5月22日叶剑英元帅建议，粟裕任高等军事学院院长兼军科院工作。粟说：去搞高院恐搞不下来，主要是身体不行。
5月去南苑机场看F—4B美机残骸展，并去七机部一院参观东—2导弹总装车间。
9月3日出席庆祝抗日战争胜利20周年大会。
9月11日参加第二届全国运动会开幕式。
9月中旬去国防科委参观装备革新技术交流会。
9月17日到上海。在上海期间，去锦江饭店南楼，参观尖端产品展览，并去国防工厂参观。
10月2日林彪在上海找粟裕谈话，要他多到部队去跑跑。发现什么问题或有什么意见，可以直接向林反映，面谈、打电话、写信都可以。并多次征询粟对部队工作和国防建设的意见。粟即席谈了四点意见：（1）干部配备要成龙配套，既要有战将又要有谋士。高级领导干部当然英勇善战是决定因素，但同时要有战略眼光，有政治远见。（2）部队干部交流是必要的，但全部大换班，对保持一个部队优良的战斗作风和熟悉情况有影响。（3）主要的领导干部，对部队作风是有很大影响的。（4）关于加强第一线军分区的干部和工作，以便战时能有力地配合第一线守备部队作战的问题。
对于粟所谈的上述意见，林表示肯定。
11月7日叶剑英院长到了上海，粟向叶汇报了林彪找他谈话的情况，并提出军科院宋（时轮）、钟（期光）身体不好，是否他回去换换班。叶说不要换小班，军事科学院就让宋、钟去搞。要准备打仗，你是战将，硬是要把身体养好，准备打大仗、接大班。叶还表示，要军事科学院组织一个班子，随粟下部队搞调查研究。
11月8日、9日、11日参观上海的工厂。
11月12日对秘书谈：1958年后，林彪找他谈话时，讲他缺少党内斗争经验。粟裕说自己不仅缺少，而且没有党内斗争的经验。自从1932年离开一军团后，在赣东北、福建、浙江工作，对中央苏区情况不了解。抗日战争中在苏中、浙江工作，对延安情况不了解。在总参工作中确实有错误，最大的错误是任总参谋长时，主席找他谈话，要他经常去汇报，十天半月一次，也可随时去谈，以后由于彭德怀说他骄傲自满，自己患得患失，便只向彭汇报，不敢向主席汇报了。
当总参谋长是毛主席坚持才确定的，主席当时还讲，牡丹虽好还要绿叶扶持，是要大家扶持我的工作，主席对我是非常爱护的。
11月24日根据林彪10月2日指示，对今后作战问题作了一些考虑，提出《争取局部制空权和增训飞行员》的建议送林彪。建议认为在未来卫国战争中，“如果在重要的方向或重要的战役，我军能取得制空权，则我陆军将更能如虎添翼，将更有利于战役战斗的速决”。“要造成我军局部的空中优势，从主观设想上是可能的”。“除了要有足够数量性能好的飞机之外，更重要的是要有足够数量的政治上坚强的训练有素的飞行人员”。“建议及早抓紧时间多训练储备一批飞行员”。
12月3日从上海返回北京。
12月10日决定不再休息，采取自由的、不行就休息的办法，开始上班工作。
12月16日、30日两次出席全国人大常委会。
12月21日主持召开军科院党委常委会。
12月27日去西郊机场接赖传珠骨灰送八宝山。
1966年59岁
1月26日、27日主持军科院党委谈心会，谈自己1964年春，发了一次严重的心脏病，卧床半年，曾想申请离职休息，随着全国战备工作的开始，要求离职休息的念头打消了。在谈到军科院总的方针任务时指出：宣传毛泽东军事思想是军科院应该承担的十分光荣、十分艰巨的任务。林彪1960年在广州市曾和我谈过，军科院应该成为总参谋部的参谋部，这也是对军科院工作方向的指示。叶剑英元帅也提出，军事科学研究要和现实斗争结合，并指示要我这次带科学院同志下去，摸一摸科学院的研究工作，怎么和部队的现实情况结合起来的问题，要和当前战备工作结合起来，研究工作才会有生气。
1月积极准备去东南沿海调查事宜。
为撰写《论游击战》的同志介绍去东南沿海采访富有游击战经验的领导干部。给陶勇等十多位同志写信，请他们为军科院《论游击战》编写组，介绍有关游击战的经验。
2月11日由军科院刘静海部长带队，协助粟裕去东南沿海调查研究的学习组，先行出发。
3月7日下午，召集军科院高（体乾）部长等，对编写《论游击战》问题作了指示，指出：游击战要写，就主要写怎样搞法的问题。写游击战如何发生发展壮大的。要联系到许多政策性问题：怎样建设根据地，怎样发动群众，组织群众，怎样建立党建立秘密组织、建立政权、建设武装，怎样解决群众利益问题，怎样搞统一战线、搞敌军工作，以及怎样筹款、怎样发挥游击队战斗、工作、宣传三位一体的作用，等等。
3月16日出发去东南沿海调查：
第一站到杭州，听取了省军区司令员张云龙、政委龙潜的汇报。
第二站到福州，参观工事，听取先行学习组汇报。
第三站到莆田、泉州，去二十八军军部了解部队情况。
第四站到漳州，听取军分区领导汇报。
第五站到厦门，去三十一军军部了解部队情况。
第六站到杭州，参观工事等。
第七站到宁波、台州、温州，去东海舰队司令部、东海舰队海军航空兵司令部了解情况。
第八站到杭州，参观了机场，与飞行人员进行了座谈。听取了一些高级干部对空军工作的意见。
第九站到上海，与先行学习组会合，研究整理材料，起草给军委的报告。在上海还参观了海边的人工堆山工程。乘军舰去长江口外鸡骨礁考察。
6月9日返回北京。
6月下旬将这次外出调查的汇报内容提要，送呈军委。
8月18日分别写信给军委各位副主席及杨成武代总长，报告了这次外出调查的主要情况，并附调查报告四份：（1）关于《加强第一线军分区的干部和工作，保证战时迅速有效地动员兵员的建议》；（2）《闽浙沿海军分区民兵工作调查报告》；（3）《海防与部队建设方面的几个问题》；（4）《关于反对铺张浪费和培养接班人的意见》。
6月14日、16日、17日连续主持军科院常委会，讨论“文化大革命”运动问题。
7月初在军科院的“文革”动员大会上讲话。
7月2日、11日针对军科院运动有矛头指向群众的倾向，两次批评“人人过关”的提法不对，指出“人人受教育，不等于人人过关”。
7月22日因心脏和脑神经不适，入住北京医院。
8月1日至12日参加八届十一中全会。
8月25日抱病参加院党委扩大会。在讲话中指出：运动要由党委领导。宋时轮、钟期光（两人均已靠边站）可不参加领导，但不能撤职，撤职要按任免权规定批准，这不是框框。这以后到9月上旬，多次到军科院主持常委会讨论“文革”问题。
10月3日鉴于军科院的形势，认为不能把叶剑英推到第一线，又考虑到叶帅宿舍在军科大院内，如出了乱子，会影响叶的安全，故向叶帅提出他上自由班，即仍住医院，但身体允许时，尽量参与院的领导，此后他通过到院工作，在医院听汇报等方式，掌握院的运动情况。
10月7日出席军科院党委会并讲话，强调院的运动要由院党委来领导。
10月9日至28日受中央指定，参加中央工作会议。10月18日在会上作了发言。其间不断给院打电话、写信和回院参加会议，多次在讲话中，主动承担责任，说自己作为叶剑英的第一助手，院里有问题，应该负更大的责任，请大家多提出批评。对宋时轮、钟期光问题，主张不戴帽子、不作结论，留有余地。
10月江青、康生等人，把粟裕列入“叛徒、特务、反革命修正主义分子”的黑名单中，林彪集团说他有特嫌，在京西宾馆组织专案组，对他进行秘密审查。
1967年60岁
1月16日对军事科学院政治部及“文革”办公室人员讲话时说：“我这个大副没有搞好，犯了错误，不能怪下面同志”。主动为下面同志承担责任。
1月参加军委碰头会，叶剑英在会上拍桌子说：“还要不要军队！”粟裕虽未发言，但完全同意叶剑英等人的观点。这次会议被江青等人诬为是为“二月逆流”造舆论准备。
1月针对“文革”运动中出现的问题，给军科院群众做工作指出：对于事情的分析和处理，既要看到普遍性，又要看到特殊性，既要看到事物的发展，又要看到当时的时代背景；对于犯错误的人要一分为二，不要攻其一点不及其余，一切皆非；既勇于打破一切不合理的旧框框，又要尊重党的组织原则；要摆事实讲道理，实事求是，做科学分析，不能猜测臆断。
2月16日接见军科院造反组织常委，指出：要按八项命令、七条规定办事。目前院有许多急需做的业务工作要做。
2月26日在军科院全院大会上，动员执行八项命令、七条规定。
3月1日和军科院红星造反团中心服务组同志谈话。
3月初准备抱病在军科院大会上做检查。14日，战理部全体同志致院党委公开信表示：鉴于粟病情转重，不宜亲自出面检查。“希望他以党的利益为重，安心休养，争取早日恢复健康”。
3月中旬周总理找粟裕谈话说：“现在情况很困难，国防工业系统已处于瘫痪状态。主席说过，你过去有战功，现时打不倒，你去支撑这个局面吧！”
3月16日接全军“文革”口头指示，要求军科院在25日前作好准备，3月底出发参加支左、支工、支农和军管。21日军委通知军科院集中力量担任军管任务，留院人员暂停“四大”，进行正面教育。粟裕立即宣布暂停“文革”运动，学习军管文件。
3月27日下午，周总理召集粟裕、王树声去他那里开会，交代了要军科院负责国防工业口子，对国防工办和第二至七机械部实行军管，包含这六个机械部在京所属工厂和院所。指定粟裕到国防工办军事代表组挂帅，并参加国务院业务组工作。随即粟担任了国防工办军事代表组组长、国防工业军管小组组长，并参加国务院业务组为成员（业务组在周总理主持下，协助总理处理国务院的日常工作。其成员相当于原国务院副总理组成的国务院常务会议成员）4月8日又增加一机部军管任务。
4月26日参加周恩来总理接见国防口军管干部的会议。总理要求军管干部要有高度的原则性和最大的忍耐性。
4月任中央军委常委。
5月4日至6月2日处理了国防工业口生产上的几个关键问题，如武器装备生产，核心项目进洞等。
5月8日周恩来对军科院干部讲话，动员参加国防工业军管。在总理动员后，粟裕即率军科院干部500余人，进入国防科委、国防工办开始军管，在宣布国防工业军管小组正式开始工作的大会上的讲话中，指出军管小组领导下成立两个班子，一个管“文革”，一个管生产业务。
5月26日参加周恩来总理召集的商谈解决内蒙古问题的会议。
6月13日在京西宾馆，听取了国防工办各局关于当前军工生产与存在的问题的汇报。
7月4日鉴于二机部三线新建单位，部分将在明年建成投入生产，需要很快把生产准备班子组织起来，同时有的项目又需要组织筹建机构，需抽调干部、工人事，写报告给周总理和聂荣臻，提出了具体抽调意见。
7月31日晚，出席纪念八一建军节招待会。
7月毛主席指示，粟裕兼任中国科学院军事代表，经粟再三推辞，中央仍决定由粟裕抽一部分精力兼顾中科院，周总理在中南海亲自宣布粟裕为中科院首席军事代表。根据总理指示精神，他和郭沫若院长一起做工作，对稳定中科院的形势，恢复科研工作，起了重要作用。
8月9日在“七三”会议上讲话中指出，根据国际国内形势的需要，一批重要工厂要停止“四大”转入正面教育，以保证生产任务的完成。并当场指定一批工厂为正面教育单位。
8月13日写信给中科院革委会，对庆祝八届十一中全会召开一周年大会，表示祝贺。
8月17日与军科院王树声副院长、向仲华副政委，联合写报告给周总理、中央文革和中央军委，由于军事科学院的同志已全部参加军管工作，难以承担集训犯错误干部的任务，恳请领导免除该项任务。
8月18日在中科院学习毛主席著作讲用会上，作了国内外形势和当前任务的报告。
8月28日写报告给国务院、中央军委，确定七机部川北基地定点不变及修建渝达铁路，均经国务院、军委同意。
9月4日在总理召集的碰头会上，反映当时“文革”的实际情况和他的观点，说农民参观被砸的北京仪器厂，从进厂哭到出厂！他还指出：“到处抓一小撮，军内也抓一小撮，反被一小撮人利用！把矛头指向解放军，解放军搞乱了，怎么得了？”又说：“武装工人可以试点进行，但须要实现大联合之后才能搞，并须经中央批准。两派对立的则不能搞武装，否则武斗更厉害。”他还表示军管人员不能支一派压一派。粟对平时了解到的情况，都及时向周总理汇报。有时一天打两个电话。
9月10日凌晨，参加周恩来总理接见国防工业各部军管代表和群众组织代表的会议。会上周总理要求各部军管会召集各派代表，就停止武斗和串连，抓革命、促生产等达成协议。
同日给聂荣臻、叶剑英副主席，杨成武代总长写信，建议成立一个汽车师，解决七机部在川北的运输问题。
9月26日李富春、李先念写信给粟裕，要求尽快派军管人员去一机部。
粟即派军管人员于当月进入一机部。
9月29日在国防科委、国防工办、工政庆祝建国18周年大会上讲话，号召团结起来，夺取国防科研、国防工业战线革命生产双胜利。
10月5日在人大会堂观看了阿尔巴尼亚业余艺术团的演出。演出休息时，接见了艺术团团长、副团长及部分演员。
10月6日在国防工办请示的五机部“疏散隐蔽措施”的报告上批示：“同意所提意见”。
10月9日召开有空军、总参、国家计委、物资部及有关机械部和40多个企事业单位参加的一○九会议。研究红旗二号生产问题。要求大家齐心协力，共同完成任务。
10月15日参加毛主席接见越南黎清毅、黄文欢率领的党政代表团及越南民族阵线代表团的活动。
10月31日因军科院原派一机部军管组人员要求回院闹革命，于是与王树声等给中央军委、国务院写报告，另组派军管人员去一机部。
10月出席军委扩大会议。
11月3日就国防工办和国家计委要求召开二机部与地质部的规划协调会议问题，写信给聂荣臻副主席。
11月8日根据越战经验及我国一定时间内导弹、飞机数量有限，写报告给国务院、中央军委，建议小三线建设以高射炮为重点。
11月11日出席周总理召开的国务院业务组会议，讨论对外贸易和对外援助问题。
12月1日对军科院临时党委提出，成立宋时轮（副院长）、钟期光（副政委）、孙克骥（政治部主任）三人专案调查小组的报告上批示：“如要组织专案则须先报告中央和军委批准后再组成”。