弃儒从医，成了李时珍人生道路上的一个转折点。他的“脑为元神之府”说，在我国历史上第一次明确指出脑是思维的器官，改变了传统的“心之官则思”的错误。
后来，李时珍把“脑为元神之府”的思想，载入了他的药物学巨著《本草纲目》。
也就是在这一年，神仙方士的活动更加猖獗起来。嘉靖皇帝朱厚熜最初登基时，确实是有所作为的，可是到这个时候，开始常年痴于修道。
有时，皇帝甚至不理朝政，在宫中设立用作祭祖祈祷的醮坛和炼金所，整天和一批方士鬼混。
嘉靖帝个性很强，认定的事大多难以改易，他不仅本人信道，当上皇帝以后，还要全体臣僚都要尊道，尊道者升官发财，敢于进言劝谏者轻则削职为民，枷禁狱中，重则当场杖死。
嘉靖帝时道士邵元节、陶仲文等官至礼部尚书，陶仲文还一身兼少师、少傅、少保数职，这在明朝历史上是空前绝后的。
皇帝这样做，是想提高方士陶仲文的政治地位，使朝臣和老百姓都不敢轻视方士。
于是，设坛扶觇的风气、很快传播到全国各地。在这种歪风邪气的刺激下，李时珍更加坚定了从医的信念。
脱离了科举的桎梏，李时珍的心情一下子安静了许多，不再有那些烦躁不安的情绪，可以安安心心地阅读以前不敢看的闲书、于科举无用的杂览，上至三坟五典，下至经史百家，当然也少不了医书。
李时珍在他伟大的一生中，在医药事业领域，能获得如此巨大成功，出于他有幸遇到了两位恩重如山的老师。一位是对他进行医学启蒙的父亲，一位是博学多识，家藏万卷书的顾问。
先说第一位恩师，也就是李时珍的启蒙老师，父亲李言闻。
李时珍的父亲李言闻在当地玄妙观坐堂行医，医案旁设了一个座位，是他给收为徒弟的儿子专门设下的。
李言闻每当自己看病诊脉后，都口授药方，让李时珍笔录药方，按方抓药，并同时向他传授不同方剂药物的匹配用量情况，药物间的协同作用，以及如何抑制药物的毒性等等。
父亲告诉李时珍说：“每个药方的用药，都是按‘君、臣、佐、使’的配合规则。君药是方剂中治疗主症，起主要作用的药物，根据需要可用一味或几味。臣药是协助主药的，用来加强其功效起治疗作用的药物。佐药是协助主药治疗，或者抑制主药的毒性和剧烈的性味，或是反佐的药物。使药是引导各药直达疾病所在或有调和各药的作用。”
“一般小病，开一个处方，抓几剂药即可治疗好。大病或重病则需有步骤地进行治疗，先怎么处方，用哪些主副药物，病情见好后再换处方，改换用药，到治疗痊愈。”
李时珍跟随父亲从开方和抓药学起，不仅认识了许多药，还进一步了解到药的四气、五味升降浮沉等特征。所谓“四气”，就是指寒、热、温、凉四种药性，药性的寒凉和温热是与病症性质即热性病症、寒性病症相对而言的。
李时珍了解到，能够治疗热性病症的药物，属于寒性或凉性，如黄连是寒药，治热病泻痢；因陈蒿微寒，即是凉药，治黄胆身热。
能治寒性病症的药物，属于热性或温性。如附子是热药，能治因大汗而阳气衰竭、四肢寒冷等；草果是温药，能治因胸腹冷病而发冷较重的病疾。
药物还有辛、甘、酸、苦、咸五种味道，辛味能散能行；甘味能补能缓；酸味能收能涩；苦味能泻能燥；咸味能软坚润下，还有淡味能渗湿利小便。
药物作用的趋势又分升降浮沉。升是上升，降是下降，凉是发散上行，沉是泻痢下行。升药上行而向外，有升阳、发表、散寒等作用，沉降药下行而向内，有升阳、降逆、收敛、清热、渗湿、泻下等作用。
父亲还常常结合一桩桩鲜活的医案，将治病救人的道理讲给李时珍听。
没有多久，俩人便把李时珍因科场失利造成的烦恼忘得一干二净，父亲仔细热心传授医道，儿子认真踏实努力学习，父子俩情投意合，享受到无穷乐趣。
有了初步的基础之后，李言闻向李时珍进一步讲解了中国医学中辨证施治的道理。
李言闻说：“所谓‘辨证’，就是综合病人所出现的各种症状，以及一切与疾病有关的因素加以分析，进而探求病变的性质和转机，从而了解疾病的本质，作为施治的准则。”
“东汉有一个著名医学家张仲景，他在《内经》等古代医学典籍的理论基础上，运用辨证施治的医疗规律，进一步丰富和发展了治疗外感病及其它杂病的医学理论和方法。”
“张仲景在多年临床诊断中，总是先检查病人的身体，观察病人的气色，倾听病人的声音，然后询问病人的症状，再检查病人的脉搏，最后综合检查结果分析病情，从而得出一个阴、阳、表、里、寒、热、虚、实的‘辨证施治’方法，这就是传统中医的‘望、闻、问、切’法。”
父亲告诫李时珍说：“医药学里的学问大得很，多得很，要成为一个受人欢迎医术高明的医生，除了从前人书籍中吸取营养外，还要重视积累临床实践和搜集民间流传的经验。”
也就从这时起，李时珍在父亲的指导下，涉猎了大量医书，如《素问》《灵枢》《伤寒论》《金匮要略》《脉经》《诸病源候论》《千金方》等医学名著。