两岸关系的基本政策
2005年7月26日，香港《亚洲周刊》刊出对新任国民党主席马英九的专访。马英九表示，在两岸问题上将认同连战的做法，并将自己“不沾锅”的特点不沾到底。在谈到两岸问题时，马英九说，两岸目前最大的问题是关系停滞不前，大陆已经成为全世界最大的消费市场，可是台湾还是把大陆当做“可能会吃掉我们、可能会毁灭我们”的地方，然后把自己用重重的围墙包围起来。
在回答“未来两岸关系会和连战的做法有什么差异”时，马英九表示，应该是一样的，连主席跟胡锦涛总书记所达成的五项愿景，实际上几乎把我们长期的主张都涵盖进去了，在此之前，我们内部大致都有讨论，所以大方向是一致的，我们有时候甚至还感觉到连主席所达成的愿景超过了我们的想象。例如和平协议，因为“像这样的承诺其实就比撤除飞弹要更有实质的意义”；同样经济方面，大陆愿意跟我们谈共同市场。我觉得大陆愿意做这样的承诺很不容易，因为连先生是反对党的主席，他做的承诺不执行，他并没有什么责任，可是胡锦涛先生是中共的总书记、国家主席，他做的承诺是要兑现的。换句话说，连先生帮现在的“政府”做了一个球，就看看它要不要去打；如果它不打，等到我们执政，我们还是要去打的。机会之窗是打开了，就看你要不要去用。
对于被称为“不沾锅”，马英九说，“我做人也很有原则，我4月3日就宣布，确实有些‘锅’是‘不沾’的，黑金我不沾、酒色我不沾、‘台独’我不沾；哪些锅我是沾的？改革我沾，团结我沾，‘爱国’我沾。”
谈到当选后如何面对未来，马英九指出，“国民党过去被人家认为有黑金色彩，以致于2000年败选。连主席上任所提出的‘排黑条款’（有黑金色彩者不予提名）我会继续推动，会推广到其它领域，譬如选举我们就不用传统的请客、吃饭，不要变成主要的方式，也不要送礼，民智已开，这次选举你可以看得很清楚。从这些地方都可以慢慢了解到时代在变、环境在变、潮流也在变，我们今天不变，明天就后悔。”
随着国民党在此次台湾地区“县市长选举”大胜，马英九的政治能量也大涨，美国对这位国民党新领导人表达“高度兴趣”。据透露，选前美国方面透过国亲两党“驻美代表”袁健生力邀马英九于“县市长”选后“访”美。美国希望马英九2006年初访美。
当马英九2005年7月中旬旋风式赢得国民党主席选举后，美国也看好马在2008年的未来性。相关人士不讳言，民进党这次“三合一”选举败选后，马英九在美国方面的评估中，份量更形重要，已用未来可能的台湾领导人来看待马，并透过袁健生向国民党表达高度欢迎马英九访华府。但由于不喜美方积极游说军购态度，马英九私下也对幕僚提及。美国希望邀请他访问华府，恐怕“醉翁之意不在酒”，还是希望能游说军购案成功，因此马对美国行的兴趣始终不大，远不如美方的殷殷盛情。
马英九对军购是不赞成的。2005年12月26日，马英九接受美国之音专访时，就台、美、中关系表示，美国对两岸的政策，从二十世纪七十年代“上海公报”以来，一直延续至今，变动不是很大。美国扮演平衡的角色，而台湾最好的角色就是维持现状。马英九说：“因为它必须要采取一个中国的政策，中共才会跟它打交道，不然的话，中共不会跟它和解。但是，它这一个·中国的政策又不能伤害到台湾的利益，因为毕竟台湾是一个比较自由、比较民主的社会。所以它一定要采取一个兼顾两面的政策。当台湾在独立的问题上太强烈的话，美国就会希望台湾收敛。同样的，美国如果觉得中共方面在动武的意图上表现太积极的话，也会给它警告。美国扮演的是一个balancing（平衡）的角色”。
美国这一政策符合美国在东亚地区的总体战略考虑。而美国在东亚地区的战略重心，是围绕着如何同时保持与中国和日本两个国家的友好关系。与此同时，中国大陆近年来的变化，也深深影响美中关系的演变，进而影响到美台以及两岸关系未来的发展。
中国的经济发展对美国来讲有非常重要的意义，而全世界都不可避免要跟那十几亿人做生意，但是在政治上，中国大陆还没有办法跟美国相比，军事上也没有办法相比。美国不可能忽略中国大陆未来的发展，而中国大陆对美国的态度，也不是那么推心置腹，因为它总觉得美国想要当世界的霸主。所以，一方面中国自己表示是和平崛起，也不会有任何霸权的想法；另一方面，又担心美国对它有某种程度的防堵。但是，大家都至少在表面上展现出一定的自制，因为美国和中共维持一个和平的关系，对东亚的安定非常重要。
马英九认为，当中国大陆经济力量越来越庞大的时候，它的军事力量也越来越强盛，对美国当然会造成一定程度的威胁。可是，没有人能够想象，如果这两个国家陷入战争，对这个世界会造成什么样的后果。而台湾是美国和中国最有可能发生战争危机的起因，因此，“台湾在台海局势中扮演着至关重要的角色”；“我们现在认为最好的角色就是维持现状，既不要追求立即的统一，也不要追求永久的分离。在这样的一个情势下，对台湾最有利，也符合各方的利益。”
马英九就两岸关系等问题发表看法时，再次重申了他的态度，他认为，台湾如果要在两岸关系上取得主动权，需要采取恢复两岸协商、签署和平协定、扩大经贸往来等三个步骤。马英九重提“不独不武”：“很多人都主张过的，主要就是维持现状；大陆不武，台湾不‘独’，台湾不搞法理‘台独’，大陆不进行军事进攻。”要维持这样的情势，势必要有一种协定。他不排除今后两年两岸签署中程（过渡性）和平协定的可能性，但指出这恐怕需要一段时间。而目前首先要做的是开放三通，让两岸关系从经济到政治，稳步发展。
马英九也表示，应该有更多的大陆民众来台湾，了解台湾政治的民主、经济的繁荣，然后才能够建立一种友谊。他说，“台湾的安全不能光靠武器，应该透过政治的手段，透过文化的手段，透过艺术的手段，来化解双方的敌意，我觉得这才是最高的境界。”
2005年9月5日，马英九在接受外电采访时表示，他将尽“一切的努力”结束两岸56年来的分裂状态。他正面评价中共中央总书记胡锦涛为改善两岸关系采取的实际行动。例如：废除台湾水果输往大陆的关税和调降台湾学生就读大陆大学的学费。马英九说，上述的政策正逐步拆除两岸间的藩篱。这是马英九接任拥有110年历史的中国国民党主席以来首次接受外电媒体访问，这位被美联社称为“深具魅力”的“市长”表示，他要证明他有能力把1949年分裂的台湾和大陆“带向和解的道路”。
马英九称两岸关系终极目标是统一。12月21日，身兼国民党主席的台北“市长”马英九，在接受美国《新闻周刊》国际版专访时回应有关两岸统一时间表的问题，他表示，国民党终极的目标是统一，但目前时机尚未成熟。
马英九说，民进党受限于他们的意识形态，必须与大陆保持距离，导致怯懦、保守。如果国民党能重新执政，会在两年内开放与大陆直航。这一点对于台湾的经济相当关键。对台湾而言，最重要的就是要增进贸易和投资以及纾缓两岸关系。有关统一时间表的问题，马英九强调，对国民党而言，终极的目标是统一，但是没有时间表；目前我们也不认为任何一方已准备好要统一，时机尚未成熟。对于是否有“台湾和中国两个各自独立的国家并存”的可能，马英九坚定地认为，这非常不可能。
力主两岸实现“三通。”
“三通”是海峡两岸间通邮、通航、通商的简称。早日实现直接、双向、全面“三通”，符合两岸同胞的切身利益和根本利益。1949年以后的30多年间，由于台湾海峡两岸处于军事对峙状态，两岸人员往来和通邮、通航、通商全部中断，两岸同胞处于隔绝状态。1979年元旦，全国人大常委会发表《告台湾同胞书》，为有利于两岸同胞互通讯息，探亲访友，旅游参观，发展经济、文化等各方面的关系，首倡两岸“双方尽快实现通邮，通航”，“发展贸易，互通有无，进行经济交流”。从此，祖国大陆方面为实现两岸通邮、通航、通商（“三通”）进行了不懈努力。
1987年11月，台湾当局决定开放台湾同胞赴大陆探亲，受到大陆方面的欢迎，长达38年之久的两岸同胞隔绝状态终于被打破。此后，两岸人员往来和经济、文化等领域交流的开展，推动了“三通”进程。两岸“三通”从无到有，在邮政、电信、航运、贸易、投资、金融等方面都取得了不同程度的进展。两岸直接“三通”的技术性、业务性问题均已解决。但由于台湾当局的限制和阻挠，两岸“三通”仍然处于间接、单向、局部的状态。
十几年来，两岸关系历经坎坷、曲折，但是人员往来和经济、文化等领域的交流始终保持发展的势头，推动两岸“三通”进程展现新的前景。这充分说明两岸同胞同宗同文，有着不能割舍的民族感情，有着愈益深厚的共同利益。两岸人员往来和经济、文化等领域的交流创造的丰硕成果，使得实现直接、双向、全面“三通”具有厚实的基础和内在的动力。台湾各界要求尽快实现“三通”的呼声持续高涨。这其中，马英九为实现两岸“三通”作了不懈的努力，但却遭到了台湾当局的极力压制。
2001年12月11日，美国“百人会”访问团拜会马英九，就两岸关系与台湾政治发展交换意见。马英九说，他很希望能赶快到祖国大陆访问招商，但在当局核准前，台北市只能在非政治议题上继续与大陆城市发展友谊，而上海也初步决定将以观察员身份参加明年在台北市举行的台北香港双城论坛。
“百人会”是由美籍华裔知名建筑师贝聿铭、大提琴家马友友、前加州柏克莱大学校长田长霖等人1990年在纽约创立，是一无党派、非政治性的全国组织，希望能在美国与亚洲的人民、文化、机构间发挥桥梁作用。这次来台访问团是由百人会副会长傅履仁将军率队，同行的二十多位成员中，还包括著名的纽约爱滋病研究中心主任何大一博士。
访问团团员对于台湾这次“立委”选举结果及政党关系很关心，马英九解释说，国民党“立委”席次滑落很多，未来必须深化改革，并与理念相同、有诚意合作的政党建立联盟，好好扮演对人民、对“国家”、对“宪法”效忠的忠诚反对党。针对百人会最关心的两岸关系，马英九说，两岸关系已经很脆弱，双方应该善加响应对方释出的善意。
在被问及有无访问大陆计划时，马英九笑着说，高雄“市长”谢长廷去年七月申请赴大陆至今未获准，“中央政府”还没有开放政务官赴大陆访问，但大陆城市官员却络绎不绝、有计划地来台招商，看得马英九很紧张，他也希望能有机会去大陆招商，但一切仍要等“中央”同意。
至于台北市与大陆交流的计划，马英九说，台北市乐意扮演火车头角色，在城市合作与竞争上扮演一定角色。如果台湾的城市都能找一个对口的大陆城市交流，就像台北市与上海市一样，交换彼此在环保、治安、交通、都市更新等非政治问题上的心得，慢慢建立关系，相信会有助于两岸关系发展。
2004年6月2日，马英九在呼应美国商会催促两岸“三通”谈话时称，美国商会已经连续第四年发出台湾应该尽速“三通”不然台湾将被边缘化的谈话，但在过去4年台湾当局没有响应，展望未来四年也不乐观；马英九批评称，两岸不通，已使美国商会在台会员逐渐流失，并且这样的发展，受害的不仅是外商，还有台湾。马英九说美国商会的这次谈话非常沉痛，不知道台当局听不听得进去。马英九并强调说，两岸直航是“根留台湾布局全球”的最大利基；他说，过去三年多次呼吁两岸直航但都很容易被扣上“红帽子”，现在美国商会的谈话很客观。此外，马英九还提议以台北松山机场和上海的虹桥机场作为两岸直航机场，这比桃园机场经港澳到上海浦东机场来回可节省4小时。
9月8日，马英九出席“台湾论坛”，以“台北市投资环境”为题发表演讲。马英九说，台北市虽具有地理位置、人才资源、基础建设等多项优势，但台湾在区域经济体中逐渐被边缘化、当局未开放“三通”是未来发展的隐忧。他强调，主张“三通”无关“统独”问题或政治考虑，完全是为了吸引国际大厂，台湾应该在维持尊严及两岸对等关系之下开放“三通”，才能达到“深耕台湾、布局全球”的目标。
为了全面提升台北市的投资环境，马英九强调，“市府”除了积极将台北市打造成为无线宽频的网络新都外，也致力推动电子化政府，包括教室计算机、提供免费电子信箱、免费上网训练等措施。目前台北市91万户家庭中，88%拥有计算机、84%使用网际网络、宽频网络接取率64%，台北市更预计两年半后让全市成为全球第一个无线城市。
台北市拥有丰沛的人力资源，包括大学院校二十七所、MBA人数亚洲第一、生物科技产业发达、相关研究机构都设在台北等，台北市拥有的条件可谓“天生丽质难自弃”。尽管具有多项优势条件，马英九同时也点出台北市投资环境面临的困境。首先，他说，全球都在进行区域经济整合，但台湾在区域经济中的地位，已有被逐渐边缘化与疏离的趋势，尤其东协和大陆、日本和韩国未来陆续签订“自由贸易区协议”，一旦台湾被边缘化，后果很严重，一方面台岛的货物进入大陆，会有比较高的关税，另方面可能迫使台商出走大陆，对台湾非常不利，他对台湾未来在经济上可能被边缘化的危机感到十分忧心。
“三通”迟未开放对产业发展相当不利，马英九说，主张“三通”不是爱大陆、反台湾，也无关“统独”问题或政治考虑，完全是为了吸引国际大厂。
台湾要成为亚太营运中心，就不能不“三通”，只有“三通”才能节省企业成本，才能达到“深耕台湾、布局全球”的目标。他也重申开放松山机场成为两岸直航机场的必要性。他期待通过当局与民间的努力，让台北及台湾更茁壮。
11月4日，美国密西根大学政治系教授李侃如访问台湾，在会见马英九时，李侃如对未来两岸的关系说担忧，马英九也说，“促谈”是两岸须努力的目标。会面后，马英九转述两人会面的内容时称，李侃如说，从去年12月美国总统布什在白宫接见中国总理温家宝，以及美国国务卿鲍威尔上周在北京发表的谈话，都可看出美国对台湾态度的转变。提及两岸问题，马英九说，李侃如相当关心未来两岸关系是否会持续停滞或恶化，因此他说“促谈”是双方必须努力的目标。无论如何，两岸都应努力促谈，“即使是谈小事，也好”。他说，李侃如相当赞同这个观点，并担心两岸一旦“擦枪走火”，将处于无法收拾善后的情势。
2005年6月15日，马英九在一个公开活动中致辞时说，希望两岸能够尽陕开放直航，这将鼓励外商来台北成立亚太营运中心，对台湾经济发展有正面助益。两岸如果开放直航，台北和上海可当天往返，节省商界时间；更重要的是，一旦“三通”，将有利跨国公司来台成立营运中心，制造业、出版、娱乐等都能以台北市为据点，为台湾带来商机。
8月8日，马英九在与媒体茶叙时，谈到谢长廷表态同意开放台湾飞机飞越大陆空域时，说这条政策明显是“水果逼出来的”。在当前民意压力下，台湾当局的两岸政策不得不松动。马英九说，这并非坏事，“下次蓝军跟大陆谈更进一步的，绿军再跟进，把‘三通’带出来，我觉得这是好事情。”马英九指出，台湾第二季外贸出超只有4亿美元，若绿色执政把台湾带人逆差时代，在历史上的评价就非常严重。他反问，若因经济被边缘化，台湾无法成为亚太营运中心，当地市场又这么小，外商何必留在台湾？
9月9日，马英九在接受《洛杉矶时报》专访时指出，大陆对台政策展现出了“软的更软，硬的更硬”的务实作风，而他则会尽一切努力，使两岸走向和解的道路，使两岸人民享有永久的和平。马英九解释道，软的方面，指取消台湾水果输往大陆的关税、降低台湾学生在大陆就读学费、开放大陆民众来台观光等，使两岸经贸往来更加紧密；硬的方面指大陆在原则方面，更坚决地反对“台独”。马英九强调，连战的“和平之旅”证明，只要搁置争议，两岸有很大空间创造双赢的局面。他还说，胡锦涛总书记在抗战胜利60周年纪念活动讲话时，肯定国民党在对日抗战中的表现说明，两岸关系的改善“可见一斑”。他说胡锦涛的讲话“令人印象深刻”，他会尽一切努力，使两岸人民永享和平。
10月20日，马英九在台湾工商协进会“公亮纪念讲座”发表演讲时，再度呼吁尽快实现两岸“三通”。马英九说，很多年前他就说台湾可以成为台商的全球营运中心，以及外商的亚洲营运中心。现在，台湾仍有优势，但想要走IT设计等研发路线，当前人才却显不足，所以台湾应该与全球包括大陆相通，人才要通、交通也要通，台湾才能与世界竞争。
他说，美国、欧洲在台商会的会员一直在减少当中，因为这些商会说，如果两岸不“三通”，没有良好的竞争力，台湾对外商来说将只是本地市场，而非区域中心。马英九强调，他说的这些，是考虑到什么对台湾最有利，以及以台湾为主的出发点，完全没有任何政治考量。希望当局能为加强台湾的竞争力而努力。
改善两岸关系的新构想
不久，马英九在国民党中央党部接受了香港有线电视专访。在专访中，马英九强调，目前唯一能够将台湾低迷的经济拉出谷底的，就是全面跟大陆做生意。他说，中共在两岸问题上比以往富有弹性，尽管两岸价值观有不同之处，但更应因此加强沟通。
马英九回答记者提出的问题时说，从感觉上讲，胡锦涛总书记的做法更务实。“像他跟连（战）主席达成了5项共同愿景，我刚从报上看到时都吓一跳，那些承诺是蛮大的。因为共产党在大陆是执政的，国民党在台湾是在野的。国民党承诺的东西，其实并没有真的算数，但是共产党讲了的是要兑现的，那是不容易的。”
马英九说，事实上大陆这几年也在改变，比如说现在基层也开始有选举，开始重视法治。事实上通过往来，反而会使得双方更了解，降低两岸敌意。统一是一个更高层次的问题，要到了双方交往到一定程度之后，这个问题才会出现。现在大陆关心的是台湾不要搞“独立”，并没有催促台湾去统一。
至于两岸何时才能实现三通，马英九说，在陈水扁任内很难实现，因为民进党当局只是在这里拖，台湾的商机、生机也因此越来越糟糕。例如，去年在台湾的股票市场新上市的公司有38家，今年只有8家，其它的公司，都跑到了香港去上市。原因就是他们对台湾的股市兴趣越来越低。马英九忧心地说，台湾的对外贸易也开始在萎缩，竞争力受到影响。可是民进党执政者似乎不以为意，只是一味地觉得，跟大陆方面不能有太多的往来，否则就被吃掉，或者会变成一个黑洞被吸进去。其实这些想法似是而非，并不能够解决台湾的问题，只会让台湾越来越萎缩。
他说，台湾的资金、技术，大陆实际上都有了，台湾现在应该利用靠近大陆这个非常有利的地理位置。反观民进党的政策，却使得台湾变成东亚的边陲，把自己好象搬到关岛的位置一样。如果台北直飞上海的话，只要80分钟，实际上现在去一趟上海，要六七个小时。但他信心十足地指出，希望打造一个正派清廉、改革、有竞争力的政党。放下国民党统治年代的包袱，承认过去的错误。只要国民党在2008年重新执政，两年内一定“三通”。“我们实在想不出来，有什么不做的理由。”
马英九说，利用大陆的市场、土地、相对廉价的劳工，能够让台湾的企业发展。如果“三通”实现的话，台湾就可以变成台商的全球营运的中心，然后又可以变成外商的亚太营运中心，也可以变成一个全球集资中心。他说，台湾去年有360万人次到大陆，现在住在大陆的台湾人就可能接近100万，这样大的量已经发生了。“有人担心台湾人去大陆的速度变快会不会有更多人去？其实如果大陆对台湾有吸引力的话，就算把台湾摆到美国去他还是会去呀。我们倒是希望能够利用比较近的距离，把台湾壮大。”
他还说，如果将来国民党执政之后，一定会开放两岸学生的交流，让学生在比较年轻的阶段，就可以去了解同样是中国人，为什么想法会有不同。
“我说句良心话，其实想法并没有那么不同，人对很多价值的看法，应该都是一致的。”
2005年年底，国民党在台湾地区“三合一”选举中大胜，对于陈水扁选前曾说的“泛蓝胜选，可能紧缩两岸政策”，马英九说，他至今还搞不懂陈“总统”的逻辑，大家也都搞不懂，“所以没有太多人注意”。他还说，两岸“三通”不但有迫切性、还有必要性，为了台湾的未来，扁当局应该逐渐放宽两岸政策。马英九说，民众不必在意陈水扁在选举时说过什么话，因为他以前也曾在两次“总统”大选时强调在其任内绝对不会调军公教18%，可结果呢？“陈‘总统’恐怕连自己讲过的话，都不会太介意！”
至于台湾未来该走哪一条路，马英九说，未来政府不管实行什么政策，第一要以台湾为主，第二是要对台湾有利；就像现在的两岸政策摇摆不定，并无助于台湾。他说，陈水扁的两岸政策在第一次经发会时就已确定为“积极开放，有效管理”，结果陈水扁并未遵守，所以，根本没必要再开第二次经发会。
台湾是东亚地理中心，地位非常有利，旁边就是全世界最大的消费市场与世界工厂，有这样的优势应该好好运用。从台湾到大陆，坐飞机只需三小时，可是因为扁政府不开放，导致飞机去一趟要花八小时，“就好像把台北搬到雅加达去一样”。不符效益。
马英九呼吁，为了台湾的未来，扁政府应该逐渐放宽两岸政策，“三通”不但有迫切性、还有必要性，“去大陆还是可以爱台湾，这不冲突！”他说，台湾必须抢占大陆市场与资源，如果政策早日开放，台积电可能已经变成横跨丽岸的半导体霸权。很多厂商都告诉他，光靠台湾不可能成为一方之霸，必须到大陆投资、扩大规模。扁政府太强调意识形态，画地自限，这样会害死台湾。“我们都爱台湾，但光爱台湾不会有真正的发展，必须采取对台湾有利的政策才行！”
对于“内阁”改组如何符合台湾民众期待的问题，马英九12月15日指出，目前民进党的改革，最重要的关键不在人而在于政策问题，因为政策错了，找谁来也无法解决问题，只要政策对了，再找能力好的人来执行，才能挽救台湾的经济，让民进党有所为，否则只是单纯的人事变动，未来还是会有很多问题。
马英九说，民进党政策最大的错误，在于没有认识到，经济和两岸问题才是目前台湾遭遇到的最大困难，如果未来两年半这方面没有突破，台湾的经济只会愈来愈往下滑，高雄就是一个例子，因为两岸直航没有开放，使得高雄港不能成为揽来大陆货运的转运港，这不是唱衰，是因为没有竞争优势，所以没有开放两岸直航让台湾货轮到大陆揽货，高雄港处境只会越来越困难，因此，民进党改革不是靠人可以改变的。
12月17日，马英九在接受电台主持人访问时，直批台当局“不开放三通是不明智政策”，并预测，未来几年台湾不可能有很大的发展。马英九举例说，台北飞到上海本来只要一小时，可现在到上海却要六七个小时。他批评当局不开放三通的做法，是自我设限，等于把台北到上海的距离拉得很远，比印度尼西亚首都雅加达到上海的距离还要远，非常不智。马英九说，如果民众到上海能够像到高雄一样近的话，根本不用把家搬到上海去；并且，现在很多产业困在台湾，外商又进不来，形势不利。继而他话锋一转，“一切等政党轮替，再说吧！”针对陈水扁2006年的元旦谈话文告提到两岸的经贸“政策”，将会是“积极管理、有效开放”，对于这样的思维，马英九4号说，他很担心台湾能否承受得起未来两年的空转？执政党等于是退回到自己的堡垒。国民党“立委”朱凤芝则批评，陈水扁从自闭症转为恐惧症：所谓的“积极管理、有效开放”，说穿了只是在玩文字游戏，因为开放的市场怎么管得住？且看股市一片下跌惨绿，代表两岸关系已经出了问题，在民意普遍希望两岸和谈、朝野和解、优先拼经济的时刻，当局不应倒行逆施、逃避现实。
2006年1月5日，马英九提出改善两岸关系新构想，要“修法”迫使当局直航。马英九在接受了台湾《联合报》的专访时说，国民党将利用泛蓝在“国会”的多数优势，主动“立法”，主导政策。最晚在“立法院”下会期前，主导“两岸条例”修正，取消直航限制；若“修法”后扁政府仍拒不开放直航，将发动“直航公投”，迫使当局正视民意，订定直航政策。马英九说，这是他就任国民党主席以来，对改善两岸经贸关系新抛出的具体构想。
马英九说，国民党在县市长选举前就提出了“十全大补帖”，清楚说明“立院”党团将在本会期推动的“十大优先法案”，其中包括“台湾地区与大陆地区人民关系条例”的“修法”，取消条例中“禁止两岸直航、禁止两岸团体签署协议”等条文。目前，国民党已经在推动此项“修法”工作，不但有具体计划，也列为优先“法案”，就算这会期不能完成，下个会期也会继续。他坦承，目前面临的问题不纯粹是“法律”问题，但若“法律”问题仍阻挡在前，当然必须先排除。
从民意调查已经看得很清楚，台湾民间多数赞成两岸直航，企业界更有七成以上赞成。但对于“修法”，马英九评估并不容易完成，国民党会努力与执政党协商，就算执政党冻结“修法”过程，四个月后也会付诸表决。
马英九还拜会了国民党荣誉主席连战，就当前政治情势向其请益。马英九与连战会谈的焦点在军购与两岸关系方面。马英九说明，国民党支持合理军购，反对不合理军购，在政府财力许可下，不反对军购预算占GDP的百分之三等。连战赞成这种作法。对于陈水扁元旦谈话中有关“新宪公投”的主张，连马都说该主张对台湾非常不利，不太可能成功。连战提醒马英九，在陈水扁元旦讲话后更要谨慎处理两岸关系，慎防元旦讲话可能带来的冲击。
1月13日，马英九参加“台北新蓝海——经济管理新思维”的座谈，与远东集团董事长徐旭东对谈。徐旭东以企业的角度，向马英九表达台湾没有开放两岸直航，会减少企业竞争力。徐旭东说，许多企业对台北市的医疗、教育等政策都相当肯定，但是不来台北投资的原因就是当局没有开放两岸直航。徐旭东说，目前台北市有91家企业总部进驻，未来应该要有900家，台北市的政策必须领先在前，才能和全东南亚竞争。
针对企业的心声，马英九再度重申两岸直航的必要，说甚至可以从松山机场做起。马英九还说，现在国际大趋势是国际城市必须要有城内机场；他想推动松山机场直航大陆，例如两个小时航程以内的就可以使用松山机场，这样将会对经济发展有相当大的帮助。
2005年9月8日，陈水扁以“不点名”方式，批评马英九日前提出的“国民党2008年执政，两年内一定可以三通”说法。陈水扁说这是非常不对，非常危险的事。对此，马英九回应说，“三通他（陈水扁）做不到，如果别人能做到，这有什么不对呢？”
随着两岸交流的日益频繁，“三通”议题也显得更加急切。马英九指出，“三通”原本就是陈水扁要追求的政策，这也是当年经发会的共识，只是陈水扁多次说要在任内推动“三通”，甚至说几年内就可以“三通”，但是都没做到。如果有人以台湾为主、对台湾有利的方式来推动“三通”，对台湾有好处，又有什么不对呢？三通危险与否，其实是设计的问题，他反问“跟大陆做生意危不危险呢”？
9月15日，马英九说，希望民进党新当选的党主席能用更宽宏的视野、务实的态度，面对两岸事务。他说，不管谁当选民进党新任主席，他都希望其以宽广的视野、务实的态度，面对未来的挑战，特别是在两岸关系上，应该要把台湾带出去，而不是萎缩下去。
此外，马英九还说，要避免朝野恶斗，必须先找些共同关切的议题，这些议题并非一定是政治议题，只要能促进政党良陛互动，或是讨论如何让政党更廉洁，如何避免选举贿选，他都愿意与民进党新任党主席好好讨论、交换意见。对于游锡堃当选民进党主席，马英九说，希望游锡垫可以和国民党一起催生“政党法”，也请民进党一起为防贪防腐尽力。
反对日本占领钓鱼岛、参拜靖国神社
马英九多次在各种公开场合谴责日本侵略中国的罪行和日本领导人参拜靖国神社，声讨日本占领钓鱼岛，与李登辉、陈水扁对待日本的暧昧态度截然不同，赢得了绝大多数台湾和海外华人的赞赏和支持。
2001年8月19日，马英九以酒会欢迎来访的日本国会议员时，就日本首相小泉参拜靖国神社事与日本右翼议员展开舌战。日本右翼参议员田村秀昭说，日本与中国在1988年缔结友好条约时，开宗明义即说两国互不干涉内政，中国抗议日相参拜靖国神社即是干预内政，日本在战后的外交过分软弱，面对中国太过委屈求全。他辩称，外界对靖国神社存有误解，“靖国神社不是军国主义的庙”，而是供奉为国牺牲的人。至于其中包括14名二次大战甲级战犯，他说这是日本战败后国际法庭定的罪。不管是甲级战犯还是普通战犯，都是为了国家。
马英九说，上周他在日本访问时，媒体最关心的是小泉首相要不要参拜靖国神社。他在日本英文报“日本时报”社论上看到两个观点，使他对这个问题有了更深入的了解。第一个观点是，1944年的夏天，日本参谋本部已知道不可能赢得战争，但仍继续准备战争，以致日本军民受到很大的伤害，包括后来广岛和长崎被投掷原子弹。从这个观点看来，日本也是军国主义的受害者。他说，亚洲有些国家对小泉参拜靖国神社一事反应激烈，你们说是干预内政，但日本时报社论说，这些反应较激烈的国家如果是受害国，那就不算干涉内政。
研究钓鱼岛问题超过30年的马英九，2002年9月29日，在接受台湾电台节目专访时指出，日本从未合法取得过钓鱼岛，不论从历史、地理、地质或国际法来看，钓鱼岛都是中国的领土。马英九指出，日本不可能永远占领钓鱼岛。他希望岛内年轻学子关心钓鱼岛被侵占问题。
针对李登辉日前大放厥词，说“钓鱼台列岛是日本领土”，引发岛内外华人社会的同声挞伐。马英九说，他不太了解李登辉为何会说钓鱼岛是“日本领土”，而历史事实却很清楚，“钓鱼岛跟台湾是一体的”。他说，地质上钓鱼岛是台湾大屯山的延伸，明清两朝都将钓鱼岛纳人海防范围。钓鱼岛目前由日本实际控制，但不代表钓鱼岛主权归属日本，日本从未合法取得归属权。现代年轻学子不太了解钓鱼岛事件，他很希望对钓鱼台的关心可以继续传承下去。
2003年9月27日，马英九参加由东吴大学、“中国国际法学会”、“中华比较法学会”共同主办的“第二届钓鱼台列屿问题学术研讨会——历史发展与法律地位”中，又以“钓鱼台列屿争议的回顾与前瞻”为题发表演说。在演讲中马英九强调，钓鱼台列屿并非如日本所称的“无主之地”，从历史史迹上来看，中国不仅经常使用而且也将之纳入了海防，有许多“斑斑可考”的证据。不论从历史、地理、使用及法律的角度检讨，钓鱼台列屿都是台湾固有领土，日本虽趁1895年甲午战争割台、清廷无力因应之时，一举窃占，但战后日本与中国订定中日和约，钓鱼台自应与台湾一并归还，且依据明代奉使日本郑舜功所著的《日本一鉴》，钓鱼台自明代即被视为台湾的附属岛屿，与台湾有极密切的关系。
他说，钓鱼台列屿主权归属争端的解决之道，应以“谈判交涉”为长期、且较可行的方法，但谈判不能只限于渔权，也应谈及主权；同时，争取钓鱼台列屿主权也有待历史条件成熟，但应该设法让此一问题继续维持在争议状态，以利未来时机成熟时解决，而且无论台湾民众的“统独”立场与意识形态如何，都应该对钓鱼台的主权、渔权、矿权力争到底。
2005年10月23日，马英九参加一场电视节目录影时，面对渔民代表提问，马英九再次指出，钓鱼岛本来就是中国的，面对日本进行渔业谈判时，台湾当局对钓鱼岛主权的态度必须坚定，这样渔权才会有希望。日本以钓鱼岛为基地，将经济海域划设出去，几乎把台湾所有岛屿都纳入；台湾渔民到钓鱼岛附近捕鱼，常受日本干扰。因此，渔权与主权无法分开。
对于日本首相小泉纯一郎再度参拜靖国神社，挑战日本的和平宪法与司法判决，马英九说，台湾应正式向日本表达严正抗议。日本军阀当年发动侵华战争，同胞死伤数千万，财产损失不计其数。这些伤害同胞的日本军人，尤其是各级战犯也入祀靖国神社。亚洲许多其它国家曾在二次世界大战中，受到日本同样的伤害，当小泉纯一郎再度参拜靖国神社，中国大陆及韩国都向日本表达严正的抗议，台湾也应该向日本抗议，才对得起死伤的同胞。
2004年7月7日，纪念“七·七抗战”六十七周年，台北市举办了“台籍志士抗日回顾展”，这场回顾展由台北市文献委员会举办，选在日军受降所在地中山堂，共展出八、九十幅珍贵历史照片，回顾日据时代岛内和抗战时期大陆地区的台籍志士抗日运动，时间轴线自公元1895年马关条约签订后，历1937年7月7日日军大举侵华，至1945年台湾光复，共分为“反侵略之武力反抗期”、“争民权之民族运动期”及“祖国抗战、台湾光复”三个单元。
马英九参加了开幕式，并一一参观展出照片。马英九出席开幕典礼时表示，现在纪念“七·七抗战”的人愈来愈少，但台北市政府不会忘记这个伟大的日子。“错误可以原谅，但历史不能忘记”，希望大家能在尘封多年的照片中，重新回顾当年台籍志士奋勇抗日的可贵一页，记取历史教训。
2005年10月25日，马英九在台湾《中国时报》发表“纪念台湾光复一甲子——重温先贤典范，再造台湾精神”的专文，马英九在这篇纪念台湾光复的文章中回顾了甲午战争后清政府割让台湾的历史，并说，为了纪念台湾光复60周年，从九月起，在国民党中央党部左右外墙上挂上台湾抗日先贤的巨像，并将以连续更替的方式延续下去，他们是蒋渭水、李友邦、罗福星、莫那鲁道、林献堂、连雅堂、赖和、张我军、杨逵…等等前辈。他们代表了日据时代台湾精神的开创者，在光复节的这一天，我们有必要重温典范，再造时代精神。
他在接受采访时指出，国民党执政时代，对于罗福星、蒋渭水这些台湾先贤先烈，有些给予褒扬、有些颁发旌忠状、有些还为他们建造纪念馆，不过时间久了，大家渐渐遗忘，这次趁着台湾光复六十周年、甲午战争一百一十周年的机会，让大家重温这些历史。他强调，当年台湾这些抗日志士也是领导国民革命的先贤先烈，换句话说，他们与大陆的革命先烈同期呼吸、同起脚步，彼此没有差别，因此他特别用这样的论述方式呈现。马英九说，有些参加抗日运动的人，在“二·二八事件”或白色恐怖期间遭受不公平或不当待遇，国民党在适当场合也曾公开道歉，希望一方面还原历史真相，一方面达成双方和解，更能彰显国民党与台湾非常密切的关系。
马英九在文章中说，台湾被迫与大陆分离，实际上两者的生命之旅从未切割，两岸志士仁人始终相互支持，并肩作战。日本据台的第二年，兴中会即在台湾成立分会，台湾前辈不仅反抗日本统治，同时直接参与国民革命，在打倒帝国主义和殖民主义的目标上，台湾和大陆并不存在界线。台湾光复在台湾历史上是非常重要的日子，但台湾的执政党却什么都不纪念，“好象想忘掉一样”，是不对的；历史总是历史，不能忘记，一旦忘记历史，就会做出许多“荒腔走板”的表现。
2005年10月28日，马英九冒雨参加台湾光复六十周年系列之一的“水祭钓鱼台”活动。这天，霏霏细雨中，暌违已久的《台湾光复歌》再次响起。在马英九的带领下，台北各界于中山堂广场光复纪念碑前隆重纪念台湾光复60周年。
马英九在致词中回顾了甲午战争之后清政府割让台湾以及钓鱼岛的历史。他指出，历史证明，钓鱼岛历来属于中国领土，当年钓鱼岛与台湾一起被日本占据。台湾光复，钓鱼岛自然应该回归中国，绝不能对日本退让。
马英九说，台北六年多来持续关心慰安妇、台籍日兵、七七事变、台湾义勇队以及非武装抗日运动等议题，目的一方面要重新肯定李友邦、蒋渭水等抗日先贤的伟大情操，一方面也在提醒民众莫忘台湾人被殖民的苦难岁月。台北市文化局长廖咸浩也说，只谈终战而不提台湾光复的颠倒价值观，对不起当年死于日本统治的65万台湾先民与抗日志士，今年特别要深刻省思“殖民现代性”神话，认清日本人现代化背后剥削、歧视台湾人的殖民本质。
渔民们为马英九献上有破洞的渔网，希望各界正视钓鱼岛主权，以补破网毅力保卫领土。随后，在农运诗人詹澈朗诵《岛殇》声中，马英九与当年保钓人士一道，舀起一瓢瓢钓鱼岛海域的太平洋海水倾入光复纪念碑前的水池。
2005年10月27日，为纪念台湾原住民发动的抵抗日本殖民统治的“雾社事件”75周年，马英九一大早就来到台湾中部南投雾社山区，向原住民抗日英雄莫那鲁道的纪念碑致意。这年适逢台湾光复60周年、“雾社事件”75周年，马英九谈起这段抗日战争史表情严肃。他身穿原住民服装，在向莫那鲁道的纪念碑致意时说，尊敬这位原住民领袖，因为莫那鲁道是代表原住民维护自己的尊严，抵抗歧视、不公平待遇的一位代表人物。
“雾社事件”发生于1930年10月27日，当时，南投雾社的300多名原住民不堪忍受日本殖民者的奴役和欺压，在原住民领袖莫那鲁道的带领下，发动起义，杀死了134名日本人，史称“雾社事件”。事件发生后，日本出动大量军队，对原住民进行武装镇压，将起义地区的百姓不分男女老幼一律屠杀。莫那鲁道自杀身亡，雾社族人将他的遗体运回后，建了纪念碑纪念莫那鲁道。
马英九在钓鱼岛等问题上的强硬立场，令日方非常不快。2006年7月10日至13日，马英九展开就任国民党主席后的首次日本之行，会晤了多位日本党政高层人物。在马英九抵达日本成田机场时，部分右翼分子就在机场外举行了抗议，要求“中国人马英九滚回去”。当晚日本侨界设宴欢迎马英九时，一群日本右翼分子在会场外高喊“我们不欢迎马英九访日”。7月11日，马英九在会见著名右翼分子、东京都知事石原慎太郎时表示，历史错误要承认，并公开敦促首相日本小泉纯一郎停止参拜靖国神社。这更引起了日本右翼力量的强烈反弹。11日下午，马英九在东京邀请报界名流茶叙。
席间，马英九谴责了中日甲午战争日本的侵略行径。会后，这些资深的日本记者竟然私下说：“在马英九吸引年轻人的脸蛋下，怎么有100年前的脑袋？”这说明日本舆论界对马英九的爱国立场积怨尤深。
在马英九行前，日方已经扬言要降低对马英九的会见规格，显示日本政界对于马英九是“疑胜于信”、“疑多于知”。尽管国民党强烈的“外交攻势”打破了可能的冷场，使马英九没因接待规格降低而大丢脸面，但日本官方及民间对其“不留情面”的直陈和抗议，从一个侧面反映出日本对马英九的不满。在这种情况下，马英九于7月13日提前返回台湾。他解释说是要回去亲自指挥抗击台风的救灾工作。但明眼人可以看出，这和日本对他的冷遇多少有些关系。
美国之行晤见佐利克
马英九在日本受到冷遇，在美国却受到了前所未有的重视。2006年3月19日，马英九抵达美国纽约，展开为期11天，到美国5个城市的访问。
马英九的这次访问，备受两岸关注。这是马英九当选国民党主席以来第一次访问美国，行程包括纽约、华盛顿、波士顿、旧金山和洛杉矶，其中尤其以华盛顿的访问最受瞩目。这次虽然马英九以在野党主席的身份到达纽约，但是美国政府还是派出官员接代，规格很高。虽然马英九已经出访美国多次，但是这次的出访美国官方十分关注，很显然美国方面是把马英九视为蓝军的“总统”候选人，所以想要了解马英九对于两岸问题和军购问题的立场，因此对于马英九接待的规格比过去还要高。马英九几场公开的演讲活动，门票销售一空，后来还特别多加开一场，足见马英九在华人地区受欢迎的程度。马英九访美行程满档，虽然女儿马唯中在美国工作，却也没时间见上一面。
对于这次访问，马英九可能与美国政府官员举行会面一事，国民党刻意保持低调。在首站纽约，马英九一下飞机就赶往参加“大纽约泛蓝后援会”成立庆祝晚会，与支持泛蓝阵营侨胞会面。马英九受到侨胞的热烈欢迎，数百名在场人士争相与他合照，马英九并和旅美台湾歌星现场合唱助兴。
马英九在会场上说，他这次访美有两个主轴议题，一个是以台北“市长”的身份谈市政，另一个是以国民党主席的身份谈国政。在纽约24小时的行程里，他将拜访纽约市长布隆博格，讨论城市交流，并与媒体会面。在庆祝晚会之后，马英九当天晚间10点就接受纽约时报的专访，他说专访主题是台北市打造无线网路城市的市政建设等议题。
马英九还与美国副国务卿佐利克等人进行了私下见面。会面在华盛顿一间私人俱乐部举行，到场的除了佐利克外，还有白宫的资深顾问及亚太事务主任。四人谈及台湾军购及两岸问题，而马英九阐述了国民党对终统问题的立场。
马英九较早前曾与华盛顿市长威廉斯会面，之后他在一个午餐会上，以“谁决定台湾的前途”为题发表演说，重申若国民党重新执政，会以“九二共识”即“一个中国、各自表述”的立场，与大陆恢复对话，建构和平框架。马英九接受美联社访问时说，台湾要为自己的行为负责，不应该在两岸问题上做出任何的挑衅行为。
这次马英九访美行程来到华府，与美国副国务卿佐立克和亚太助卿希尔，展开长达三小时的密谈，比预定一小时长。虽然双方并未透露会谈内容，但美方接待规格之高，创下纪录。原本不对外公开的这场会面，最后在大批记者的守候下，包括副国务卿佐立克、国务院亚太事务助卿希尔、亚太事务资深顾问祈锦慕、台湾事务协调科科长夏千福等官员，都在没有回避媒体的情况下，进入大都会俱乐部，与马英九展开会谈。
被媒体问到与美方官员的会面情况，马英九面带笑容回答，“我们双方都有承诺，内容不便向外界报告”。但马英九也提到，“我说了我应该讲的话”。虽然双方都对会谈内容保密，但外界认为这场会谈，应该是就美国对台军售案，以及台海情势交换意见。同时这场会谈，不但打破近年来美国外交部门接见台湾“直辖市长”或政党主席的规格，也打破了过去10多年来，台湾官员过境美国时，与美国官员见面的层级。
马英九一抵达华府，就在美国保守派智库“传统基金会”与美国企业研究所联办的午餐会上，对美国官员发表演说。内容主轴是阐述国民党对美、中、台，以及国防外交政策。在哈佛大学的演说，马英九提到，台湾民进党执政后，两岸就断了对话，关系交恶。如果2008年国民党重新执政，那么将在“九二共识”的基础上，与北京恢复对话。马英九强调，国民党将会与北京达成某种形式的和平协议暂行架构。国民党希望成为和平缔造者，而不是麻烦制造者。马英九并再次提及国民党致力维持两岸现状的立场。这场演说，让在美国智库学界地位崇高的前AIT台北办事处长李洁明赞扬马英九是“识途老马，深得美国信赖”。传统基金会资深研究员谭慎格，则形容马英九是“非常有教养的政治人物”。
此外马英九在华府，还与AIT执行长施蓝旗，三届历任主席丁大维、罗戴维和白乐琪等人密会。尽管一样无从得知会谈内容，但马英九引用3月19日《华盛顿邮报》当中的一篇专访，提到“我提出的一些看法，美国政府听起来像音乐一样”，来形容此行他与美方建立的良好互动。
马英九访问美国，一路上不仅会见各地热情的华侨华人，频频接受媒体专访，又接连在大学、智库发表演讲，而且，除了会晤美国在台协会的历任理事主席，还与美国副国务卿佐利克以及白宫国安会官员闭门密谈，其风头之健，已远远超过之前几度以总统之尊“过境”美国的陈水扁。不过，台湾舆论在热闹报道马英九的美国行之余，却毫不客气地戳破一个残酷的事实：马英九是到美国去“面试”。
马英九要问鼎2008年台湾“总统”大选，态势明朗，但是，跑道上最大的一个无形栏杆还没跨过去，那就是美国政府的态度。美国对这位新任国民党主席的外省籍背景、常常流露的中国情怀、对“终极统一”的有所期待、年轻时参与“保钓”等等经历，很不放心。马英九对此完全了解，否则他就不会赶在赴美之前努力先就军购案与泛蓝阵营各方达成默契，并且先在台北接受《华盛顿邮报》专访，动情地说：“忘掉统一和独立，让我们维持现状，集中拼经济。”华邮记者形容马英九把话说得“仿佛成了华盛顿耳中的音乐”。
马英九确实小心翼翼地确保他说的话让华盛顿觉得悦耳。他到丁美国不仅又数度重申“我们不会追求台湾独立，也不会追求立即与大陆统一的政策”，而且在闭门谈话中让质疑台湾究竟有多大意志要抵御大陆军事压力的美方人士表示“满意”。为了与陈水扁有区隔，批评陈水扁“法理台独。”
的马英九还公开地向美方保证：“台湾应该是一个和平创造者，而不是麻烦制造者。我们想成为东亚地区一个负责任的利益相关者。”听马英九这些话，再对照陈水扁也在同个时间对美国在台协会新任台北处长杨苏棣保证台美之间不会再发生“意外”，就更能了解到马扁两人努力的“共同方向”。
不论马扁两人究竟谁更“得宠”，人们清楚看到的是华盛顿左右台湾政治的力量越来越大，而且俨然成了台湾的“造王者”。例如，政论界相当一致地认为，陈水扁在神秘枪击案后胜选，最终得以渡过数十万民众示威抗议的惊涛骇浪继续坐在总统宝座上，最关键的压舱石便是华盛顿。从当时扁政府竭尽所能争取来自华盛顿的“贺电”看，美方的“祝福”重要性已不下于选票。难怪连宋功败垂成后，一股怨气是出在华盛顿官员身上。至于陈水扁本人的重要演讲词和决策，一再需要美方“过目”，最近甚至自己公开说“终统”用词是迁就美方意见等等，更说明，华盛顿对台北的干预力量超乎一般想象。这种情形，在两蒋时代，甚至在李登辉时代，都是罕见的。之所以如此，主因当然是如今台湾蓝绿各占半壁江山，不论哪个阵营选赢了，也只是脆弱多数，再加上面对北京的强势，套句民进党人的话，“不抱美国大腿，要抱谁的大腿？”
马英九在华府受到高规格接待，是美国务院刻意安排，目的是向陈水扁传递讯息，表示美国对扁已经没有耐性了。但是报道也说，布什政府非常审慎，避免过于刺激阿扁，这一方面是因为“没有安全感的阿扁可能益发觉得需要出声”，一方面则是因为扁是民选“领袖”，美国应予尊重。美国希望台北及北京了解，美国盼望台湾内部冷静平和，也希望扁信守剩下的“四不”。美国也希望各界了解，台湾内部的动荡可能引发台海不安，也可能在台湾与美国之间引发危机。
马英九23日在华府智库发表演说时，现场悄悄地出现一位神秘嘉宾，那就是已经离职的前美国在台协会台北办事处处长包道格，两人上演一场相见欢，包道格并语带玄机地说，马英九这次访美的规格与陈水扁访美相同。被问到美方这次高规格接待马英九有何用意，包道格答的很妙，“马英九此行访美，美方接待的规格恰如其分，就和陈水扁在过去访美的规格相当。”
美方高层直接与台湾在野领袖接触，不符美台交往惯例，因此台湾舆论解读，美方被扁政府在终统议题上耍了一招后，显然未待“布胡会”登场、已望借着马英九访美有所行动，尤其在非公开场合中暗中提升接待规格，赋予马的访问更大的意涵。美方意在告诉扁政府，华府并非没有转向可能，不只欲借马主导台湾民意，更要“以马制扁”，争取对台的操作空间。
也有媒体评论将美方此次的接待方式比照2000年，当年，美国在台湾总统大选前也跟陈水扁也有过类似接触，锁定的对象显然都是“未来总统”。《中国时报》直指：“华府到底要马英九谈什么，扁其实心理有数；美国对2008总统大选会有多大影响，扁也肯定比谁都清楚。”既已将马视为“下任可能总统人选”，除了终统，美国务必也将要马英九就军购、统独立场和。大陆思维等重大关键议题“给个说法”。马英九的十天美国之旅紧靠在“布胡会”之前展开，虽只以台湾在野领袖身份，对美国对台政策、以及中美台关系发展，都将产生深远影响。
重新执政的五个大陆政策
马英九3月22日抵达华盛顿访问后，在接受路透社电视台采访时表示，他支持维持台海现状，反对台湾独立和过早与大陆统一。马英九说，女口果国民党在2008年大选中获胜，他愿意与大陆根据相互可接受的条件展开谈判。马英九当天在华盛顿接受路透社电视台采访时指出：“我们将不会追求台湾的独立，也不会追求立即与大陆统一的政策。”（马英九接着表示：“这是一项真正符合美国、日本、中国大陆和台湾人民需求的政策。”“我们认为，我们应该维持现状，这样中国大陆就没有借口对台湾动武，如果他们这样做了，我认为它就是不合法的，美国会有更多的合法性来帮助我们。”）
马英九在哈佛大学演讲，再次强调国民党主张维持台海现状，也提出改善两岸关系的做法。马英九说，自2000年以来，台海两岸的情势受到八项事件的冲击而由曾互有期望到陷入僵局，以至于目前的对立。他表示，最近两年两岸紧张情势升高，其实都和台海两岸的一些决策有关。他指出，2000年陈水扁当选“总统”就职时提出“五不”，之后，陆委会否认“九·二共识”的存在、北京以导弹威胁台湾、陈水扁又提出“一边一国”及台湾需要新宪、防御性公投、中国大陆通过反分裂法及陈水扁决定终止“国统会”运作。
一连串的发展让两岸政治僵局愈陷愈深。
他说，国民党主张维持台海现状，同时也希望积极改善两岸关系，包括建构一个和平的架构、让经贸关系正常，以及推动台湾的国际参与和加强两岸在文化及教育方面的交流。马英九说明国民党政策方向之后，并接受现场提问。最受瞩目的提问者就是目前在哈佛亚洲中心担任短期研究学人的台湾前“行政院长”谢长廷。他以英语向马英九表示，马英九谈了诸多两岸和平愿景，却忽略了中国大陆对台湾施加的武力威胁。
马英九在美国企业研究所发表演讲时誓言，将重新恢复已被陈水扁冻结的与大陆所进行的谈判。马英九对美国智库说：“如果国民党在2008年重新执政，我们当然会基于‘九·二共识’与大陆重新恢复谈判，‘九·二共识’也就是‘一个中国、各自表述’，这是已经为中国大陆所接受的。”（马英九在美国企业研究所发表演讲时强调，如果在2008年大选获胜，他将重新恢复与中国大陆进行谈判，追求维持现状的政策。马英九还指出，在国民党重掌政权后，“我们将尝试达成一些和平共识，它将正式结束台湾海峡的敌对状态。”）
马英九在美国企业研究所以“谁决定台湾的前途”为题发表演讲。他指出，目前台海双方最大的问题是彼此缺乏共识，而且双方对未来没有共同的愿景。马英九说，事实上，1992年国民党执政时就已经处理了这个问题，当时香港会谈之后达成了‘一中各表’的‘九·二共识’，而这个‘九，二共识’应可作为台海双方未来协商的基础。“大陆方面通常只是说‘一个中国’，不过当我们说‘各自表述’的时候，他们没有提出异议。所以，我们对‘九二共识’是有各自的解释的，但是这仍然是个共识。否则的话，我们也就不会有1993年4月份在新加坡举行的汪辜会谈了。”
马英九说，大陆重点在防台独，在两害取其轻下，似乎更容忍“中华民国”存在。北京当然不会承认“中国民国”，但会容忍其存在，因为若“中华民国”消失了，北京要面对的可能是台湾独立，对他们来说更难处理。北京要做的选择是很清楚的，他们必须在“中华民国”和“台湾共和国”之间做一个选择。他们不需要承认“中华民国”，而只需要容忍“中华民国”的存在。这正是“国统纲领”里面所写的，两岸都不否定对方的存在。
在加州大学柏克莱分校的演讲会中，马英九定义台海现状，就是“四不一没有”。这是马英九在访美行程中，首度定义美国和海峡两岸三方对现状的认知，并认为这样的台海现状符合三方共同利益。马英九在加大柏克莱分校发表的演说，题目是“台湾：推动和平与繁荣”。演讲内容延续之前在其它行程中公开发言的论述，强调两岸和平及国民党坚持台海维持现状的立场。不过有在场的媒体质疑，马英九所说的现状到底是什么？而马英九又凭什么认为这个“现状”的定义，北京当局可以接受？
马英九回应说，美国和海峡两岸三方赛局中，对于台海现状，的确各自有不同解读。就三方而言，对现状的定义，可总结为台湾“总统”陈水扁在2000年就职演说中所提及的“四不一没有”。马英九认为，“中华民国宪法”是维持现状最好的准则。只要以“宪法”为指标，不要去更动“宪法”条文，不宣布独立，也不立刻与大陆统一，这就是现状。这个定义符合美国和两岸三方利益。马英九更进一步承诺，2008年若国民党重掌政权，首先要做的事就是维持“四不一没有”，也就是不会宣布台湾独立，不改国号与国旗，不会推动两国论人宪，更不会为了改变现状对统独问题进行公投。
马英九详细阐述了国民党2008年如果重新执政的五个大陆政策主张。他说：如果国民党于2008年重新夺回政权，将推动五大政策：恢复两岸对话、寻求达成某种和平协议暂时架构、改善两岸经贸关系、与对岸谈判台湾国际参与空间及推动两岸文化和教育交流。
马英九说，从民进党执政后，两岸对话即中断至今，当初为进行对话而设立的“白手套”机构闲置，两岸关系恶化。如果2008年国民党重新执政，国民党政府将在“九·二共识”的基础上，与北京恢复对话。“首先，我们肯定会在九·二共识‘的基础上，也就是’一个中国、各自表述，来恢复和大陆的谈判，这是已经为中国大陆所接受的；其次是，设法达成某种和平协议，正式结束台海之间的敌对状态。这个协议可以是30年到50年，主要是让双方和平相处。在这个架构下，双方致力台海的和平稳定，台湾愿意做为一个负责任的地区利害关系人，与美国、日本和中国大陆维持建设性关系，自许成为和平制造者，而不是麻烦制造者；第三，两岸经济关系正常化，先建立两岸直航，让大陆游客到台湾，和台湾民众、金融机构到大陆、以及在世界贸易组织框架下进行能促进经济关系的活动，促进与北京经济关系的正常化，包括直接空航、欢迎大陆人民到台湾观光，促成台湾金融服务业到大陆投资等。”
马英九认为，国民党大陆政策蓝图的第四个主张是台湾参与国际活动。这是两岸关系中最困难的部分。他说：“这是因为任何讨论或计划都涉及到主权问题，因此如果能有一个30年到50年的和平协议，我们就可以在这段时间里发展出一个暂行架构，让台湾能参与国际活动。最重要的原因是，有些人寻求法理，台独是出于台湾缺乏有意义的国际参与。”
国民党的第五个大陆政策主张是建立文化和教育的交流。他说，这个软性做法常常被人忽略，在国家安全无虞的情况下，两岸年轻人及早接触对促进两岸关系是很有帮助的。马英九说，如果国民党重掌政权，将考虑承认大陆学位，开放大陆学生来台就学。他说，让两岸年轻人提早接触很重要。现在已有约五千名台湾学生就读大陆大学，如果大陆青年也能来台湾求学，或许有一天，大陆的国台办主任毕业于台湾大学，台湾的陆委会主委毕业自北京大学，情况一定会有很大的不同。现场听众问到这是否就是他当选“总统”后希望实现的政见时，马英九立刻澄清说，“不是我当选以后，而是国民党重新执政以后。”
马英九演讲完后，现场听众热烈提问。有听众问他担不担心在政治上会被陈水扁毁掉、以及2008年“总统”竞选时最坏的情况会是什么？马英九感谢这位发言者对他人身安全的关心。他说，他不担心陈水扁会把他切成碎片，因为他们之间没有什么仇恨。他说，虽然他大部分不同意陈水扁的做法，但是仍然尊敬陈水扁是“中华民国”的“总统”。日前美国国务院在声明中要求陈水扁公开澄清有关“终统”问题，而声明中没有称呼“总统”头衔，马英九说，他是台湾第一位指出这很不礼貌，之后美国国务院就做了修改。
在台北，民进党政府高层对马英九此行的“关切”程度不下于“布胡会”。早在马英九启程一周前，《自由时报》即在封面头条报道“国际忧心马英九反美日情结”，为马套上“亲中反美反日”形象；“总统府”更在他出发同时，召开临时记者会呛声，以强硬措辞吁马“将两岸真实情况反映给国际，而不是传达错误讯息，造成贻笑国际的政治谎言。”据《中国时报》消息，台驻美代表处、国安单位驻美人员奉命每日紧密汇报马在美动态。
美国支持行情遽升
马英九11天访美行程，在诸多历史机缘巧合与“终统”事件激荡下，取得了满载而归的丰盛收获，甚至在华府出现了所谓的“马英九现象”。这次对国民党或马英九的第一个“意外”，并非佐立克愿公开露面，而是美国驻联合国大使波顿主动提出会晤之约。波顿还特别表示，他希望与马英九就东亚安定和两岸情势交换意见。
波顿是布什总统的重臣，曾任负责裁军与武器管制次卿，公开支持过台湾以观察员身份参与世界卫生大会。他主动要求与马会晤，重要性不下于佐立克。波顿是马此行“最意外的贵宾”。其次，马英九此行最重要的会晤，当属副国务卿佐立克；被党内认为最“硬”的会面，则属助理国防部长罗德曼。马连过两关，现场气氛甚佳，原因简单到令人不敢置信：因为马英九与佐立克、罗德曼都是哈佛人。佐立克和马会晤，这场最重要的会面，在两个同时期哈佛人的校园回忆下，气氛竟是最轻松的。在场人士转述，一听说外面已有大批台湾媒体守候，佐立克当场拿下眼镜，状似整理仪容，笑着说“那我得好好打扮后再出去了！”很显然，美国这次与马打交道，不单只是做面子给马，务实的成分也很高。在佐、马两人谈性甚浓之际，国务院亚太事务助卿希尔不断低声“提醒”国民党人士，“等一下可以问副国务卿什么问题”等云云。
马英九在美备受礼遇，规格不断“升等”，美国当初为了惩罚陈水扁“终统”的意图应该已不是最主要原意，而是马的国际观与领导人形象都是美国能接受的，这是他的优势；姑不论“布胡会”与马返台后的朝野对峙，会让这个优势产生什么变化，他在华府引发的“马英九现象”肯定短期内不会退烧。
马英九26日以“不虚此行，顺利完成”八字，总结此次访美成果，在最受注目的军购议题上，马英九正式表态说，台湾不但会持续与美国进行军事的合作，也将继续采购必要且合理的武器，此行向美方传达最重要的承诺是，台湾不会成为亚洲军事冲突的“引爆点”。
晚间出席“全侨欢迎马市长访洛餐会”时表示，此行向美国沟通的三大重点是台湾的未来、两岸的关系及台湾与美国的关系，过去几天的沟通过程非常坦诚且有效，可说不虚此行，加上具体且实际的表达看法，任务可算顺利完成。
在台湾的前途部分，马英九定调国民党立场是支持维持现状，“反对台湾独立”、但也不追求立即的统一，以确保台湾2300万人的安全。两岸关系上，马英九表示，他提出先和平、繁荣，再追求民主、均富的共同愿景；至于具体作法，国民党除保留四不一没有，也将具体落实五不及五要的主张。
至于台美关系，马英九强调，两岸关系的改善，不但无损于台美关系，反而更能增进双方的合作，让美国在东亚扮演安全的角色，比较容易达成并稳定；在此原则下，台美双方不但将推动签订自由贸易协定，也将持续强化军事的合作。马英九强调，国民党两岸政策都是延续去年“连胡会”共识而来，这跟美国一贯的政策是一致的，就是鼓励两岸持续沟通、对话，使台湾不会造成美方维持区域安全上的困扰，并且不会成为亚洲军事冲突的引爆点，台湾也可由此维持自身的主体性与尊严。
马英九担任国民党主席，终于端出清楚的两岸论述，马英九从历史伤痕出发，定位马关条约的割让，让台湾被划下孤立无援的第一道伤痕。马英九说：“民国成立了，中外记者会上，国父说一定要收回台湾，会后戴传贤带罗福星去见国父，国父跟他说如果不收回台湾，我对不起中国人，马关条约割台，这是日本人造成的，但国民党找回来，‘2、28’是国民党造成的，自己收拾，现在剩下就是1971年，一连串的外交孤立，是中共造成的，现在谁来收拾？”
马英九说：“也许有人说你一厢情愿，中共怎么会理你？你不要忘记喔，这是去年胡锦涛答应连主席的，你既然说可以谈，那我想推出一个暂行的架构，我们来谈，在这暂行架构下，双方怎么处理双边多边关系，我的主张是不要玩零和游戏，要玩什么实用主义，务实看问题。”
马英九在这场留学生座谈会上，完整整理他的两岸论述，从历史伤痕的观点，解析台湾人的深刻情感，再提出国父收复台湾的心愿，连结国民党与台湾关系，以悲情诉求主打台湾连结，马英九是第一个尝试这种史观论述的国民党主席。马英九访旧金山行程满满，从柏克莱加大、旧金山市府、科技午宴到史丹福大学胡佛研究所，见了许多旧金山湾区学生、官员、产业领袖、学者，须回答各式问题，还要随时即席演讲和应对。马英九保持稳健，也试着展现幽默。
在全球玉山协会与美西玉山协会安排下，举办与硅谷产业界见面的台北市招商会。也许因为产业谈技术、商务，不谈政治，马英九特别轻松，现场笑声不断。
有产业人士问及两岸直航议题，马英九表示，春节包机成功，但是，尽管上海到台北飞航仅须一个多小时，但因为还须在形式上经过香港领空与塔台联系，将时间增到三个小时。马英九期望，若未来两岸直航，位在台北市区的松山机场也是直航机场之一。他笑说，旅客可在晨间七时登机、九时到上海、中午与客户开会、下午二时到工厂，晚上还可回家帮忙倒垃圾，实在是有效率！
马英九在现场介绍悠游卡多方面功用，包括让学童的家人可以掌握学童的行踪，“因为太方便好用，受到家庭主妇喜爱，她们说，希望悠游卡还能加更多功能”。在介绍台北市南港、内湖、北投士林等三个主要科学园区时，说到台北市教育程度高，是亚洲地区拥有最多企管硕士学位（MBA）的城市之一，马英九说，这个“MBA”，绝不是“Married But Available。”。又说，举办台北牛肉面节，宾主尽欢，只有牛不高兴。
拜会旧金山市府，由旧金山代理市长、华裔市议员马世云接待，“双马”会面谈市政，马英九特别提及每年在市府厅举行北加州祭孔大典。谈到旧金山族群多元化，马英九还特别比了手语“台北市长”，用手语说明族群融合与包容。
在柏克莱加大时，有学生问，“三·一九枪击案”会不会在马英九身上发生？马英九答说，无法回答这个问题，但会试着让自己安全。可是，身为民主国家的政治人物，仍须和基层选民接触。在离开演讲会场前，马英九还学加州州长阿诺在过去主演热门“魔鬼终结者”电影中的口吻说：“我会再回来。我答应你们。”
到了史丹福大学，有人问马英九，可曾到访史大？他说，自己不是第一次到史大。早在1971年时，就以学生身份到加州，住在寄宿家庭时，到过史大。也曾申请史大法学院深造而被拒，后来申请到纽约大学、哈佛大学，只好选择就读被视为“东部史丹福大学”的哈佛大学就读。
不过，马英九也非有问必答。有关2008是否竞选总统议题，他总避重就轻不愿多谈。在史大也有段小插曲，有人问如何看待中共在台湾渗透等尖锐问题？马英九严肃以对，仅说此题应由国安局答复。
马英九抵达旧金山后，还拜会了史丹福大学胡佛研究所，参加史丹福大学胡佛研究所的国民党档案史料中央改造委员会党史公开仪式。另外受到各界瞩目的两蒋日记也在同一时间宣布，将于本月31日开始，正式部分开放给全球学者进行研究阅览。胡佛研究所与国民党关系深厚，最早可追溯到蒋经国时代，后来由胡佛研究所资深研究员马若孟（Ramon Myers）亲自到台湾拜访前国民党主席连战，2003年在连战任内签约，胡佛与国民党双方正式开启合作关系，数位化国民党中央数以百万件史料。
期间，胡佛研究所派员并空运六部机器到台湾，协助国民党进行党史数位化及微卷处理，原始文件留在台湾，数位化微卷则由国民党、胡佛各有一份。马若孟指出，蒋介石在上世纪二十年代的日记中，披露他将政治与军事重心由中国东南方转至中央，并订南京为首都的过程；蒋介石建立黄埔军校，以及有关中国现代化政策意见等。两蒋日记则是暂时由胡佛研究所典藏。此次开放部分为蒋介石日记1917至1931年部分。蒋方智怡在会中受访时表示，考虑胡佛研究所学术专业，才选择胡佛研究所为典藏之处。
马英九是首位以主席身份访问此地的国民党领袖。在蒋介石的日记前，马英九特别弯下腰，仔细阅读日记内容。马英九有感而发，形容“蒋老‘总统’他的字，我觉得就有点像他的人，散发艰苦卓绝的味道”。马英九认为藉由第一手史料可还原历史，他也特别强调国民党与台湾的连结。马英九不回避国民党对‘2·28’事件的责任，马英九说：“‘2·28’这个悲惨的事件，国民党不当的处置，必须负责。”
马英九的访美行最后一程是洛杉矶，马英九抵达洛杉矶后，依旧马不停蹄，分别造访中国城和马氏宗亲会。只是体力和耐力都已经到达极限了，祭拜的冗长过程，让马英九忍不住眼皮沉重，显然是累坏了。或许就是如此的操兵，马英九体力耐力也已经濒临极限，拜访中华会馆过程冗长，台上来宾讲不完，马英九眼皮开始沉重。要这个时候睡着，可就太不给面子，马英九强打精神，硬撑着睁大眼睛。知道媒体在拍，稍后媒体追问，还得面不改色。自豪有铁人般体力的马英九都忍不住露出疲态，这趟美国行新闻份量又重，媒体也是人仰马翻，有人笑称，英九是马记者是铁，所以这一团，还真是名符其实的铁马团。
种种迹象显示，美国不只是把马英九视为台湾在野党领导人，更是台湾下任“总统”的最可能人选；此次以何种规格接待马英九、双方接触的收获，除了影响中美台三角关系未来两年的发展，华府“以马制扁”的对台新战略料也将逐渐成形。
除了以前，台湾前“总统”李登辉、现“总统”陈水扁、前国民党主席连战，也都曾在美国留下身影。以往台湾政要要在美国发表演说，中国政府都会提出强烈抗议，这次对马英九却毫无杂音。这意味着什么？
中国外交部发言人秦刚在例行记者会上，有记者询问，美国对马英九的接待安排和方式是否违反了一个中国原则。秦刚回答说，中国政府以一个中国原则对待台湾的对外交往活动，对台湾同外国进行的民间性质的往来不持异议，但是坚决反对任何在国际上从事“两个中国”或“一中一台”的分裂活动。
而且，新华社还详细报道了马英九在华盛顿的午餐会演讲中提到国民党处理两岸关系的五点主张。
身系两岸命牵统独
2006年5月8日，马英九在新加坡国立大学李光耀公共政策学院以“台湾新思维”为主题，以流畅的英语发表长达一个多小时的演说，并在接受观众及媒体提问时，表达上述看法。超过500人出席该演讲。在演说中，马英九针对两岸议题再度提出了“五不”、“五要”的主张，并表明如果国民党在2008年重新执政，“台湾会做一个负责任的利益相关者，台湾不会搅乱区域的海水，台湾应该做一个和平缔造者，而不是麻烦制造者”。
“五不”包括：台湾不会宣布“独立”、不会变更“国旗”、“国号”、不会在“宪法”中列入所谓“国与国之间的特殊关系”、不会制造“统独”麻烦、不会有“废除国统会”的争议产生。“五要”是：一、在“一中原则”、“九二共识”基础上与大陆对话；二、与大陆和平谈判，谈判以和平为基础、避免军事竞赛；三、两岸建立共同市场，推动直航，帮助台湾企业提升竞争力；四、扩大台湾“国际参与”；五、强化两岸文化与教育交流。他在回答出席者的提问时也一再强调，两岸目前最迫切的是恢复以“九二共识”为基础的会谈、推动三通、讨论两岸成立共同市场；现在谈统一问题还太早，“因为条件和状况都不对，不只是台湾，中国大陆也还未准备好”。
当记者问道，身为国民党党主席及2008年可能的“总统”人选，他要如何在2008年之前防止台独及在2008年后防止一些政党搞台独时，马英九说，国民党目前是立法院最大政党，并主张维护“一个中国”为基础的“宪法”，台独不可能成为国民党的选项。台湾不可能走向独立，大多数的台湾人民，其实都支持维持现状。他认为，现在应该做的是扩大两岸交流，因为增进民间的互相来往，就能改变对彼此的想法。
但记者发现，和一年前相比，马英九自当上国民党主席，又领着国民党赢得了台湾地方县市长选举一役后，脸上明显写上了“辛劳”两个字，双眼下黑色的眼袋日见明显。作为台湾及两岸未来和平发展的重要政治人物，马英九的健康和安全令世人关注。
2006年1月20日，香港一位知名记者赴台湾参加世盟年会，组办单位安排来自世界各地四十多位嘉宾到国民党总部拜见主席马英九。与马英九握手后，这位记者拿出名片递上并作自我介绍，马英九说：“我们已见多次了吧。”出于礼貌，他也往口袋掏名片，结果拿出的是一张台北“市长”的名片，有些歉意地表示：“我只带着这张名片。”
拜访结束，记者又拿出马英九给的名片细看，想不到这张“台北市长马英九”的名片，背后写着字，记录着两件要办的事：“土林国小顶楼漏水严重，请即修缮（家长）。”“谢宜主任（实践大学社工系）可委托座谈演讲。”这张名片被当作“笔记本”，一定是马英九在接触民众时，有人反映情况，他要及时记录下来，身边没带纸，就拿自己的名片背面记录作备忘，也成为这位记者珍贵的纪念。
“笔记本名片”反映出了马英九的亲民和爱民作风。马英九深人民众，作风细腻且轻车简从，遇到学生家长的投诉，马英九没有简单交待随从人员负责去办理，却如此认真地记录了下来。一张名片正反两面的记录，反映马英九对民众要求的重视，真正体现了群众利益无小事。马英九身兼台北市“市长”和国民党主席的双重身份，工作之繁重外人难以想象。
香港台湾工商协会常务董事陈自创看过这张名片后说，这绝对是马英九的笔迹。陈自创受聘马英九任台北市香港事务的顾问，每个月都会给马英九写一份报告，陈自创是伦敦大学的法律博士，写报告很认真，但想不到哈佛法学博士的马英九比他更认真，每份报告都仔细阅读并给予回复。陈自创专门准备了一个抽屉，存放给马英九的报告及马英九的回复，陈自创告诉记者，马英九曾经对他说，他每天工作都在十六小时以上。马英九亲力亲为养成的细心倾听，仔细记录，亲自督办的亲民工作习惯令人感叹。
感叹之余陈自创又担忧起来，担忧马英九包括健康和人身的安全问题。马英九是为台湾未来操心的最大在野党主席，接见来自世界各地的外宾，不仅身边没有甚么随员，连党主席的名片都没有人为他准备，如果大小事都要自己做，一个再有作为的政治领袖也会被事务拖累拖垮。
2005年9月9日下午4点半到5点，马英九正在和新闻媒体茶叙，人好好的，网路谣言却开始发酵，雅虎奇摩网站下午4点半被网友发现刊登马英九遭枪击的新闻，网路世界顿时谣言满天飞，bbs站上互通讯息，有人说真的看到了，还有网友说，这招阿扁用过了呀，大家一片错愕，更有网友痛不欲生。马英九当时已经在前往彰化辅选的路上，一下车就被媒体团团包围。
马英九一头雾水，幕僚电话打到微软，总算雅虎奇摩正式道歉，承认因为系统错误，导致内部虚拟网页开放到外部，向马英九及读者致歉。被问起对枪击谣言的感想，马英九说：“我第一步就看看我的外套有没有子弹。”马英九表示愿意接受雅虎奇摩的道歉，倒是难以想象，自己有一天也成了枪击话题的续集人物。
在恐吓邮件曝光后，警员到马英九住家巡逻的频率提高了，防止有人搞破坏，再配合两名便衣刑警全天候监控，在马英九要求不要增加警卫人力的情况下，警方只能加强警戒层级，务求不让任何威胁恐吓发生。在此以前，保护马英九的随护共有二位，其中一位还要兼任秘书工作，一共有两组人员轮替，另在其住家室外有便衣人员驻点维护；马英九到各县市辅选时，负责警卫工作的台北市保安大队，则另派一位警察随行，即马英九出外到各县市辅选，只有三位随护随行。
台湾情治官员表示，台湾“国安局长”薛石民日前已要求台北市警察局加强马英九安全工作。他在台“立法院”特别说明，“国安局”内部曾进行机密调查报告，内容评估岛内重要人士的安危会影响“国家安全”，国民党主席马英九也在名单之列。
马英九外出或下乡，一般行程仍是轻车简从，这已经引起台湾安全系统的重视，对此，马英九强调，已受周密保护，除非是职业杀手，否则其他原因都可以克服。他说：“安全不是仅靠安全人员，有时与个人风格、政策及言行有关，总不能一直坐在坦克车或玻璃罩内吧？除非是职业杀手，否则，其它原因都可以克服。”
曾有网络传言有人将对马英九不利，加上“国安局”一份机密报告指马英九“出事”将冲击“国家安全”，蓝军“立委”于“立法院国防委员会”推动做出决议，要求“国安局”建议陈水扁将马英九纳入特勤安全维护对象，提供必要防护。台北市警察局长王卓钧表示，警方非常重视马英九的安全问题，不过马英九因不喜欢有太多的随护，因此目前仍维持原有的编制，但警方已加强其寓所的安全维护；至于马英九到外县市部分，台北市警局会协调相关县市警方予以必要的协助。
据了解，今年台北市的跨年晚会，一位疑似精神异常的女子冲上台站在马英九旁边，还有跑行程时，马英九身旁总是有不少的马迷，虽然对于自己的安全问题轻松看待，不过外围的随护丝毫不能掉以轻心。对此，国民党高层不讳言地指出，马英九目前人气如日中天，俨然已是“蓝营”反攻2008年的重要指针。但寄望愈深危机也愈大，尤其当前政治气氛已丧失基本信任感时。国民党高层直言，马英九的健康与安全问题是两大隐忧。亲民党“立委”林郁方指出，马英九万一出事恐会引发百万人走上街头，所以马英九的人身安全不应仅依赖各县市警力，他呼吁陈水扁尽速依法核予马英九特勤保护。
在国民党总部，楼下保安看似森严，但人员进入却没有安全检查设施，闲杂人员要混于代表团或记者群中进入大楼见马英九轻而易举。马英九在会见了外国嘉宾后又在走道见台湾记者谈军购案，被一群记者团团围住，身边没有一个随从，保安人员也离得远远的，如果有人想下手，马英九及国民党都会措手不及。有理由相信，马英九出入类似的场所会很多，但台湾缺少保安措施的环境充满着危机。同时也有理由相信，正率领国民党重新出征去迎接新台湾的马英九，有人对他恨之入骨，甚么样的可能都会发生。成为台湾重要政治领袖的马英九，他的安全该如何保证，引起两岸众多人士的关注。
马英九不仅赢回国民党在台湾地方执政的天下，而且已经崭露了国民党重新夺回执政权的希望。马英九的清廉、亲民、务实的形象，成为马英九对手们不可逾越的屏障。台湾领导人在大选时发生过枪击事件，虽然这普遍被外界认为是假戏真做的一幕，但如果有人打马英九的主意，以除去心头之患，一定会是真戏真做，悲剧随时有可能发生。马英九身系两岸，命牵统独，保证马英九的安全，实际上是保证了台湾的安全，保证了台湾人民的安全。