传统丛林道场重视制度，不但个人有戒牒[1]，僧团也有清规[2]。
“清规”是指禅宗寺院组织章程及寺众日常生活的规则，亦即禅宗丛林关于大众行、立、坐、卧等威仪所订定的僧制，为众僧所必须遵守的仪规，类似现代的“共住规约”，是为僧众日常修行的规范，以及僧团组织、行事的依循。因此，“清规”是健全僧团的圭臬。
中国禅宗自达摩东来后三百年中，禅僧多依住在律院或岩穴、树下，并未营立禅刹。直到唐朝“马祖[3]创丛林，百丈[4]立清规”，才开始营建禅刹，并参照大小乘经律，制定丛林规矩，撰清规二卷，广为流行，世称古规、古清规、百丈清规，这是禅宗清规的开始。此后，天下丛林皆依此而为寺院生活的仪则。
由于百丈禅师为禅宗丛林立下《百丈清规》[5]，使得中国的僧团走向制度化、合理化的僧伽生活。例如明定四十八单职事，各司其职，使得寺务运作组织化、系统化；又订定各种修持行仪、日用轨范等，使得僧众具足威仪，心不放逸，身不踰矩。尤其设立住持一职，领众熏修，综理寺务，丛林规模于焉建立。
可惜《百丈清规》一书历经时代更迭，今已散佚。现行通用的《敕修百丈清规》，是元代江西百丈山住持德辉奉敕重新编修，其中前四章规定有关祝圣、国忌、祈祷、佛诞节、涅槃节、达摩忌、百丈忌及各寺历代诸祖忌等仪式，此皆律所未定，古规所缺者；五至九章，则为丛林的规章制度，包括住持日用[6]、职事行事、两序进退、大众修持等。
《百丈清规》之后，我国陆续撰出的清规尚有：宋代宗赜作《禅苑清规》[7]、瑞严无量宗寿禅师作《日用小清规》、婺州金华惟勉禅师作《丛林校定清规总要》、元代东林泽山弋咸禅师作《禅林备用清规》、中峰明本禅师作《幻住庵清规》[8]、道齐作《禅苑清规总要》、继洪作《村寺清规》、明代天界道盛禅师作《寿昌清规》、清道光源洪禅师著《百丈清规证义》等，近代则有《金山江天禅寺规约》、《高旻寺规约》、《佛光山禅堂规约》等。
除了上述所列各种清规，道融的《丛林盛事》[9]、惠彬的《丛林公论》[10]、慧洪的《林间录》[11]、净善的《禅林宝训》[12]、无愠的《山庵杂录》等，都是认识丛林行事、仪规的重要文献。
此外，其他宗派也有仿效清规而制定规制者，如律宗的省悟作《律苑事规》[13]三卷，天台宗的自庆作《教苑清规》[14]一卷等。是以清规虽为百丈禅师首创，旨在建立禅宗规范，却为后世各宗各派所共遵。
丛林清规，礼法有度；丛林生活，祥和有序。丛林道场体现了中国儒家所向往的天下为公、人人崇乐好礼的理想蓝图，无怪乎时人每见僧团两序行仪，无不慨叹“礼失求诸野”！遗憾的是，明代以后，教门的规制混乱，丛林的行法也随之废弛。
现代丛林清规的主要内容有：一、结夏与结冬[15]；二、安单[16]；三、大请职[17]；四、贴单[18]；五、打七[19]；六、普请[20]；七、岁计[21]；八、肃众[22]；九、榜状牌示[23]；十、钟鼓法器[24]等。
“丛林之立，必有清规，所以警懈怠，防放逸也。”是以百丈禅师丛林要则二十条中说：“精进以持戒为第一。”清规一如戒律，戒律是佛陀为了规范僧伦，令正法久住而制定，所谓“戒住则僧住，僧住则法住”，六和僧团因为有佛制戒，始得和合共住，安心办道；因为有古德制定清规，而能清净无诤，弘法利生，为世人所尊。因此出家学道，宜遵佛制；能够遵守清规，方能度生死流，续佛慧命。
【注解】
[1]僧尼出家受戒后所发的受戒证件。据《释氏稽古略》卷三载，唐代宣宗大中十年（856年），曾敕任法师辩章为三教首座，命僧尼受戒给牒，此为我国僧尼受戒给牒之始。在此之前，开元十七年（729年），玄宗曾下诏，令天下僧尼每三年造一次籍册；又于天宝六载（747年）下令天下僧尼隶属两街功德使，并由尚书省祠部出具证明，称为“祠部牒”。唐、宋时代，僧尼出家时即须领取度牒（出家僧籍证明书），受戒后再领取戒牒，皆由官方颁发。且受戒时须呈验度牒，方准受戒。明代洪武至永乐年间（1368—1424），三度敕许僧俗受戒者抄白牒文随身携带，以为执照，凡遇关津把隘之处，验实放行。戒牒的作用遂成为僧尼旅行护照。清雍正废止度牒，僧尼出家漫无限制，各地亦传戒频繁，戒牒则改由传戒寺院发给。至民国以后，已无度牒的颁予，而仅存戒牒之制，由“中国佛教会”或传戒寺院签发。日本自天平胜宝（749—756）以后，始发给由授戒之三师七证签字的戒牒。
[2]清，为清净大海众的略称；规，为规矩准绳的意思。又以所立的仪轨能清净大众，故称清规。
[3]南岳怀让的法嗣，汉州（四川广汉）人，俗姓马，世称马大师，名道一。依资州唐和尚剃染，就渝州圆律师受具足戒。开元年间，就怀让习曹溪禅法，言下领旨，密受心法。初止于建阳的佛迹岭，未久，迁至临川的南康、龚公二山。大历四年（769年），驻锡钟陵（江西进贤）开元寺，是时学者云集，化缘大盛。马祖以“平常心是道”、“即心是佛”大弘禅风，入室弟子有百丈怀海、南泉普愿、大梅法常等一百三十九人。禅门甫启时，禅僧皆寄居律院，法制有限，不得别住而龃龉时生，皆以为苦。马祖乃创丛林，以安禅侣，由是宗门大盛。
[4]唐代福州长乐人，自幼即喜游访寺院，年二十，从西山慧照出家，后从南岳的法朝律师受具足戒，未久至庐江研读经藏，适逢马祖道一在南康弘法，乃倾心依附，遂得道一的印可。其后，于新吴（江西奉新）百丈山，自立禅院，制定清规，率众修持，实行僧团的农禅生活。尝曰：“一日不作，一日不食。”师所订清规，世称《百丈清规》，天下丛林无不奉行，为禅宗史上划时代的功绩。
[5]此书记载丛林的一切事务，诸如：法堂、僧堂、方丈的设置，十贤众的任职。十职分为西序：首座（前堂、后堂）、书记、知藏、知客、知浴；东序：监寺、维那、副寺、典座、直岁。又设置寮元、堂主、化主、庄主、知殿等。举凡大众的朝参、夕聚、斋粥、普请等，皆有规定。学众聚居僧堂，依受戒年次安排，并设长连床，供坐禅偃息。住持必须是兼具道眼及德行者，时时上堂升座、小参垂示，以御大众。凡此种种遂成为丛林新例，而与律法不同。
[6]据《敕修百丈清规》卷上《住持章》所载，包括：（一）上堂：在法堂对大众说法；（二）晚参：晚上在法堂对大众说法垂示；（三）小参；（四）普说；（五）入室：适时应机调御禅子；（六）告香：对新挂单僧说法开示；（七）念诵；（八）巡寮；（九）肃众：即监督大众；（十）训童行：督导寺中年少未获剃度者；（十一）为行者普说；（十二）受法衣：接受承继大法的法衣信物；（十三）迎侍尊宿；（十四）施主请升座斋僧；（十五）受嗣法者之茶点接待；（十六）嗣法师遗书至。另于《禅林象器笺》卷六所载住持的职责，则概括为说法、安众、修造等三大项。
[7]系宋代禅僧长芦宗赜集，又称《崇宁清规》、《重雕补注禅苑清规》、《禅规》。有关禅院的清规，最早始于唐代百丈怀海所撰述的《百丈古清规》，至北宋时，《古清规》已散逸，禅林规则紊乱，宗赜为再兴百丈清规的精神，遂搜集残存于诸山的行法偈颂，编撰该清规。其后，中国、日本所制定的清规，皆以该清规为标准。
[8]元朝中峰明本撰，系就丛林日用须知制定。全编分十门，即：日资、月进、年规、世范、营办、家风、名分、践履、摄养、津送。附录的开甘露门，乃施饿鬼会的施食次第及法文、疏等。
[9]宋代古月道融撰，宁宗庆元五年（1199年）刊行。系道融为见贤思齐，辑录其平日于丛林的所见所闻，及有关古今诸禅师、居士的嘉言善行。其内容包括程大卿参黄龙、佛印解东坡玉带、宝峰祥叉手、普慈闻、最庵印、荥阳郡王等，计一四一项。
[10]南宋者庵惠彬撰，宗慧作序，宋淳熙十六年（1189年）刊定。系评论古今禅林的文事，乃有关释儒的随笔论集。《禅籍志》卷下称本书的内容研究精密，识见高明，论点公允，且其序文亦堪称绝唱，唯书中所举先儒文词的得失，颇有不当之论。
[11]宋代觉范慧洪撰，全称《石门洪觉范林间录》。为寂音尊者觉范慧洪禅师的语录，内容系慧洪与林间胜士抵掌清谈有关尊宿的高行、丛林中各种遗训、诸佛菩萨的微旨及贤士大夫的余论语要，共三百余篇。为参禅学道的指南，古来即于禅林中广为流传。
[12]南宋净善重编，又称《禅门宝训》、《禅门宝训集》。收录南岳下十一世黄龙惠南至十六世佛照拙庵等宋代诸禅师的遗语教训，凡三百篇，各篇终皆记其出典。本书始为妙喜普觉、竹庵士珪二禅师于江西云门寺所辑录，经年散逸，南宋淳熙年间，净善得之于老僧祖安，因惜其年深蠹损，首尾不备，乃寻之语录传记，加以重集，即现行的《禅林宝训》。此书古来即盛行于禅林，每被列为初学沙弥的入门书。
[13]元代省悟编述，嗣良参订，元泰定二年（1325年）序刊。系依律藏详说律宗僧侣的行事仪式，内容以律宗南山及灵芝的著书为基本，兼而参酌《禅苑》、《校定》、《备用》等清规编述而成。
[14]元代自庆编于至正七年（1347年），又称《增修教苑清规》。系天竺大圆觉教寺的云外法师自庆，将《天台教苑清规》再增补修订。内容分为十门，即祝赞门、祈禳门、报本门、住持门、两序门、摄众门、安居门、诫劝门、真归门、法器门等，各门之下复详述细节。为研究宋、元时代天台宗组织、制度等的重要资料。
[15]结夏即结夏安居，又称结制。结夏日原为每年阴历四月或五月的十五日；解夏则于七月或八月的十五日；然自元代以来，各提前一日，讲习礼仪，以便期内专心修道。结冬则于十月十五日至次年正月十五日之间，结制安居，专修禅法，即所谓冬参夏讲。
[16]凡曾受具足戒的比丘，若衣钵、戒牒俱全，游方各寺，皆可挂单暂住。如挂单已久，知其行履可以共住者，即送入禅堂，称为安单。
[17]即一寺的人事安排，为丛林冬期重要行事，一般于每年阴历八月十日举行。
[18]寺院于每年阴历十月十五日公布一寺职事及常住人员名单，称为“贴单”。
[19]禅众为克期取悟，丛林中每年自农历十月十五日至次年正月七日举行禅七，每七天为一期，或打七，或打十七，不定。此为结冬中重要行事。
[20]即普遍邀约大众劳作之谓，又称出坡。
[21]为丛林岁末会计报告。
[22]对僧众违犯清规的处分。
[23]指丛林行事通知方式，通常有知单、贴榜、书状、牌示等。
[24]为丛林号令的器具。