在甘肃省敦煌县城南6公里，有一座东西长约40公里、南北宽20公里、高数十米的鸣沙山。据说前秦建元2年（公元366年，）有一位名叫乐傅的沙门，来到鸣沙山的东麓，抬头“忽见金光，状有千佛”，他认为这是天降瑞兆，于是便乘兴在此地“架空凿岩，造窟一龛”，最早拉起了营建莫高窟的序幕。
在此之后，经过北朝历代至隋唐时期僧人的修建经营，莫高窟已颇具规模。到唐代武则天时期的莫高窟，已在鸣沙山东麓的断崖上开凿出窟室千余龛，窟群南北长达1600多米，并形成上下5层，高低错落，鳞次栉比，景致蔚为壮观，也因此成为天下闻名的佛教圣地。随着丝绸之路的逐渐衰落，宋元时期的敦煌渐趋沉寂，莫高窟的营建亦即告中止。到了明朝，莫高窟因孤悬关外，长期无人过问，其佛像多遭毁坏，洞龛亦多为流沙所埋。清朝的莫高窟虽然一度增补和重修，但已荒凉破败，满目疮痍。
清咸丰6年（公元1857年），湖北省10个大县大旱的第二年，乡民便纷纷离乡背井，出外逃荒。在逃荒的人群中，有一位名叫王圆篆的八九岁的孩子随流民流落到了甘肃酒泉，据传王圆篆成年后曾在酒泉巡防军中当过差，直到年近半百，因生计所逼、他才找到一处道观受戒当了道士。道士的身份似乎给他的生活带来了转折和希望，一次偶然的机会，这位王道士鬼使神差般地云游到了敦煌，并对莫高窟这个佛家圣地产生了兴趣。于是，王道士首先把莫高窟中的一座洞窟改造成自己的居室“太清宫”，长期居住下来。居住初期，王道士见莫高窟的洞窟多为流沙掩没，便立志要在这里披沙开洞。1900年6月22日（光绪25年5月26日），当王道士在一个洞窟内清理流沙时，无意之中发现了一个“洞中洞”，这就是后来蜚声海内外的“藏经洞”。据粗略统计，洞中藏有写经、文书和其他文物5万余件。洞中的写经和文书被研究者称为“敦煌遗书”或“敦煌文书”。由于这些“文书”或“遗书”大多是卷轴式的写本，所以亦称“敦煌卷子”。
王道士发现“藏经洞”之后，立刻邀请敦煌城中的绅士来洞中参观。但由于这些绅士们都不识货，只认为这些遗书流落在外是造孽之事，便叮嘱王道士仍将经卷藏于洞中。王道士不死心，又将一箱书卷带到了酒泉县城，没想到还是没有碰到识货之人，只好再次扫兴而归。
1902年，当时担任甘肃省学政的金石学家叶昌炽因偶然的机会得到了一部分敦煌卷子，并循迹了解到这些遗书出自藏经洞。立刻建议当局将敦煌卷子全部运到兰州作妥善保管。但是昏庸的政府当局却以经费困难为借口，没有接纳和实施叶学政的建议。随着时间的推移，在日益增长的社会舆论压力下，1904年3月，甘肃省藩台又责令敦煌知县江宗瀚对藏经洞进行封检，然后由王道士就地保管。但在实施这一举措的同时，经办人汪宗瀚也假公济私乘机窃取了一些卷子精品，作为奉送西北地区权贵的礼物。敦煌卷子从此开始逐渐向外界流传和流失。
在政府和社会上下对敦煌卷子或熟视无睹、或麻木不仁听任其流散之际，一些远隔重洋的外国人也闻讯而动，他们处心积虑，不远万里长途跋涉，乘机踏入敦煌这块净土进行掠夺。清朝政府的各级官员也不甘落后，纷纷出马，以权猎宝，以钱收宝。莫高窟秘藏从此进入了灾难性的流失和损毁阶段。藏经洞，一下子成为一个民族滴血的创伤口，它记录了中国近现代史上一段令中国人心酸和愤慨的历史。
1906年，英籍匈牙利人A·斯坦因进入莫高窟，此后又有英、法、日、俄、美等列强的考察家们进入敦煌掠宝，敦煌遗书及其他文物也因此大量流失海外。
当斯坦因等人盗劫敦煌遗书的消息传出后，藏经洞文物开始在国内广为人知。清朝政府迫于舆论压力也试图重视敦煌卷子的保护，但处于摇摇欲坠之中的大清皇朝显然已力不从心。1908年，清廷曾责令敦煌知县和王圆篆妥为保存卷子，不得再有遗失私卖的行为发生，于是残存的敦煌卷子被分装成两大木箱，名为“转经筒”，藏于莫高窟第367窟。然而，在入藏新窟的过程中，狡诈的王道士又擅自私藏了不少卷子，留待日后转手出售。不仅如此，当1909年敦煌卷子运送北京时，王道士再次从中做了手脚。加上在运送途中，押解差官与一些官僚世宦又大行偷窃，使得劫余的敦煌卷子断篇再遭洗劫。这一连串卷子失窃事件的发生，最后竟然不了了之。
早在1906年3月16日，斯坦因一行来到莫高窟，目的是调查藏经洞。但因王道士外出化缘，斯坦国等人吃了闭门羹。同年5月21日，斯坦因带着他的翻译蒋孝琬等人重返莫高窟时，终于见到了王道士。为了掩盖其真实目的，斯坦因在首次公开场合接触王道士时，绕开了藏经洞的敏感话题，只说他们是来拍摄壁画的，以此打消王道士的戒心。而在暗地里却指使蒋孝琬试探王道士，说他们想捐赠一些功德钱来换取一些敦煌卷子。王道士虽然并不清楚这些古代遗书的重要价值，但出于宗教感情，他当时没有理会斯坦因的请求。斯坦因看到金钱收买的计策不奏效，只好另生一计。于是，他请求王道士带领他参观莫高窟以及由王道士主持的维修工程，在参观过程中，斯坦因用生硬的中国话不断地恭维王道士，并表白自己对唐代高僧玄奘的崇拜心情，声称自己是一个虔诚追寻玄奘的足迹，从印度横越峻岭荒漠前来中土取经的宗教徒。斯坦因的谎话，终于感化了王道士，更使王道士消除了戒心。王道士即就把斯坦因领到了画有唐僧故事的壁画面前，并给他进行了富于感情的讲解。就在当天晚上，王道士把一小捆经卷悄悄交给了蒋孝琬，斯坦因马上让蒋孝碗连夜进行识别。事有凑巧，第二天一早，蒋孝碗惊喜地向斯坦因报告，根据有的经卷上的题署表明，一些佛经是玄奘从印度带回并亲自从梵文译成汉文的。惊喜不已的斯坦因马上让蒋孝琬将此发现告知王道士，王道士听完更是惊愕不已。蒋孝碗乘机继续煽动蒙骗王道士，说这肯定是玄奘英灵的有意安排，是玄奘亲自选定了这一时刻，把这些神圣的佛经展示在斯坦因面前，以便使这位来自遥远之邦的虔诚信徒能把这些卷子带回印度老家去。王道士被他们花言巧语蒙骗，终于向斯坦因打开了藏经洞的大门。
进入藏经洞后，愚昧无知而又贪婪的王道士最终听任蒋孝琬的摆布，连续八个晚上任由他们在藏经洞中挑选卷子。
6月13日当斯坦因离开莫高窟的时候，跟在他身后的已是一支由骆驼、马匹以及新增的五辆马车所组成的浩浩荡荡的队伍了。
斯坦因并没有满足，4个月后，蒋孝婉怀揣着斯坦因的一张字条再次潜入莫高窟。这次他又带走了许多汉文和藏文写本。1908年3月，满载敦煌写本的24口箱子和5口装满了画绣品以及其他文物的箱子被斯坦因运抵伦敦不列颠博物院。1914年，斯坦因第三次到了莫高窟，通过王道士，他又骗去了5大箱敦煌卷子。据研究者统计，斯坦因前后三次总共盗走敦煌卷子1.5万卷左右。卷子内容主要是各种文字的经卷和绘画作品。
除了斯坦因，法国人伯希和也对莫高窟藏宝进行了疯狂的掠夺。伯希和是一位懂得汉文、俄文、突厥文、藏文等10余种文字的学者。
1900年至1904年，他曾在法国驻华使馆任职，因而对中国的历史、语言和文化较为熟悉，是法国乃至整个欧洲著名的汉学家。1906年8月，伯希和受有关学术组织的委派，开始在中亚考察。
1906年8月底，伯希和一行3人到达我国新疆的喀什。
1908年初，伯希和等人辗转来到莫高窟，经过一段时间与王道士的讨价还价，伯希和于3月3日走进了藏经洞。在整整3个星期的挑选过程中，据说伯希和以每天阅卷大约1000份的高速度，基本上将洞中所藏的敦煌遗书检查了一遍。最后，他以500两白银的价格和严守秘密的许诺与王道士达成交易，带走了大约6600卷敦煌卷子。伯希和所劫掠的敦煌卷子的数量虽没有斯坦因多，但却都是精华，其中有许多孤本。这位汉学家显然比斯坦因更识货。在敦煌卷子中，标有年代的卷子本来不多，伯希和却盗走了其中的大部分；在敦煌卷子中世俗文书的数量本来也不太多，而伯希和却又盗走了许多。现藏于法国巴黎国民图书馆的这些敦煌卷子，可以算得上是藏经洞敦煌卷子中最有价值的一部分。
“敦煌卷子”是一批非常宝贵的文化遗产，“敦煌卷子”各种文字的写本多为卷轴式，其时代从公元5世纪至11世纪，即从魏晋南北朝至宋初。它包括了5万余件汉文写本和大量的藏文、于阗文、突厥文、回鹘文、粟特文、梵文等多种文字的写本。
汉文写本中的95％是佛教经典，包括经、律、论、疏释、赞文、陀罗尼、发愿文、启请文、忏悔文、祭文、僧传、经目等。其余5％的非佛典文献包括经、史、子、集4部。
敦煌藏经洞文献的发现，在国内外学术界引起了轰动。由于敦煌卷子涉及中国和中亚地区的历史学、语言学、考古学、民族学、宗教学、文学、艺术、书志学、历史地理学和科技史等诸多方面的内容，所以它普遍引起了世界各国学者的关注。当今世界通过考古发掘发现的新史料尽管很多，但由于藏经洞文献具有与一般新史料不同的价值与特点，所以以敦煌卷子为基础的研究，最终形成了一股学术的新潮流，并形成了一门综合性的新学科——敦煌学。
敦煌卷子的佚失，是我国史学界的重大损失，它记录了衰弱中国的耻辱历史，相信随着国家的富裕强盛，此类历史将再也不会重演。