袁崇焕在立了大功之后，本以为能得到赏赐，没想到却只涨了一级的俸禄。更让他没有想到的是魏忠贤还派人弹劾他，这论谁也不能接受。袁崇焕在这样的情况下，感到从未有过的悲凉。于是他称养病，辞职回家了。
袁崇焕在政治上与魏忠贤的关系是对立的。他中进士时候的主考官韩和保荐他的御史侯恂等都是东林党的巨头。袁崇焕当然不肯克扣军饷去孝敬魏忠贤。但为了自己的大目标守御锦州、宁远，他还是委曲求全，作出了牺牲。各省督抚都为魏忠贤建生祠，袁崇焕如果不附和，立刻就会罢官，守御国土的大志无法得伸，因此当时也只得在蓟辽为魏忠贤建生祠。
但魏忠贤仍然不满意。宁锦保卫战胜利后，明朝廷高官弹冠相庆，皇帝更是滥加赏赐。在兵部拟出的一百多名封赏升荫人员名单当中，不少人与此战其实一点关系都没有，如魏忠贤年仅4岁的侄孙魏鹏翼此次被封为伯爵，荒唐之极。作为这次战役的前线总指挥，袁崇焕只涨了一级薪俸。当时的兵部尚书、魏忠贤的外甥女婿霍华维也觉得魏忠贤太过分，于是，提出把自己的封赏让给袁崇焕。
魏忠贤这时还叫一名言官弹颏袁崇焕，说他没有去救锦州为“暮气”。袁崇焕在这样的压力之下，只得自称有病，请求辞职。魏忠贤立刻批准，派兵部尚书王之臣去接替。
皇太极听到这个消息，当然是大喜若狂，但在听到加给袁崇焕的罪名与评语竟是“暮气”两字，恐怕大喜之余，也不免愕然良久吧！袁崇焕这样的人竟算“暮气沉沉”，却不知谁才是“朝气蓬勃”？
袁崇焕离开宁远时，心中的感慨，可想而知。那时他还只四十岁左右，方当壮盛的英年，正是要大展抱负的时候。
立了大功反而被迫退休，他的部属将士既感诧异，更是愤愤不平。他写了一首诗给一个部将，诗中说：我们慷慨同仇，边关百战，功劳不小，皇上的恩遇也重。但我的苦心，却只有后人知道了。建功立业固然很好，回家休养也不错。对于我的去留，大家不必感到不平罢。这首诗显得很有气度。不过他对于天启皇帝，还是十分感激的。他本来是一个七品知县，自天启二年到七年夏天，短短的五年半之间，几乎年年升官，中间还跳级，直升到“巡抚辽东、兵部右侍郎、兼都察院右佥都御史”，实在算是飞黄腾达。他自觉升官太快，曾上疏辞谢。他说在诸同年中，官职最高之人和他也差着好几级，为了要做部属武将的榜样，请皇帝收回升赏的成命。皇帝批复说：你接连三次谦辞，品德很好，但你功劳大，升官是应该的。
他在回广东故乡途中，经过大庾岭时写了一首诗，感谢天启对他的知遇之恩。他心中明白，天启是个昏君，可是对待自己的确很好。
他到了广州，去光孝寺游览，踏足佛地，不禁想到生平杀人甚多，和环境大不调和，然而那也只是感到不调和而已。
锦宁大战后，袁崇焕本来想乘胜巩固辽东前线，扩大与后金战略对峙的局面。可万万没想到的是，魏忠贤唆使党羽大肆攻击袁崇焕擅自与后金议和，招致朝鲜被征服、锦州遭围攻；在锦州被围攻时，没有出动主力救援，“暮气难鼓”（懦弱保守的将帅难有作为）。以此为由弹劾袁崇焕。此时，明熹宗已病入膏肓，魏忠贤更加肆无忌惮。见此情形，袁崇焕觉得自己待下去也没用，于是提出辞职。天启七年（1627）七月，在魏忠贤的操纵下，朝廷竟然爽快地批准了袁崇焕的辞职请求，由前任辽东经略王之臣一身兼任辽东经略、巡抚，接管关内外军务。在做了一年多的辽东巡抚，取得宁远和锦宁两大战役胜利，扭转了明军在辽东的颓势后，袁崇焕这位功臣竟然解甲归田了。这是袁崇焕个人的无奈，更是明王朝的悲哀！
“穷则独善其身，达则兼济天下。”这是千百年来中国知识分子所崇尚的气节。进士起家、行伍成名的袁崇焕，既有武将的豪情壮志，也有文人的傲骨超脱。当年七月，不顾暑气逼人，袁崇焕与家人一路风尘仆仆，翻越大庾岭，回到了离别近十载的岭南故土。沿途，他想起了十年前经大庾岭北上应试考取进士的往事，感慨万千。他也想起了曲江先贤唐代名相张九龄，对张九龄晚年被流放的际遇感同身受。他还造访了岭南名刹南华禅寺，在六祖惠能真身前添香。
回到东莞老家，与早一步到家的母亲及家人团聚，物是人非的情景，再次触动了袁崇焕的伤痛。陪着自己经历了宁远大战生死之劫的老母亲如今已白发苍苍。父亲过世三年多了，墓地早已掩在荒草之中。
接下来的日子，就是赋闲在家。袁崇焕一边读书，一边寄情山水。他在“罗浮山”上搭起了茅棚，与冲虚古观的道长们谈仙论道，为修建山中的名胜撰疏募资。与昔日的学友把杯叙旧，为人生的无常感叹赋诗。虽然对国事满怀忧愤，但远离了官场的倾轧，省却了许多烦恼，平添了几分悠然。日子就这样在平淡中流逝。
罗浮山寺观的活动是由当时的广东博罗人、南京礼部尚书韩日缵发起的。主持者之一是袁崇焕的姻亲李烟客，参与者还有中山人何吾驺、博罗名儒张萱、南海名士陈子壮，以及尹守衡、崔奇观、李孙宸等人，他们都是粤中名士，明代官场、文化界的知名人士。
何吾驺，字龙友，号象冈，广东香山人，万历四十七年中进士，授官庶吉士，天启年间，多结交东林党正直人士。
陈子壮，字集生，号秋涛，广东南海人，万历四十七年己未科一甲第三名，即探花，与袁崇焕同一年进十及第，帮称“同年”，初授翰林院编修，后任礼部尚书。
尹守衡，字用平，号冲玄，晚年又号懒翁，广东东莞人，万历十年中举人，任官浙江新昌知县。
崔奇观，字岷澜，广东番禺人，万历三十四年中举人，四十一年中进士，授官山阴知县，未赴任即奔亲丧，后补授金溪县令。
李孙宸，字伯襄，广东香山人，万历四十一年癸丑科中进士，改庶吉士，授官翰林院编修，后官至礼部尚书。
这些当时广东的社会名流，明朝廷的官员，汇聚一堂，积极筹备重建罗浮山寺观。当他们听闻守边将军袁崇焕回乡之后，就积极邀请他为募修工作撰写疏文。起先，袁崇焕以过于忙碌、频于待客为由拒绝写作，他的拒绝主要是由于心中的儒道之争。但最后袁崇焕还是与这帮儒家名士一起，为罗浮山的寺观重修撰写了疏文，在袁崇焕撰写的《募修罗浮诸名胜疏》一文中，他努力将罗浮山纳入儒家的正统体系内。他强调：“医巫闾之未始非罗浮也，则用心于医巫闾，与用心于罗浮无二也。”医巫间即医巫间山，间山地势险要，战略地位极为重要，历代封建帝王都特别重视，甚至封王谥号，视若神明。唐代就封闾山为广宁公，金代封广宁王，明代封闾山神，清代仍沿用此神号。元、明、清皇帝登基之时，都会遥祭这座山，故此山有不可言喻的正统性。袁崇焕将“用心医巫间”和“用心罗浮”同称，巧妙地融合了皇权正统与道家的关系，从而坚持了自己儒家正统本位的思想，也使得自己为道家圣地撰文的行为合理化了。
其他的名士其实也遇到过相同的问题，他们也都是科举出身，从学儒家的。因而他们也各有各的理由。张萱将罗浮山与当时的明代广东著名学者黄佐、心学大师湛若水、广东著名大儒陈琏联系起来，称他们也表彰罗浮山的灵秘，自己身为罗浮之人，难辞其责。陈子壮则把罗浮“儒仙一致”。他们从不同角度坚持了自己的儒家正统追求。可见，当时的广东士人，已经完全融进了中原正统文化体系之中。
袁崇焕答应撰写这篇《募修罗浮诸名胜疏》，一方面是基于他的幕客兼姻亲李炯客致力于重修工作，一方面也是由于他与这群粤中名人有着很大的共同点，他们与东林党都有密切关系，也都是儒家十大夫，都与阉党魏忠贤有冲突，因而走到了一个阵营。此时的他们，跟袁崇焕的遭遇大同小异，都是不屈服于魏忠贤阉党的淫威，坚守自己正直的政治取向，故而或遭谗或被撤，正处于郁郁不得志之时。袁崇焕是否是东林党成员尚未有定论，但他与东林党关系密切却是肯定的。他考科举那年的主考官就是东林党领袖韩，按照科考的习俗，袁崇焕就是韩的学生，韩为老师，亦称“座主”。在党争严重的明末，这层关系是建立社会网络的重要因素。况且，袁崇焕杀毛文龙时跟东林党重要成员钱龙锡商议过，当初建议破格提拔他的御史侯恂也是东林党重要角色。可见，袁崇焕与东林党的关系还是比较密切的。一群志趣相投的文人雅士，有着共同的背景和相似的遭遇，大家汇聚一堂，为广东罗浮山的寺观重修募捐事业尽力，亦可谓明末广东一大文化盛典。
逗留在家乡广东期间，除了为罗浮山重修寺观纂修疏文外，袁崇焕还为自己家乡的三界神庙撰写了重修疏文，其行文同样清楚地显示了他心中儒家正统不可撼摇的地位。文中说到这个三界庙神来自粤西，但是却已无从考证，他认为“有无姑勿论，盖人之精灵为神”，他坚持人本思想，认为神其实就在人的精神深处。“三界者何？盖天、地、人为三界，人情顾目前不顾身后，见人而不见天，严于人所见而不严于人所不见者”，虽然三界神被认为包括天、地、人，但是在袁崇焕看来，人是根本，首先为人，其次要以人所能见到的为依据，而不受不能见到的所限制。这是儒家不言怪力神乱的根本体现，他虽“敬神”但更重“人”。事三界庙“不啻子孙之于祖父”，把三界神看成足如同自己的祖先与亲人。在家乡亲友的请求下，他不仅无法拒绝帮忙写作这样一则祭祀神灵的疏文，也无法不捐出300两白银作为建庙之资，但他却能在字里行间清晰表明他对儒家本位的坚守。
“本来无祸，何必免祸？福且无用，何必枉求？”他不相信任何求佑祈福的祭神行为，他信任的是自己的努力，是自己的精神信守。相信辽东的接连胜利和这一种信仰取向也有一定关系，当初的后金军攻击明朝，如入无人之境，被称为“无敌雄狮”，但袁崇焕就是不相信后金不败的神话，相信自己的能力，最终使得努尔哈赤25年来第一次吃败仗。其实这种本我思想在《募修罗浮山诸名胜疏》中也有体现，尽管他写道：“惟山终古以长存，则人灵不如山灵”，但是话锋一转，重点则在于“然山常艮，艮常止，止得其为山。人旅生旅死，不失其为人。余又以山灵之不若人灵也”。始终，他还是觉得山灵不如人灵，人有生有死，但是轰轰烈烈的人生远比亘古不变的山显得有灵气，显得有活力。在这一系列的文字里，我们可以清晰地看到，他信神，不过神却如父母，他信仙，仙却似家人，神仙在他的重修三界庙碑文中，就是这样亲切的形象，而不是高高在上、遥不可及、人间生死命运的主宰者。可见，在他的性格里，足积极人世的追求，是勇往直前的寻求人生的价值，而不是对归隐山林闲逸的推崇。休憩在粤的几个月里，只是他人世追求中的一种缓冲。