大理寺的单独进行京师案件复审工作，是在永乐十九年。从这一年开始，明代中央司法审判制度进入中期。
二中期：永乐十九年（１４２２）-弘治十二年（１４９９），共７９年。
关于京师案件的复审工作，永乐十九年（１４２１）奏准：“刑部、都察院问拟囚犯，仍照洪武年间定制，送本寺审录发遣。”依本项敕令，二法司初审京师案件完结后，应依洪武二十六年《诸司职掌》所定，送大理寺审录（即复审）。由于明成祖的这项敕令，《诸司职掌》所建构的三法司制度得以恢复。
就京师案件而言，二法司（刑部及都察院）职司初审，大理寺职司复审。
在明代司法审判制度的中期，明代的恤刑制度（热审、五年审录及五年大审）及慎刑制度（应秋后处决死罪人犯之遣官审决及朝审），均逐渐形成定制。在这段期间，明代诸帝先后施行下列政令：
（一）永乐十九年（１４２１）奏准：“刑部、都察院问拟囚犯，仍照洪武年间定制，送本寺审录发遣。”
（二）洪熙元年（１４２５），“令公、侯、伯、五府、六部堂上官、内阁学士及给事中会审重囚。可疑者，仍令再问。”
（三）正统四年（１４３９）十月二十六日，颁行《宪纲》。命都察院官及在外按察司官遵行。
（四）正统七年（１４４２）十一月壬戌，“建刑部、都察院、大理寺于宣武街西。”
（五）天顺二年（１４５８）令，“每岁霜降后，该决重囚，三法司会多官审录，着为令。”（此系京师朝审定制之始）
（六）成化八年（１４７２）奏准，“今后五年一次，请敕差官往两直隶、各布政司录囚。”（此系在外五年审录定制之始）
（七）成化十七年（１４８１），“命司礼监太监一1，会同三法司堂上官于大理寺审录。以后每五年一次，着为令。”（此系在京五年大审定制之始）
（八）成化二十一年（１４８５）夏，“命两京法司、锦衣卫会审见监罪囚，徒流以下，减等发落。重囚有可矜疑及枷号者，具奏定夺。”（此系京师热审及于重罪之始）
（九）弘治元年（１４８８）夏，“命两法司、锦衣卫将见监罪囚，情可矜疑者，俱开写来看。（自后岁以为常）”（此系京师热审定制之始）
三后期：弘治十三年（１５００）-崇祯十六年（１６４３），共１４４年。
关于京师重大案件由三法司会审一事，定制于弘治十三年。弘治十三年《问刑条例》定曰：“法司遇有重囚称冤，原问官1辄难辩理者，许该衙门移文会同三法司、锦衣卫堂上官，就于京畿道会同辩理。果有冤枉，及情可矜疑者，奏请定夺。”依本项条例，遇有京师重大案件，原问官1（指刑部或都察院原问刑官1）难以审理时，原问衙门（指刑部或都察院）得会同三法司、锦衣卫堂上官，于京畿道会审。
依《诸司职掌》规定，京师案件应由刑部或都察院初审，再由大理寺复审。明人称刑部及都察院为“问刑衙门”，称大理寺为“审录衙门”。问刑与审录系京师案件司法审判的两阶段，两者所司不同，各有所重。弘治十三年《问刑条例》变更《诸司职掌》的规定，即遇有京师重大案件时，得施行三法司会审。如此一来，京师案件即无初审与复审的区别。
《明史·职官志》虽曰：“三法司会审，初审，刑部、都察院为主，复审，本寺为主。”从字面看来，三法司会审仍有初审与复审的区别。但据笔者考察，明代的三法司会审并无初审与复审的区别，《明史·职官志》所言，似乎有误。
笔者认为，京师重大案件得由三法司会审一事，由特例变成为定制，始于弘治十三年《问刑条例》。这项变革是明代司法审判制度上的重大变革，它在“平行的两组司法审判系统”（详后）之外，增加了另一组司法审判系统。
弘治十三年以后，三法司会审逐渐成为京师重大案件的重要审判方式。基于上述理由，笔者认为，明代司法审判制度的后期，应以弘治十三年三法司会审定制为始。
在明代司法审判制度的后期，明代的《问刑条例》及《大明会典》陆续制定，《诸司职掌》有关大理寺的规定渐被修正，三法司会审成为定制。在这段期间，明代诸帝先后施行下列政令：
（一）弘治十三年（１５００），颁行《问刑条例》，共２７９条。《问刑条例》首度明文规定：“法司遇有重囚称冤，原问官1辄难辩理者，许该衙门移文会同三法司、锦衣卫堂上官，就于京畿道会同辩理。果有冤枉，及情可矜疑者，奏请定夺。”
（二）弘治十五年（１５０２），《大明会典》纂成，共１８０卷，未及颁行。
（三）正德初年，“近例，凡奉旨送法司问者，由本寺详审具题。送刑部拟罪者，则该部径题。”
（四）正德四年（１５０９），颁行《大明会典》。
（五）嘉靖二十八年（１５４９），修订《问刑条例》，共３７６条。
（六）万历十三年（１５８５），修订《问刑条例》，共３８２条。
（七）万历十五年（１５８７），修订《大明会典》，共２２８卷。
（第三节）明代立法沿革
明代的立法活动主要集中于洪武年间，《大明律》、《大明令》、《诸司职掌》及《大诰》等，都是在此一期间制定的。后因《大明律》有所不足，明孝宗弘治年间又制定《问刑条例》，加以补充。又弘治年间编修完成《大明会典》，成为有明一代最重要之典章，《大明会典》是明代司法制度史上的一大成就。
兹将上述律例典章之立法沿革及内容分述如下：
（一）《大明律》
朱元璋命令群臣制定《大明律》的时间长达三十年，过程极为慎重，力求完美。吴元年（１３６７）十月，命李善长等人制定律令，洪武元年正月颁行《大明律》。《大明律》共２８５条，分为吏律１８条、户律６３条、礼律１４条、兵律３２条、刑律１５０条、工律８条。洪武元年（１３６８）的《大明律》现已佚失。洪武年间，《大明律》曾经过两次修订，兹分述如下：
１洪武六年（１３７３）十一月，刑部尚书刘惟谦奉命详定《大明律》。洪武七年（１３７４）二月书成，篇目与《唐律》相同。《明史·刑法志》曰：“（大明律）
篇目一准于唐：曰卫禁，曰职制，曰户婚，曰厩库，曰擅兴，曰贼盗，曰斗讼，曰诈伪，曰杂律，曰捕亡，曰断狱，曰名例。采用旧律二百八十八条，续律百二十八条，旧令改律三十六条，因事制律三十一条，掇《唐律》以补遗百二十三条，合六百有六条，分为三十卷。或损或益，或仍其旧，务合轻重之宜。”该律也已亡佚。
２洪武二十二年（１３８９），朱元璋命翰林院同刑部官再次修定《大明律》。改按六部次序编次，以名例律冠于篇首，分为：（１）名例律，（２）吏律，（３）户律，（４）礼律，（５）兵律，（６）刑律，（７）工律等七篇，共３０卷，４６０条，洪武三十年（１３９７）颁行天下。《明史·刑法志》曰：（大明律）为卷凡三十，为条四百有六十。名例一卷，四十七条。吏律二卷，曰职制十五条，曰公式十八条。户律七卷，曰户役十五条，曰田宅十一条，曰婚姻十八条，曰仓库二十四条，曰课程十九条，曰钱债三条，曰市廛五条。礼律二卷，曰祭祀六条，曰仪制二十条。兵律五卷，曰宫卫十九条，曰军政二十条，曰关津七条，曰厩牧十一条，曰邮驿十八条。刑律十一卷，曰盗贼二十八条，曰人命二十条，曰斗殴二十二条，曰骂詈八条，曰诉讼十二条，曰受赃十一条，曰诈伪十二条，曰犯奸十条，曰杂犯十一条，曰捕亡八条，曰断狱二十九条。工律二卷，曰营造九条，曰河防四条。
这次修律改以六部次序编次，是中国法制史上的一大变革。此次修律以后，《大明律》基本上定型，沿用到明亡为止，均未再修定。由上述修定过程可知，朱元璋对于这部《大明律》极为重视，命“子孙守之”，永世不得更改。
《明史·刑法志》即曰：“盖太祖之于律令也，草创于吴元年，更定于洪武六年，整齐于二十二年，至三十年始颁示天下。日久而虑精，一代法始定。中外决狱，一准三十年所颁。”
（二）《大明令》
吴元年（１３６７）十月，朱元璋命李善长等人制定律令，洪武元年正月颁行《大明令》。《明史·刑法志》曰：“吴元年冬十月命左丞相李善长为律令总裁官，参知政事杨宪、傅，御史中丞刘基，翰林学士陶安等二十人为议律官，……十二月，书成，凡为令一百四十五条，律二百八十五条。”《大明令》全书一卷，共１４５条。分为吏令２０条、户令２４条、礼令１７条、兵令１１条、刑令７１条、工令２条。《大明令》仅１４５条，条文简约。（唐永徽令，条文有１５４６条）这可以看出大明帝国立国之初，律令典章力求简朴，不事繁冗。《大明令》按照吏、户、礼、兵、刑、工六部顺序分门别类，它与《大明律》是相辅相成的。
（三）《御制大诰》
《御制大诰》四编是明太祖朱元璋敕定的。前三编先后颁布于洪武十八年（１３８５）至洪武二十年（１３８７）。前三编名称为《御制大诰》、《御制大诰续编》和《御制大诰三编》。洪武二十年（１３８７）十二月颁布第四编《大诰武臣》。
朱元璋颁布《御制大诰》的目的是为了要对臣民“明刑弼教”、“惩戒奸顽”。
《御制大诰》四编共２３６个条目，其中《初编》７４条，《续编》８７条，《三编》４３条，《武臣》３２条。全书内容包括三个部分，即：１案例，２刑令，３训诫。兹简述如下：
１案例：《御制大诰》四编中所列案例范围极广，几乎包括《大明律》所规定的各种罪名。对于同一犯罪，《御制大诰》于当时有效的《大明律》之上加重其刑。《御制大诰》可以说是《大明律》的特别法。
２刑令：《御制大诰》对于《大明律》所未规定的罪名，具体地加以补充。
从这个角度来看，《御制大诰》又可以说是《大明律》的补充法。
３训诫：《御制大诰》许多条目中，含有朱元璋对臣民的“训诫”，向臣民讲述其“治乱世用重典”的法律思想及主张，以及劝谕臣民“趋吉避凶”之道。
《御制大诰》是研究明代洪武年间法制（含司法制度）的珍贵史料，明代官书极少提到。《明史·刑法志》有关《御制大诰》之记载亦极简略并有错误。但《御制大诰》于洪熙以后，即不再适用。《御制大诰》系严刑峻法，为有明一代之秕政也。
（四）《诸司职掌》
《诸司职掌》一书，据《明史·艺文志》载：“《诸司职掌》十卷，洪武中，翟善等编。”又据《春明梦余录》载：“洪武二十六年，上以诸司职有崇卑，政有大小，无方册着成法，恐后之涖官者罔知职任政事施设之详，命吏部同翰林官仿《六典》之制，自府部以下诸司，凡其设官分职之类，汇编为书，名曰《诸司职掌》。行之。”
沈家本曰：“（《诸司职掌》）分吏、户、礼、兵、刑、工、都察院、通政司、大理寺、五军都督府断事官十门，而不言卷数。前后无序跋，亦不题撰人姓名，□系□□奉敕所编，翟善乃领衔之人，一门为一帙，故志言十卷也。”惟《明史·陈修传》曰：“仿《唐六典》，自五府、六部、都察院以下诸司设官分职，编集为书曰《诸司职掌》，……自泰兴翟善始。”依《明史·七卿年表》，洪武二十六年四月，翟善以主事署吏部尚书。笔者认为，翟善不但是将《诸司职掌》一书呈进明太祖的领衔之人，也是该书的主要作者。
《诸司职掌》所定有关三法司职掌及其司法审判程序的规定，是明代中央司法审判制度的重要依据。《诸司职掌》虽非律令条例，仍应视为与律令条例有同等效力的成文典制。《诸司职掌》所定有关三法司的规定，基本上沿用至明末。
（五）《问刑条例》
明代洪武年间制定《大明律》后，百余年间未曾修律，《大明律》之适用渐生问题，弘治年间为适应司法上之需要，制定《问刑条例》。嘉靖及万历年间曾两度修订。《问刑条例》与《大明律》并行，它是明代中期以后《大明律》的特别法。兹述其修订沿革如下：
１弘治五年（１４９２），刑部尚书彭韶等以鸿胪少卿李请，删定《问刑条例》。弘治十三年（１５００），“刑官复上言：‘洪武末，定《大明律》，后又申明《大诰》，有罪减等，累朝遵用。其法外遗奸，列圣因时推广之而有例，例以辅律，非以破律也。乃中外巧法吏或借便己私，律浸格不用。’于是下（刑部）尚书白昂等会九卿议，增历年《问刑条例》经久可行者二百九十七条。”２嘉靖二十八年（１５４９），“刑部尚书喻茂坚言：‘自弘治间定例，垂五十年。乞敕臣等会同三法司，申明《问刑条例》及嘉靖元年后钦定事例，永为遵守。……’会（喻）茂坚去官，诏（刑部）尚书顾应祥等定议，增至二百四十九条。”
３万历十三年（１５８５），“刑部尚书舒化等乃辑嘉靖三十四年以后诏令及宗藩军政条例、捕盗条格、漕运议单与刑名相关者，律为正文，例为附注，共三百八十二条。”
（六）《大明会典》
明孝宗弘治十年（１４９７），敕徐溥编撰。弘治十五年（１５０２）纂成，名为《大明会典》，共１８０卷。但未及颁行，明孝宗去世，明武宗即位。经李东阳等重行校订《大明会典》后，于正德四年（１５０９）颁布，这部会典，一般称为《正德会典》。明世宗嘉靖八年（１５２９），命霍韬等续纂，这部会典称为《嘉靖会典》，并未颁行。明神宗万历四年（１５７６），命申时行重修。万历十五年（１５８７）修成颁行，共２２８卷，一般通行的《大明会典》即系此一《万历会典》。
《大明会典》，系依明初《诸司职掌》一书发展而成，以六部职官为纲，分述各机关的职掌及历年事例。在刑部条目下，不但规定了刑部的组织及职掌，也收录了整部《大明律》及《问刑条例》。在都察院及大理寺条目下，也清楚地规定了上述机关的组织及职掌。《大明会典》收录大量的律令、条例、诏敕。事实上它是明代国家机关典章制度的汇编。不但完整地规定了明代政治制度，也完整地规定明代的司法制度，是研究明代司法制度的重要史料。