此后陆续出现了许多有关普贤的经书，其中之一，是南朝宋元嘉年间昙无蜜多译的《佛说观普贤菩萨行法经》。此经在《法华经·普贤菩萨劝发品》基础上，把观想普贤菩萨的形象作为全经的中心线索，将对释迦佛、多宝塔和菩萨的崇拜融为一体，把忏悔和传播大乘经融为一体，形成一种独特的信仰系统。
观想是“三昧”（定）的主要功能之一，任务是勾画（想象）出一个观想的对象，强化观想的对象，最终牢固地印记下来，可以时时处处在头脑中显示出来，以至于可以与观想者交往、谈论，从而痴迷地巩固自己的信仰。普贤菩萨就是通过这种三昧于修行者的心目中树立起来的：白象，莲花，金光，玉女，弦歌，身相端严如紫金山。如是昼夜不舍，最后可以导致普贤亲自来临，行住坐卧不离其身，即使梦中也能与行者交谈说法。
这里提供的“观普贤菩萨法”，是一例培训宗教经验的生动个案，记载的方法和过程，具体而细致，可操作性颇强，非常值得现代心理学的研究。在中国佛教中，这一观法由智提倡，构成天台止观的重要法门；对禅宗也有所影响，《楞伽师资记》记道信条，称此经为《普贤观经》，并引其颂文，以证实道信本人的思想符合佛说。
为什么要观想普贤菩萨？企图解决什么问题？经文说得明确：如来灭后，云何众生起菩萨心，修行大乘方等经典，正念思惟一实境界？云何不失无上菩提之心？云何复当不断烦恼、不离五欲，得净诸根，灭除诸罪？父母所生清净常眼，不断五欲而能得见诸障外事？（《佛说观普贤菩萨行法经》卷一，下同）一句话，观想普贤，就能够不断烦恼，不离五欲，又能六根清净，灭除罪业，不失无上菩提心，并见到世眼所不能见到的境界。为此，经文强调：遍礼十方无量诸佛，礼多宝塔及释迦牟尼……昼夜六时礼十方佛，行忏悔法，诵大乘经，读大乘经，思大乘义，念大乘事，恭敬供养持大乘者。视一切人犹如佛想，于诸众生如父母想。此中忏悔——包括向诸世尊，发露黑恶一切罪事，是感召普贤菩萨现前的关键环节。在诸多忏悔中，有“六根清净忏悔之法”，行此法者，“耳渐渐闻障外声，眼渐渐见障外事，鼻渐渐闻障外香……得是六根清净已，身心欢喜无诸恶相，心纯是法，与法相应”。所谓闻见“障外”事，指不再受感官的自然约束，产生出与观想内容相应的幻听幻视幻嗅等的幻觉、幻相。如是，则如经云：行者即见东方一切无量世界，地平如掌，无诸堆阜丘陵荊棘，琉璃为地，黄金间侧。十方世界亦复如是。见是地已，即见宝树。宝树高妙五千由旬，其树常出黄金白银七宝庄严。树下自然有宝师子座，其师子座高二十由旬，座上亦出百宝光明。如是诸树及余宝座，一一宝座，皆有自然五百白象，象上皆有普贤菩萨。尔时行者礼诸普贤，而作是言：我有何罪？但见宝地宝座及与宝树，不见诸佛。作是语已，一一座上有一世尊端严微妙，而坐宝座。见诸佛已，心大欢喜。复更诵习大乘经典。大乘力故，空中有声而赞叹言：善哉善哉！善男子，汝行大乘功德因缘能见诸佛。今虽得见诸佛世尊，而不能见释迦牟尼佛分身诸佛及多宝佛塔。闻空中声已，复勤诵习大乘经典。以诵大乘方等经故，即于梦中见释迦牟尼佛，与诸大众，在耆阇崛山说《法华经》。如是等等，就完全进入了幻觉的世界，用亲自经历验证了经文宣示的主旨，并成了行者此后的行为指南和戒条。
这样，观普贤只是手段，忏悔而不再犯罪才是目的。经文最后针对帝王信徒的总结就是如此：云何名刹利居士忏悔法？忏悔法者，但当正心，不谤三宝，不障出家，不为梵行人作恶留难。应当系念修六念法，亦当供给供养持大乘者。
不必礼拜，应当忆念甚深经法第一义空，思是法者，是名刹利居士修第一忏悔。第二忏悔者，孝养父母恭敬师长……第三忏悔者，正法治国不邪枉人民……第四忏悔者，于六斋日，敕诸境内力所及处令行不杀……第五忏悔者，但当深信因果，信一实道，知佛不灭。以上属《法华经》系统崇尚的普贤菩萨。至于《华严经》，则重塑了普贤的形象，改造了“普贤愿”和“普贤行”的内容，完全摆脱了《法华经》的框架。《华严经》记普贤的主要职责有三：第一，确立卢舍那佛及其华藏世界的存在；第二，确立如来性起理论；第三，建立起以“入法界”为核心的普贤行。所谓普贤行愿或愿行，则是上述理论和实践的行动法则。至于唐般若译四十卷《华严经》中的《普贤行愿品》，其实已经离开了《华严》的基本精神，而与《普贤观经》接近。
在佛“始成正觉”的法会上，簇拥于佛前有无数大菩萨，首位就是普贤，其余菩萨只是“悉得一切普贤愿海”者，“皆是卢舍那佛宿世善友”。于是，具“普贤愿”和“卢舍那宿世善友”，就成了所有与会菩萨的共同特征。继鬼神诸天颂赞如来之后，普贤向大众宣示了“佛土”与“如来身”的要点；接着就是莲花藏世界海及其十方诸佛的显现，并为普贤三昧所普照。这段长文的描述，意味着华藏世界和卢舍那光明，都是普贤所入“一切如来净藏三昧”的产物，确切些说，卢舍那佛及其华藏世界，只是进入普贤三昧中的一种境界。在这里，没有普贤菩萨，就没有卢舍那佛和华藏世界的存在；从佛教实践上说，没有普贤样的修行，就成不了佛：普贤成了佛和佛土得以成就的根源。
为什么唯独普贤能够进入这“如来净藏三昧”？《卢舍那品》之二记十方诸佛对普贤赞言：汝乃能入此三昧正受，是皆卢舍那佛“本愿力”故。又，汝于诸佛所得清净“行愿力”故。在这里，卢舍那佛的“本愿力”与普贤由诸佛处获得的“行愿力”，是卢舍那及其佛世界得以显现于世的因中之因；卢舍那的“本愿”与普贤的“行愿”，以及由此形成的力量，就成了《华严经》所讲全部理论和全部实践的总源头：佛教的一切，悉来自此“愿”，为了满足此“愿”，实现此“愿”，而其所以可能，则在于此“愿”具有转变为现实的能力。因此，《华严》中的普贤“愿”有双层含义：一是体现卢舍那佛之“本愿”，一是普贤乐于发愿去实践佛本愿的“行愿”。所谓“普贤行”，即是为实现卢舍那本愿及其自身行愿的全部实践，也通称“愿行”。于是佛又是普贤行得以成立的原因。
一说是普贤三昧而令佛及其世界得以存在，一说是佛愿力令普贤得入此三昧，客体与主体，世界与意识，互为因果，看来是矛盾的，但正体现着《华严》思想的整体结构。
卷二用十种“法门”记述“普贤行”的特色，要点是“不可思议方便法门”，其中包括：所谓出生究竟净诸佛土、调伏众生法门；诣诸佛所、能起一切具足功德法门；菩萨诸地愿行法门；普门示现法界尘数身云法门；持诸佛土不可思议方便轮法门；一切众生中自在显现无量无边菩萨境界法门；于一念中知三世劫生灭法门；分别显现一切菩萨诸根境界海法门；其身自在充满无量无边法界法门；一切菩萨种种方便广分别法入一切智方便法门。据此，提倡方便，行为方便——方便的功能全在于深入世间、教化众生——此即可以作为全部“普贤行”的根基。
《卢舍那佛品》之二，记普贤的体性是：于诸佛所修善法，满足一切大愿力，出生清净妙法身，如实平等同虚空；一切诸佛国土中，普贤菩萨常依住……无量微尘诸劫数，常见普贤真佛子，无量三昧方便行，法身充满诸法界……其身周遍满虚空，广说无量诸佛法。一切功德海中生，普放光明如大云，坚固众生清净行，微妙音说佛境界。此品之三记：普贤身相，犹如虚空，依于如如，不依国土，现身无量，普应众生，随群萌类，为现化故。由此看来，普贤实等于表现出来的卢舍那佛；卢舍那佛的所有体性和功能，都体现在普贤身上。这从普贤的自我宣示中也可以知道：佛的所有智能，“皆不可思议，我当乘佛神力具足演说，欲令一切众生入佛智海”。又说：“一切菩萨得善利，能见自在最盛尊，非余境界之所知，普贤方便皆得入……一切刹土及诸佛，在我身内无所碍，我于一切毛孔中，现佛境界谛观察。”
问题是，在诸大菩萨中，为什么独有普贤能够具备如此性能？原因也还是两个：“尽卢舍那本愿底故”，“普贤菩萨具足净愿”，由之获得“无量自在”故。所谓：“普贤菩萨所愿行，无量无边悉具足，普眼境界清净身”。
《离世间品》中，特别介绍了这“普贤愿行法”的具体内容，共计十门，略谓：尽未来劫行菩萨行；恭敬供养未来一切佛；立一切众生于普贤菩萨愿行；积集一切善根；入一切波罗蜜；满足一切菩萨愿行；庄严一切世界；往生一切佛所；善巧方便求一切法；于一切十方佛刹成无上菩提。这“十愿行”当是后出的《普贤行愿品》的蓝本。
《华严》的重心之一，在于树立普贤作为菩萨模范的形象，所以有时即将卢舍那的本愿说为“普贤愿”，把发菩提心说为“发普贤心”。《离世间品》中就记有“发普贤心”的内容：所谓发大慈心，救护一切众生故；发大悲心，代一切众生受一切苦毒故；发一切施为首心，悉舍一切诸所有故；发正念一切智为首心，乐求一切佛法故；发功德庄严心，学一切菩萨诸行故；发金刚心，一切受生不忘失故；发大海心，一切白净法悉流入故；发须弥山王心，一切诽谤苦言悉堪忍故；法安隐心，施一切众生无畏故；发究竟般若波罗蜜到彼岸心，巧分别一切法无所有故。因此，“普贤行”也就成了“菩萨行”的标准和代称。
《普贤菩萨行品》所记的菩萨行，是普贤行的突出点：
第一，离瞋、无瞋是菩萨行的首要任务。依普贤的看法，瞋为万恶之首：“起一瞋恚心者，一切恶中无过此恶”；“我不见有一恶法出过菩萨一瞋心”，因为瞋恚心能障碍接受一切佛教善法，而受“百千障碍法门”。这同把菩萨心首先安于“慈悲”的主张相比，显得十分突兀。
第二，克服瞋恚心的基本方法，是“修习十种正法”，其中关键的第一条是：“不舍一切众生”；其次是“于诸菩萨生如来想”和“常不诽谤一切佛法”；继之是“修习菩萨一切诸辩，教化众生心无疲厌”。
由此等修习，就能获得一系列把握清净法、佛智慧以及说法巧便等为施行上述“正法”的种种能力，直到“与三世佛等”。于是所有闻听普贤此说的十方诸大菩萨，都具有了普贤的功德，并同名普贤；普贤遍及十方世界。
这当然是神话。意思是要用普贤的榜样，重塑一切菩萨行者的品格：戒瞋善忍，普遍联系众生而宣教不厌不倦；承认菩萨即是如来，而不诽谤此等大乘经典。
实际上，论及普贤行的重要章节，是《如来性起品》和《入法界品》。后一品在所有佛经中都很特别，需专门考察，现在先看前一品。
二、 “如来性起”论
紧接《普贤菩萨行品》的是《宝王如来性起品》（略称《性起品》）。此品作为一部独立单行的经典，竺法护译作《如来兴显经》，是讲述“如来”是为什么以及如何兴显于世俗世界的。不过照《华严》的观点，如来的兴显过程，即是众生的修习过程，如来兴显的程度和展示的形象，与众生修习的层次和期望的形象，完全一致。正如同光明之普照，只有通过形色各异的万物，才能体现出它的功能来，而形色各异的万物只有接受了光明的照耀，才能发挥其有益于他物的个性。因此，如来之兴显和众生之修为，只是一件事情的两种不同的表达方式：“如来”本性寂灭，无色无形，不在时空之内，不可思议，不可言说。所以《性起品》只有从菩萨对于如来的认识和修习一方，才能显示“如来性”之“起”。
然而，首先什么是“如来性”？ 《华严》没有给以明确的定义，所以只好推论。本品还有一个概念叫“如来种姓”；按佛教的传统理解，此“种姓”相当于种族，故有“如来种姓家”之说，但亦有“自性”义，指其不变而又能作“因”；此外，“种”亦可作种子解，《维摩经》中说的“如来种”，就是如此，指如来得以产生的根本“因”。此处的“如来性”，当即是如来的自性、产生诸如来的根本因、隶属于如来的族类等含义的综合。这样一来，“如来性起”等于说“世间如来”即是“如来”这一族类，或这一根本因的生起。瓜种生瓜，豆种生豆，这很好理解；可“如来性”非瓜非豆，他自身是什么呢？