甲午战争之前，谭嗣同对佛学和西学均持否定态度，其哲学建构基本上是对中国本土文化的继承和诠释：从内容上看，以元气论为主；从人物上看，以王充、张载和王夫之为主；从经典上看，对《周易》青睐有加。谭嗣同早期最主要的代表作是《东海褰冥氏三十以前旧学四种》，具体包括《寥天一阁文》《莽苍苍斋诗》《远遗堂集外文》《石菊影庐笔识》。
谭嗣同的早期哲学秉持唯物论的立场，元气论是其中最基本的内容。这一时期的他沿着元气论的思路解释世界万物的生成和变化，宣称气是世界本原，包括地球在内的天地万物都是由元气派生的。正是在这个意义上，谭嗣同反复强调：
元气缊，以运为化生者也，而地球又运于元气之中，舟车又运于地球之中，人又运于舟车之中，心又运于人身之中。元气一运无不运者，人心一不运，则视不见，听不闻，运者皆废矣。是知天地万物果为一体，心正莫不正，心乖莫不乖。【30】
天以其浑沌磅礴之气，充塞固结而成质，质立而人物生焉。【31】
引文显示，早期的谭嗣同在用元气解释世界万物的由来时，将天地说成是由元气构成的，并且用元气解释万物的运动、变化。在这方面，他将天地万物的运动都归结为元气的造作，对张载用元气来说明天地运动的做法大加赞赏。他写道：“地圆之说，古有之矣。惟地球五星绕日而运，月绕地球而运，及寒暑、昼夜、潮汐之所以然，则自横渠张子发之。《正蒙·参两篇》有云：‘地在气中，虽顺天左旋，其所系辰象随之，稍迟则反移，徙而右尔，间有缓速不齐者，七政之性殊也。’有云：‘凡圜转之物，动必有机，既谓之机，则动非自外也。古今谓天左旋，此直至粗之论耳，不考日月出没恒星昏晓之变。愚谓在天而运者，惟七曜而已。恒星所以为昼夜者，直以地气乘机左旋于中，故使恒星河汉回北为南，日月因天隐见。太虚无体，则无以验其迁动于外也。’有云：‘地有升降，日有修短，地虽凝聚不散之物，然二气升降其间，相从而不已也。阳日上地，日降而下者，虚也；阳日降地，日进而上者，盈也。此一岁寒暑之候也。至于一昼夜之盈虚升降，则以海水潮汐验之为信，然间有小大之差，则系日月朔望，其精相感。’……疑者讥其妄，信者又以驾于中国之上。不知西人之说，张子皆已先之，今观其论，一一与西法合。可见西人格致之学，日新日奇，至于不可思议，实皆中国所固有。中国不能有，彼因专之，然张子苦心极力之功深，亦于是征焉。”【32】由此可见，谭嗣同对张载的“一物两体”“动非自外”深信不疑，对张载沿着元气论的致思方向和价值旨趣对天地万物运动之机的解释赞誉甚高。不仅如此，谭嗣同由此确信西方的“格致之学”皆中国固有，印证了他早期对西学的摈弃态度。
与恪守元气论密切相关，早期的谭嗣同对王充、张载和王夫之等奉气为本原的古代哲学家推崇备至，深受他们的影响。与此同时，谭嗣同对佛学思想痛加批判：“释氏之末流，灭裂天地，等诸声光之幻，以求合所谓空寂。此不惟自绝于天地，乃并不知有声光。夫天地非幻，即声光亦至实。声光虽无体，而以所凭之气为体。”【33】
对于谭嗣同的早期哲学，可以从两个维度来理解：一方面，与推崇元气论相关，谭嗣同所推崇的主要人物是王充、张载和王夫之。这三人都是中国古代元气论的大家，他们的元气论思想是谭嗣同早期气学最主要的理论来源。另一方面，元气论作为谭嗣同早期的哲学理念，决定着他在这一时期对其他哲学问题的关注和理解。其中，最主要的是道器观。道器观是中国古代哲学的古老话题，从《周易·系辞上》的“形而上者谓之道，形而下者谓之器”到宋明理学家对道器关系的聚讼纷纭、莫衷一是，道器关系构成了中国古代哲学的重要内容。谭嗣同对道器观的津津乐道接续了中国古代哲学的核心话题，同时又赋予这一古老话题以全新内涵。大致说来，谭嗣同对道器观的诠释立足于中国近代社会的现实问题，拥有不同以往的现实维度、理论意蕴和价值诉求。尽管如此，他对道器关系的论证是沿着王夫之的思路、以《周易》为文本展开的，与气学奠定的实学情结和王夫之的影响不无关系。