隆庆元年（公元1567年），51岁。著《说夏篇》、《三山拾言》、《玄镜铭》、《心身性命图说》、《何思何虑解》、《存省规条》，并编所著诸书，曰《圣学统宗》。二月往福州，寓洪塘金山寺，曾到雪峰寺，八月还；十二月游武夷、建阳，次年三月还。
按：《实录》未提《圣学统宗》一事。
隆庆二年（公元1568年），52岁。著《心镜指谜》。四月至福州，七月还。
隆庆三年（公元1569年），53岁。二月至江西万年，八月归，沿途信众执贽瞻礼拥塞。
隆庆四年（公元1570年），54岁。至丹阳、南京，九月还。拜者甚众。
隆庆五年（公元1571年），55岁。著《宗孔迩言》、《三教合一大要十条》、《三教归儒一览》、《原教》、《信难》、《三纲卦》。卓晚春为先生定墓穴于石门山，先生自撰《圹志》并《遗嘱》。
十月至福州，十二月还。
隆庆六年（公元1572年），56岁。著《道业正一篇》、《樵阳教言》。四月往樵阳，九月还。
按：此时林兆恩影响已经非常大，《实录》谓“人人肖像以祀”。
万历元年（公元1573年），57岁。著《豫章答语》及《续语》。二月往江西，五月还，拜者益众。
万历二年（公元1574年），58岁。著《经传释略》（后改名《四书正义》）
万历三年（公元1575年），59岁。著《心本虚篇》、《心本虚直指》、《先衍》。
万历四年（公元1576年），60岁。著《三教心宗》。二月寓福州，往延平，六月还。
万历五年（公元1577年），61岁。著《丝银喻》、《七窍问学》、《易解俚语》、《导淮迂谈》。命门人刘献策标摘《四书正义》。十月往仙游。
万历六年（公元1578年），62岁。五月往新安，后往杭州，九月还。
万历七年（公元1579年），63岁。著《心圣教言》、《九序摘言》。
刻编《心经诸咒》。春往福州，4月还。
万历八年（公元1580年），64岁。游鼓山，往武夷、宁化，归福州，八月还。观者如堵。
万历九年（公元1581年），65岁。著《机说别传》、《心经释略概论》、《常清静经释略》。
万历十年（公元1582年），66岁。长孙齐岳生，后改名齐瀛。兴化府庠生。
万历十一年（公元1583年），67岁。著《梦中人》、《元神实义》、《道一教三》、《欲仁篇》、《无遮大会》、《真域昌言》。
万历十二年（公元1584年），68岁。先生集平生所著为《圣学统宗》。门人开始建祠。
按：自此开始，门人建祠。自此之后，“堂”、“祠”的建立各地纷起。其实，在此之前，就已经有人要求为林兆恩建立书院，《实录》记载：“（隆庆三年）洪文谊、洪嘉善赉二百余金，欲为教主建书院，以讲明心性，及非非三教，归儒宗孔。以继往哲，以易天下万世之人心。教主曰：‘我之教尚未深信于人，俟既信，建之未晚也。’二人固请之，教主固却之。”洪文谊和洪嘉善，根据《实录》记载，是三一教在江西的最早门人，在隆庆三年（1569）的时候就曾提议要为林氏建立书院。但是，此时林兆恩并没有同意，因为在林兆恩看来时机还尚未成熟，三一教并没有得到广泛的传播，也尚未深入人心，在这种情况下建书院，对于三一教后来的发展可能会产生不利的影响。随后几年，林氏不断外出倡教，致使三一教的影响日益扩大，至隆庆六年（1572），已是“人人肖像以祀”。于是，在万历十二年（1584），当门人黄芳等人开始建祠的时候，林兆恩不再反对。这样，门人建祠的情形，此起彼伏，由莆田而至于各地，这也成为三一教作为宗教活动的基本场所。
万历十三年（公元1585年），69岁。著《读随槎集纪》、《无生篇》上下卷。
万历十四年（公元1586年），70岁。著《山中报札》、《炼丹诗》。从弟兆玑中进士。
万历十五年（公元1587年），71岁。袁了凡称林兆恩为“三教老师”。
按：根据《实录》，从这一年开始，林兆恩始有“三一教教主”之称。
万历十六年（公元1588年），72岁。命陈大道编《林子三教分内集》（《三教分摘》），十册；《分摘拾余》，三册；《林子四书标摘正义》六卷；《正义续》六卷；《三教经解》十册（《道德经释略》，六卷；《常清静经释略》，一卷；《心经释略概论》，一卷；《金刚经统论》，四卷）；《三教原编》，十册（《三教会编》，九卷；《先衍》，一卷；《三教经略》，一卷；《儒经》，一卷；《醒心诗》，一卷；《林子旧稿、续稿》，七卷；《疏天文稿》，二卷；《醒心诗摘注》，一卷；《夏语注释》，四卷；《三教合一大要》，一卷；《颂章》，一卷）
按：此事《实录》未载，《实录》仅谓林兆恩刊《弥勒尊佛经》、著《道德经释略》。
万历十七年（公元1589年），73岁。命门人陈标摘抄诸集最切要者二十四章，分上下卷，名《夏一》。袁宗道等与林兆恩书信往来。撰《真我赞言》。
按：《年谱》不记《真我赞言》，《实录》不记《夏一》。又，《实录》记林兆恩与袁宗道等人的书信往来，较《年谱》详细、丰富。
万历二十一年（公元1593年），77岁。《林子第一义》（姜云龙、陈济贤、徐光启等编）二卷付梓。著《道统中一经》。口授门人卢文辉《太虚先天图》、《太极后天图》、《天地人图》《天圆地方图》。
按：《年谱》唯记《林子第一义》事，其余出自《实录》。
万历二十二年（公元1594年），78岁。
门人卢文辉将《圣学统宗》重新编次名为《林子三教正宗统论》凡三十六卷，分元亨利贞四函。又将《正宗》采辑为《三一教夏午尼经》三十六卷、《夏总持经》三卷、《夏讯译经》三卷、《如来性经》三卷、《众妙玄经》三卷、《明光普照经》三卷、《道统中一经》三卷、《最上乘经》三卷、《洞玄极则经》二卷，分十二册付刊。
按：上述根据《实录》、《年谱》的记载，整合整理而成。
万历二十三年（公元1595年），79岁。命卢文辉编《道统中一》、《夏总持》等经，凡三十六卷。
按：此事《实录》不载，《实录》唯称是年邑大旱，先生祈雨风山寺。
万历二十五年（公元1597年），81岁。江西益王奉行三教，并盛赞林兆恩。辑《三一教教主夏午尼诸经纂要》四卷。著《经训》一卷。孙齐岳完婚。
按：《实录》谓益王仙源，即朱仙源。《年谱》中未提《三一教教主夏午尼诸经纂要》、《经训》事。
万历二十六年（公元1598年），82岁。正月十四日，寅时，去世。
按：《实录》对于林兆恩去世的描述，依旧是充满着宗教神秘色彩，“天乐铿锵，金光显焕，教主寂然拱手而逝”。
万历三十年（公元1602年）门人服心丧三年毕，葬先生于石门山。
附录二：徐光启与三一教——对徐光启早年经历及其思想演变的一种可能性的考察
一、引言：林兆恩与三一教
明清之际，民间宗教在社会上非常活跃，各种民间宗教的名目多达百余种。在福建莆田地区出现了一种新的民间宗教——三一教。三一教是一种既不同于正统宗教又不同于一般民间宗教的社会组织，它是由一个知识分子的学术团社演化而成的宗教组织。
三一教的创始人是林兆恩。林兆恩，字懋勋，别号龙江，道号子谷子、心隐子，晚年又号混虚氏、无始氏，莆田赤柱人，生于明正德十二年（1517），卒于明万历二十六年（1598），终年八十二岁。其祖林富曾任兵部侍郎，与王阳明过往甚密。林氏一生倡三教合一，创“三一教”，故世称三教先生、林三教。三一教，又名夏教，以“道释归儒，儒归孔子”为教旨的三教合一而名“三一教”；又以“夏”之义为大、为中，于岁时为午运，意谓其教义即天下之大道，允执厥中，如日之午，岁之夏，故又尊教主为“夏午尼氏”，与儒之仲尼、道之清尼、释之牟尼并列。明世宗嘉靖三十年（1551），林兆恩开始倡明三教宗旨，并于东山宗孔堂开始倡教授徒。后由于林本人的影响和其四大门徒（即今三教祠中“四配”）卢文辉、林至敬、张洪都、朱逢时等不断宣扬，大约在17世纪中期，“三一教”上，林兆恩完成了其三教合一系统建构。
这个系统，后来林兆恩的得意弟子卢文辉有明确的概括：或问何以谓之三教之正宗也？文辉乃窃三教先生本旨而语之曰：“其所谓三教之正宗者，非他也，心身性命之要道也，三纲五常之至德也，士农工商之常业也。统而宗之，岂非其所谓万世无弊之可宗者正宗耶？”故徒知心身性命之要道，而不知有所谓三纲五常、士农工商，则道非其道矣。或徒知三纲五常之至德，而不知有所谓心身性命、三纲五常，则德非其德矣。或徒知士农工商之常业，而不知有所谓心身性命、三纲五常，则业非其业矣。而心身性命，而三纲五常，而士农工商，而合而一之，此乃先生三教正宗之本旨也。按照卢文辉的概括，林兆恩三教合一的宗教思想基本上包括三个方面的内容：心身性命之要道，三纲五常之至德，士农工商之常业。这三者是构成其宗教思想的基本核心，是一个统一的整体，不可或缺。对于林兆恩的三一教而言，三者具有同等重要的意义。而三一教的基本教义也就是在此基础上才形成的，简单地说就是以“心身性命”为基础，以“三纲五常”为根本，以“归儒宗孔”为宗旨，以“士农工商”为媒介，以“立本”、“入门”、“极则”为修行途径的儒、释、道三教合一的宗教体系。
二、问题的提出
从嘉靖四十五年（1566）开始，到万历十三年（1585）为止，林兆恩用以传教的时间整整二十年，也正是因为林兆恩积极不懈的努力传教，使得三一教在当时广为社会所黄州、黄大本等人为徒，开始于东山樵舍讲堂（即今宗孔堂）授业，林兆恩的门徒信众日益增加，特别是在嘉靖四十五年（1566）后林兆恩经常云游四方讲学，门人信徒更是增加迅速。根据三一教三传弟子董史所纂《林子门贤实录》的统计，林子门徒有800多人，其中有姓名、问答、行事的217人。称弟子者遍朝野，其著名人物，如明宗室益王朱仙源、浦阳王朱璇源、安仁王朱清源、德化王朱灵源等；社会名流徐光启、袁了凡、王世懋、袁宗道、肖云举、王图、吴应宾、郭子章等；地方人士卢文辉、林至敬、张洪都、朱逢时、林兆居、林兆珂、林兆诰等。更多的是诸生、农民、商人、手工业者、渔民、仆人等成分的人。三一教的影响逐渐扩大，信徒则“人人肖像以祀”，至万历十五年（1585）被门人奉为“三一教教主”。林兆恩及其三一教的影响日盛，一时间，“江以南，方内外之士群然北面而师之”。
这在林兆恩嫡传弟子庐文辉所编撰的《林子本行实录》（以下简称《实录》）中有着比较详细的记载，比如袁了凡：（万历十五年）教主从弟槐门公机，初第进士，归遂执贽以拜教主。教主讶之，槐门公曰：“同年袁了凡黄，尝询三教先生。弟以家兄对。了凡曰：‘年兄何幸，躬闻至教。’弟答以未拜，了凡笑曰：‘年兄亦无以为东家某乎？不佞早岁读书，积疑弗解。偶得三教诸集，阅之豁然。遂当空五拜，尊为三教老师。’”再如袁宏道等：（万历十七年）……既而内翰袁玉蟠公宗道，王明石公图萧，古铉公云举，吴观我公应宾，太学生吴彬如君用先，咸遥拜教主而私淑于礼部主政汪静峰可受焉。这样的记载，在《实录》中非常多。其中有一条非常有意义，目前的研究中基本上未被引用过：谓教主之书浩瀚难窥，宜掇精要以当醍醐，遂编集林子第一义二卷，校定命梓。
这里明确地指出了徐光启是三一教的门人，他的行事也是比较确定的。徐光启与三一教之间关系的问题也因此被提了出来，在三一教内文献中是否还有其他关于徐光启的记载？三一教现存的文献，与徐光启相关的记载还有一条，所述事迹与前引没有太大的差别：万历二十一年，癸巳。松江门人姜公云龙与同社陈公济贤、徐公光启、吕公克孝，谓先生之书浩瀚难竟，宜掇精要以当醍醐，遂编辑林子第一义二卷，校定杀青。上述两种不同文献中的记载，虽在表述上略有不同，但是没有实质上的区别。