地方政府在促进市场经济和社会自主治理过程中的作用，源自地方政府在市场化推进中的双重身份。地方政府既是中央宏观决策的执行者，即调控主体；又扮演着当地企业“总代表”的角色，具有追求地方经济利益最大化的冲动。而区域经济实力的显着增强和民生的改善，也为地方政府在与中央政府的博弈过程中赢得了更多的话语权。正是地方政府与上级政府之间富有柔性和弹性的博弈，为地方市场化和公民社会发育拓展了制度空间。同时，博弈本身也促使上级政府行为发生潜移默化的变革，“中央制度和意识形态还是适应了地方行为，最终在私人利益合法性不断突破和增加的过程中，促进了地区经济的发展。”可以说，1978年以来的放权和分权改革不仅改变了中央与地方的关系，而且改变了地方内部政府与市场主体及民间组织的关系。
在这方面最有影响的是沃尔德（Walder Andrew）和戴慕珍（Jean Oi）等人的地方法团主义（corporatism）的研究模式。沃尔德认为，在中国的市场转型过程中，地方政府已经深度地卷入市场经济过程，政府不但通过法规培育、管理市场，而且直接参与市场活动，影响市场的发展，其角色行为具有明显的“厂商”性质。戴慕珍则提出“地方性国家法团主义”（local state corporatism）概念，用以概括政府单位、集体企业、工人与社区团体之间的复杂关系，以及它们互相讨价还价和合作的内在机制。地方法团主义的另一研究视角，是地方政府及政府官员与市场主体的合谋或庇护（clientele）关系。大卫·文克（David Wank）提出“共存庇护主义”（clientialism）的概念，强调在市场化的进程中，原先私营企业与政治权力之间的“单向依赖”已演变为一种“共存依赖”关系。社会学家林南（Lin Nan）以天津大邱庄为个案的研究，则强调地方权力与稳定的利益集团的结合，政体、社会关系、家族网络和文化背景的相互渗透和融合，已经在中国基层产生了一种既非市场，亦非正式组织的新的制度形式。
杨瑞龙从制度变迁的视角分析了地方政府在转型期的特殊功能和角色，认为随着放权让利改革战略和“分灶吃饭”财政体制的实施，拥有较大资源配置权的地方政府成为同时追求经济利益最大化的政治组织。地方政府经济实力的提高所引起的谈判力量的变化导致了重建新的政治、经济合约的努力。当利益独立化的地方政府成为沟通权力中心的制度供给意愿与微观主体的制度创新需求的中介环节时，就有可能突破权力中心设置的制度创新进入壁垒，从而使权力中心的垄断租金最大化与保护有效率的产权结构之间达成一致，化解“诺思悖论”。
这样一种有别于供给主导型与需求诱导型的制度变迁方式，杨瑞龙称之为“中间扩散型制度变迁方式”。他进一步研究认为，中国的市场取向改革是在中央治国者、地方政府官员和微观主体之间的三方博弈中向市场经济制度渐进过渡的，三个主体在供给主导型、中间扩散型和需求诱致型的制度变迁阶段分别扮演着不同的角色，从而使制度变迁呈现阶梯式渐进过渡特征。地方政府是连接中央治国者的制度供给意愿和微观主体制度需求的重要中介，也正由于他们的参与给制度变迁带来了重大影响。地方政府参与制度创新大大降低了改革演变成“爆炸式革命”的可能性；地方政府在市场取向改革中扮演主动参与者的角色，使中国的制度变迁轨迹呈现阶梯状，从而减弱了制度遗产对渐进式市场取向改革的约束；地方政府参与制度创新可以减弱市场取向改革的“政权约束”，使改革具有帕累托改进的性质。正如温加斯特所言：“中国的地方政治自由呈现出与18世纪的英国一些惊人的相似之处。在两者，地方政治官员都有着强大的动机去培育地方的繁荣，支持新的和非常成功的企业的兴起。”
由此可见，在中国逐渐形成的地方治理结构中，市场经济发展与公民社会成长更多的是中央政府分权改革背景下，地方政府的培育、引导和推动的结果；地方政府是地方治理网络的中心力量，在国家与社会关系的变迁中起着权力转移的承载者的角色，也提供公共事务多元治理所需要的制度和规则。因此，市场经济发展与公民社会成长的地方性，使得在分析地方治理过程中不能忽视对政府间权力配置和地方政府自主性问题的关注。政府间权力配置模式直接决定了地方市场的繁荣和公民社会的发育，中国不同省区的省、市、县政府间权力配置模式的不同及其发展绩效差异就证明了这一点。浙江的省、市、县政府间权力配置的“省管县”体制模式，激发了各级政府创新创业的积极性，县级政府具有了其他地区所没有的自主性和制度创新空间，为基层政府因地制宜实施区域发展战略，充分利用区域内的自然禀赋和历史禀赋创造了良好条件，促成了内生性民营经济的生长和繁荣，也带动了县和县以下农村经济的发展，富有地方特色的县域产业集群大量涌现，百强县数量连续多年位居全国第一。根据2007年9月29日“人民网”组织的中国百强县调查（共111581人参与了调查），在7个可选择的县域板块中，被调查者认为目前最具活力的县域经济板块是浙江的有48016票，占43%，选择江苏的占29.1%，选择山东的占12.3%，福建占5.9%，广东与辽宁分别占5.5%与1.3%。可见，正是基于体制机制上的优势，浙江成为市场经济最为成熟、县域经济最为发达、城乡差距最小、农民人均纯收入连续23年位居全国各省区第一、民间组织数量和活力居全国前列的省份。
尽管改革开放30年来，中国政府间关系的总体趋势是中央逐步向地方分权，越来越多的省份开始效仿浙江实行“强县扩权”政策和省管县财政体制，不断赋予地方各级政府以发展的自主权，但科学合理的政府间权力配置模式远没有完成。中央与地方、各层级地方政府之间的职责权限尚未厘清，地方政府自主性有待法律的保障。如果说在改革开放的初期，地方政府更多是通过与中央和上级政府非制度化的博弈来赢得地方市场经济和社会的发展空间的话，那么在现在这个社会转型的关键阶段和日益全球化的时代，中国市场经济的成熟、公民社会的壮大以及多元治理的形成，必须是在一个稳定的制度框架之内，寻求多元主体的良性互动。因此，政府间关系必须走出权力收放、无序博弈的局面，构建的制度化分权体制，合理划分政府间的职责权限，用法律和制度来保障中央政府的权威性和各级地方政府的自主性，使地方政府逐渐从中央政府和上级政府的“代理机构”转化为地方公共利益的“合法代理者”，发展和维护地方公共利益。
由此可见，中国的地方治理必须是在政府间权力实现合理配置的前提下实现的，而地方治理所内涵的价值理念也为解决传统的政府间关系模式、实现政府间权力合理配置提供了新的思路和制度路径。首先，要按照“职能下属化原则”（the principle of subsidiary）来确立我国的财政分权和公共产品分层供给的改革路径，增强县级政府在地方公共产品供给中的主体性。在统一的政治法律框架内，增强各级地方政府尤其是县级政府的自主权，具体规范纵向层级之间的职责权限，并运用合法程序处理纵向争执，切实维护县级政府的法人地位，开展良性的政府间竞争与合作，实现纵向的政府间权力结构的合理化及制度化。值得指出的是，各级地方政府的自主权必须建立在法治之上，其权力的行使受到严格的监督，上级政府、同级党委、人大和司法机关等构成制度监督，控制政府权力的行使。县级政府作为直接面向民众的基层政府，一定要建立有效机制保障民众对政府的民主监督，促使政府为公共利益服务。在维护县级政府自主权的同时，省级政府要强化在全局性公共事务方面的制度化权威，通过法律规范、行政监督、财政控制等手段维护中央、省的权威和政令的统一。
与此同时，各级政府职能要在纵向维度与横向维度得到合理有效配置，加强社会建设，充分发挥社会的调节整合功能，变革传统的职能方式，积极引入公民参与和市场机制，实现地方治理。其次，实行省直管县体制，实现市县分治。政府间权力配置结构的变革涉及府际关系的改革。改革“市管县”体制，实行市县分治是当前可供选择的改革路径与方向。市县分治模式将城市型行政建制与广域型行政建制区分开来，依据不同行政建制的特点与性质进行治理，有利于推进我国政府管理的专业化与科学化，同时弱化了地方政府之间纵向的行政隶属关系，赋予了县级政府更大的自主性、能动性，并充分保护县域公共利益。这或许也是我国新农村建设从被动依赖的“输血型”模式向自主发展的“内生型”模式转变的制度基础。再次，在政府间分权的基础上，要进一步确立政府间的民主合作机制，形成府际治理。
既有政府间的适度分权，又有政府间的积极合作，才能彻底消除传统的、单一的、支配性的政府间关系，真正改善政府间的关系体制，充分体现我国政府组织的“民主集中制”原则，达成“统一、效能、法治”的目的。从总体上而言，这种政府间体制将不但极大地调动各层级政府的积极性、主动性和创造性，而且还有利于整个政府向现代治理的转型，提升政府的治理能力（governing capacity）。从全球地方治理的实践发展来看，合作主义的观念正在不断地嵌入管理者的政策设计和政策执行中。奥茨曾精辟地指出：“在今天，我们尚无法精确地划分政府间的权力和责任范围，我们需要责任的分担。政治科学家告诉我们，我们已经生活在一个政府‘合作的联邦主义’（co‐operative federalism）时代，它已经代替了原来的‘协调的联邦主义’（co‐ordinate federalism）时代。”最后，合理把握好政府间的集权与分权关系，实行各层级政府“有限自治”（limited self‐government）。
一方面，政府间关系必须具有一定的基于宪政意义上的相对自主性，保证地方政府拥有真正的权力，自主地决定地方各个事物管理目标，有效地行使地方管理和公共服务的职能。另一方面，在地方治理体系中，中央和地方各层级政府仍然共同组成一个宪政框架内的统一政府体系，而并非政府间的分离或分立，因此，在全局性的公共事务领域体现集权是必要的，这在转型时期的中国尤其如此。根据中国青年报社会调查中心与腾讯联合进行的民调显示，在4531名志愿受访者中，85.9%的人认为在当前形势下，中央政府应加强“垂直管理”，以平衡日渐扩张并屡现劣迹的地方权力；有一半以上的人认为，审计、环保、统计等部门应该实行“垂直管理”，其中审计排在第一位，支持率达到71.0%；64.9%的受访者相信，实行中央“垂直管理”能有效摆脱地方政府的干扰（《中国青年报》，2006年11月20日）。总的来说，在处理集权与分权关系时，涉及全局性的政策与法律执行和利益平衡，适宜采取垂直管理的集权体制，以达到社会公正的最大化；涉及处理地方事务和地方公共产品供给的权力，适宜下放给地方政府，以达到公共资源配置的最优化。