尔时，阿难问救脱菩萨曰：“善男子！应云何恭敬、供养彼世尊药师琉璃光如来？续命幡灯，复云何造？”
己二救脱答
救脱菩萨言：“大德！若有病人，欲脱病苦。当为其人，七日七夜，受持八分斋戒。应以饮食及余资具，随力所办，供养苾刍僧；昼夜六时，礼拜、供养彼世尊药师琉璃光如来，读诵此经，四十九遍。然四十九灯。造彼如来形像七躯，一一像前，各置七灯；一一灯量，大如车轮；乃至四十九日，光明不绝。造五色彩幡，长四十九杰手。应放杂类众生，至四十九。可得过度危厄之难，不为诸横恶鬼所持。
问：云何供养芯刍僧耶？
答：《消灾轨》云：仍须请七僧。今谓若随力，堪请七七僧弥善。
问：云何一一皆须四十九耶？
答：魏塘约《易经》大衍之数而释。今谓不尔。数用七者，如《成实论》广明。今皆四十九者，以复七故为数之极。例如中有不过七七。何假大衍以消今文。
问：何谓四十九杰手？
答：杰手长一尺。故晋、隋二本，及《七佛经》，皆云四十九尺。又准《七佛经》，应外造幡。故彼经云：造杂彩幡四十九首，并一长幡四十九尺。——案：考南山、灵芝撰述，佛杰手二尺，人杰手为一尺。今约人杰手言也。杰手者，谓以大母指与中指张开相去之间。尺约周尺，古今人考订周尺量，有种种异说。且据清冯云鹏《金石索》中所考者，一周尺等于清工部营造尺六寸四分强，其说较为近似。
问：应放杂类众生，至四十九，作何释欤？
答：秋篠引唐遁伦释云：案《正法念处经》云：畜生有三十四亿种类。此中言四十九者，应放水陆异类至四十九。
问：生类无量，何放七七？
答：有所表故。境有齐限，心应平等。
问：文中屡列七等数字，亦皆有所表欤？
答：一一以七数者，应表七觉。智慧发生，故云七日；烦恼灭尽，故云七夜。七觉生八正道，故云七日夜受八斋戒。觉觉各具七觉，故云四十九遍。佛之七觉，我之七觉，众生七觉，三无差别，故云造像七驱。觉觉各具七觉，故云各置七灯。
丁二明攘灾难二：初正明攘难，二答阿难问。戊初正明攘难二：初帝王，二臣民。（从重至轻，次第言耳。魏塘云：天子四海为家，臣妾亿兆，一人有庆，兆民赖之；四方有罪，在予一人。故岁祲民疫，皆君休戚，所当急先求忏者也。且药师之药，先治此人者，一是责备贤者，二是一正君而天下定之道也。今谓非谓先治帝王之意。如戒经云：欲受国王位时，益转轮王位时，百官受位时，应先受菩萨戒，非谓受菩萨戒，先被国王，次转轮王，次及百官；况责备贤者，一正国定功在卿相，王何独贤？隋本：但王不及臣民，以故而知先治之说，不通甚矣。）
己初帝王
复次，阿难！若刹帝利灌顶王等，灾难起时。所谓：人众疾疫难，他国侵逼难，自界叛逆难，星宿变怪难，日月薄蚀难，过时不雨难。彼刹帝利灌顶王等，尔时应于一切有情，起慈悲心，赦诸系闭。依前所说供养之法，供养彼世尊药师琉璃光如来。由此善根，及彼如来本愿力故。令其国界即得安稳。风雨顺时，谷稼成熟。一切有情，无病欢乐；于其国中，无有暴恶药叉等神，恼有情者。一切恶相，皆即隐没。而刹帝利灌顶王等，寿命色力，无病自在，皆得增益。
问：依前所说供养之法，何谓依前耶？
答：秋篠云：谓应依前七日七夜，自受持斋戒，乃至放杂类众生等。——案：此文本唐疏。
问：今列七难，与《仁王经》中七难有异同欤？
答：与《仁王》有异。若类同者云云。
案：今据《义疏》文，列表如下：
人众疾疫难 《仁王护国品》云：不但获福，亦护众难，若疾病苦难。
他国侵逼难 《仁王受持品》云：四方贼来侵国，内外贼起。他国即
自界叛逆难 外贼，自界即内贼。
星宿变怪难 彼云：二十八宿，乃至各各变现。
日月薄蚀难 彼云：日月失度，乃至二三四五重轮现。
风难——彼云：大风吹杀，乃至火风，水风。
非时风雨难 雨难——彼云：大水漂没，乃至浮山流石。
过时不雨难 彼云：天地国土亢阳，乃至万姓灭尽。
彼又云：大火烧国等，今文无。
己二臣民
阿难！若帝后妃主，储君王子，大臣辅相，中宫彩女，百官黎庶，为病所苦，及余厄难；亦应造立五色神幡，燃灯续明，放诸生命，散杂色华，烧众名香。病得除愈，蒙难解脱。”
问：文云造幡燃灯等，与前二段文互有不同。何耶？
答：秋篠云：造幡燃灯，放生命等，具如前法，今此中有散杂色华，烧众名香，当知前二亦有；前二所有，此亦非无，绮互为文耳。（文）今谓此中五法，皆是助行；必应称药师名，读诵此经，文不言者，助助于正。
戊二答阿难问，二重问答。己初第一问答二：初问，二答。今庚初
尔时，阿难问救脱菩萨言：“善男子！云何已尽之命，而可增益？”
庚二答。
救脱菩萨言：“大德！汝岂不闻如来说有九横死耶？是故劝造续命幡灯，修诸福德。以修福故；尽其寿命，不经苦患。”
问：何谓横死？
答：秋篠云：夫言横死者，皆不定之业，此业若有顺缘资助，则得延长，若无顺缘资助，及属违缘，则便短促。对彼顺缘，寿长无延；若无此缘，寿短横死故。是故我今劝造幡灯，修敬三宝等福德。以修福德等为资助顺益命缘故，遂使是人，尽彼先业，所感寿命，终不中途更经枉横苦患也。
己二第二问答二：初问，二答。今庚初。
阿难问言：“九横云何？”
庚二答二：初释，二结。今辛初。
救脱菩萨言：“若诸有情，得病虽轻；然无医药及看病者。设复遇医，授以非药，实不应死而便横死。又信世间邪魔外道，妖孽之师，妄说祸福，便生恐动；心不自正，卜问觅祸。杀种种众生，解奏神明，呼诸魍魉，请乞福祐。欲冀延年，终不能得。愚痴迷惑，信邪倒见。遂令横死，入于地狱，无有出期。是名初横。二者、横被王法之所诛戮。三者、畋猎嬉戏，耽淫嗜酒，放逸无度，横为非人夺其精气。四者、横为火焚。五者、横为水溺。六者、横为种种恶兽所啖。七者、横堕山崖。八者、横为毒药厌祷咒咀起尸鬼等之所中害。九者、饥渴所困，不得饮食，而便横死。”
问：九横之文，古疏作何释耶？
答：初横中。秋篠云：无医药及看病者，以无资缘故而便致死。设复遇医等，以遇违缘故而便致死。第二横中，秋篠云：佛法之宗，无有因缘终不得果。因，谓名言熏习种子。缘有二种：以先业缘，由现发缘。此人今被王法诛戮，虽有名言种子为正因，及有先业为缘因，而无现在缘，如来随顺世俗，名为横死，以无现缘故。又云：此人寿命是不定业，亦是杀生增上果；若遇顺缘修福等资助，故不受王戮得寿命长。若不修福，攘昔杀缘，则被王戮，不得长寿，故得横死云云。——案：秋篠释第一横已下，乃至第九横，文义相似，今不具录。唯撮要列表如下。
二——是杀生增上果
三——是逼恼他增上果
四——是焚烧有情增上果
五——是漂流有情增上果 若遇顺缘修福等资助——则免难。
六——是食肉有情增上 如其不尔 则横死。
七——是陷堕有情增上果
八——是行毒药厌咒增上果
九——是夺有情增上果
案：上文皆本唐疏。
问：何谓觅祸？
答：即下文杀种种众生等是。秋篠云：何但横死而已，后由愚痴，信邪倒见，杀众生故，乃入地狱，无有出期，岂不哀哉！
辛二结
是为如来略说横死，有此九种。其余复有无量诸横，难可具说。
丁三明转后报
复次，阿难！彼琰魔王主领世间名籍之记。若诸有情，不孝五逆；破辱三宝；坏君臣法；毁于信戒；琰魔法王随罪轻重，考而罚之。是故我今劝诸有情，燃灯造幡，放生修福，令度危厄，不遭众难。”
问：青丘科此文为结，然欤？
答：今谓味复次字，非结上文。
问：此与上文何异？
答：上约病人，今约逆罪，故知非结。
丙三药叉发誓二：初正明誓，二佛印劝。今丁初
尔时，众中有十二药叉大将，俱在会坐。所谓：宫毗罗大将，伐折罗大将，迷企罗大将，安底罗大将，頞你罗大将，珊底罗大将，因达罗大将，波夷罗大将，摩虎罗大将，真达罗大将，招杜罗大将，毗羯罗大将。此十二药叉大将，一一各有七千药叉，以为眷属。同时举声白佛言：“世尊！我等今者蒙佛威力，得闻世尊药师琉璃光如来名号，不复更有恶趣之怖。我等相率皆同一心，乃至尽形归佛、法、僧。誓当荷负一切有情，为作义利饶益安乐。随于何等村城国邑，空闲林中，若有流布此经，或复受持药师琉璃光如来名号，恭敬供养者，我等眷属卫护是人，皆使解脱一切苦难；诸有愿求，悉令满足。或有疾厄，求度脱者，亦应读诵此经。以五色缕，结我名字；得如愿已，然后解结。”
问：以五色缕，结我名字；得如愿已，然后解结。其仪轨如何？
答：秋篠引遁伦云：西域僧口传言，以布缕结神名字也。谓若人临厄难时，应请七僧，即请道场，令读此经四十九遍。尔时施主，为藏结缕，作新匣长七寸，广二寸。作匣竟，施主捧匣进七僧前，至心三礼，胡跪叉手，誓愿所求。尔时，七僧一时发愿读经，一僧各读七卷，七七四十九遍竟。每一卷节，各其神名处，息读经。时施主进七僧前，以缕次第结其神名，后五神名者，七僧一时等唱，一一神名，而施主如前例结。结竟而取缕入匣闭户，然后送七僧。待其难息，若得求已；更请七僧，如前先结十二神名字，次第还解也。
案《疏》云：每一卷节各其神名处，以缕结者，读经七卷，即随结前七神名。又云后五神名者，即其余也。又云七僧一时等唱神名者，前已读经竟，此惟唱五神名耳。
丁二佛印劝
尔时，世尊赞诸药叉大将言：“善哉善哉！大药叉将。汝等念报世尊药师琉璃光如来恩德者，常应如是利益安乐一切有情。”
乙二佛说题名奉持
尔时，阿难白佛言：“世尊！当何名此法门？我等云何奉持？”佛告阿难：“此法门名说《药师琉璃光如来本愿功德》；亦名说《十二神将饶益有情结愿神咒》；亦名《拔除一切业障》。应如是持。”
问：亦名结愿神咒。何以今译本中无咒耶？
答：有二义：、神将白佛乃是神咒。虽《大品经》无一真言，帝释白佛，般若波罗蜜，是大明咒，无上明咒，无等等咒；佛印可之。龙树释云：谓咒术能随贪欲嗔恚自在作恶，是般若咒，能灭禅定佛道涅槃诸着，何况贪恚粗病；是故名为大明咒，无上咒，无等等咒。岂以无一真言而为疑耶！故隋本云自誓，《七佛经》云护持耳。、列神将名自是神咒。如《陀罗尼集经》法印咒也。
乙三大众闻说奉行
时薄伽梵，说是语已。诸菩萨摩诃萨，及大声闻，国王、大臣、婆罗门、居士、天龙、药叉、健达缚、阿素洛、揭路荼、紧捺洛、莫呼洛伽、人、非人等。一切大众，闻佛所说；皆大欢喜，信受奉行。
药师经析疑终
弘一大师答佛学书局书（乙亥年）
前承惠书，谓今年药师如来圣诞，拟别刊行专号，属撰文以为提倡。近多忙碌，未暇撰文。谨述拙见如下，以备参考焉。余自信佛法以来，专宗弥陀净土法门，但亦尝讲《药师如来本愿功德经》。讲此经时，所最注意者三事：