四、销毁侵权物的适用
由于植物新品种侵权案件中的侵权物是授权品种的繁殖材料，且大多数繁殖材料具有自我繁殖的特性，一旦占有侵权物，就可以很容易地实施侵犯品种权的育种行为。所以，销毁侵权物在品种权侵权责任中占有特殊的地位。
（一）销毁侵权物的性质
关于植物新品种侵权案件中的销毁侵权物问题，植物新品种保护条例没有规定，只是在2007年植物新品种司法解释第七条中有所涉及。该条解释源自《民法通则》第一百三十四条第三款的规定。著作权法第四十七条和商标法第五十三条也有关于收缴侵权工具、销毁侵权产品的规定。但是，销毁侵权物是否属于民事责任方式，颇有争议。关于民事侵权案件中销毁侵权物的性质，目前有三种观点：第一种观点认为，销毁侵权物实际上不是民事责任，而是行政责任；第二种观点认为，销毁侵权物是一种民事制裁措施；第三种观点认为，销毁侵权物是民事责任。本文认为，民事侵权案件中的销毁侵权物具有民事责任的性质，但不是独立的责任承担方式，而是属于排除妨碍的一种具体实现手段。
首先，侵权物本身是侵权行为的结果，侵权物的存在是侵权行为所造成损害的一个组成部分，如果不销毁或者控制侵权物，知识产权的独占性就无从体现和保证。狭义的停止侵权，针对侵权行为（生产、销售等）本身。广义的停止侵权，不仅仅表现为对生产、销售行为的禁止，还包括对侵权后果的清除。即使侵权行为停止了，但库存的或者已售出的侵权物仍有可能流入市场，对知识产权独占性造成妨碍。所以，侵权物的存在就是对独占权的妨碍，从这个意义上讲，销毁侵权物是排除妨碍的应有之义，是恢复权利圆满状态的一种手段，是有效、彻底制止侵权的内在要求，因此也可以认为属于广义的停止侵权的范畴。
其次，关于侵权物的处理，民事侵权诉讼中的双方当事人是可以协商的。例如，原告许可被告实施或使用其相关的知识产权，或者在不侵害公共利益的情况下，原告通过追认的方式将侵权物变成非侵权物。这种对侵权物合意处分的做法，正是民事责任私法性质的体现，而行政执法的目的是停止侵权行为，恢复市场秩序，销毁侵权物是行政执法的一项内容。行政责任的受害人不能主张放弃或者由双方和解加以改变。著作权法和商标法规定行政部门对有关侵权纠纷处理时，可以没收、销毁侵权商品或侵权复制品。这是从行政救济的角度，规定行政机关的执法手段。虽然与民事侵权案件中的销毁侵权物都表现为对侵权物的销毁，但是这是行政执法机关行使公权力的体现，不得和解和放弃，与可合意处分的销毁侵权物有性质上的区别，并不影响侵权案件中销毁侵权物的民事责任性质。
再次，TRIPS协议第四十六条规定，为有效制止侵权，司法机关有权在不给予任何补偿的情况下，责令将已发现侵权的货物清除出商业渠道，以避免对权利持有人造成任何损害；或下令将其销毁，除非此点会违反现行的宪法规定的必要条件。可见，国际条约也是将销毁侵权物作为民事责任来规定的。
（二）销毁侵权物的适用限制
1.义务主体范围的限缩
品种权人对授权品种有使用、收益等排他性权能，属于绝对权。若以概念法学解释销毁侵权物的义务主体，则是侵权人及侵权物的持有人，不论其善意或恶意。但是，鉴于从市场上购买种苗者，通常不知道其所购买物是侵犯品种权的种苗。如果其购买物必须被销毁，将导致善意第三人蒙受无谓的损失，严重影响交易安全。所以，为了平衡品种权人和社会公众的利益，保证交易安全，销毁侵权物的义务主体范围应限定在侵权行为人和恶意第三人，以防止过度保护品种权人，造成善意第三人的利益受损。这里的恶意第三人，一般是指明知是侵权物仍进行销售的种苗经销商。
2.销毁方式的变通
销毁侵权品种的目的，无非是不能将种苗再作为繁殖材料使用。但是有些繁殖材料本身即可作为粮食，所以，不能简单地套用销毁侵权物的一般处理方法。只能本着既避免资源浪费、维护农村稳定，又防止侵权物再扩散的处理原则，当事人可以合意将侵权物折抵品种权人的受损，这是2007年植物新品种司法解释（第七条第一款）针对品种特点确立的一种变通方式。如果侵权物尚处于生长期，是否只要侵权物持有人同意折抵，法院就可以准许？本文认为，这种情况下，应受到第七条第二款的限制，即“侵权物正处于生长期或者销毁侵权物将导致重大不利后果的，人民法院一般不责令销毁侵权物。”旨在避免铲除青苗等销毁侵权物的做法可能产生伤害农民感情、影响农村稳定等负面影响。此处的“重大不利后果”，应认为包括因已过播种期仍销毁侵权物导致的撂荒、销毁侵权物可能引起农村不稳定等情形。但是，如果侵权物的存在可能危及生态安全，则仍然可以销毁侵权物。如果当事人对于侵权物折抵损失不能形成合意，为防止侵权物的再扩散，人民法院应责令侵权人将侵权物作适当处理，比如，消灭活性、混入粮食等。
五、诉中禁令的具体执行
禁令针对被申请人的行为，即在禁令裁定送达之后直至裁定被撤销或案件终结，被申请人必须停止被控的侵权行为。与专利侵权纠纷不同的是，侵犯品种权纠纷中的被控侵权行为是对授权品种繁殖材料的生产或销售等，而事实上繁殖材料的生产大多由农民在农田中大规模进行。如果侵犯品种权纠纷中的诉中禁令申请被准予，理论上讲，正处在生长期的田间种植的作物即不能继续种植，这与销毁侵权物中铲除青苗的实际后果并无区别。更为重要的是，与停止生产工业产品不同的是，植物种苗生长的季节性强，如果生长途中停止栽培，而最后认定被控行为不构成侵权，则会出现农作物因错过生长期而颗粒无收又田地撂荒的后果，这比工业产品停产带来的市场损失可能更为严重。而且，这个后果是难以通过赔偿损失之诉所能补救的。
因此，本文认为，诉中禁令的执行对象只能针对正处于田间种植的种苗（青苗）之外的事项。比如，种子公司对已收获的种子等繁殖材料的销售等。青苗的生产行为即使构成了对植物新品种权的侵犯，也只能等到种苗成熟后，通过权利人回购折抵损失，或者其他消灭其繁殖特性等方式变通处理。问题是，自禁令裁定生效之日至田间种植的繁殖材料的收获，可能需要很长的时间，由于大田的开放性，不可能采用查封工业侵权品那样简单的方法，如何在确保侵权物不进一步扩散的前提下，尽量避免造成对农业生产和农民利益过多的负面影响，是侵犯品种权纠纷诉中禁令执行中的新问题，有待进一步的研究。