随着全国相继兴起的声援运动，北洋政府的总统徐世昌一方面要面对全国人民的示威压力，一方面还要对北洋政府的实际控制者段祺瑞负责。在“内忧外患”之下，徐世昌在1919年6月1日提出辞职，但是被他的同僚们以种种理由说服继续任职。当时，北洋政府仅仅罢免了曹、章、陆三个人，并没有答应拒绝在合约上签字，于是，陈独秀起草了《北京市民宣言》，号召广大市民继续坚持斗争。可是他在散发传单的过程中却被反动军警逮捕，最后被社会多方力量营救出狱。这时，全国学界、工界、商界组织起来，为拒绝在合约上签字而继续同反动军警斗争。此时，远在海外的爱国华侨们也纷纷响应国内的斗争，他们同留学的学生一起为拒绝在和约上签字做出了很大的贡献。
（一）徐世昌辞职
1918年，在民国第二届总统选举之际，徐世昌就作为“理想人选”当选为总统。
1919年5月4日，爆发了五四运动。在运动刚刚开始时，徐世昌就不主张以武力镇压学生，而是力图和学生达成谅解。5月5日，已经遭受全国人民唾骂的曹汝霖首先向大总统递上了辞职书。徐世昌对曹汝霖大加安慰，称他为国家效力多年，现在因为公事受到全国人民的责难，一定要坚持下来，继续连任，为政府效劳。随后，又以类似的语言安慰陆宗舆。然而当时北洋政府的实际权力掌握在段祺瑞手中，曹汝霖、章宗祥、陆宗舆是听命于段祺瑞的，所以，5月4日火烧赵家楼、痛打章宗祥后，徐世昌也因镇压不力受到段祺瑞的责难，所以不难推测出徐世昌在这个过程中也有委屈的一面。另一方面，在教育总长与蔡元培等人的强烈要求下，徐世昌也不得不于5月7日下令释放了因“火烧赵家楼”而被逮捕的学生，他持有一种要平息事态的态度。5月下旬，五四运动已由北京发展到了全国，由学界推至各界。而主要当权的段祺瑞则不断向徐世昌施加压力，所以大总统不得不下令禁止学生集会、游行、演说、散发传单，一经发现，立即逮捕；同时进一步加强舆论控制，禁止与五四运动有关的新闻见报。至于是否在巴黎和会上签字，徐世昌也改变了原来犹豫不决的态度，他以大总统的名义致电在巴黎的中国代表团，表示即使不能保留山东权益，也要在和约上签字。随后，徐世昌又把主张签字的通告致电各省，这样做的目的就是力求达到各省的支持，扩大反动势力的阵营。6月3、4两日，北京各校的大学生们继续上街演讲。军警根据徐世昌的禁令，逮捕了近千名学生，关在北大三院校舍。军警还在北大外面搭起帐篷，包围了北大。这就是“六三”事件。然而“六三”事件并没有使爱国的群众有所畏惧，反而进一步扩大了运动的范围，北京的运动首先得到上海的声援，除了学生罢课外，商人罢市、工人罢工，把五四运动推向了最高潮。在全国人民的强大压力下，徐世昌不得不于6月10日下令曹、章、陆三人辞去职务；然后又自己主动向参、众两院提出辞职。1919年6月11日，民国总统徐世昌向国会参、众两院提出辞职。在他的辞呈中这样写道：“在巴黎和会上，本来打算是在合约上签字的，我们只提出了一条意见，就是保留胶济铁路的所有权。然而通过在谈判桌上了解帝国主义列强的态度后，仅仅这一个要求也无法实现了。审视国内的情况，观察帝国主义的态度，只有尊重那个英，美、法的意见，在合约上签字，才能维持中国的国际地位。然而国内的舆论一浪高过一浪，纷纷要求拒绝在合约上签字。我既想遵从国内民众的意愿，然而又怕破坏了与帝国主义的关系。所以说我只能引咎辞职了。”就在这一天，参、众两院的议长李盛铎、王揖唐亲自到徐世昌家中把他的辞职信又退给他了。并且联名发表声明：“查遍了中国现行的法律、法规，一切外交、内政上的责任，应该由国务院对其负责，大总统没有责任要引咎辞职，并且大总统的辞职函上没有国务总理的签章，所以在法律上是没有效力的。所以当天由盛铎、揖唐把辞职函送回总统府，盼望总统照常任职。”当天，段祺瑞也亲自来到徐世昌住处挽留。各地的政府也都纷纷发来挽留徐世昌的电报，电报的内容大都是包含了以下三层含义：一是希望徐世昌继续任职；二是表明了各地方政府对德和约签字的态度；三是表明了支持再次召开南北和会。一时颇有“总统一职非徐莫属”的势头。于是，徐世昌又重新稳定了总统的宝座。6月28日，徐世昌亲自接见群众代表，向群众声明已经电告在巴黎的中国代表团，如不能保留山东问题，中国将不予签字。
（二）陈独秀被捕
其实，曹、章、陆三个卖国贼的被罢免，不过是反动统治者的缓兵之计。因此，陈独秀、李大钊等一部分思想界的先驱们，进一步提出了从根本上改造北京政府的问题，陈独秀为此还起草了《北京市民宣言》，内容是：“中华民族乃酷爱和平之民族，今虽备受内外不可忍受之压迫，对于政府提出最后最低之要求如下：（1）对日外交不抛弃山东省经济之权利，并取消民国4年、7年二次密约；（2）免除曹汝霖、章宗祥、陆宗舆、段芝贵、王怀庆、徐树铮六人官职，并驱逐出京；（3）取消步军统领及警备司令两机关；（4）北京保安队改由市民组织；（5）市民须有绝对集会、言论自由权。我市民仍希望和平方法达此目的，倘政府不顾和平，不完全听从市民之希望，我等学生商人工人等，惟有直接行动以图根本之改造，特此宣告，敬希内外士女谅解斯旨。”
这是一份为五四爱国运动指明新的斗争目标的重要文件，主要是号召民众采用超越法律允许范围的手段进行彻底的革命，从根本上改造社会。这份传单由运动中的先进分子于6月10日在前门外等繁华街道散发。6月的北京已是盛夏时节，到公园等阴凉处避暑、乘凉的人非常多。10日晚上，陈独秀、高一涵等人走进北京中山公园，扮成普通的散步公民夹杂在人群中。他们趁一些吃茶的人在外散步，就快速地把一张张传单放到桌上，用茶杯压好，快速离去。一些暂离座位的吃茶者回到桌前后，大都仔细阅读了这封“北京市民宣言”的传单。看过传单的游客们有的点头，有的拍手称好，反映了他们对传单内容的赞许。然而，几个军警悄悄走过来拿起一张传单看后快速地离去了。“11日，陈独秀、高一涵、邓初三人又来到‘新世界’散发传单。‘新世界’是北京最著名的游艺场，是一座四层的楼房，里面有剧场、电影院、曲艺场、餐馆、茶馆等。这里日夜开放，到处灯火通明，于是，他们就来到顶楼阴暗处往楼下抛撒传单。传单被楼下看电影的游人捡到阅读。这时，阴暗处走来一个人向陈索要传单，陈独秀不假思索就从口袋里拿出一张给他，这个人看了一下传单，大叫：‘就是他。’这时埋伏在一边的几个人立刻出来逮捕了陈独秀。这时，高一涵赶紧摘掉帽子，脱去外套，夹杂在观众中和邓初一起离开了新世界。”陈独秀的被捕，在当时的进步分子中间引起了巨大的反响，各省市学联先后发出通电，要求释放陈独秀，并且声称逮捕陈独秀事件是大兴近代文字狱，是极大倒退的事件。反动派采取的暴力行为，只能让全国人民更为愤怒。当时的北京政府是一个顽固守旧的、卖国的政府，而陈独秀是一个极端反对这种思想的先锋人物，所以，他们为了禁止进步思想的传播，就逮捕了陈独秀，进而恐吓其他的进步青年。最后，各界爱国人士，特别是知识界的抗议与营救，又加上北京政府最终也拿不出陈独秀是“过激派”的真凭实据，所以在其被逮捕三个月后，不得不释放了陈独秀。
（三）华侨的声援与合约的拒签