会不得不予以缩短，她病得很严重，最后只好由莫扎特单独表演，这是他第一次演出一场他既是演奏者又是创作者的音乐会。南妮尔的病刚好，莫扎特却又患上了同样的病。这场病拖了近两个月，他有时狂言呓语，有时昏迷不醒，经过很久的治疗终告痊愈。
欧洲大陆之行即将在凯旋中结束，他们重返凡尔赛宫，受到了热烈的欢迎和崇高的礼遇。宫中有一位听众曾说：“假如这两个孩子再住下去，皇帝将会争取对他们的所有权。”自巴黎往南，他们在瑞士和德国南部到处演奏，然后在1766年11月底回到萨尔斯堡的家中。他们的事迹和声誉比他们本身更早地抵达家乡，当地的报纸大篇幅地报道莫扎特的音乐才华，说他征服了维也纳、巴黎和伦敦。
对利奥波德来说，这趟旅行最重要的收获是证实了他的一切信念——他的儿子的确是音乐天才。但是有一个很现实的情况摆在眼前，伦敦音乐会中得来的大量金钱已经在旅行中全部用完，因此必须作新的表演。利奥波德写道：“上帝每天都让我在这个孩子身上看到新的奇迹。”他决心使这些奇迹发扬光大。
回到家之后，他开始对莫扎特实施一段时间的密集音乐训练。莫扎特不断地练习大键琴和小提琴，并学习正式的旋律配合法，这为他以后的作曲生涯奠定了坚实的基础。
这时，莫扎特已经十岁，除了音乐，他还要学习一些其他的东西。欧洲之行培养了他的语言能力，当然也可能是他本身就有很强的文字的领悟力。莫扎特的法文和意大利文都很流利，英文也不坏。
利奥波德也教他数学，莫扎特学得很起劲。他解析一道难题时，常把整个屋子画得到处都是粉笔字。数学跟次序、规则、调和、灵感有关，这个特性与音乐一样。
为了寻找乐趣，莫扎特也参加了一家人最喜爱的消遣——空气枪射击。
莫扎特永远忘不了那次遍游欧洲大陆之行。他用自己最爱做的事情——演奏和作曲，得到了很多人的掌声、赞叹和崇拜，成为大众注意的焦点。他在长大成人后所得到的许多光荣都是蒙受他辉煌的儿童时期的余荫。
因此，莫扎特的音乐从初期一直延续到结束，都带有一种怀念思旧之情，这实在不足为奇。
莫扎特回到家乡之后，萨尔斯堡的总主教十分关注他，所以他更加勤奋地作曲。1767年，莫扎特十一岁时，曾仿效其他作曲家的作品写了几首协奏曲，并写出了他的第一部舞台剧，那是一部供大学演出的拉丁喜剧。
第一次失败
1767年9月间，利奥波德又带着一家人来到维也纳，一心希望再度成功。但是这一次，莫扎特没有得到成功女神的眷顾，他失败了！这是他的第一次失败，但绝对不是最后一次。
当时，奥地利宫廷正在庆祝一位公主即将来临的婚礼，利奥波德以为莫扎特一定会为这一盛会表演甚至作曲。不料，维也纳却爆发了天花，十六岁的准新娘因此病亡。
莫扎特一家人匆忙离开了维也纳。利奥波德本来可以让他的孩子们接种牛痘来预防天花，但这违背了当时普遍的宗教信仰。因为，当时认为人的生命是上帝给予的，上帝也有权力收回，特别是像莫扎特这样奇迹般的孩子。
莫扎特和南妮尔都患了天花。莫扎特尤其严重，他的两只眼睛都被脓包覆盖，一个星期看不见任何东西。所幸后来，莫扎特慢慢痊愈，视力也终于恢复。他在休养期间利用闲暇学习了玩牌和剑术，这后来成为他一生中的两种嗜好。
莫扎特一家在1768年1月再度来到维也纳。六年前那个漂亮可爱、被誉为神童的孩子现在已经不漂亮了，天花在他脸上留下了永久性的麻点，他已经不再让人感到新鲜，而且十二岁的年龄严格意义上来讲已经算是少年了。而且这个时候，玛丽亚·特蕾西亚女王的丈夫弗兰茨一世刚刚去世两年半，宫廷仍在哀悼期间，贵族们对他已经不再有兴趣，他们已经了解了他的才华，他不再具有轰动效应。与此同时，萨尔斯堡总主教因为利奥波德工作上长期的无所作为，已经停止了他的薪水。
玛丽亚·特蕾西亚女王的儿子约瑟夫二世这时候与母亲一同执掌奥地利王国，他指派莫扎特为宫廷歌剧院用意大利文写一部喜剧歌剧。意大利文的喜剧歌剧当时在维也纳极为流行，而大多数歌剧作家和音乐家都是意大利人。意大利喜剧歌剧以一般常见的人、事、物为特色，比如聪明的仆人叫愚笨的主人上当，好色的老翁企图和美丽的少女结婚，假扮他人、认错人、皆大欢喜的结局。它重点表现的是机智，以及能看得到的幽默。当然，作为歌剧的一个种类，它必须要有能够唱得出的曲调。
三个月后，莫扎特写好了他人生中的第一部歌剧，这是一个爱情奇遇的故事，在今天看来，这部作品尚显稚嫩，而且并没有多大的实际意义。它的上演受到推迟，最后不了了之。利奥波德对这件事情极度愤慨，他声称这是音乐家们妒忌他儿子的才华而搞出的一项阴谋，他们一方面拒绝演唱一个小孩子的音乐，一方面到处传言这是利奥波德的作品，他们受到了欺骗。莫扎特也很苦恼，他知道并且相信自己的音乐是好的，究竟是什么地方错了呢？
之后，他又写了一部德文的轻歌剧，是根据卢梭的故事改写而成，有对白也有歌曲。这部歌剧叫《巴斯蒂恩和巴斯蒂娜》（K.50），当时也没有受到多大重视。
莫扎特的第一首大规模上演的作品是他为维也纳一所孤儿院开幕所写的弥撒曲。1768年12月，在离他满十三岁还有一个月的时候，莫扎特指挥《孤儿院弥撒曲》（K.139）的演出，当时约瑟夫二世的皇后也在座。
莫扎特去世之后的很长一段时间，人们认为这首弥撒曲已经遗失了。现在收录在莫扎特作品集中的《孤儿院弥撒曲》被认为是1772年的作品。因为评论家们普遍觉得现存的《孤儿院弥撒曲》是一部令人印象深刻且感动的作品，一个十二岁的孩子，即便是莫扎特，也不可能写得出来。
这首弥撒曲长四十五分钟，需要四名独唱者、合唱团、弦乐器、双簧管、小号和长号，以及鼓。正像同时代的多数弥撒曲一样，它的风格是歌剧式的，歌词富有戏剧性，“他已被钉在十字架上”一节忧郁而悲哀，“他复活了”一节欢欣而鲜明。在这些地方，合唱团唱的是大而严肃的部分，接着一名女高音唱得温柔婉转，管弦音的部分极为华丽。
赴意大利学习歌剧
利奥波德看出他的儿子在音乐创作方面可能会有惊人的发展，于是决定带这个男孩到歌剧的发源地意大利去。
歌剧诞生于16世纪末17世纪初的意大利，是一种综合音乐、诗歌、舞蹈等艺术而以歌唱为主的戏剧形式。通常由咏叹调、宣叙调、重唱、合唱、序曲、间奏曲、舞蹈场面等组成，有时也包括念白和朗诵。
早期歌剧的主题取材均脱胎于希腊神话，所以也有人认为古希腊时期的悲剧是歌剧产生的根源。