自人类出现伊始，就开始了对动植物的探索，可是，对数量庞大、分布广泛并始终活跃在人体内外的微生物，却长期缺乏认识，其主要原因就是因为它们的个体微小、型体外观不显、种间杂居混生以及形态与其作用的后果很难被人们认识。但人类与微生物打交道的历史却极其悠久，且从未间断过，其间既有辛酸和痛苦，也有获益和欢乐。例如，鼠疫佑保天上祷祈在皇教，图疫鼠洲欧（黑死病）、天花、麻风、梅毒和肺结核（白疫）的大流行曾夺去了无数人的生命，以鼠疫为例：其在历史上的三次大流行夺去人类生命的数量大大超过第二次世界大战的死亡人数。直至今天，仍有称作“世纪瘟疫”的艾滋病在人类中出现和流行；疯牛病、口蹄疫的爆发也使欧洲的畜牧业损失惨重。
人类在史前期就知道自发地开发利用有益微生物和防治有害微生物。如今，微生物学的基础理论和独特实验技术推动了生命科学各领域的飞速发展，微生物基因组的研究更是促进了生物信息学时代的到来。
我们一般把微生物学的发展史分为五个时期，下面我们就来了解一下这几个时期。