明代穆宗隆庆元年，李时珍这时已年过半百，仍带着徒弟和儿子继续出外采药。
这一次，李时珍注意搜集药用植物标本，特别重视发现历代《本草》中未曾记载过的药物。凡是民间流传采用的药物，他都尽量搜集记载下来。
比如朱砂，作为消热解毒的重要药物，就是当年李时珍第一个在民间发现，并记载入《本草》的。
其它如月季花、凤仙、玉簪、谈竹叶等二百余种新药，都是李时珍从流散在民间、疗效明显的药方中发现，作为药材首次载入《本草》的。
还有“三七”，李时珍是这么介绍的：“此药近时始出，南人军中为金疮要药，云有奇功。”
并说：“凡是杖外伤损，淤血淋漓者，随即嚼烂，咽之即止，青肿者即消散。”
这说明当时军队中已用三七治疗杖扑损伤的出血症。同时，对血崩、无名肿毒、虎蛇咬伤等症，疗效也很显著。
三七作为一种重要的中药材，自李时珍发现载入《本草》以来，至今一直是临床研究的热门药材。
李时珍特别注重实践，他聪颖博达，常常创造出一些奇特方法来验证中药功效。
一次，李时珍发现一本书上说野芋麻叶可以治疗瘀血症。于是，他找了两杯生猪血来做实验。第一杯生猪血中放了野芋麻叶的粉末，另一杯则什么都没有放。
过了一会儿，放了野芋麻叶粉末的生猪血没有凝固，而作为对照比较的那杯生猪血却很快凝固了，芋麻叶治疗瘀血的功效得到初步证实。
李时珍又深入思索：上面的实验只是证实野芋麻叶能够防凝，那么，对已经形成了的瘀血块。它又有什么作用呢？
于是，他又把芋麻叶粉末和入刚刚凝固的血块中，血块竟慢慢地溶化成血水！
这进一步证实芋麻叶还具有化瘀的作用。这个药理学试验用今天的标准来衡量也是有一定水平的。
还有一次，为了检验中药凤仙子是否具有“透骨软坚”的功效，他将数十粒凤仙子放入煮的鱼沸汤中，很快将鱼捞起，发现鱼骨变得酥烂，证实了凤仙子具有软坚功效。
李时珍还有意识地用捣烂的银杏，去清洗沾满油腻的器皿，发现它有清除油腻的功效，由此类推证实银杏入肺可除痰浊。
李时珍为了准确记录药物的疗效，有时还不得不效法神农尝百草那样，亲自试用。
古书上说，绿豆能解毒，李时珍决定亲自试试。
为了作试验，李时珍先给小狗吃了毒物，再吃绿豆解毒，结果并没有救活。后来他经过反复试验，自己亲自尝试，才发现绿豆要加上甘草，熬成汤才有解毒效力。
李时珍还曾经仔细地品尝过各种药的味道。对于药，有些只有亲自品尝才能对它有真正的了解。如繁缕，即鹅肠草，并不是鸡肠草，两者非常相似，但鹅肠草味甘，茎中是空的，花为白色。
而鸡肠草味道稍苦，咀嚼时口水较滑，茎中没有缕，叶的颜色微带紫色，花也是紫色的，用咀嚼品尝的办法最容易区别。
即使对于传言有毒的药，李时珍也要谨慎地去试一试，为了弄清传说中有毒的药草，他亲自品尝了覆盆子、莓、蛇莓、悬钩子等数种类似的药草。
如蛇莓，传言会毒死人，但是李时珍用后发现并没有毒。李时珍反对臆断药味而侈谈本草，不经过实践会造成很多错误的判断。
为了了解药物的各种性质，李时珍还亲自栽种了大量的药物和一些农家谷类菜类植物，对前人的许多错误加以纠正。
李时珍亲自炼制了许多药品，如对樟脑进行炼制。
李时珍用两个碗将一两重的樟脑合盖住，用湿纸将边缘封上，用火烧烤。在经过一段时间后取出，等冷却后就可以用了。这是一般的方法。
还有另一种方法，就是用一些黄连、薄荷、白芷、细辛、荆芥、密蒙茌、当归等，将樟脑与这些药一起放在一个新的大土碗中，放上一些水，再用另一只碗盖上，并将口糊好，用火煨之。等水干了后取出来，樟脑就出来了。
这后一种方法就是后来说的“升华法”。
对其它如轻粉、粉霜、银朱、密陀僧、玄明粉、阿胶等，李时珍都曾经亲自进行过炼制，并给予了详细的记载，所有的炼制，他都是亲自操作和记录。
听过不如见过，见过不如做过。眼见为实是李时珍严谨的治学态度之一。因此，凡能检验前人的说法，他都愿意来个眼见。
有一次，李时珍读陶弘景的书时，发现上面介绍了一种稀奇的动物：穿山甲。
穿山甲又叫鲮鲤，也是一种药材。例如，它的鳞甲可以医治一些妇科疾病，还可以帮助产妇疏通乳道，多产生奶汁。因此李时珍深入研究穿山甲是很有必要的。
说穿山甲头稀奇，并不是穿山甲这种动物有多罕见，而是陶弘景介绍的有关这种动物的捕食方法，让人非常惊奇。
陶弘景是著名的医药学家，他在《神农本草经集注》中对穿山甲进行了这样有趣的介绍：
穿山甲长得象鲤鱼，黑色，全身披盖着十分坚硬的鳞甲，有四只脚，能在陆地上爬，能在水里游。它以蚂蚁为食。
每当中午时分，穿山甲游到岸上，张开它的全部鳞甲，躺在那里装死，用它那带有水腥的气味引诱蚂蚁前来觅食。
用不了多长时间，一传十，十传百，四处的蚂蚁纷纷而至，爬满它的周身，钻到鳞片里去寻找食物。
等蚂蚁多了，穿山甲就关闭了它的鳞片，爬入水中，再张开鳞甲，使蚂蚁全都浮在水面，然后再吞吃这些蚂蚁。
陶弘景的记载多有意思！看来，穿山甲还真有些“骗术”，食蚁前后的程序，逻辑性还真强。
然而，那么大的动物竟以小小的蚂蚁为食，要“骗”多少蚂蚁吃才能填饱肚子呢？这些问题引起了李时珍的好奇。
于是，李时珍决心对穿山甲食蚁的情况进行一番考察。
有一次，李时珍正好碰到一个樵夫手提一只大穿山甲。他便花了几钱银子从樵夫手中买下了大穿山甲，邀樵夫一起解剖，想证实陶弘景的论断。
果然，从穿山甲腹中取出许多蚂蚁。李时珍对徒弟和儿子说，陶弘景对事物的观察非常细微，他不仅讲了穿山甲能吞食蚂蚁，还讲了穿山甲吞食蚂蚁的方式。
可是樵夫听了李时珍的话，不以为然，说穿山甲可不是这样吃蚂蚁的。它是先用尖嘴巴拱开蚁穴，然后用长舌头舔食蚂蚁的。
李时珍听了樵夫的话，极感兴趣。他又给了樵夫几钱银子，请他带自己一起去捉穿山甲。
经过耐心地寻找，李时珍他们捉住了一只穿山甲。在山民的协助下，李明珍有机会观察到了穿山甲的习性。
李时珍一边观看，一边做记录：穿山甲，身形似鲤鱼，头如鼠，嘴尖尖的，没有牙齿，舌长长的，黑色，遍身有厚厚的鳞甲，鳞片硬硬的，尾巴大大的，尾呈三角形，腹部没甲片，却有毛。
关于穿山甲的形态特征，陶弘景介绍的差不多，但穿山甲如何吃蚂蚁，却不是那么回事了。
穿山甲在找食物了，只见它四处嗅嗅，停了下来，似乎找到了什么。它在用尖嘴拱地，拱啊拱啊，拱了一会儿就拱了一个洞。
原来是拱开了一个蚁穴，穿山甲扒开洞边的土，把长长的舌头探到蚁穴中去，舔了一舌头蚂蚁，一吞舌就捋下了舌头上的蚂蚁，咽了下去。
然后再探舌，吞舌，不断进行这个动作。李时珍这次真的相信樵夫说的了，原来穿山甲不是骗蚂蚁吃。穿山甲食蚁的过程弄清楚了。但它究竟能吃多少蚂蚁呢？
观察到穿山甲吃劲儿大减的时候，山民就捕捉了那只穿山甲。他们在石板上当场杀死了穿山甲，剖开了它的腹部，李时珍看到穿山甲的五脏六腑俱全，只是它的胃占的比例很大。
剖开胃，满胃都是蚂蚁，有的还在爬来爬去，他们粗粗地估计了一下，从这只穿山甲胃中刮出的蚂蚁，至少有一升多！
李时珍这次观察，研究的结论很重要。它不仅肯定了前人正确的结论，也纠正了关于穿山甲可以张鳞骗蚁吃的传说。
李时珍把这一观察结果记下来写进了《本草纲目》中，同时也录进陶弘景的描述，作为穿山甲食蚁方式的一种补充。