“凡有殊旨、别敕、诏例、榜例，非经请议着为令甲者，不得引比。”换言之，皇帝针对具体个别案件所下达的谕旨及敕令，原则上不得比附作为未来处理案件之依据。
“洪武元年（１３６８）明太祖制定《大明律》及《大明令》。洪武十八年（１３８５）至二十年（１３８７）间，明太祖朱元璋亲自编纂并先后发布了名为《御制大诰》（简称《初编》）、《御制大诰续编》（简称《续编》）、《御制大诰三编》（简称《三编》）的文告三篇。洪武二十年十二月，他又为诸管军衙门颁布了《大诰武臣》（简称《武臣》）。四编《大诰》共２３６个条目，其中《初编》７４条，《续编》８７条，《三编》４３条，《武臣》３２条。各编《大诰》诰文由案例、峻令和明太祖的‘训戒’三个方面内容组成。……明太祖在《大诰》中公开倡导法外用刑，诰文中所列刑罚，许多为《大明律》所未设。其用刑之酷烈，在中国法律史上实属少见。”明太祖在《大明律》及《大明令》之外，另颁布了《大诰》四编，《大明律》及《大明令》成为普通法，《大诰》四编成为特别法，《大诰》四编的效力高于《大明律》及《大明令》。
学者认为《大诰》峻令，曾盛行于洪武中后期，延续于永乐。到洪熙、宣德时，仁宗、宣宗仿效建文帝，采取明不言废而实废的策略，《大诰》峻令遂被搁置不用。惟孙承泽则认为：“伏读太祖训诰之辞，有曰：‘子孙做皇帝时，止守律与大诰。’而不及令，而《诸司职掌》于刑部都官科下具载，死罪止载律与诰中所条者可见也。是诰与律乃朝廷所当世守，法司所当遵行者也。事有律不载，而具于令者，据其文而援以为证，用以请之于上，可也。”
明代建国之后，为处理大明律令及《大诰》所未规定之事项，三法司制定了一些条例，这些条例常与律不合。这些条例有实际上的需要，无法废止，这形成了条例与律矛盾的情形，造成司法审判上的困扰。洪武二十八年（１３９５）二日戊子，“刑部臣奏：‘律条与条例不同者宜更定，俾所司遵守。’上曰：‘法令者，防民之具，辅治之术耳，有经有权。律者常经也，条例者一时之权宜也。朕御天下将三十年，命有司定律久矣，何用更定？’”明代成化以前，基于奉行祖制的原因，朝廷不8意将这些条例成文化，订定为法律。弘治年间，朝廷终于不得不面对现实，整理历年问刑事例，制定《问刑条例》。
从弘治年间开始，《大明律》与《问刑条例》并行。《大明律》成为普通法，《问刑条例》成为特别法。《问刑条例》的制定，有其历史的必然性。其制定固有其利，亦有其弊，亦系无可避免之结果。
明代中央三法司问刑断罪，依《大明律》第４３９条（断罪引律令）规定，本应一律遵行《大明律》及《大明令》。但《大明律》与《大明令》之规定，渐不符合明代社会的情况，三法司问刑断罪时常引用各种条例，事实上排除了《大明律》及《大明令》的适用。这种律例引用上的矛盾现象，一直到弘治年间才得以解决。
明代的皇帝常以诏令或敕令重申“断罪引律令”的原则，但这项原则不断地被修正，到后来则是完全改观，三法司问刑断罪时常引用的是《问刑条例》，而非《大明律》及《大明令》。兹简述这项变革的历史发展如下：
（一）永乐十九年（１４２１）四月十三日，明成祖殿灾宽恤诏：“法司所问囚人，今后一依《大明律》拟罪，不许深文，妄引榜文条例。”
（二）洪熙元年（１４２５）六月十二日，明仁宗即位诏：“今后一应罪令，悉依《大明律》科断。法司不许深刻，妄引榜文及请条例比拟。”
（三）宣德十年（１４３５）正月初十日，明英宗即位诏：“法司问拟罪囚，今后一依《大明律》科断，不许深文。违者罪之。”
（四）正统十四年（１４４９）九月初六日，景泰帝即位诏：“今后内外法司所问罪囚，一依《大明律》科断，不许深文。其有一应条例，并除不用。”
（五）景泰五年（１４５４）二月壬午朔，“大理寺卿薛瑄言：‘今法司拟罪囚多加参语，奏请变律意，刑罚失中，请敕自今一依祖宗律令，不许妄加参语。’
从之。”
（六）天顺八年（１４６４）正月二十二日，宪宗即位诏：“凡问囚犯，今后一依《大明律》科断，照例运砖、做工、纳米等项发落。所有条例，并宜革去。及不许深文，妄引参语，滥及无辜。其有奉旨推问，必须经由大理寺审录，毋得径自参奏，致有枉人。文职犯赃者，原籍为民。枉法满贯者，照旧充军。军职侵欺满贯者，不许管军、管事，带俸差操。”
（七）成化十五年（１４７９）闰十月甲戌，“命毁刊会定见行律条，巡抚南直隶兵部尚书兼都察院左副都御史王恕奏：‘律乃治天下大法，我太祖高皇帝斟酌历代律条，定为《大明律》，凡四百六十条，颁示天下。而《名例律》有曰：
凡律令该载不尽事理，若断罪而无正律者，引律比附，应加应减，定拟罪名。
近在京书坊刊行《大明律》，后有会定见行律一百八条，不知何时而会定者？
内之法官，老于刑名者，必不依此比附。但恐流传四方，未免有误新进之士。
略举其兵律多支禀给条，及刑律骂制使及本管长官条，皆轻重失伦，不可行于天下，乞以其板毁之。’至是，法司会议，宜以恕言通行内外法官，自后断罪，悉依《大明律》并奏准见行事例。敢有再称会定律条，比拟出入人罪者，以故出入人罪论。仍行书坊，即将所刻本烧毁，违者并治以罪。从之。”
（八）弘治五年（１４９２），刑部尚书彭韶等以鸿胪少卿李请，删定《问刑条例》。至（弘治）十三年，刑官复上言：“洪武末，定《大明律》，后又申明《大诰》，有罪减等，累朝遵用。其法外遗奸，列圣因时推广之而有例，例以辅律，非以破律也。乃中外巧法吏或借便己私，律浸格不用。”于是下尚书白昂等九卿议，增历年《问刑条例》经久可行者二百九十七条。帝摘其中六事，今再议以闻。九卿执奏，乃不果改。然自是以后，律例并行，而网亦少密。
（九）弘治十一年（１４９８）十二月二十一日，明孝宗清宁宫灾宽恤诏：“三法司问囚，近来条例太多，人难遵守。中间有可行者，三法司查拟停当，条陈定夺，其余冗琐难行者，悉皆革去。”
（十）弘治十八年（１５０５）五月十八日，明武宗即位诏：“内外问刑衙门，今后问拟囚犯罪名，律有正条者，俱依律科断。无正条者，方许引例发落。
亦不许妄加参语，滥及无辜。”
（十一）正德十六年（１５２１）四月二十二日，明世宗即位诏：“凡问囚犯，今后一依《大明律》科断，不许深文妄引参语，滥及无辜。其有奉旨推问者，必经由大理寺审录，毋得径自参奏，致有枉人。近年条例增添太繁，除弘治十三年三月初三日以前，曾经多官奉诏、命议、奏准通行条例，照旧遵行外，以后新添者，悉皆革去。”
从上述明代皇帝诏书等史料中可以看出，明代官方对条例（或《问刑条例》）的看法：
（一）明太祖不同意更定《大明律》，他认为，“律者常经也，条例者一时之权宜也。”虽然已有条例存在，但明太祖并不同意将条例法典化。
（二）明成祖禁止妄引《教民榜文》及条例，明仁宗、明宣宗及明英宗亦同。明英宗并诏令所有条例应革除不用。
（三）明宪宗成化十五年（１４７９），民间刊行所谓《会定现行律》１０８条，南直隶巡抚王恕奏准，自后断罪，悉依《大明律》并奏准现行事例。此系明代官方首次承认现行事例（即条例）的效力。
（四）弘治五年（１４９２），刑部删定《问刑条例》，此系明代官方首次编纂《问刑条例》。明武宗及明世宗均认可继续遵行《问刑条例》。
附带值得一提的是，明代问刑衙门在律令、条例之外，对于具体个别案件，有所谓“参语”。所谓“参语”是指问刑衙门定拟判决的参考意见，这些参考意见是问刑衙门针对具体个别案件拟具的判决意见，情重律轻者，或为加重，情轻律重者，或为减轻，这是在律例规定之外的加重或减轻，自然是违法不当的，不足为训。
景泰年间，大理寺卿薛瑄即提出法司拟罪附加参语一事，后经奏准，不许妄加参语。明宪宗亦诏令不许妄引参语，明孝宗亦诏令不许妄加参语，明世宗亦诏令不许妄引参语。
关于律与例的关系，明初洪武年间即有争议。洪武二十四年（１３９１）九月乙巳，浙江省嘉兴府通判庞安上言：“律者，万世之常法。例者，一时之旨意。岂可以一时之例坏万世之法。……今之律即古所谓法，国家布大信于天下者也。例者即古之所谓敕，出于一时之命也。”上然其言。庞安的意见基本上与明太祖的意见相符合，所以明太祖同意他的意见。但是明代自洪武年间起即有需要制定具有特别法及补充法双重性质的条例，这个潮流是挡不住的。
弘治十三年，刑部奏：“洪武末，定《大明律》，刑官始得据依为拟议，轻重画一。后又申明《大诰》诸有罪减等。累朝遵用，而法外遗奸。列圣时推移损益之，而有例。例非律所该，而实大不违6于律，特用辅律，非以破律也。
而中外巧法吏，或借以文饰私怒，多引例便己意，而律寖格不用。”于是命尚书白昂、都御史闵珪，会九卿查议条陈，定夺画一，其余冗琐并革。昂等条上，命复详。更上。已，上复摘条例中疑者六条，命复议。已，乃布行。
弘治十三年，刑部等衙门认为，在律和《大诰》之外，历代皇帝时常推移损益之，因此产生了例。但他们认为，“例非律所谈，而实大不违6于律，特用辅律，非以破律也。”换言之，他们认为例（或条例）是补充法，用以补充律之不足，故曰：“例以辅律，非以破律。”因此，制定《问刑条例》并不违反祖制。但事实上，例（或条例）有特别法与补充法两种性质。就具有补充法性质的例而言，固然是“以例辅例”。但就具有特别法性质的例而言，则是“以例破律”。
弘治十三年以后，律例并行。律未规定而例有规定之事项，自应适用例。
律例均有规定事项，适用例而不适用律，此即所谓“以例破律”，例之效力恒高于律，惟明代官方始终未明确承认例之效力高于律。有明一代，律例效力孰高孰低问题，始终未获解决。这项争执至清初顺、康、雍时期仍然存在，直至乾隆时始获解决，乾隆谕令，“有例则置其律”，确认例之效力高于律。
三刑部复核程序（附大理寺复核程序）
直隶及各省徒流死罪案件，洪武年间，系由都、布、按三司各自申呈刑部或都察院。永乐以后，渐改由按察使司申呈刑部。正统以后，成为定制。弘治以后，除按察司外，亦有由巡按御史或巡抚申呈刑部者。依明制，直隶及各省各衙门奏闻皇帝有关司法审判案件时，应以题本呈送通政使司，由通政使司奏闻皇帝，经内阁票拟、皇帝批红后，发交刑部或都察院复核。
直隶及各省徒流死罪案件发交到部时，由刑部十三司依其职掌分别审理。《明史·职官志》曰：“十三司各掌其分省及兼领所分京府、直隶（各府）
之刑名。”《大明会典》定曰：“浙江等十三司，各设郎中、1外郎、主事，令各清理所隶布政司刑名，仍量其繁简，带管直隶府州，并在京衙门，凡遇刑名，各照部分送问发落。”
刑部十三司分理十三布政司之刑名案件，某司即掌理某布政司之刑名案件，如浙江司即掌理浙江布政司之刑名案件，其他各司亦同。至于南北直隶刑名案件，由刑部十三司带管，兹列表说明如下：
刑部十三司复核南北直隶（各府）案件职掌分配表
刑部十三司南北直隶各府
１浙江司南直隶和州
２江西司南直隶庐州府
３福建司南直隶常州府、广德州
４山东司南直隶凤阳府、滁州
５四川司南直隶松江府、北直隶大名府
６山西司南直隶镇江府、徐州
７湖广司南直隶池州府、宁国府
８广东司南直隶应天府、北直隶延庆州
９广西司南直隶安庆府、徽州府
１０河南司南直隶淮安府、扬州府
１１陕西司南直隶太平府
１２云南司北直隶顺天府、北直隶永平府、广平府
１３贵州司南直隶苏州府、北直隶保定府、河间府、真定府、顺德府
刑部十三司各设郎中、1外郎及主事等官，均系法官。刑部十三司官1复核直隶及各省刑名案件时，应依《大明律》及《问刑条例》复核。复核时应注意下列四项断罪原则：
（一）断罪依新颁律《明律》第４５条（断罪依新颁律）规定：“凡律自颁降日为始，若犯在已前者，并依新律拟断。”（本条适用范围，除律以外，应兼及条例。）
（二）引律比附，议定奏闻《明律》第４６条（断罪无正条）规定：“凡律令该载不尽事理，若断罪而无正条者，引律比附，应加应减，定拟罪名，转达刑部，议定奏闻。若辄断决，致罪有出入者，以故失论。”
（三）断罪不得听从上司主使《明律》第６０条（奸党）规定：“若刑部及大小各衙门官吏不执法律，听从上司主使，出入人罪者，罪亦如之。”（本条规定有审判独立之精神，值得注意。）
（四）断罪引律令《明律》第４３９条（断罪引律令）规定：“凡断罪皆须引律令。违者，笞三十。若数事共条，止引所犯罪者，听。其特旨断罪，临时处治，不为定律者，不得引比为律。若辄引此，致罪有出入者，以故失论。”
刑部十三司各司内部如何分工，目前尚不明晰。各司官1复核案件时，仍会受到尚书及侍郎之影响，似难完全审判独立。万历十四年（１５８６）六月庚午，“刑部山西司主事黄道瞻奏：‘江西临江府民王民祉、李臣保、原任知府钱若赓罪，坐二犯永戌，似属冤滥。乞敕释放，仍将钱若赓并行原宥。’上曰：
‘若赓打死多命，好民庇护问遣，有何可矜？刑狱重情，自有堂官主张。黄道瞻系司属，如何辄来渎扰！令降一级调外。’”明神宗认为“刑狱重情，自有堂官主张。”换言之，刑部十三司司官（郎中、1外郎及主事）复核案件时，仍应尊重堂官（尚书及侍郎）之意见。
刑部十三司官1复核案件时，如遇有律例未规定事项，应依《明律》第４６条（断罪无正条）规定处理，亦即“引律比附，应加应减，定拟罪名，转达刑部，议定奏闻。”但在实务上，刑部官1复核案件时，如遇律例未规定事项，常依《大明律》第４１０条（不应为）规定处理。按《大明律》第４１０条（不应为）规定：“凡不应得为而为之者，笞四十；（谓律令无条，理不可为者。）事理重者，杖八十。”依本条规定，犯罪事理轻者，笞四十。犯罪事理重者，杖八十。
《大明会典》定曰：“凡内外问刑衙门议拟囚犯，弘治元年奏准，律无正条，情犯深重者，引律比附，奏请定夺，不得一概俱拟不应。供招之外，不许妄加参语。违者，在内科道官纠劾，在外巡按御史参究。御史有违者，本寺查究。”换言之，如犯重罪，必须引律比附，奏请定夺。
这些引律比附的案例，如有普遍性而有通行必要时，常经由一定程序成为条例。嘉靖年间，大理寺卿刘玉曾上疏论及此事：“问刑衙门固应遵照律例问拟发落，但民伪日滋，或有所犯出于律例所不载者，或情重律轻，或律重情轻，难以照常科断者，节该刑部、都察院及本寺临时议拟上请，奉有钦依发落。历年以来，非止一端。此皆出于圣明参酌情罪，以补旧章之未备，诚宜传之永6，使司刑者有所遵守也。”刘玉所说“刑部、都察院及本寺临时议拟上请，奉有钦依发落”者，即系三法司就具体个案“引律比附，议定奏闻”。
关于刑部复核直隶及各省刑名案件的基本原则，洪武末年编定的《诸司职掌》已有规定。《诸司职掌》定曰：
凡各布政司并直隶府州遇有问拟刑名、笞杖就彼决断，徒、流、迁徙、充军、杂犯死罪解部审录发落。其合的决绞、斩、凌迟处死罪名，各处开坐备细招罪事由，照行事理，呈部详议。比律允当者，则开5由具本，发大理寺复拟。如复拟平允，行移各该衙门如法监收听候，依时差官审决。如有决不待时重囚，详拟允当，随即具奏，差官前去审决。其有情词不明，或出入人罪失出入者，驳回改正再问。若故出入情弊显然，具奏，连原问官吏提问。
《大明会典》所载洪武二十六年（１３９３）定例之文字与《诸司职掌》所定刑部复核程序之文字，完全相同，兹不赘引。《诸司职掌》所定刑部复核程序，基本上沿用至明末。
依照《诸司职掌》的规定，刑部十三司复核直隶及各省刑名案件时，可以有下列三种处理方式：
（一）比律允当者，则开5由具本，（奏闻皇帝，）发大理寺复拟。
（二）其有情词不明，或出入人罪失出入者，驳回改正再问。