非政府组织的作用归纳起来大致有以下几点：一是有利于提供公共物品，弥补市场和政府双重失灵。在市场失灵与政府失灵同时存在的领域，非政府组织发挥着不可替代的作用，它将非营利性行为和志愿者行为有机结合，有效地抑制社会公众的“搭便车”现象，在提高公共物品的供给效率、完善社会保障机制、满足社会多元化需求方面发挥着重要的作用。二是有利于促进经济增长，增加就业机会，改善经济结构。如1995年经济最发达的美国，其非政府组织费用达5020亿美元，约占国内生产总值的7%，如果加上职员行为贡献附加值，可以占8%～9%左右，受雇人员达860万人以上。
2001年，全球第三部门提供就业岗位超过2.35亿个。三是增强公共物品生产和资源配置的公开化，促进社会资源合理配置。第三部门通过其社会号召力，动员社会各界参与社会发展，帮助政府解决一些社会问题，增加对社会教育、医疗等领域的投入，有助于填补政府用于社会发展方面的资金不足，对改善政府运行机制，提高政府工作效率起了重要作用。四是扩大社会公平，维护公共利益。
非政府组织能够推动经济滞后地区的发展并服务于弱势企业，影响社会关注，了解和帮助那些处于弱势地位的部门和群体，提供各种信息和必要资源；非政府组织中的行业协会可以维护企业之间的公平竞争关系，创造良好的市场秩序。五是扩大民主精神，增进互助协作。非政府组织在政府与公民之间搭建了一座桥梁，一方面传导政府政策，另一方面又反映民众诉求。非政府组织培养出的公民意识对政府会起到监督作用，倡导的沟通、协商、理解的方式能够维护社会成员的整合，降低社会运行的交易成本。六是有利于促进社会自治。作为一种社会自治机制，非政府组织在维护市场秩序、提供社会服务、满足社会需求等方面发挥的作用，与政府部门不同，它们是通过自律、志愿服务等机制实现的，反映了一种社会自治机制。它们在履行这些功能时，具有较强的社会参与性，扎根于基层社区，进行广泛社会动员，自我行动、自我管理、自我约束，完成自己的事情。
改革开放以来，我国的非政府组织也有了较大的发展。尤其是近年来，随着民营经济的发展壮大和国家有意识地从私人领域逐渐退出，为公民自主性和社会领域的自治提供了前所未有的空间，各种自治性的社会组织和团体大量涌现，截至2005年底，全国经民政部门登记的各类民间组织已经达到31.5万个。浙江是全国民营经济最为发达的省份，其民间组织的发展也十分迅速。根据浙江省民政厅提供的有关数据，截至2006年底，全省经民政部门登记的社团共有12470个，其中：省级社团796个，地市级社团3498个，县级社团8176个，比2001年增加了3732个，增长38.32%；民办非企业单位10810个，比2001年增加了4129个，增长61.8%；基金会125个，其中公募基金会89个，非公募基金会36个，比2001年增加了36个，增长40.45%。浙江省的民间组织已经遍布省内各个城乡，涉及社会生活各个领域，初步形成了门类齐全、层次有别、覆盖广泛的民间组织体系，民间组织的发展，对激发社会活力，促进社会公平，倡导互助互爱，疏缓就业压力，反映公众诉求，推进公益事业，化解社会矛盾，解决贸易纠纷等方面起到了其他组织不可替代的作用。按民间组织绝对数比较，浙江省居全国第三位；每10万人拥有的民间组织为47.9个，居全国第二位。
应该说，经过20多年的发展，非政府组织已经并正在成为我国社会经济发展中的一支重要力量，但就其能够和应当发挥的作用而言，其发展是远远不够的。特别是和国外非政府组织的发展相比，和正在兴起并日趋完善的市场经济的发展相比，和改革开放中社会巨大变迁带来的需求相比，我国的非政府组织显得明显的先天不足、后天困难。它们在获取和运用资源、协调关系、发挥作用等方面都不存在明显的优势。大多数非政府组织在政府规制和市场挤压下艰难地寻求生存和发展之路，难以展现像我们在国外非政府组织身上看到的勃勃生机。
它们存在着法律制度安排缺位、非政府组织自我发展能力比较低下、非政府组织独立性不足、发展不平衡等问题。
因此，地方政府应充分认识非政府组织在社会、经济领域里的重要作用，积极培育非政府组织，并为其发展创造有利环境。
第一，尽快建立完善与地方非政府组织相关的法规，为非政府组织的健康发展创造良好的法律政策保障环境。政府作为公共管理的重要主体，基于资源优势和权力优势，必然在许多方面处于主导地位，政府有责任为非政府组织的发展和规范创造良好的法律政策环境，为非政府组织的发展提供基本的法律规则和保障，改变当前政府职能转变无法可依和无章可循的混乱局面。彻底扭转把非政府组织当作行政机关或事业单位来管理的传统做法，变政府依靠权力管理为通过法律来规范，推进包括事业单位体制改革、社团管理体制改革在内的非政府组织管理制度改革，使非政府组织的运行和管理尽快走上法制化轨道。用法律形式明确以上各类非政府组织的性质、职能、宗旨、地位、权利、义务、组织形式、活动范围、经费来源等。从法律制度上保证非政府组织领导体制、人事制度和机构设置的独立性，从机构形式和组织制度上，摆脱非政府组织与政府部门的从属关系和在人、财、物方面的利益关系上，割断政府和其所属非政府组织的“脐带”，实现真正的脱钩，定位到产权清晰、权责明确、自我发展、自我约束上来，成为完全独立的社会组织。并且根据不同类型的非政府组织的性质不同，功能不同，内部结构也不相同，需要不同的法律规范，对各种非政府组织加以法律上的分类并定义和区分不同分类的法规，制定不同的法律规范。
第二，建立起一套有利于非政府组织发展的科学化、规范化的管理体系，为非政府组织发展构造宽松、良好的发展环境。纵观世界各国政府对非政府组织的态度及其法规政策体系，一个共同的趋势是，从重视“入口”管理逐步转向重视“过程”管理，从“静态”管理逐步转向“动态”管理，从“单一”管理逐步转向“分类”管理，从直接管理转变为放开限制，在简化和放松对非政府组织登记注册时的必要手续的同时，加强对其组织运作的动态过程和在各个领域的活动监督管理。具体包括：实行统一的登记和注销管理制度，撤销严格而繁琐的审批手续，实行便捷的申请登记制度，允许非政府组织自由地成立和以合法的方式在社会中自由地活动，也就是从重视“入口”管理转向重视“过程”的监督；实行分类管理制，对非政府组织实行分类指导、分级管理，即分门别类、区别对待，属人管辖与属地管辖相结合；实行激励制度，对非政府组织进行税收激励、资金激励、人才激励，等等。
第三，引导非政府组织建立自律机制，提高非政府组织的自治能力。自律是健全非政府组织健康发展的机制不可缺少的环节。从规范的意义上说，非政府性和自治性本来就是非政府组织的基本特点。但是，现阶段中国的非政府组织很多从政府部门脱胎而来，或与政府有着亲近的血缘关系或有直接的隶属关系，导致许多非政府组织具有明显的官方色彩，自治化的水平很低。因此，加快非政府组织的培育和发展，加快非政府组织的自治化进程，关键在于政府管理部门的引导。具体体现为：依法建立和健全各项规章制度，完善治理结构，通过健全理事会制度、民主机制、参与机制，从制度上确保组织的自律；建立非政府组织独立的财务制度，健全严格的财务制度；完善非政府组织外部的监督机制，建立和规范包括独立的评估机构、公正客观的媒体监督态度、.通的公众监督渠道和实效性的政府监督在内的一整套外部监督体系，以便帮助非政府组织尽快树立广泛、牢固的社会公信度；等等。
三、构建公共事务多元治理的制度规则，重塑政府运行机制
最近10多年世界各国公共物品和公共服务供给制度变革的经验无疑表明了这样一个事实：在公共物品和服务由政府-市场-社会共同供给的格局下，政府选择什么样的治理工具，是政府和市场、社会力量互动的结果，但政府的主导性是显而易见的。因为选择什么样的治理工具，本身就是公共选择过程，该过程产生的结果就是制度性公共产品，而政府是制度的最大供给者。以私人企业、志愿机构、互益组织、家庭或公民个人为主体供给公共物品和公共服务的各种模式，无论它们是根据什么样的法律程序得以产生和运行，本质上都是政府治理公共事务的工具。因此，政府必须着力构建一个公共事务多元治理的制度规则，实现政府-市场-社会多中心治理的良性运转。具体来说，政府应提供以下几个方面的制度安排：
第一，在公共物品提供与生产方面，建立多样化的组织形式。公共物品全部由政府组织或公营部门提供、生产或管制，并非是唯一或最有效的途径。由于政府本身存在着垄断性、官僚组织的自利性和面对环境的不确定性与信息的不完全性等约束条件，政府并不能通过“有形的手”将资源的配置达到帕累托最优，往往伴随着公共物品提供不足或提供过度的问题出现。对此，选择多种组织形式提供公共物品和服务成为一种必然。一方面，政府出于政治、法律和道义的责任，考虑到市场组织的外部性缺陷，需对保证国计民生和社会持久发展的纯公共物品和准公共物品予以提供，比如国防、社会治安、法律秩序和基础教育等，这体现了政府最基本的作用。另一方面，政府提供某类公共物品，并不等于生产此类公共物品的责任也必须由政府或公营部门自身来承担。政府可以借助市场组织和社会组织的优势与能力，来生产这些公共物品。在此过程中，政府更重要的责任是和生产的组织订立收费标准、服务数量与服务质量的契约，确保这些组织生产符合公众需要的公共物品，避免公众利益受到侵害。同时，政府还可以通过补贴、税收政策等调控手段，激发民营企业或社会公益组织生产公共物品的积极性。可见，政府在经济生活中的功能是逐步走向建立伙伴关系、引导和间接的管理，其责任方式发生了显着的变化。
第二，在提高公共物品及服务提供的效率方面，建立政府内部市场化（inter market）和准商业化（quasi‐commercial）的制度安排。对即使没有外包给社会组织或私营机构的公共服务项目，政府也可视物品和服务的性质以及公民的需求诉求，通过不同层次的内部市场化和准商业化的制度设计，引入市场竞争机制，力图修正由政府独家垄断而造成的外来压力缺少、成本控制机制匮乏和服务效率、品质低下的问题。目前国内外常见的制度形式主要包括基金运营制度和公司制度等。基金运营制度是将该部门涉及的国有资产，经核算后，转为该部门初始的运营基金，以基金的保值和增值作为组织运营的目标。基金组织实行基金经理负责制，自主经营、自负盈亏，有一定决定投资项目和人员任用的权力，利润收入转为基金，有时也转为政府的一般财政收入。公司制度主要是针对那些承担着公益事业服务责任的公营部门，它比基金组织更多地引入了市场企业组织所具有的经营结构和经营方式。其组织内的体制结构、经营者的管理权限、管理人员和工作人员的性质与构成、财务管理方式等都与私营企业没有本质上的差别，只是资产是属于国有的，在定价和固定资产投资回报率等方面受到政府主管部门的监控。
第三，在政府与社会共同承担公共管理方面，建立社区自治管理、外包、公私伙伴关系、民营化等制度安排。除了将市场机制引入到公共组织和公营部门中，政府还可通过多种多样的途径建立公私伙伴关系，将一部分公共物品和公共服务生产让渡给社会自主组织和民营组织承担，以其成本、技术和竞争等优势，为公众提供更有效率、品质更高的物品和服务，同时，也降低了政府和公营部门的支出规模，节省了纳税人的负担。这是一种典型的公共事务管理多中心的制度安排。常见的形式有：通过教育等服务代用券制度，扩大服务使用者在多个竞争的服务生产者之间的选择度（即所谓的“以脚投票”）；通过签约外包和服务购买契约，从一些非政府组织、非盈利组织和民营组织那里获得直接的公共物品和服务；通过税收激励、规制激励、补贴协议和特许经营协议等方式，激励非盈利组织和民营组织更多地承担公共物品和服务生产的责任，促进资源共享的程度，并实行使用者付费制度；等等。