附加一句：本经同样反映着佛教向万物有神论发展的趋向，对于旷野鬼神妖魅的关怀尤多：祝愿他们“长夜永安，使无众患。多所安和，多所愍伤。诸天及人三界众生，得殊特愿，与世超殊”（同上，卷一三）。这也是密乘的特色。
第三节《大毗卢遮那成佛神变加持经》的哲学系统和信仰特色本经意译《大日经》，共六卷三十一品；一般作七卷，因为其后还附有《供养念诵三昧耶法门真言行学处》等五品。关于此经的来路可疑处颇多。据《开元释教录》卷九记，此经原是沙门无行西游天竺所得的诸多梵经总持门之一，开元12年，善无畏与一行从中拣出，并为一行译出。时“沙门宝月译语，沙门行笔受，承旨兼删缀词理”。原本“有十万颂，今所出者撮其要耳”。此中一行删了些什么，缀了些什么，已完全不可考，且不说此经原本自身就来历模糊。因此，我们不妨把它视为依一行意愿所作的编译。现下权威的疏解，是一行所述的《大毗卢遮那经疏》（略称《大日经疏》）。此疏存有二个本子。一个是二十卷本，即名《大毗卢遮那成佛经疏》，署“沙门一行阿阇梨记”，有唐清河崔牧序；另一个是十四卷本，题《毗卢遮那成佛神变加持经义释》，署“沙门一行记述”，有唐释温古序。这二个本子的内容和份量大致相同。崔牧序谓此经为善无畏从中天竺带来的，并且深有研究，而一行则在善无畏的译文基础上，“存实去华，令质文有体”，仅限于文词的修饰。此序突出了善无畏在译经中的主导地位，而与《开元释教录》之突出一行地位相异，但不论称此疏为“记”或“记述”，其内容为一行的，则无问题。
总之，我们对经文的理解，只能依据一行的疏解，实即一行的思想。这个疏解引用了大量大乘经论，给人的印象很深，明显地在向听者读者证明此经与其他大乘经的教理相符，属于佛说，不容置疑。引用的范围极广，最多的是《大品般若》和《大智度论》，似是与大乘中观学派衔接；但也引《涅槃》诸经，而多述“三界唯心”的《华严》经旨，所以又与主张如来藏的唯识家相近。此外，它还旁及中国的天台宗义，与华严宗“性起”之说相类，同禅宗“即心是佛”的旨趣相通，在整体思想上，很像是《大乘起信论》的运用。所以单从文字上考察，显得杂乱无章，似乎是中国佛教义理的拼凑，但经文自身贯穿的，应该是《华严经》有关毗卢遮那的哲学系统，这与一行所处的佛教义学和禅学背景是吻合的。
就全经的思想内容，大致可分三部分：其一论“心性”，是统括全经大意的理论基础，论毗卢遮那佛自外在性转入内在性，及其成为众生成佛的内驱力的原因；其二讲曼荼罗、字、印、三昧耶、持诵、护摩等修持方法及其神异效果（悉地），总括世、出世的一切佛事，是内在的毗卢遮那外在化，以及由此构成诸多仪轨和多神崇拜系统；其三是理论结论：般若性空与真言经验的结合，归结为“无相三昧”，即静住于“无相”的心态。
一、 悟入的对象“心”：密乘之心论
本经一开端，就有些与众不同，谓：如是我闻：一时薄伽梵住“如来加持广大金刚法界宫”。一切“持金刚者”皆悉集会。如来信解“游戏神变，生大楼阁宝王”……诸大妙宝王种种间饰菩萨之身，为师子座。首先，这集会的地点和佛座就很特殊：地点是“如来加持”的，而不是佛通常说教的印度某天某地；是“广大金刚法界宫”，而不是地上的精舍或神话中的天宫。由此产生了一种全新的地理概念和建筑概念，所谓“加持住处”和“法界宫”。
我们看一行对“加持住处”的疏解：经云“薄伽梵住如来加持”者——“薄伽梵”即毗卢遮那本地“法身”；次云“如来”，是佛“加持身”；其所住处，名佛“受用身”——即以此身，为佛加持住处。如来心王，诸佛住而住其中。既从遍一切处加持力生，即与无相法身无二无别，而以自在神力令一切众生见身密之色，闻语密之声，悟意密之法，随其根性分种种不同：即此所住名加持处也。这是在用佛的“三身”说明薄伽梵的住处：其中“薄伽梵”，即是“法身”；此“法身”是“毗卢遮那本地”，同时亦是“如来心王”。依瑜伽行派的法相分析说，“心”分两大类：“心王”和“心所”——心王是主、是一，心数（心所）是多、是属；“如来心王”就是由此演化来的，据此可知“法身”的另一种性质，相当于“心王”。所谓“佛加持身”，则是“三身”说中的“应化身”，是“法身”为世俗众生之显现，亦即普通人群所建和所见之种种佛像，离开众生的世俗认识不复存在。所谓“受用身”是唯佛能够享有并认识的境界，与世俗大众没有关系，因而是不可思议的。这样，“如来加持住处”，即是大众可知之如来，住在果位上的“受用身”处。换一种说法，佛之“受用身”，即是佛之“加持住处”，也等于说，诸佛即住于“如来心王”之中。
这话绕了一个很大的圈子。实际在说，薄伽梵并不在什么遥远的天国或佛土，而就住在众生“心”中；因为这心的本质，即是“毗卢遮那本地”，亦即所谓“法身”。当众生自觉到并通过修习而从无明烦恼中解脱，就能够回归自己的“本地”而成佛，由此达到的境界即是“受用身”。因此，所谓“如来加持”，等于处于“本地”的心给予世俗心的一种激励和推动。在这里，毗卢遮那、法身、加持身、受用身等等被描述得完全像是外在的东西，但实质上都在众生的内心里，可用“如来心王”统一起来，所以说，诸佛住于其中的“如来心王”，与无相法身无二无别。
这一思想，在《华严经》中已有模糊的表达：卢舍那佛光明普照，令一切万有悉具佛性光明，此卢舍那像是客体存在；就一切万有悉具佛性光明言，卢舍那亦在众生心中，此卢舍那即是主体。这是一种哲学二元论。《华严·性起品》着重讲的是心中蕴含的卢舍那，如何推动众生修习菩萨行，从世俗身转化为佛身。一行疏解“毗卢遮那”，大致是按这一思路说的：如来日光遍照法界，亦能平等开发无量众生种种善根……佛心之日，亦复如是，虽为无明烦恼戏论重云所覆障而无所减，究竟诸法实相三昧圆明无际而无所增。（《大毗卢遮那成佛经疏》卷一，下同）这“佛心之日”就是内在的毗卢遮那。
所谓“加持住处”，即是“广大金刚法界宫”。依一行释：“金刚”喻“实相智”，过一切语言心行道，适无所依，不示诸法，无初中后，不尽不坏，离诸过罪，不可变易，不可破毁……“法界”者，广大金刚智体也。此智体者，所谓如来实相智身。以加持故，即是真实功德所庄严处；妙住之境，心王所都，故曰“宫”也。此“宫”即是“实相智”，是菩萨修习所得的佛智，亦是菩萨成佛的一大标志，相当于后文的“一切智智”。“广大”和“金刚”是对此“智”性能的譬喻，所以又名“金刚智”。以“智”为宫，这“宫”当然也是内在于心的。
这样，薄伽梵集会说法的处所，就只是内心毗卢遮那的自我活动。参与集会的一切众生，也就成了这“心”的显现了。这“心”，也不是外在的另一种精神实体，而是一切“众生自心”。
薄伽梵所居的“大楼阁”及其所坐的“师子座”，略有不同：“上说‘金刚法界宫’即是如来身；此云‘大楼阁宝王’亦即是如来身；今云‘师子座’当知亦尔”。但为什么经文又说是“菩萨身”呢？“谓本行菩萨道时，次第修行地波罗蜜，乃至第十一地。当知后地，即以前地为基，故云如来以菩萨身为师子座。”意谓，薄伽梵之所居和所坐，是其修菩萨行时积累功德之果报；而其所住之地与宫，则是因修菩萨行获得“受用身”的果报。如此一来，薄伽梵似乎又不仅在众生自心中，而确有另一个佛世界的存在了。
这种是心非心，令人不得要领的言论，说白了很简单：同一如来心性，众生悉有，其蕴藏于内心深处，本质清净，永恒不动；只有觉知它的存在，并依据它的本性修习，行菩萨行，最终回归到这一清净不动的状态，此即谓之成佛。此时的身，或对世人示现，成应化身；或自我享受，成受用身。就此二身言，都是众生自心毗卢遮那给予加持的结果——同一心性，在作“因”的时候（因位），它是不动的毗卢遮那，是法身；在作“果”的时候（果位），此时的毗卢遮那，就体现在种种菩萨，以致应化身、受用身上。那么，“薄伽梵”又是什么？一行撇开一般用“六义”解释此词的惯例，特别引用“帝释声论”之说：女人为“薄伽”，是欲求因缘；能息烦恼义。又，是所从生义，金刚顶宗即翻此义，云女人者即是般若佛母，无碍知见人皆悉从是生，其有志求因缘得与相应，烦恼戏论皆悉永息，非如世间欲热，虽小止息，而实更增也。这是把女人当做止息欲热而且能生“无碍知见”等的工具，是密乘被垢病的一大话柄。一行以此义释佛之德称“薄伽梵”（按：梵有无欲之义），接着补充了一句很重要的话：“以密教不可直宣故，多有如是隐语，学者当触类思之。”
如果连薄伽梵这类佛教共用的名词都属于“隐语”，密教经籍之不可从文字上解读，就可想而知了。密教之所以特别需要“阿阇梨”，既作秘典的解读者，又为密行的指导者，从而成为密乘的最高权威，完全取代了大乘“法师”的地位，也是因为它处处皆是“隐语”的关系。密乘之所以为密，用“隐语”宣教布道，是原因之一。一行是被尊为“大阿阇梨”的，所以我们对本经的理解，只能依从他的疏解，别无他法。
其次，与会的众生与一般佛经所述也大大不同，只有两类：一类是“一切持金刚者”，以“金刚手秘密主”为首；一类是“诸大菩萨”，以“普贤”为上首。他们都是佛智的表征，内在于众生之心，亦外化为种种形象，一行就是这样解释的。且以前六位的执金刚为例：
（1） “虚空无垢执金刚者，即是菩提心体……如此之心，即金刚智印；能持此印，名虚空无垢执金刚”。
（2） “虚空游步执金刚者……以净菩提心，于一切法无所住，而常进修万行，起大神通”。
（3） “虚空生执金刚者……菩提心……以无所得为方便，万行为缘，得真实生者，所谓大空生”。
（4） “被杂色衣执金刚者……菩提心树王，万德开敷……故云具种种色；复次，以种种法界色，染此无垢菩提心，成大悲曼荼罗，故名被杂色衣”。
（5） “善行步执金刚者……善行步者，即是诸佛威仪：谓善知时宜、可度不可度等种种通塞，以身口意方便，俯应群机，曲中规矩，皆成佛事”。
（6） “住一切法平等执金刚者，谓住一切佛平等性也——谓因果、自他、有为、无为等一切诸法，入此如实智中，究竟平等，同一实际。能持此智印，故以为名也”。
上列执金刚，是参与佛集会的众生，佛是主持，他们即是佛的“眷属”；就“心”而言，主持的佛是“如来心王”，即内心毗卢遮那；诸执金刚者则是隶属心王之“心所”，包括“菩提心”及菩提心发动的种种智慧。其中第一的“菩提心体”，是作为毗卢遮那动态的“心所”；第二个心所，是主持依菩提心而从事的修行；第三主菩提心之方便运用；第四主菩提心深入诸法界；第五主佛以身口意方便，应机作佛事；第六将这一切作为，悉归为平等如实智。再简单些说，这些执金刚者，均属如来心王毗卢遮那以及由菩提心运作的种种智慧；同样，这一切心智的外在化，作为众生的崇拜对象，即称“执金刚”。一行就此释曰：此毗卢遮那内证之德以加持故，从一一智印各现执金刚身，形色形类各有表象；各随本缘性欲，引摄众生。若诸行人殷勤修习，能令三业同于本尊。内心毗卢遮那，以及由毗卢遮那加持成就的菩提心和无数心智，是众生自我修习之所获，也是佛心的内在结构；为了深入法界，普度众生，内心毗卢遮那及其心智即转化为外在的执金刚，依据众生的不同性欲和因缘，分别引摄，使修行者均能达到与之相应的本尊水平。
前文说过，“秘密主”的前身是“夜叉王”。在这里，一行特别解释了为什么以“夜叉王”为“秘密主”：是中深义：言夜叉者，即是如来身语意密。唯佛与佛乃能知之，乃至弥勒菩萨等犹于如是秘密神通，力所不及。秘中最秘，所谓心密之主，故曰秘密主；能持此印，故云执金刚也。正因为“秘密主”是“心密之主”，所以在本经中执金刚的地位绝对压倒大乘菩萨；在《密迹金刚力士经》中的“密迹”，上升为“秘密主”，变成了全部密教的主持者。在佛教全体中，执金刚则是毗卢遮那系佛教的核心。
至于菩萨，本经提到四个：普贤、慈氏弥勒、妙吉祥文殊师利、除一切盖障。其象征意义分别为：
普贤：“普是遍一切处义，贤是最妙善义。谓菩提心所起愿行及身口意，悉皆平等遍一切处，纯一妙善，备具众德”。
慈氏：“谓佛四无量心……此慈从如来种姓中生，能令一切世间不断佛家”。
妙吉祥：“妙，谓佛无上慧……吉祥，即是具众德义……言以大慈悲力故，演妙法音，令一切闻”。
除一切盖障：“障，为众生种种心垢，能翳如来净眼，不能开明；若以无分别法灭诸戏论，如云雾消除，日轮显照，故曰除盖障”。