燕京之所以成为当年第一流的综合性大学，固然离不开司徒雷登长袖善舞的募捐本事，但更重要的还是他确立的办学方向，一开始就摆脱了教会大学狭隘的宗教范畴，使燕京弥漫着浓厚的学术自由、思想自由的空气，具有很强的包容性。他在聘请教授时，只问有没有真才实学，不问政治倾向、宗教信仰，也不管学术流派。他力图要把燕京办成经得起任何考验、真正意义上的大学，所传授的真理应该是没有被歪曲的真理，至于信仰什么或表达信仰的方式则完全是个人的私事。说白了，在他看来，大学教育无非就是给每个学生以选择的自由。
从学科的建立与健全，无不显示出燕京的传承与创新能力。中国最早的社会学系就是1922年在这里诞生的，培养了一代社会学专业人才。新闻系也令举国瞩目，1945年9月在密苏里军舰日本投降仪式现场的三个中国记者，朱启平、黎秀石、曾恩波都是从这里走出来的。朱启平那篇通讯《落日》已成为传世之作。司徒曾说：“我们的目的，是以养成一种合作、建设、服务人群的精神以服务社会国家……我们不要变成世界上最有名的学校，也不要成为有史以来最有名的学校，而是要成为‘现在中国’最有用的学校。”
燕京汇集了教育家陆志韦、林迈可，社会学家许仕廉、雷洁琼，人类学家吴文藻，考古学家容庚，宗教学家赵紫辰，法学家张友渔，哲学家张东荪、洪谦、冯友兰，史学家顾颉刚、钱穆、邓之诚、韩儒林，政治学家萧公权，还有来自国外的心理学家夏仁德等人，文学系更是名家济济，有周作人、林庚、顾随、郑振铎、陆侃如、冯沅君、冰心等。
黄卓是燕园有名的“左”倾教授，他在经济系开“社会主义”课，在课堂上讲《资本论》，有一次他问：“看过《资本论》的请举手。”结果没有一个人。他摇头叹息：“《资本论》都没有看过，主修什么经济系！”这一来，学生都抢着去找《资本论》了。
司徒说：“我的任务是让老师尽可能自由地去从事他们的工作。”独立报人俞颂华1947年在评价长期担任燕京哲学系教授的张东荪时说过：“他在燕大讲学，燕大校长司徒雷登崇尚自由研究的学风，……不仅在讲学上不受任何的拘束，并且他可放言高论，无论在口头上或文字上都可以发表其独特的见解，即使不为一部分人所谅解，但校长不但不加限制，且予以保障。”
“中国化”是司徒始终如一的办学目标，但在他心里，“中国化”并不排斥“国际化”，作为教会大学，燕京校园里弥漫的却是世界主义而不是宗教的氛围，比如与世界许多大学都有交换教师、学生的制度，比如男女同校授课等。对不同文化的尊重，各取所长，融会中西，这就是司徒平常所说的“燕大精神”。每个学生都能体会到当年燕京求学生活的温馨气息：校园曾经是那么的美，黄沙地曾经遍种花生。当秋天开学时，花生熟了，一些女生会挖些花生，用洗脸盆盛来煮熟，围成一团，快乐地剥花生吃。那种独特的余香数十年后都还残留在某些女生的齿颊。
当1937年日寇入境，北平沦陷，选择留下的燕京大学成了北中国一个小小的自由“孤岛”，华北地下抗日运动的堡垒，在张东荪、陆志韦、夏仁德、林迈可这些教授的背后，如果没有司徒强有力的支持，燕园这个堡垒决不可能支撑4年之久，他们为抗日后方输送人才和急需的战时物资。日本宪兵要进校园搜查，被他以美国“治外法权”的理由断然拒绝，燕京学生在校外被捕，他总是伸手救助，决不坐视。1941年12月8日，太平洋战争爆发，包括他和洪业、张东荪等教授，还有30多个学生被捕。在身陷囚牢的3年8个月中，他决不向日本的刺刀屈服，始终没有低下高贵的头颅，显示出一个知识分子的凛然风骨，因此赢得中国和世界的普遍敬重，声望如日中天。
“正如人子来，不是要受人的服侍，乃是要服侍人”，“你们必晓得真理，真理必叫你们得以自由”。他和几个同事将《圣经》中的这两句话熔铸在一起，确立为燕京大学校训：“因真理得自由而服务”。这一校训植根深远，成为衡量每个学生的尺度，造就了几代学子，影响至大。在他看来，学生才是学校的主体。
20世纪末，两位耄耋之年、相见恨晚的老人开始书信往来，交流思想，谈及各自母校的校训。1998年3月4日，1940年考入燕京大学的李慎之先生在信中说：“你引哈佛大学的校训中有‘真’，我的母校燕京大学的校训是‘因真理得自由而服务’（Freedom through Truth for Service），我以为是世界上最好的校训。”1938年进入浙江大学物理系（师从王淦昌、束星北等），长期研究爱因斯坦、世界科学史，受过严格科学训练的许良英先生对概念、逻辑尤其敏感，他在3月6日的回信中说：
“燕京大学校训‘因真理得自由而服务’，前半句我能理解，后半句我不理解，‘自由’与‘服务’有什么关系呢？望解释一下。
我的母校浙江大学（我是1942年毕业，当时在贵州）的校训也与真理有关。只有两个字：‘求是’。”
3月11日，李慎之回信：“‘因真理得自由而服务’是相连贯的。你明白必须有自由才能得真理，但是得了真理不（仅）是要服务于人类，比如科学家宣扬真理，也是一种服务的方式。”
相隔多少年后，燕京学子唱起当年的校歌：“良师益友如琢如磨，情志每相同；踊跃奋进，探求真理，自由生活丰……”仍常常禁不住哽咽。这是一所成功大学的精神魅力所在，是教育在人心中播下的种子。
1947年9月，联合国教科文组织在南京举行远东区基本教育会议，时为美国驻华大使的司徒雷登举行露天酒会招待各国代表，见到从杭州来的阮毅成（时任浙江省民政厅长，以中国代表团顾问身份出席），他说：“我双亲的坟，均葬在杭州，不久要去扫墓，请先代我查看一下现状，如需要修理，我会负担费用。”不久，他来到杭州，当地政要及社会各界给予了空前的欢迎，有数十个社会团体、学校派代表到机场迎接、献花、赠致敬书。他先到西湖九里松扫墓凭吊、献花圈，看守坟场的老人告诉他，自己已看了十几年的坟场。杭州沦陷时，日本人曾在这里养马，地上有些小洞，就是马蹄的痕迹。
接着，他到耶稣弄堂看了故居，附近小学的数百名学生手持彩旗欢呼，昔日的朋友邻居聚在门口相迎。年逾古稀的他走进他出生的那个老屋，在熟悉的院子里和当年的同伴笑叙儿时的情景。这是他最后一次重回故居，这个幼时觉得很大的院子此时陌生又熟悉，“在我成年后再回到那里，想起童年时代所记得的宽敞而又充满神秘的庭院时，那儿似乎显得狭小而又不起眼了。”然后，他又到“湖山堂”作礼拜。
杭州各界在西湖边的大华饭店举行盛大的欢迎餐会，他激动地指着周围的标语说，杭州是他的第二故乡写得最恰当，回忆幼时在杭州西湖各处“耍子”（游玩），龙井、虎跑、天竺、灵隐都去过，南北高峰、城隍山、玉皇山都爬过。这次重回杭州，他看到西湖和钱江大桥，倍感愉快。他说自己在杭州生养长大，来杭州就是回家乡。杭州的丝、茶、绸缎、扇子、剪刀等都驰名中外，希望朝着工业化、科学化的方向发展，其他事业也力求发达。
他讲一口流利的中国话，时不时夹几句杭州话。杭州各民众团体、特别是商会送了他很多土特产。之江大学、燕京大学的校友邀请他坐船游览西湖，他遥指着雷峰塔的方向说，自己儿时“耍子”过的雷峰塔，可惜现在已看不到“雷峰夕照”了。最后一幕是授予司徒雷登“杭州市荣誉公民”的仪式，在基督教青年会举行，杭州市长周象贤将证书及一把纯金制作的钥匙郑重地交给他。他说，自己是个普通的杭州佬，给他“荣誉公民”称号，感觉格外的光荣高兴，明天就要返回南京，乘此机会向乡亲们告别。多年后，他在回忆录中说：
值此时势艰难之际，杭州市长邀请我到我的出生地杭州市作了访问，那是一段饶有兴味和令人愉快的经历。我受到了官方的接待。他们按惯例设宴招待了我。更有甚者，政府、市民和教育机构，以及许多老朋友都给我以热忱的欢迎。我并不把这些看作是对我个人的恭维，而是把它们看作是对美国人民的深厚真挚的情谊。我相信，这种友谊不会因中美官方关系之间有一段误解和疏远而遭到破坏。访问结束时，杭州市长授予我以该市荣誉市民称号，使我深为感动。
当1949年来临时，国民党败局已定，身为美国驻华大使，司徒雷登陷入了尴尬的境地。“我早就打算在四月初到杭州去过清明节”，可就在他起程前的一两天，国共和平谈判到了破裂边缘，共产党人向李宗仁提出类似最后通牒的要求，5天内得不到肯定的答复，就将打过长江。局势急转直下，司徒雷登取消了杭州之行，从此与他的第二故乡失之交臂。当年8月，他最后告别深深热爱的中国。1962年，他在谢世前完成了《在华五十年——司徒雷登回忆录》，其中多处深情地回忆起他在杭州度过的那些美好时光。
主要参考书目：
1．[美]约翰·司徒雷登著、程宗家译、刘雪芬校《在华五十年——司徒雷登回忆录》，北京出版社，1982年版。
2．燕京研究院编，《燕京大学人物志》第一辑，北京大学出版社，2001年版。
3．林孟熹，《司徒雷登与中国政局》，新华出版社，2001年版。
4．郝平，《无奈的结局——司徒雷登与中国》，北京大学出版社，2002年版。
5．司徒雷登百日日记（复印件），台湾《传记文学》杂志社
6．许良英先生与李慎之先生通信复印件（未刊），许良英先生提供。