《汉民日报》时期，他对办报有了一系列清晰的想法，并坚持这些信条：“报纸对于善事，有引导维持之责任；对于恶事，则有监督纠正之责任。或赞扬，或痛骂，皆尽应尽之责任，无丝毫成见于其间。”他后来回忆：“愚初办报之时，系在浙江，当时革命以后，军人势力弥漫政界，凡有攻击彼辈之新闻登载后，每来函请将原稿及访员交出，以便直接加以惩创。”他一概予以驳回，表示一切都由自己负责，“至于原稿及访员姓名，无论何时何地，照例向不示人”。这是他一直引以自豪的事。1912年5月10日他提出：“报馆可封，记者之笔不可封也；主笔可杀，舆论之力不可蕲也。”为此他不怕吃官司，不怕当局唆使流氓深夜潜入报馆纵火，不怕街头寻衅，不怕遭刺客暗杀，不怕被捕下狱，并在《汉民日报》短短二年间一一体尝。
先是他的《省检事长亦应停职》《不知法律的省法院长》等时评，因为揭露知法犯法的司法官员受贿、狎妓等丑闻，而被告上法庭。他出庭对质，用铁的事实把对方驳得哑口无言，法院被迫宣布“原告不能成立”，将诉状退回检察厅。
再是1913年6月12日，原浙江《自由报》（后易名《南强报》）总经理许畏三当上浙江省检察厅厅长后，因《汉民日报》在报道和评论“九花娘聚赌案”“共和春殴斗案”等丑闻时涉及他，悍然派法警拘捕邵飘萍。邵飘萍不仅不逃，而且从容面对审讯。当月15日，《申报》刊登庭讯实况。26日，浙江杭县地方审判厅驳回许畏三以检察长名义提起的公诉。《申报》评论批评许畏三：“《汉民日报》邵振青一案，……是许畏三已居于被害人地位，以被害人资格，自己拿人，自己起诉，是以检察厅长之名义，办自己私人报复之实事，益坐实其滥用职权之罪”。
陈文浩在《我所知道的浙江都督朱瑞》中回忆，“时杭州之《汉民日报》为民党机关报，邵飘萍任编辑，笔锋尤犀利，对于袁世凯政府及朱瑞，极尽嬉笑怒骂，与《之江日报》成对敌，朱瑞颇优容之。”最终朱瑞也容不下他。邵飘萍回忆，从1911年11月至1913年8月，他在《汉民日报》“忽忽三载，日与浙江贪官污吏处于反对之地位，逮捕三次，下狱九阅月。”
1913年8月10日，邵飘萍以“扰害治安”、涉嫌参与讨袁的罪名入狱。被捕之前，杭州《天钟报》《平民报》《浙江民报》等被朱瑞下令查封，《浙报》受到停刊三星期的处分，他还以全省报界公会干事长身份要求当局缩短《浙报》停刊期限。如今他连自己的报纸也保全不了，8月17日，《汉民日报》以“诋毁中央”、“包庇乱党”、“于地方治安有害”等罪名被关闭。
当年12月，他一出狱即离开杭州，不久东渡日本。1922年9月16日，他和胡适吃饭时，说起民国初年在杭州办报、入狱9个月的情形，胡适日记中认为“很有趣味”。
1915年，邵飘萍应上海新闻界之邀回国，以“阿平”等笔名在三家重要报纸执笔，与西南的护国军遥相呼应，对袁世凯的洪宪帝制大张挞伐，对附逆者、观望彷徨者也绝不放过。对故乡浙江态度暧昧的当权者、议员一样如此。4月16日、17日、21日，他接连在《时事新报》上发表《敬告浙江倡议诸公》《休矣屈映光》《敢问浙江参议会诸公》等文。17日，受袁氏重用的朱瑞失踪，摧眉折腰事袁氏的政客屈映光掌权。他在文章中指出，国人既不能容袁，浙人又怎么可能容得下屈氏。5月6日、7日、8日，当浙江独立姗姗来迟，他在《时事新报》又发表《浙军之荣誉》《浙局与政客》等多篇文章。
袁世凯倒台不久，7月31日，邵飘萍出任《申报》驻京特派员。离开上海前，他到近3年前被迫匆忙离开的杭州。此后6年他或在北京办报，或亡命日本，未到过杭州，但一直关心着故乡的一切。1920年12月27日，他在《京报》发表《浙人治浙乎？》，1921年6月24日，他在《京报》发表《浙江省宪之悲观》，热切关注家乡的地方自治。那一年，浙江督军卢永祥等各地军阀政客纷纷打出“以省宪定自治”、“废督裁军”等旗号，6月20、23日，他在《京报》发表一组漫谈：“卢永祥自言以两电促浙人自动之制宪。既曰自动，何以有待于促？此之谓‘督促自动’。”“卢永祥硬学得‘自治分权’四字，居然大演其说，又声明前电乃是‘建议’，绝对不是‘独立’，可见卢氏自命还是中央管辖的督军。”他指出，督军所辖的军队是国军还是省军，如果是国军，那么要以全省的财力来养国军吗？或者将卢和军队送还中央，浙江不给军饷？“自治分权之利害虚实全在此点，若此点不先解决，其余文章，且莫谈罢。”
一年后（1922年6月20日），邵飘萍动身南下杭州，离京前夕，正值卢永祥高唱“废督”口号，他与浙江旅京的政客界名流孙宝琦、王正廷、汪大燮、王家襄、钱能训、屈映光、沈瑞麟等人聚会，大家一致赞成“废督”。
6月23日，邵飘萍回到阔别6年的杭州，当天《申报》以《邵飘萍由京返浙》为题作了报道。此行他除了采访、了解浙江局势，还有在杭州设立《京报》分馆的计划。此时离他手创《京报》已有4年，正处于新闻事业的颠峰。当天上午，他与浙江省省长沈叔詹会谈，第二天与宪兵司令马懋勋、警务处长夏定候、稽查处处长吴玉璞以及省议会议长、副议长会谈，并与“废督”后就任“军事善后督办”的浙江头号人物卢永祥会谈。会谈之间，他耿耿于怀的是——“于保持安宁秩序方针之下，仍须渐进以应世界之潮流。”邵飘萍认为，国人对政治本来没有多大兴味，“惟社会经济亦在与政治有关，且如各派暗争以及调兵遣将预备私斗之消息，最足使国民寝食不安，故日内江浙人民奔走呼号，为弭兵之运动。”他们之所以关切时局，因为这与生活息息相关。6月29日，他在《浙事现状与东南局势之前途》文中报道：“愚以东南时局及浙省本乡治安前途之关系，应向各方面探询意见，报告读者，并以供政府与夫政局中号称实力派者之参考。”7月2日、5日，他又在《京报》发表《浙江善后期中之东南要讯》《浙军队工人化之可能与乐观》。
此次回杭，邵飘萍对杭州的市政、交通等多有肯定，但对“土娼之多”“彩票之多”，他认为是“浙省文明中之罪恶”，彩票“更属可惊”，“其吸收劳动男女一角二角小洋之方法，可谓水银灌地无孔不入，恶毒甚于洪水猛兽。”邵飘萍当面向浙江省长“力陈其害，宜速禁止”，表示“此事从社会方面观察，其重要不亚于废督裁兵”。杭州之行，令他不无欣喜的是与老友杭辛斋有过一番小聚。尽管行色匆匆，他还是冒雨去了西湖，见岳王坟焕然一新，湖滨旅舍林立，他在文章中还提到西湖积泥多草，急须疏浚，当时湖中养了数万食草鱼。
邵飘萍结束南行、返回北京后，当时的北洋政府总理颜惠庆即约请他畅谈南行观感，他将谈话内容刊登在《京报》上，说这次南归，“纯系个人私事，非如政客之有所活动”。1922年6月之后，邵飘萍再也没有到过杭州，但他的目光仍不时关注着故乡土地上的哀乐忧患，《京报》上也有他亲自执笔的文章，1924年12月16日有《浙江之事如何》，1925年2月4日、5日有《江浙人民与善后会议》《我以浙人评浙孙勘电》等文。无疑，他也有和常人一样的乡土情结。作为那个时代最优秀的报人之一，他的目光从来也没有为地域所限，即使在杭州办报时，他关注的仍是整个国家的命运，新生的共和制度是否能名副其实。到《京报》时代他的关怀重点不但是中国的内政，而且对外交、国际事务、各种世界思潮都有极大的兴趣。一代报人，视野之开阔，对新闻事业的诚挚，职业水准的精湛，完全可以与国际上同时的第一流报人相媲美。胡适在日记中如此赞许：“他是一个很聪明的人，现在北京日报界中没有他的敌手。”
邵飘萍常说自己什么嗜好也没有，只对新闻有非常趣味，愿意终生从事这个事业。1926年4月26日凌晨，他以身殉报，在北京天桥，被张作霖、吴佩孚、张宗昌等军阀下令杀害，罪名是“勾结赤俄，宣传赤化”。