一、明确新世纪科学技术发展的指导方针是科技创新的前提
《建议》明确提出了自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来的科学技术发展的指导方针，这一方针是邓小平理论、“三个代表”重要思想和贯彻落实科学发展观在科学技术领域的具体体现，是半个世纪以来我国科技发展实践经验的概括总结，也是面向未来、实现中华民族伟大复兴的重要抉择。
自主创新，就是从增强国家创新能力出发，加强原始创新、集成创新和在引进先进技术基础上的消化、吸收与再创新。自主创新是科学技术进步的战略基点，是解决经济社会发展面临的重大科学技术问题的迫切需要，是突破发达国家技术垄断、增强国际竞争力的必然要求。其核心是全面增强国家创新能力，加快国家创新体系建设。
重点跨越，就是坚持有所为、有所不为，选择具有一定基础和优势、关系国计民生和国家安全的关键领域，集中力量、重点突破，实现跨越式发展。
支撑发展，就是从现实的紧迫需求出发，着力突破重大、关键、共性技术，支撑经济社会的持续协调发展。支撑发展是科技进步的根本任务，要面向我国经济建设和社会发展的主战场，根据我国经济社会发展的战略需求，针对经济社会发展中的技术瓶颈，在能源、资源、环境、农业和信息等关键领域取得重要进展，加快科技成果产业化步伐，实施一批科技重大专项，有效地推动经济社会发展。
引领未来，就是着眼长远，加强基础研究和前沿技术研究，在信息、生命、空间、海洋、纳米及新材料等战略领域超前部署，创造新的市场需求，培育新兴产业，形成新的增长点，引领未来经济社会的发展。“十一五”期间，要按照科学技术发展的指导方针和建设创新型国家的总体要求，以科学发展观为指导，总体部署和全面落实各项任务。以自主创新为主线，把自主创新作为调整经济结构、转变增长方式和提高国家竞争力的中心环节，加强原始创新、集成创新和引进消化吸收基础上的再创新，为建设创新型国家奠定坚实基础。
“十一五”是全面建设小康社会的重要时期，具有承上启下的作用，也是科技发展的关键时期。我国科学技术发展将落实自主创新、重点跨越、支撑发展、引领未来的指导方针，深化科技体制改革，以制度创新推动科技创新；培育企业技术创新能力，加强以重大产品和重大工程为中心的集成创新，提高重点产业的自主创新水平；有序安排基础性、公益性和前沿技术研究，强化科研基地建设，争取在基础研究和战略高技术领域有所突破；优化配置全社会科技资源，加强人才队伍建设，营造创新环境，提高全民科技素质，实现经济与社会科技、区域科技、城乡科技统筹协调发展。通过“十一五”期间的扎实工作，将重点提升发展瓶颈突破能力、产业核心竞争能力、社会公益服务能力、科技持续创新能力、国家安全保障能力等，并为我国中长期科技发展奠定坚实的科技体制基础、条件基础和人才基础。
二、把增强自主创新能力作为科技创新及科技发展战略的基点
把增强自主创新能力作为科学技术发展的战略和科技自主创新基点和调整产业结构、转变增长方式的中心环节。这是从我国经济社会发展的全局出发作出的重要判断，是对未来五年乃至今后较长时间我国科技发展和产业结构优化升级作出的根本性战略部署。
（一）加快提高自主创新能力的意义重大
改革开放以来，我国科技发展水平和产业结构的技术构成发生了重大变化，劳动力素质也有了相当提高。但总的来看，面对日新月异的科学技术变革，面对日益强化的资源环境约束，面对以创新和技术升级为主要特征的激烈国际竞争，我国自主创新能力薄弱的问题已经日益成为发展的瓶颈制约。据有关方面测算，我国科技进步对经济增长的贡献度不足30％，明显低于发达国家60％—70％的水平；在全世界近50个主要国家中，我国科技创新能力仅居第24位，排在印度和巴西之后；全国科技研究开发经费不足2000亿元，不足美国的1/20和日本的1/7，研究与开发支出占国内生产总值比重为1.35％，与美国2.8％和经合组织国家2.26％的水平相比仍有较大差距；我国对外技术依赖度高于50％，重要大型成套设备、原材料的某些重要品种、系统和基础软件依赖进口的现象比较严重，而美国、日本都在5％以下，关键技术和核心技术受制于人的现象非常明显；由于产业技术水平低，新技术扩散慢，在重要产业难以实现经济规模，产品附加价值低，造成对能源和原材料的巨大浪费，对环境和生态也构成较大破坏，低附加值的产品出口引发着不断上升的贸易摩擦。正是因为上述原因，加快提高自主创新能力，是“十一五”时期引导我国经济发展的重要任务，这是加快转变经济增长方式的迫切需要，是推动产业结构优化升级的迫切需要，是增强我国综合国力和竞争力的迫切需要，也是在激烈的国际竞争中从根本上保障国家经济安全的迫切需要。
（二）提高自主创新能力的条件已经具备
“十一五”时期提高自主创新能力的客观条件已经具备，主要体现在：一是国外技术储备急于获得新市场，这为我们发挥后发优势，进行必要的技术引进和主动选择创造了条件，使我国的自主创新有可能站在较高的起点上，并支付较低的成本；二是国内人才和科技储备已有相当基础，企业的研发能力有了明显增强，这得益于我国改革开放政策的实施。在激烈的国内外竞争中，企业开始认识到形成创新能力对生存发展的重要作用，其投资于研究开发的主动性大大增强；三是巨大的内需市场将提供创新的广阔空间。我国工业化和城镇化速度加快后，对铁路、桥梁、建筑、重大成套装备、软件和网络环境等都产生了巨大市场需求，其规模之大、要求之新，有的已经超过了世界主要公司的设计和供应能力，这种独特的优势将为我国企业的自主创新提供强大动源；四是我国公共财政实力大大增强。2004年，我国财政收入已达2.6万亿元，可用于科研投入的实力产生了巨大变化；五是激励创新的体制和机制逐步建立，对产权和知识产权保护的力度加大，按要素参与分配已成为重要的分配原则，国家在税收、折旧、财政和投资等方面支持自主创新的政策体系正在形成。我们要抓住机会，力争取得突破性进展。
提高自主创新能力，必须坚持正确的方向和路径。要大力提高原始创新能力，形成创新的重要基础和科技竞争力的主要源泉。要大力加强集成创新能力，形成单项相关技术的集成创新优势，努力实现关键领域的整体突破。要加快引进消化吸收再创新，充分利用全球科技存量，形成后发优势加快发展。必须看到，在当今国际经济、科技的激烈竞争中，关键和核心技术是买不来的，只有真正形成自己的创新优势，才能在我国经济发展的新阶段实现跨越式发展。为了提高自主创新能力，必须确立企业在自主创新中的作用，加快建设产学研相结合的技术创新体系，努力实现新技术的产业化。要发挥政府的战略导向、综合协调和服务功能，创造更好的创新环境。强有力的创新激励体系是增强自主创新能力的根本性制度保障，要深化科技体制改革，加快建立以保护知识产权为核心的激励体制框架，建立和完善创业风险投资，增强税收制度对创新的激励作用，努力吸引集聚高层次创新领军人才，为提高自主创新能力提供强大的动力来源。
三、科技创新必须在我国关键领域的技术研究上取得突破
《建议》指出，要从我国经济社会发展的战略需求出发，把能源、资源、环境、农业、信息等关键领域的重大技术开发放在优先位置，按照有所为有所不为的要求，启动一批重大专项，力争取得重要突破。根据世界科学技术发展的总体趋势和我国全面建设小康社会、进入创新型国家行列的战略需求，“十一五”期间我国要在关键领域实现技术突破，主要基于如下考虑：
（一）带动生产力跨越式发展的需要
高技术重大专项工程事关国家长远和战略利益。一项重大战略计划的成功实施，不仅能够有效带动相关学科、技术和产业的发展，形成新的经济增长点，而且能够充分体现国家战略意愿，提升国际地位，振奋民族精神。“十一五”期间，要根据自身的国情和需求，把握科技发展的机遇，在关系国计民生的重点领域组织实施重大战略产品和工程专项计划。
为了达到带动生产力跨越式发展的目的，在确定重大战略产品专项时遵循了以下原则：一是关系全局，对经济社会发展、国家安全以及科技自身发展具有重大带动作用和影响；二是对国家发展具有战略性、标志性意义，能显著提高我国的国际地位和国际威望；三是充分体现我国的优势和特色，反映世界科技发展趋势，能够促进重点领域的跨越式发展；四是目标明确，可操作性强，保障条件可行，在未来预定的期限内能够实现。同时在重大专项的形成和实施中，还要把握以下要求：一是强调国家意愿。坚持决策科学化、民主化，跨越部门、行业和地方利益的局限，使最终决策真正体现国家意愿，符合国家的战略利益。二是强调政策稳定。保持专项计划的连贯性和相关政策的稳定性，防止出现较大的政策性反复和摇摆。三是强调体制创新。重大专项的实施必须突破传统体制约束，充分体现市场的作用，体现全社会的力量。四是强调队伍建设。重点选好项目的领军人物，充分赋予其在重大问题上的决策权，造就科技领域新一代战略家。
（二）能够提高国家整体竞争能力
立足于我国国情和需求，在全面安排的基础上，对重点技术领域进行规划和布局，实施重大专项，实现技术突破，一方面支撑当前经济和社会发展；另一方面提高科技整体竞争力，引领未来经济社会发展方向。因此，我国在关键领域从技术开发取得突破，有利于提高国家的整体竞争能力。一是把发展能源、资源和环境保护技术放在优先发展的位置，依靠科技创新，开源节流，保护环境，发展循环经济，实现从资源耗费型向资源节约型转变，从忽视环境的增长方式向环境友好型增长方式转变，下决心解决制约国民经济发展的重大瓶颈问题；二是以获取自主知识产权为中心，抢占部分信息技术战略制高点，提高我国信息产业的国际竞争力，全面加速国民经济的信息化；三是增加对生物技术研究开发和应用的支持力度，为保障食品安全、优化农产品结构、提高人民健康水平提供科技支撑；四是以信息技术、新材料技术和先进制造技术的集成创新为核心，提高重大装备和产品制造的自主创新能力，支撑制造业自主品牌的崛起；五是加快发展空间技术和海洋技术，拓展未来发展空间，保障国防安全，维护国家战略利益；六是加强多种技术的综合集成，发展城市和城镇化技术、现代综合交通技术和公共安全预测、预防、预警及应急处理技术，提高人民的生活质量，保证公共安全，达到全面提高国家的整体竞争能力。
（三）应对未来发展挑战的需要
一是继续稳定发展基础学科，高度关注和重点发展交叉学科。基础科学的发展必须坚持学科推动和需求牵引相结合，坚持稳定支持和超前部署，重视科学的长远价值，实现基础研究和应用研究协调发展。二是超前部署，准确把握和重点支持前沿高技术研究。前沿高技术是国家科技创新能力的综合体现，是新兴产业革命和新军事变革的重要基础。我国必须在信息科技领域中的深亚微米、超大规模集成电路技术和网络化、智能化技术，以及量子技术、生物计算技术；生命科学中的基因组学、蛋白质组学、结构生物学、系统生物学、脑与认知科学；医学中的干细胞技术、基因和分子诊断技术、再生医学和移植技术；地球系统科学中的环境科学定量方法、生物多样性和全球气候变化等未来必争的战略领域有所作为。
（四）深化改革，构建适应市场经济体制和科技自身发展规律的新型国家创新体系的需要一是针对我国由计划经济向市场经济转型过程中传统体制的系统缺失和薄弱环节，加快建立一个既能发挥市场机制配置资源的基础性作用，又能提升国家在科技领域的有效能力；既能激发创新行为主体内的活力，又能实现系统各部分有效整合的新型国家创新体系。二是强化国家公共科技基础条件平台建设，为全社会科技创新与产业化活动提供有效支持。一个功能完备、开放共享的科技基础条件平台，有利于为社会科技活动提供公平竞争环境，使得各类科技人员的创新活动得到及时有效的支持；同时也有利于持续增加全社会科学积累，站在更高的起点上攀登科学高峰。三是创造良好的环境，加速实现高技术产业化。
四、科技创新应处理好的关系
（一）国家安全性需要与经济性需要的关系
技术创新的第一需要来自于国家安全的迫切需要。与引进和购买技术相比，自主技术创新需要投入巨额的成本，需要较长的时间，有时在经济性方面算账是不合算的，即自力更生不如花钱购买。作为一个发展中国家，自主创新不可能不考虑自己本阶段的生产力水平和经济实力等国情。然而，一个国家在国防、行政司法、金融、信息等方面所用的技术需要先进和安全可靠，虽然购买技术比自主创新技术要成本低和时间短，但是面临的问题是：一方面，许多先进和核心的国防技术，为了保持其军事上的优势，国外的军事技术拥有者可能不出售给我们，或者卖给我们的是二流和三流，甚至是淘汰的技术。这样，我们的国防安全就会受制于人，受到威胁。另一方面，许多国防、行政司法、金融、信息等方面的技术我们可以在国际市场上买到，国外技术拥有者也很愿意卖给我们，但是，使用这些技术装备、软件等等，会使我们的国防体系、行政司法体系、金融体系和整个国家的信息体系处于不安全状态之中。因此，对于事关极其复杂的国际、政治、外交和军事等安全方面的技术，即使成本再高、风险再大，在尽可能缩短研发、转化和推广时间的前提下，需要集中财力、人力和物力，推进这些科技的自主创新。
（二）技术选择与技术战略布局的关系
科技自主创新战略怎样布局？是所有的技术都齐头并进，还是分层次、有重点地加以突破？这需要认真探讨。如果进行分类，从我们选择的技术来看，如前面所述的，有保证国家安全方面的技术需要自主创新，有节约资源方面的技术需要自主创新，也有更多更好地利用劳动力资源的适度技术需要在引进转换的基础上创新提高，还有达到中等发达国家发展水平的追赶型技术的一部分需要创新，而增强国家国际竞争力的尖端赶超型技术则更需要自主创新。因而，需要在这五方面技术上进行排列，在阶段、财力、组织等各方面进行战略布局。把重点放在国内发展迫切需要的技术与参与国际竞争需要的技术上。
科技自主创新是一国持久核心竞争力的基础。国与国之间的差距表面上是经济上的差距，实质上是科学和技术上的差距。因此，发展中国家要想缩短与发达国家之间在经济上的差距，最终赶上和超过发达国家，就必须在自主发展科学的同时大力加强对技术的自主研究和开发。一方面，从参与全球化竞争看，中国作为一个大国，需要在一些尖端科技领域占有一席之地。因此，需要选择一些我们自己已经有基础、有优势、有条件的在世界科技界领先的科技项目进行攻关，以提升我们的科技竞争能力。另一方面，还有一些技术可能不直接有利于参与国际竞争，然而是我们国家迫切需要的，也需要自主创新。比如，从我国人口多资源少的国情看，在生产和生活方面节约石油、淡水、矿藏、森林等资源的技术创新更加迫切。因而，除了在涉及到国家安全和提升产业技术方面进行自主创新外，我们既要在世界领先技术领域争得份额，也要花大力气对于我国迫切需要的技术进行自主创新。
（三）基础科学、长期利益与应用技术、短期利益的关系
从短期来看，一些科学研究和技术开发，特别是在基础研究方面，可能需要大量的投入，并且不能立即在经济等方面见效，于是，有人认为不如将财力投在看得见的工业、交通、能源、城市建设等项目上，或者投在短平快技术上。然而，没有自主和长期的基础科学研究、基础技术开发，也就没有在此基础上的自主应用技术，更不会有领先世界的技术，作为一个赶超型的发展中国家，经济社会发展也就没有后发技术的支撑。为此，必须在体制上和制度上保证对基础科学、基础技术和技术推广、创新的投入，公共财产应确保这些领域发展的需要，应有硬性的支出预算比例来保证，并由人大、科技界、新闻舆论等方面进行监督。
（四）推动技术进步与发挥我国劳动力比较优势的关系
科技创新与推动技术进步，必须用劳动密集型的技术进步（随着技术进步，劳动与资本比例中，劳动的比重越来越大），或者中性的技术进步（即资本与劳动的比例不变）参与全球化竞争。发挥劳动力比较优势应做好：一是提高加工业劳动者的技能，改革和调整教育结构，大量培养技术工人，培训在岗的农民工，使劳动者的整体素质大为改善；二是对于劳动密集型技术进行进一步的自主创新；三是高度重视品牌战略；四是在自主品牌的基础上，主动自主开拓国外市场；五要建立和谐的企业文化，以人为本，增强员工归属感，形成团队，充分发挥劳动力比较优势。
（五）自主创新与参与全球化的关系
通过尊重知识、尊重人才、尊重创新，形成科技自主创新意识与能力，提高研究开发和科技的创新水平，开发出具有自主知识产权的产品、技术、技术标准，以自主创新产品主动参与国际竞争。
（六）科技创新与学习、人才的关系
科技自主创新的基础是人才，人才必须通过学习。企业必须重视人才与学习，建立科技研发中心、博士后流动站等，以学习求开发、以人才求自主知识产权，形成学习型企业，进而推动建立学习型社会，让全社会都形成学习与自主科技创新氛围。不仅要重视发挥大专院校、科研院所创造新的科学技术和创造新的生产力的作用，还要重视创造、吸引学有成就的创新型留学人才回国创业，吸引国外科研院所和跨国公司到中国设立研发中心。
（七）科技创新中政府与市场的关系
为了加快我国科技自主创新的步伐，政府应出台科技自主创新的法律法规，建立科技自主创新战略，规定国家对基础科学、基础研究、基础技术的投入占GDP的比重，以保证对科技自主创新的投入，并制定有关科技自主创新的财政、税收、人才、产业等政策，形成科技自主创新的激励机制，等等。要形成激励企业、中介组织和市场将各种专利技术转换为现实生产力的机制，国家要在税收优惠、贷款贴息等方面给企业科技的创新项目以大力支持；鼓励各类风险投资基金、科技担保公司、国家科技创新风险基金等的成立、发育和发展，形成全社会的科技自主创新投入体系；完善科技市场使之成为有效激励科技创新的平台。企业是自主创新的主体，要形成促进科技创新的机制和体系，使企业真正成为科技自主创新的主体。
同时，要建立科技自主创新的战略，制定政策及其论证、实施、监督的制衡机制，保证科技自主创新的健康发展。对国家科技的创新战略和政策，对其可行性、战略性、超前性、风险性等要通过专家论证、评价；国家的科技预算及执行，要由人大进行审批和监督实施，并接受舆论界、公民的质询和监督等。