（二）生态移民贫困问题
由于生态移民社会制度安排的缺失，导致部分地区生态移民贫困。风笑天等（2006）认为移民贫困是指由于搬迁引起的移民生产生活系统的失调，移民的物质资本、社会资本和人力资本存量减少而陷入贫困的处境。移民贫困主要表现在人力资本、社会资本和物质资本三个方面：在人力资本方面，移民原有的技能失去发挥作用的空间，移民原有的职业丧失。原来靠天吃饭的粗放经营转向了精耕细作的大棚种植，种植品种由过去的粮食作物转向了经济作物，旱地种植变为了水田种植，而且还面临寻找市场的困境。虽然各迁入区政府通过各种方式帮助移民建设人力资本，让他们尽快适应新环境带来的挑战，比如办各种种植（养殖）技术培训，但由于培训师资、培训计划、培训课程内容的安排缺乏针对性等原因，培训效果不显著。调查中发现，为移民建的大棚，有许多大棚闲置，或有种植，但收获不理想。当然这与移民本身的接受能力也有一定关系。还有一部分60-70岁的移民在原住地可以从事力所能及的养殖和种植，为家庭创造一定的财富，搬迁后由于环境条件的限制，他们就丧失了创造财富的机会，只能闲居于家中。
在物质资本方面，客观角度来看，生态移民安置区多处于新垦区，土地贫瘠，立地条件差，那天开发、改良成本高，时间长。而且，土地面积较之于以前迁出区移民拥有的山地、旱地面积减少了许多。不仅如此，主观方面，各移民安置点远离灌溉渠道，又没有用水指标，水资源供需矛盾十分突出，严重制约和影响着移民区群众生活生产，移民的养殖（种植）结构发生转变而使移民收入下降。
政府主导的生态移民成本主要由国家、地方政府承担，移民户投资很少，效益包括生态效益、社会效益和经济效益。而实际中往往会低估生态移民搬迁成本。迈克尔·M.塞尼（1996）对于非自愿的生态移民利益损失评估认为对移民的直接物质损失如土地、房屋、果树等不以重置价进行赔偿；另一方面，对于移民的无形损失则以无法计算为由不纳入补偿的范围。
在社会资本方面，原有的初级社会关系、社会组织瓦解。社区的公共物品的损失也是移民社会资本下降的主要体现。迁移不仅改变了原社区的人口构成和社会关系，而且还改变了迁入区的人口构成和社会关系。从系统的角度看，在特定的区域内，人口的增加导致个体资源的占有量减少，其结果就是移民被排斥在特定的经济圈内。资源的有限性导致移民和当地居民之间资源的争夺。在公共资源方面，生态移民有限的投入使安置区居民得到好处少，公共资源的享有就会受到限制。移民能否融入安置区取决于移民的个人素质、当地的基层组织和安置区对移民的态度。但是移民由于在服饰、饮食和语言等方面的差异，也由于资源条件相对较差、社会地位相对弱化，容易被边缘化，贴上“外来者”的标签。标签的实质是强势群体对弱势群体的建构。移民能否在安置区取得自己的地位和社区认同直接影响生态移民的效果。对于少数民族移民而言，还包括宗教、文化等社会资本的融入与共享问题。一种“异质”文化的存在有其存在的理由和机制，而不能只看到其所谓的落后，我们不能一味站在社会进化论的视角看问题。这种观点在斯科特的《国家的视角》一书中得到了很明显的证实，忽视地方（区域）知识和实践的特殊性，一味追求同一的结果就是文化冲突，甚至导致政府主导项目的失败。政府逻辑与移民逻辑不一致的结果就是移民拒绝搬迁，或者是通过冲突的途径发泄不满的情绪。
（三）生态移民参与和社会干预机制缺失
生态移民作为移民活动的主要利益相关者，政府在实施生态移民社会中，应该主动邀请生态移民代表全过程参与移民规划设计、动员、搬迁、安置、生产恢复和监测评估阶段。并赋予移民对其生产、生活安置和重建活动决策的权力（陈绍军，2003）。作为政府主导的生态移民，参与的不充分则会影响管理机构的形象，使移民和政府之间的信任降低。在移民安置中，不尊重移民的意愿和进行充分的协商可能导致决策的失误和采用不适当的策略。最终可能减少移民对于项目的认同感，给生态移民实施带来阻碍或效果受影响。
自迈克尔·M.塞尼倡导社会学家与人类学家参与移民工程以来，学界无论是在理论还是在实践层面上均取得了可喜的成绩。实践表明，对移民活动进行社会评价，通过移民与社会专家的互动，设计和选择社会可行性好的移民方案，可以减少社会矛盾和冲突。也就是说，在项目的决策层面上来说，环境评价、财务评价、经济评价等不能代替社会评价来考虑移民的社会影响。但因为我国在生态移民的实践、经验和制度建设等方面起步较晚，生态移民项目的社会评价目前仍处于空白状态。调查中发现，所有生态移民村都是砖瓦房，看上去很漂亮，但房屋建筑面积只有54平米。对于三口之家的年轻夫妻没有影响，但对于五口之家且有男女成年孩子的家庭而言就是很大的问题了，连基本的睡觉休息都难以解决。还有把厕所配置在院子里紧靠前一栋房子的厨房窗户，且没有下水道，夏天蚊蝇漫天飞，臭气熏天，结果农户干脆不使用，成了一个摆设。这类似于韦伯所说的形式合理性，而实质非理性的状况。尤其是在少数民族地区，缺失参与和社会评价机制有可能使民族的文化和生活习惯等在项目准备和实施中得不到充分的考虑，进而影响项目的成功。
五、生态移民社会治理对策
（一）制度建设
制度建设是规范利益相关者之间关系的控制机制，可以规范各方利益关系，协调各方利益冲突。当前我国生态移民制度建设还处于起步阶段，还没有国家层次的政策、法规、规范、标准，需要加快进行生态移民制度建设，包括生态移民各项移民政策、生态移民规划、生态移民实施管理、生态移民参与和申诉等相关制度。