《苏报》，最早是由胡璋于1896年在上海公共租界内创刊的一个生活小报，是他的妻子日人生驹悦出面向日本驻沪总领事馆注册开办的。主笔最初为邹弢。报纸内容多载市井琐事和作奸犯科的社会新闻，文字粗陋猥亵，曾因刊登黄色新闻并有敲诈勒索等事被人控告，“本一营业性质之小报”，在上海新闻界中没有什么地位。
1898年，《苏报》为陈范购得。在陈范的经营下，该报发生了实质性的变化。
陈范，原名彝范，字梦坡，湖南衡山人，本为江西铅山知县，因教案落职，移居上海。他愤官场之腐败，思以清议救天下，遂承办《苏报》，力倡变法。以后，他的女儿陈撷芬又主办《女学报》，与之遥相呼应。
1902年冬，南洋公学学生退学风潮发生后，东南各校学生运动风起云涌。《苏报》在这种风气影响下，专门开辟《学界风潮》栏目，及时反映学潮情况。以此为契机，《苏报》开始柳暗花明，迎来了它的辉煌灿烂的春天，逐渐成为爱国学社的喉舌，并组织起了一支以蔡元培、章炳麟、吴稚晖、章士钊等激进的民族主义者为核心的作者和编辑队伍。从此，《苏报》显得锐气英发，以其刊登新内容为全国学界所注目，俨然一时成为号召东南地区学潮的旗手。
自1903年章士钊担任《苏报》主笔后，《苏报》发生了根本性的变化，它在国内众多的报刊中独树一帜，首先吹响了革命排满的号角。此后，《苏报》中排满革命的言论，如同潮水般宣泄而出，不可抑制。6月7、8二日，《苏报》连续刊载论说《论中国当道者皆革命党》。9日起又连续刊载文章，公开向读者介绍邹容的《革命军》，并发表大量鼓吹革命的文章。就在这时，《中外日报》发表了《革命驳议》一文，《苏报》在12、13二日又连载了章炳麟、柳亚子、蔡冶民、邹容四人合写的《驳革命驳议》。言辞激烈，一切在所不顾。这些激进的文章犹如狂风卷地袭来，上海新闻界原来死气沉沉的空气顿时为之一扫而空。
早在1903年春，《苏报》言论就已经表现出了日趋激烈的倾向性。
3月14日，《苏报》刊出的《异哉满学生异哉汉学生》，评论元旦东京满汉留学生的冲突，认为：“满学生自二百六十年前之远祖，率其游牧种族，占据禹域，食我之毛，践我之土，不思报德，而顾为盗憎主人之计，人之忘恩负义，有如是之甚者耶。”戊戌以后，“汉人知身家性命，终不足托于顽固庸妄之手；仁人志士，求其在我者乃倡为自立革命排满之议。然推知所以致此，则皆满人之顽固者，有以感召之也”。其浓厚之种族感情，已明显可见。作者同时又指责激进的青年学子，“然则取一二革命排满之言，腾诸口说，遂可以恢复中国乎”？认为“自有此辈口头禅之革命排满，而革命排满之实际乃无望矣”。对于今后应该采取怎样的途径拯救中国，作者主张慎重考虑，其态度甚至可说是犹豫不决的，如说：“中国之前途，黑暗如漆，革命以兴乎？亦以亡乎？立宪乎？专制乎？民政乎？立君乎？联邦乎？分治乎？凡此——绝大之问题，吾恐东西之大政法家穷累年之脑力，有不敢轻下一判断者，今也未尝审顾，未尝踌躇，而辄欲张其赤帜，是欲以神州为尝试之一掷也。”
此后，《苏报》常有肯定汉人地位及责任、劝喻汉人自爱与自强的言论，例如：“其所以致吾种族灭者，其咎不在他人，而在我等也。……我同胞若不愿受亡国之责，不顾为亡国之民，则请造时无待时。”又如：“中国之衰弱至今日而极矣，汉族之受困亦至今日而极矣，居此艰难拮据之秋而仍待时，吾恐不出数年，而于地球上已变颜色矣，我黄帝子孙可以自知矣。”
相对地说，《苏报》实可视为排满思想大起之先兆。
不过，《苏报》正式倡导革命的言论，则始于5月13日《敬告守旧诸君》一文。
该文宣称：
居今日而欲救吾同胞，舍革命外无他术，非革命不足以破坏，非破坏不足以建设，故革命实救中国之不二法门也。
从这篇论说，可以看到两个问题：
1.对于革命与维新的界限，仍没有清楚的区分。作者承认维新亦有益于国家前途。这与6月1日以后，《康有为》、《驳革命驳议》、《呜呼保皇党》、《康有为与觉罗君之关系》等论文对保皇立宪人士痛下驳击的情形，是有很大差距的。
2.将破坏手段及流血事件视为革命的全部，认为革命与流血是联称，鼓吹“非以血洗血，则不能改造社会”。但革命的对象及实质为何，尚含糊不清；而革命所应采取的步骤和最终欲达成一个怎样的社会，均无一字触及。不过，由于历史发展的条件所局限，即使在后来的《苏报》论说中，依然是不能把这些问题加以明白阐述清楚的。
从1903年6月1日开始，《苏报》就一跃而成为极端激进的报纸，每日公然发表主张反满革命及杀人主义的文字，“官场之所媒孽，实始于是日之论说”。
《苏报》中倡议排满革命的论说，可以区分为两类：第一类是以斥责保皇派的方式写成，旨在说明革命为挽救当前国家民族之必然途径，强调排满思想的合理性，并且大力抨击反对革命的论调。大致来说，这类论说是较具系统性的理论分析，较能深入地划分革命与改良的歧异。第二类的论说，则是以直接宣扬排满革命的方式出现，旨在增强革命的声势与气势，激发人心斗志，故字里行间非常露骨，极具鼓动性，容易引起人们的注意。
5月份，上海民谣四起，一日数惊。《苏报》不放过每一个可以宣传革命排满的机会，凡有关消息，均不厌其烦地予以刊登。显著的一例，是讹传北京大学堂有两名学生因接应东京义勇队被拘，且遭政府杀害，其实并无此事，只是大学堂学生上书管学，请力阻俄约而已。但张继闻讯，即撰写《祝北京大学堂学生》一文，刊于6月6日《苏报》中，藉此鼓吹“中央革命”的理论。
张继认为：
由地理上言之，革命有二种，曰中央革命，曰地方革命。何谓中央革命？革命之洪水，以中央政府所在地为起点，而延及于地方者也。何谓地方革命？革命之洪水，以地方为起点，而奔赴中央政府所在地者也。二者之收效同，然其成有难易……以走马下兰台为中央革命之代表语，则平地登高山可为地方革命之好名辞；由是言之，中央革命也恒易，而地方革命也殊难。
张继并以中国的情况引证，说：
数年以来，革命之声，日盛一日，孙文之党，唐林诸烈士，屡兴革命军于南方，前仆后继，流血淋漓，非不伟也，非不壮也。然吾颇疑其举之近于地方革命，西人行之尚有难色者，以程度低下之中国，而遽为之，奚有不扞格也。吾望中央革命军之起久矣。
学生为革命之原动力，而京都之学生尤为中央革命之原动力。
那拉氏不足畏，满洲人不足畏，政府不足畏，莫被政府威吓而敛其动，莫惜诸君之自由血而失全国人之希望。
此文刊出后，引起社会上议论纷纷，《苏报案纪事》说：
而外间遂责《苏报》不应为过激之论以倾陷学生，无论其无之也，即有之，尤不可发觉以败人之事。吾揣《苏报》意，则明知其无而鼓吹之也，若知其有而发觉之，《苏报》亦不欲为耳。
从6月7日开始，《苏报》取消《论说》一栏，而将若干措辞及内容较为激烈的文章刊于《来稿栏》中，以替代《论说》，并声明“书中词意，本馆不担其责”。这是因当时风声紧迫，报馆欲藉此以避免清政府的追究。
6月8、9日，《苏报》连续登载章士钊所作的《论中国当道者皆革命党》一文，指出中国的革命实乃顽固官僚如荣禄、德寿等人所迫成，是故彼等无异为“革命之党魁”，其理由正如酿酒原理一般。“酒为米所酿成也，果米自酿成乎？抑有所以酿成之药料乎？试问公等今日之所为，贪戾狠毒，横敛暴征，何在非酿成革命之药料。公等自备此药料，日施此药料，而乃归咎于此米之不应化为酒也，是何言欤。”是以“公等今日之制造革命党，即不啻自为革命党也”。
是时，邹容所著《革命军》一书出版，使革命言论的阵营，顿时蔚为壮观。
《革命军》一书共分七章：1.绪论；2.革命之原因；3.革命之教育；4.革命必剖清人种；5.革命必先去奴隶根性；6.革命独立之大义；7.结论。全书虽只有2万字，却是晚清第一本能够通俗易懂且有系统地阐述革命理论号召人们反清的巨著大作。
6月9日，《苏报》刊出《读革命军》一文说：
卓哉，邹氏之《革命军》也！以国民主义为干，以仇满为用。挦扯往事，根极公理。驱以犀利之笔，达以浅直之词，虽顽儒之夫，目睹其事，耳闻其语，则罔不面赤耳热，心跳肺张，作拔剑砍地，奋身入海之状。呜呼！此诚今日国民教育之第一教科书也。
同日，《苏报》又在《新书介绍》栏中加以介绍：
其宗旨专在驱除满族，光复中国，笔极犀利，文极沉痛，稍有种族思想者，读之当无不拔剑起舞，发冲眉竖。若能以此书普及四万万人之脑海，中国当兴也勃焉，是所望于读《革命军》者。
这是《苏报》与《革命军》在反满反专制上的共鸣。前者较能道出邹容思想的全貌，后者仅着眼于排满一点，这是不能包含《革命军》一书全部内容的。但经《苏报》介绍之后，《革命军》引起了民众广泛的注意。另外，章炳麟的《序革命军》亦为《苏报》所转载，其中值得留意的一点是章氏对“革命”一词的解释，章炳麟说：
同族相代，谓之革命；异族攘窃，谓之灭亡。改制同族，谓之革命；驱逐异族，谓之光复。今中国既灭亡于逆胡，所当谋者，光复也，非革命云尔。
章炳麟的《客民篇》、《序革命军》，张继的《读严拿留学生密谕有愤》，以及6月22日刊出的《杀人主义》等文章，都表现出极强烈的种族情绪，反满态度一览无遗。
5月间，《苏报》上大量涌现革命排满文字，这是数月来革命者激进言论高涨及发展的结果。无可怀疑，也是进化论思想及虚无主义思想的冲击所致。具体而言，自严复译赫胥黎的《天演论》以后，由是物竞天择、适者生存、优胜劣败之理，使爱国之士益增对于国家民族的忧患，而使热血青年兴极端的民族主义之想。在《苏报》言论中，可以清楚看到进化论思想的影响。
《苏报》指出：
天道无常，优胜劣败，往者莫谏，来犹可追。我国人乎，微论其为一人计也，或为一国谋也，殆非善用竞争主义以与外族而周旋也，恐未足以善厥后矣。
1902年及以后的两年间，又有若干著述出现，对俄国虚无党及其暴力主义寄予同情，也成为反抗清王朝统治及专制政体的重要理论之一。这种现象最早见于留日学生杂志及《苏报》中。
1903年6月19日，《苏报》发表一篇题为《虚无党》的论说，便是代表性的一例。文中说：
虚无党之势力既盛，虽至杀人如麻，血流漂杵，惨酷之气，暗无天日，而此潮流固日增其高度，不远铲除专制，建设新国之域不已，然则旧俄国之寿命殆将为所斩绝，而造出灿烂庄严之新政府无疑矣。吾言及此，吾不得不服其手段，慕其势力，涎其幸福，而重为吾祖国前途悲也……此潮流必有踰昆仑阿尔泰之山，蓬蓬勃勃以输入支那内部之一日。输入之日何日乎？其吾人逐异种、复主权之日乎？
此外，同年4月11、12日，亦即在排满思想大起之前，《苏报》刊载了蔡元培的《释仇满》一文，内容别具一格。该文认为仇满乃政治的，而不是种族的。所谓种族之别，一为血液，一为风习；满人血统，久已与汉族混杂，其语言文字风习如已为汉族所同化，是故“吾国人皆一汉族而已，乌有所谓满洲人者哉”。然而现实之中，满人一词“赫然揭著于吾国，则亦政略上占有特权之一记号焉耳。其特权有三：世袭君主，而又以产少数人专行政官之半额，一也；驻防各省，二也；不治实业，而坐食多数人之所生，三也”。至于“近日纷纷仇满之论，皆政略之争，而非种族之争也”。进而指出：“昔日种族之见，宜若为之消释，而仇满之论，反炽于前日者，则以近日政治思想之发达，而为政略上反动之助力也。盖世界进化已及多数压制少数之时期，风潮所趋，决不使少数特权独留于亚东之社会，此其于政略上所以有仇满之论也。”
据蔡元培回忆，当时张园演说会，本合革命与排满为一谈；而邹容所作的《革命军》一书，尤持“杀尽胡人”见解，他因不甚赞同，遂有此文之作。从文章内容来看，他反对持昔日种族之见以言仇满，实欲规范仇满的界限，指出满汉之间的矛盾是政治上的，而不是种族的，企图平抑逾度的种族情绪。可是，当时注意的人很少，足以证明种族感情已深入激进人士的思想之中，况且蔡元培寄望“满人自觉”，并自动地“放弃其特权”，这也是不切实际的想法。
当然，在《苏报》中，也有一些文章指出排满只是革命所必须的手段之一，究非终极目标，如《读革命军》一文说：
而今日世袭君主者满人，占贵族之特权者满人，驻防各省以压制奴隶者满人。夫革命之事，亦岂有外乎去世袭君主，排贵族特权，覆一切压制之策者乎。是以排满之见，实正为革命之潜势力，而今日革命者所必不能不经之一途也。居今日而言教育普及，又孰有外于导普通仇满之思想者乎。然使仅仅以仇满为目的，而不输灌以国民主义，则风潮所及，将使人人有自命秦政、朱元璋之志，而侥幸集事，自相奴畜，非酿成第二革命不止。
章士钊说：“查清末革命史中，内地报纸以放言革命自甘灭亡者，《苏报》实为孤证。”
确实，《苏报》对于反满革命言论的宣传，在当时是居于最激进地位的，其无所顾忌的表现也是空前的，它吸引了大批激进青年，使他们在反对腐败的清政府专制统治一点上，产生了共鸣。
《苏报》的论说发表后，外地报刊如香港《中国日报》、厦门《鹭江报》等纷纷选录转载，从而进一步扩大了它在国内外社会上的影响。
上海地区的革命宣传活动如此大张旗鼓地迅速展开，自然引起了清政府的极大惊慌。
1903年5月，商约大臣吕海寰就函告江苏巡抚恩寿：
上海租界有所谓热心少年者，在张园聚众议事，名为拒法拒俄，实则希图作乱。请即将为首之人密拿严办。
恩寿饬上海道袁树勋向各国领事照会，指名要逮捕蔡元培、章炳麟、陈范等人。
介绍《革命军》的文章在《苏报》上发表后，恩寿再次饬袁树勋，称奉清廷谕旨，要求上海的列强租界当局——工部局，会同查封《苏报》，逮捕章、邹、陈等人。同时，恩寿又派候补道俞明震到上海，会同袁树勋办理此事。
6月20日，两江总督魏光焘电告外务部：
查有上海创立爱国学社，招集群不逞之徒，倡演革命诸邪说，已饬查禁密拿。
6月21日，清廷下谕：
著沿海沿江各省督抚，务将此等败类严密查拿，随时严办。
吕海寰向清政府开具了逮捕者名单，主要有：蔡元培、吴敬恒、钮永建、陈范、冯镜如、章炳麟、黄宗仰等人。
由于以上要抓之人都住在租界里，清政府不能直接捕人，不得不向各国领事进行交涉。
在清廷的极力要求下，查拿《苏报》一案终于不幸发生。
据吴稚晖的回忆：
就余所知，捕房传讯，凡有六次。好像两次在五月前，四次在五月后。传去者，有蔡孑民、宗仰、徐敬吾、章太炎及我。我则被传四次：第一次与宗仰、敬吾，第二次与孑民，第三次与太炎，皆至四马路老巡捕房。第四次已在五月二十后，传余一人，至老巡捕房后面三间两厢房石库门内，见余者，即英国中国通濮兰德是也。每次所问之话，大略相同。终说：“你们只是读书与批评，没有军火吗？如其没有，官要捕你们，我们保护你们。”我们回说没有军火，即点头而别。
在此前后，清廷官吏亦曾设法诱捕蔡元培及吴稚晖等人，但未成功。
据吴雅晖说：
（1903年5月）十六日尚有上海已革举人童迥来骗我们进城。他说，他们将开设一文鞭学校，暗寓文人更革之义，叫我与孑民等都去讲演，其实他受上海道之使，要骗我等去就捕。
随着《苏报》言论的日趋激烈，邹容、章炳麟的论著又先后出版，情况便急转直下，暂时搁置了的捕人措举又再度加紧起来。
6月20日，两江总督魏光焘电陈查禁“爱国会”（指爱国学社）演说，经外务部呈慈禧太后阅览，批饬“严密查拿，随时惩办”。魏光焘又觉得演说虽禁，“复有《苏报》刊布谬说，而邹容所作《革命军》一书，章炳麟为之序，尤肆无忌惮”，因饬一并查禁密拿。时兼湖广总督端方并致电魏光焘，谓《苏报》“悍谬横肆，为患非小，能设法收回自开至妙。否则，我办一事，彼发一议，终无了时。其他各报能联络之更好”。
江督苏抚既奉命拿办爱国学社及报馆诸人，但又不能直接行使职权于公共租界之内，为详慎起见，乃会派候补道俞明震赴上海，会同上海道袁树勋向领事团交涉捕人之事。各国领事以案犯为国事性质，初坚持不允，后“各领泛论：如果租界之案，在租界审办，尚可酌行”。于是订立条约，谓：“所拘之人，须在会审公堂由中外官会审，如果有罪，亦在租界之内办理。”拘票乃经领袖领事副署，由会审公廨交请巡捕房执行。
6月29日上午，有中西警探多人到苏报馆，拘票上写陈范、陈叔畴、程吉甫、章炳麟、邹容、钱允生、龙积之等七个名氏，一见账房程吉甫，便问：“你是程吉甫吗？”回说：“是的。”即被锁上带走。下午又有巡捕来问：“陈范在吗？”陈范自己回答不在，巡捕不再追查。扬长而去。陈范为安全计，是晚即暂避于派克路登贤里演译社中。其他各人未知事态严重，不以为意。第二天，章炳麟正在爱国学社账房里，警探又拿了拘票，指名挨次查问。章氏回答：“余人俱不在，要拿的章炳麟就是我。”来人便将他戴上手铐捉去，临行时要求带点东西，亦被拒绝。邹容毕竟年少，心志不定，自后门遁去。随后警探又到《女学报》馆捕去陈范的儿子陈仲彝及办事员钱宝仁。章炳鳞在巡捕房中写字条劝邹容、龙积之自首，龙氏连夜到案，邹容本由张继把他藏在虹口一西教士家中，吴敬恒却“唆使爱国学社诸生抵邹容之门，抛砖骂詈云：“章某已入狱，尔不入狱，为无耻云云。”邹容在这种刺激下，也于7月1日到租界巡捕房自动投案。
英人捕头见他年轻个子小，说：“你跑来做什么？”邹容指着牌告说：“我是邹容。”英捕头说：“你是个小孩子。”邹容说：“我就是满清政府要捕拿作《革命军》的邹容。”遂被收入狱中。
据胡道静《上海新闻事业之史的发展》一文记载，案发之后，“陈范先已赴日本，黄宗仰躲在罗迦陵女士家中，蔡元培走柏林，吴敬恒去伦敦。爱国学社就此解散，《苏报》则由章士钊、林蛎等暂行维持，照旧出版。”
实际上，苏报案发前，俞明震到沪，即于6月26日命其子俞大纯往见吴稚晖，约吴稚晖至其私邸会面，以拿办六人即行正法之公文示之，暗中示意吴稚晖等人赶快逃避。时吴稚晖与章炳麟不睦，故未明言，越数日而“苏报案”起，章炳麟等怀疑吴稚晖到俞明震处告密，且献《革命军》及《驳康有为书》以求脱祸，故陈仲彝于公堂上作供，指《苏报》主笔是吴稚晖。指责吴氏存心告密，是章炳麟一时的意气而已。不过，后来有关人等确为此等雾案展开了激烈的论争，前后达二十余年之久，而吴、章二人的对立，此后终身也没能和解。
7月1日，巡捕房按向例将案犯章炳麟等送至会审公廨，由谳员孙士和陪审官英领署翻译迪理斯（B·Giles）会同审讯，而章炳麟等已有友人代延律师博易（HaroldBrowett）出庭辩护，使清吏甚为惊异。清政府要求移县办理，租界以有约在先，没有答应。
7月2日，端方飞电魏光焘、恩寿、袁世勋，主张设法将章炳麟、邹容解往南京，要将章炳麟、邹容等人弄到清政府的手中杀掉。
但是，魏光焘等人并不以端方的主意和军机处的命令为然，他们认为要改变洋人的主意不是件容易的事情。律师亦谓订期再讯，于是中西官相商的结果，决定还押捕房候讯。
最初，清吏拟于捕拿诸犯后，即将苏报馆封闭，然因不能自由处置，乃由公廨谳员征求英陪审官的同意，但照租界习惯法，必须审定后始能执行，当然不能违法先封。上海道之意，以为该报关系人等既已拘审，而报馆仍旧开立，殊为不合，复与领事团多方相商，至7月4日，领事团才答应“经公堂判定，速签封馆之票”。7月6日，上海道所聘的律师古柏（ASP·White－Copper）赴会审公廨，检呈新出的《苏报》数张，自称代表中国政府，谓《苏报》连日来仍妄登悖逆不道之说，应请将该报发封。谳员孙士签发封条，由英陪审官迪理斯副署，最后经英总领事签字，交工部局执行；但工部局不允即行照办，上海道乃饬公廨停讯，以为抵制，工部局始于7月7日上午11时命巡捕房照办。
《苏报》被封之前，上海多数外国人的意见，认为该报是不能封禁的，因为必须维护租界内的自由及人权。但当时领事团的领袖，是美国领事古德纳（JohnGoodnow），他是个颇为守旧的人，前此订立捕犯条约，及此次答应封报之举，都是出于他的主张。
7月15日，会审公廨开始审讯，谳员及陪审官仍是孙士和英翻译官迪理斯，中国政府律师是古柏和哈华托，章、邹等的律师是博易和琼司（LoftusE·P·Jones）。先由古柏提出控诉《苏报》馆条款，谓《苏报》“故意污蔑今上，诽诋政府，大逆不道，欲使国民仇视今上，痛恨政府，心怀叵测，谋为不轨”。此外，又指责《苏报》捏造上谕；邹容《革命军》文中多侮辱政府词句，大逆不道等。
古柏律师又提出：“苏报馆主陈范即陈叔畴，为现在到案之陈仲彝生父，实主持该馆之笔政，应请补捉；陈〔程〕吉甫系司账人，龙积之系汉口富有票案中要犯，应归另案惩办。余人请即一律办理。”遂由谳员询各被告口供，记录如下：
陈仲彝供：
那陈范是父亲，事前到东洋去了。苏报馆总主笔是吴稚晖。陈［程］吉甫是应房，钱允生不认识。报馆是共同开设，归父亲经理。我仅止在馆内读书，于主笔事务，不相过问。于报馆事务，概不料理。馆中共有四个账房，经理原是父亲，如不在馆，归账房代理。我只是专心读书，不管馆中事务。那吴稚晖是专管主笔，是实。
钱宝仁供：
我实名钱宝仁，并不是钱允生，前堂也曾提及的。系镇江人，暂寓客栈，苏报馆事，并没知道，因办九江矿务来沪，在新马路跑马厅、女学堂内被拿，不是在《苏报》中拿来的，是实。
程吉甫供：
我系苏报馆告白账房，即二账房，不管馆中别事。如遇经理人陈范有事他去，系三账房李志园代为料理。况我已于前年十二月辞去，去年三月又进去，所以银钱一切都不管的。有旧报告白，是实。
龙积之供：
广西临桂县人，年四十四岁。由优贡选四川知县，到过省的。庚子年，唐才常京卿于富有票事，职贡因母丧停柩在沪，虽到过汉口，单上并无名字。次年赴广东，单上又无名字。今唐京卿已死，是实。
章炳麟供：
年三十六岁，浙江余杭县人。《革命军》序文系我所作。
邹容供：
四川巴县人，《革命军》一书，乃我所作。
接着，会审公廨出堂谕如下：
此案会商英副领事，着将陈仲彝等六人，暂行还押捕房，即提供出之苏报馆主笔吴稚晖，代理经理李志园到案须讯核办。陈范是否避往东瀛，未可轻信，仍饬差严缉解究，毋延。
7月21日，继续审讯。原告律师古柏称：“查得此案之外，另有交涉事机，尚未停妥，今日未便向堂上声叙，请俟停妥后再互订会讯之期。”被告律师博易乘机驳称：“古律师所谓改期会讯，堂上不能允从。若云交涉事机，究与何人交涉，不妨指明；况公共租界章程，界内之事应归公堂讯理。现在原告究系何人？其为政府耶？抑江苏巡抚耶？上海道台耶？本律师无从知悉。”这是有力的一问，谳员只好勉强回答说：“章、邹等犯系奉旨着江苏巡抚饬拘，本分府惟有遵奉宪札行事而已。”博易律师因道：“政府律师如不能指出章、邹等人所犯何罪，又不能指明交涉之事，应请将此案立即注销。”政府律师哈华托力请堂上俟政府将交涉事机议妥后，订期会审。谳员和陪审官都同意，于是章邹等仍还押候讯。
本来，清政府拟于捕捉章炳麟、邹容等人之后，乘机引渡，解往南京审办，以达到镇压革命党人之目的，但没有想到大受外人的反对。旅沪外侨机关报如《字林西报》等，纷纷著文强调“外人在租界一日，即有一日应得之权利；中国人在租界一日，即有一日应受外人保护的权利”。工部局更进一步提出，“此租界事，当于租界治之，为保障租界内居民之生命自由起见，决不可不维持吾人之治外法权”。公然提出租界内有“治外法权”，就法理上言，这是侵犯中国主权的行为，但事情发展到这一地步，清政府已经被迫处于被动的地位，如要达到审办章、邹等人的目的，就先要承认租界的“治权”。
案发之初，清政府虽一面在地方进行交涉，但仍觉得“此事仅恃沪道办理，力量较薄，非由外务部商诸公使主持，恐仅在上海监禁，多则三年，少仅数月，限满释放，逆焰更凶，大局不可问矣”。故又令张之洞与各国公使磋商，仍以移送人犯为请。各公使以“此事领事主之，吾人不能侵其权限”等语推托；旋北京发生了慈禧太后旨命杖毙反清志士沈荩的事件，英、美两国公使并各接得其政府之训令，命不得允可“苏报案”犯引渡，因此，他们的态度便更加坚决。结果，《苏报》案仍归上海就地办理，并商得英公使同意，在会审公廨开“额外公堂”，由上海县会同谳员及英陪审官审讯，并授判决权于上海县，9月10日，由京方函知沪方照办。是时清廷看法，认为“章、邹必应永远监禁……能在华界监禁最好”。交涉途径，实以此为目标。
从12月3日到7日，“额外公堂”开庭四次，主审者是上海县汪懋琨，会审者是谳员邓文堉和英领署翻译员迪理斯。
第一堂开审时，政府律师古柏先请求将程吉甫、钱宝仁二人开释，陈仲彝准其保释，章炳麟、邹容二犯“大逆不道”、“聚众闹事”、“扰乱人心”三项罪名，应请堂上究办；上海县允之。
第二堂开审时，先由被告律师爱礼司（F·Ellis）代章、邹辩护，继由章炳麟供述履历。
浙江余杭人，年三十六岁。先曾读书，后在报馆充主笔。戊戌后赴台湾，后由日本赴上海，在《亚东时报》任笔政，复至诚正学堂当汉文教习。未及数月，又至苏州东吴大学堂。前年再赴日本，去年回国。今年二月在爱国学社任教习，因见康有为著书反对革命，袒护满人，故我作书驳之。所指书中“载湉小丑”四字，触犯清帝圣讳一语，我只知清帝乃满人，不知所谓圣讳。“小丑”两字，本作“类”字或作“小孩子”解。《苏报》论说，与我无涉，是实。
清廷官员知道章炳麟是名士，以为必曾中式，问得自何科？章顾邹容而微笑曰：“我本满天飞，何窠之有？”盖有意误“科”名为鸟“窠”。旋讯邹容，邹供称：
四川巴县人，年19岁。初来沪，入广方言论；后至日本东京留学。因愤满人专制，故有《革命军》之作。今年四五月间，请假来沪。闻人言公堂出票拘我，自到巡捕房报到。
第三堂开审时，由被告律师琼司延请能解《革命军》意义的西人立得儿（E·S·Little）到庭解说。
第四堂开审时，古柏律师请特龙积之开释。
12月24日，上海县宣判邹容、章炳麟以永远监禁之罪。领事团对此发生异议，相持不能解决，而被告方面以“久系囹圄，在法律及人道均属不合”，要求立将控案注销。当时上海且盛传释放章、邹二氏之说。北京外务部深恐此案劳而无功，遂允予采纳英使意见，从宽办结。
1904年5月21日，由上海县汪懋琨赴会审公廨，会同谳员黄、英副领事德为门（Twymen）复讯，当庭宣判：章炳麟监禁三年，邹容二年，罚做苦工，自上年到案之日起算。期满驱逐出境，不准逗留租界。这场惊天动地的大案，至是始告结束。后邹容于1905年4月3日病死狱中，章炳麟则于1906年6月29日出狱，赴日本任中国同盟会机关报《民报》编辑。
《苏报》案的发生，对国内思想界的影响是十分巨大的。这件事在上海发生，它对国内所起的打开风气的作用，自然是日本和香港等地所难比拟的。
章士钊在《苏报案始末记叙》中回忆说：
前清末造，士夫提倡革命，其言辞之间，略无忌讳，斥载湉为小丑，比亲贵于贼徒者，惟香港东京之刊物能为之，在内地则不敢，抑亦不肯。对如是者，词锋朝发，缇骑夕至，行见朋徒骇散，机关捣毁，所期者必不达，而目前动乱之局亦难于收摄也。此其机缄启闭，当时明智之士固熟思而审处之。然若言论长此奄奄无生气，将见人心无从振发，凡一运动之所谓高潮无从企及。于是少数激烈奋迅者流，审时度势，谋定后动，往往不惜以身家性命与其所得发踪指示之传达机构，并为爆炸性之一击，期于挽狂澜而东之，合心力于一响，从而收得风起云涌，促成革命之效。《苏报》案之所由出现，正此物此志也。
清政府兴师动众，为镇压新兴的革命运动，制造了《苏报》案。可是，比较起它为制造此案而付出的政治代价来说，囚禁章炳麟、邹容所获的“胜利”简直微不足道。大清王朝的统治者以政府的名义去控告几个普通的百姓，一开始就使自己处于被动的地位。愚蠢的清政府，本以为借《苏报》案就可以将当时国内方兴未艾的革命思潮扑灭下去。但是，历史的发展总是大出反动统治者的意料之外。清朝统治者实际上为革命党的反清革命做了义务上的宣传工作。
孙中山在《有志竟成》中高度赞扬了《苏报》的战斗作用。他说：
此案涉及清帝个人，为朝廷与人民聚讼之始，清朝以来所未有也。清廷虽讼胜，而章邹不过仅得囚禁两年而已。于是民气为之大壮。
周佳荣在《苏报及苏报案》一书中说：
第一，清廷为此案原告，降尊向所属的下级法庭控告平民，实为中国史上朝廷与人民聚讼之始，故此人民对清政府的尊严与外人对清政府之观瞻，皆有莫大影响。当时舆论且以为此案乃二百余年以来满汉两族第一次立于平等的地位。
第二，是对出版事业的影响，正如胡道静在《上海的日报》中所说，“苏报案”在历史上的意义是很大的。其正面的影响，就是革命派不过牺牲了一个报馆，毕竟予清政府以极锋利的舆论攻击，使它全盛时代毒辣手段焚书坑儒的威严全消失了。其侧面的影响，是清廷虽以雷霆万钧之力，欲提办章、邹诸人，卒以事出租界，外人为维护其既得之行政权的缘故，卒未使它达到野心的目的；以后的上海言论界出版界多数集中于公共租界，与这件事情有莫大的关系。
严独鹤在《辛亥革命时期上海新闻界动态》一文中认为：
此案的发生，标志着当时革命的火焰，已凭着舆论的力量，向腐朽的清政府作强烈的喷射，也暴露了清廷以毒辣又很卑劣的手段，多方乞助于帝国主义者，对当时鼓吹革命的知识分子，对上海新闻事业，加以严重的迫害。
《苏报》案发生后，在国内知识界引起了更大的激动，更加有力地促进了革命思潮在国内的广泛传播。
当时，《江苏》第四期的本省时评中说得很清楚：
前日之《苏报》与《革命军》，议论虽激，然而阅此报与此书者几何人也？一般之国民固未尝知其所号呼者为何事，其鼓吹者为何事。今日《苏报》之被禁，章、邹之被锢，其势固已激荡于天下。然“《苏报》何以被禁，章、邹何以被锢”之一问题，出诸于一般国民者必多，则必应之曰：为逐满故。何为而逐满？则又必应之曰：为汉族受满族之荼毒已不胜其苦，满族实汉族之世仇故。以此而互相问答，互相传说，一传十，十传百，百传千万。于是，排满之一主义，遂深入于四万万国民之脑髓中。
《江苏》第四期还特地发表《祝苏报馆之封禁》的时评说：
此后，吾但祝满政府多封报馆；则国民之自由心愈发达，吾中国前途愈光明。吾乃于《苏报》馆之事，飨宴以贺之，燃开花炮以祝之。
在《江苏》第四期的另一篇时评中更说：
星星之火，可以燎原。此后之革命风潮，当为奔涛怒浪，不可遏止。吾不知官吏政府，又将以何术济其穷？
《苏报》案尚未结束，在北京又发生了清政府杖毙参加自立军的沈荩的事件。
沈荩，字愚溪，湖南长沙人。先时，与谭嗣同、康才常友善。他在维新派中是思想比较激进的一个，曾说：“新吾湖南，非有一番之破坏，不为功也。”戊戌变法失败后，曾东渡日本。后回上海，参与唐才常主持的自立军事件，为右军统领。但“荩所恃之主义，乃唯一之破坏主义，不喜学问，无复杂之脑筋，故一闻才常之言，以为天下事大可为也”。事败后，潜入北京，秘密居住两年，被人告发。1903年5月19日，被清政府逮捕。这时正是《苏报》案事件起后20天。沈荩被捕后，被判死刑。这时，正值慈禧太后生辰，嫌在这时行刑会“破其庆典”，于是就下令在狱中杖毙。7月31日，清吏用竹鞭捶击沈荩，连续四小时，血肉横飞，仍未绝命，最后用绳子勒毙。
沈荩事件，充分暴露了清政府的野蛮残暴，激起了人们的极大愤怒。
《江苏》的国内时评中写道：
夫沈荩以何罪死，满政府固未尝有一纸死罪宣刑书以告我国民也。夫杀而不能言其罪，则四万万人孰非可杀之人乎？
呜呼！吾向者犹以为满政府不过用其呼尔蹴尔之术以待我汉族，而不知今后竟至于磨刀霍霍而来也。今日杖杀一沈荩，不过小试其新硎之利器耳。血肉横飞，哀呼宛转于槌杖之下，又满政府待我汉族之方法，而我同胞前途之写影也，吾同胞其将何以待之？
章士钊更于同年化名“黄中黄”写了《沈荩》的小册子，书中指出：
自荩死后，而满政府之丑状尽形呈露，大激动国民之脑筋，发议于各新闻杂志，以为今日可以无故而杀一沈荩，则明日即可以无故尽杀吾四万万同胞。前言满族之虐待我汉族，而尚有忠奴为之解脱，自今观之为何如？同胞视此，则直以为满政府与吾国民宣战之端，吾国民当更有一番严酷之法对待满政府。几致全国之舆论为之一转。
沈荩死后，上海的激进分子在愚园召开隆重的追悼大会，到会的有数百人。会上，宣读章炳麟所撰的哀词，鞠躬致敬，并有人演说沈荩惨死的事实和今后对待清政府应有的态度。到会的人中间，不少人为之流泪，反清情绪极为高涨。
这样，从《苏报》案以后，反清革命思潮在国内，已如决堤的洪水一样，冲破了种种传统思想的严重束缚，汹涌澎湃，一发不可收拾地向前大大推进了。