一项调查研究表明：世界500强企业成功的根本原因在于，他们善于给企业文化注入活力。企业文化是一家企业的骨髓，马云说：“小老板就是靠文化，靠自己的价值观来管理这个公司，所以说创始人实际上是这个文化最早出来的基因。你当老板第一天就要培养一种文化，才有可能‘大’，‘大’了以后，文化才有作用。一个企业懂得用文化，它才会成为中型企业、大企业。”
诚信是无招胜有招的武器
优秀的企业一定会有优秀的企业文化，马云用他自己的方式，一步一步，构建出了阿里巴巴独有的企业文化。
“诚信”是阿里巴巴六大价值观中的一条，马云曾经在一个网商论坛上这样讲过：“告诉大家，永远不要去欺骗别人。我当老师的时候，我没有欺骗过学生，学生也许欺骗过我，但这种学生也不会好的。1995年，我被4家公司欺骗，我还派一个人到深圳去，教他文案怎么做，我还在这里傻傻地等。今天我回过头来看，欺骗我的4家公司全关门了，说明靠欺骗走不远。所以我想告诉大家的是，这个世界是一个拼胸怀、拼眼光、拼实力的世界。”
经过短短十几年的发展，马云所领导的阿里巴巴就一跃成为全球最大的采购批发平台，马云也成为名副其实的网商教父，马云之所以能够带领着阿里巴巴取得如此大的成功，完全得益于其十几年来苦心经营、架构完备的诚信体系。
在一次媒体采访中，马云曾向记者描述了阿里巴巴不可或缺的五个要素：诚信、电子市场、搜索引擎、支付以及软件。在马云的眼中，诚信应该排在五个要素中的第一位，它是阿里巴巴乃至网络商户们赖以生存的根本。也正是基于此，诚信经营，始终被马云置于阿里巴巴发展的第一使命。
在阿里巴巴创建初期，马云就深刻地认识到，电子商务信息流之后发展交易一定要通过诚信的独木桥，没有诚信就实现不了，认识到这一点以后，马云在国内率先建立诚信桥。
来阿里巴巴应聘，“诚信”是必考题之一，想进入阿里巴巴就必须满足诚信这一条件，一个不讲诚信的人，马云是绝对不会录用的。在阿里巴巴，不论是高管还是普通员工，有两条原则是不能违背的：一条是永远不给客户回扣，一条是永远不说竞争对手的坏话。前一条是为了避免客户对阿里巴巴失去信任，后一条则涉及一个公司的商业道德。
2001年末，浮躁的中国互联网行业遇到“寒冬”，许多网络公司为了渡过难关，单方面撕毁了与用户之前承诺的免费协议，开始从免费服务向收费服务过渡，再加上一些浑水摸鱼的企业欺瞒客户，影响了整个虚拟市场的大环境，使刚刚起步的中国互联网遭遇到了诚信危机。马云此刻认识到，由于国内在线支付系统的不发达、邮政网络的滞后、诚信环境的缺位，使得安全支付成为电子商务发展的一大瓶颈，如果这个时候不能够开始重塑网络信用之路，电子商务信息流就会变成毫不值钱的信息。
2002年3月，为了解决客户和会员所担心的诚信问题，阿里巴巴推出了“诚信通”，并提出了“让诚信的商人先富起来”的口号，从而构建了电子商务诚信体系，解决了制约电子商务发展的障碍。
2003年淘宝网成立以后，马云再次创造出一个维护诚信体系的产品——“支付宝”，从而有效地突破了长期以来困扰中国电子商务发展的诚信、支付、物流三大瓶颈。
2006年，淘宝网和eBay易趣的战火逐渐平息，淘宝网占取了网购市场的大部分份额，在这年的全体员工大会上，马云宣布的第一大主题就是“诚信建设和知识产权保护”，对于为什么要把它放在第一位，马云是这样解释的：“对阿里巴巴而言，诚信建设是一项首要的使命，我们的网络平台是一个活跃着数以万计的企业和个人的巨大社区，不仅要以诚信为会员创造价值，同时还要承担起以诚信影响社会的责任。”
诚信是中华民族的传统美德，更是保证市场经济发展的道德基石，马云曾在一档电视栏目中对主持人说过这样一段话：“很多人都把赚钱看得很难。但我觉得：一个生意人或者一个商人或者一个企业家，最容易的事情就是赚钱。对于财富来说，我自己这么看，不是钱，而是你的诚信、你的朋友，尤其诚信特别重要。你说到做到，等你没有钱的时候，你出去跟朋友讲，因为你以前说到做到，别人就会把钱给你。因为你有诚信，很多人会跟着你去干。”这是马云宣言式的告白，也是马云一生坚守的信条。
影响一家公司的不是商业模式，是价值观
哈佛商学院教授克莱顿·克里斯滕森说：“影响一家公司能做什么，不能做什么的一个重要因素，是它的价值观。我们将组织的价值观定义为员工用于确定优先事项的标准，他们根据这些标准来判断一份订单是否有吸引力，一位客户的重要性如何，以及一个新产品的创意是令人瞩目还是马马虎虎。”
2001年初，由于受到互联网“寒冬”的影响，加之一直推行的免费服务，即对买家和卖家都是免费的，先将大家请进来，以此来建立阿里巴巴的用户基础，此时的阿里巴巴不仅快将所有的融资全部花光，而且无法盈利这一瓶颈始终无法突破，所以在整个互联网行业中，几乎所有人都不看好阿里巴巴的运营模式，他们无一例外地认为阿里巴巴这种不能盈利的模式在将来的竞争中必死无疑，此时的马云也遭受到来自业界和媒体的愈来愈多的质疑。
同年在北京召开的一场小型的互联网讲演会上，阿里巴巴的运营模式再次被与会者质疑，有人不断追问阿里巴巴的财务状况，马云最终坚定地回答：“阿里巴巴如果想赚钱，今晚就可以赚钱。我今晚宣布关闭阿里巴巴网站，全世界许多商人就会主动把钱打到我的账号上，因为他们离不开阿里巴巴！他们一定会交费！阿里巴巴可以赚钱的道路实在太多，我现在还不想赚这点小钱。”
马云说得没错，作为商人和企业家的马云当然知道赚钱意味着什么，但马云认为，没有耐心的商人不是一个成功的商人，如果他不能稳健地经营，而是盲目投资，那么他一定会一败涂地，只有耐得住寂寞，做到心静如水，才能等到最好的时机到来。
然而，在当时，马云关于质疑的种种答辩和慷慨陈词都被视作狂人疯话，几乎没有人相信他说的话，虽然冬夜漫漫，虽然前路茫茫，但马云一直按照自己的模式运营阿里巴巴，直到2002年10月阿里巴巴盈利时，对他所有的质疑声才终于停止。
回忆起那段难熬的岁月，马云说：“2000年、2001年，多少人在网上骂我们不知道怎么赚钱，免费，没有盈利模式，阿里巴巴的模式肯定不行。2000年哈佛给阿里巴巴做了第一个案例。研讨会我参加了。在哈佛的案例研讨会上，把我和另外一家公司放在一起，结论是那家公司要赢，阿里巴巴要输。”由此可见，当时的马云压力是多么大。
当淘宝占据网购市场大部分份额时，有人建议马云对淘宝用户进行收费服务，马云一口回绝，他说：“要开始考虑赚钱的时候，是帮别人真正赚了钱的时候。但现在，还不是淘宝收费的时机，因为市场还需要培育。”
2007年9月10日，第五届“西湖论剑”在西子湖畔杭州盛大召开，在与杨致远的对话中，马云再次强调了自己免费经营的理念：“其实我觉得公司原先有人说过免费是最贵的，免费的时候要小心，就像因特网一样，别人要不断去用，要想很多的办法。中国在两年前推淘宝的时候采用免费，其实阿里巴巴免费三年，淘宝免费三年，几乎所有推出来的服务都是免费一两年，主要原因是通过免费来了解客户的需求，免费的过程是跟客户的磨合过程，你会发现在免费了以后人家会不来，那没戏了，如果免费了不来，那你的价值可能不存在了，我就是边走边体验，我们免费的过程一直在体会，我觉得今天挺好，有了10亿美金就更可以免费了。”
不过，靠“免费”起家的马云，却很反对功利性的免费。2005年，在上海阿里巴巴网商论坛上，马云就专门回答了一个用户的提问：“免费是最贵的。与其花这点时间去免费，不如花一点时间真正去成长。我当时学英文，没有想到，有一天英文帮了我很大的忙，我的英文思考能力很强。做任何事情只要你喜欢，只要你认为对，就可以去做。我参加很多论坛，比如我参加财富论坛、参加达沃斯世界经济论坛。如果你脑子里有一种功利性很强的东西，肯定是很麻烦的。很多我认为对的事情不一定对你有用，但你思考、分析、消化以后肯定对你有用。”
正是由于马云这种舍弃小金子的经营理念，才使他握住了互联网的命脉，实现了“只要是商人，一定要用阿里巴巴”的目标。如果在阿里巴巴的成长道路上，马云不断捡拾那些散落在地上的小金子，那么相信过不了几年，他就会在重压之下寸步难行，也就永远到不了金矿的山顶。
点滴的完善就是最好的管理文化
美国的知名主持人查理柔丝曾问过马云一个问题：“阿里巴巴的核心竞争力是什么？”
马云回答：“不是科技，而是文化。科技只是工具，我们更重视价值、使命，工作是为了帮助别人，而不只是为了赚钱。在我的公司里，客户第一、员工第二、股东第三，这就是我们的信念。”
2005年12月15日，阿里巴巴的高层人事有了变动。
在员工大会上，马云亲口宣布自己的妻子张瑛退任，这个决议让在会场的人都呆住了，大家愣了片刻，还传来了一些人的哭泣声。张瑛不但是马云的妻子，更是阿里巴巴的创业元老、创业功臣，她为阿里巴巴付出了很多的心血，这些都是大家看在眼里的，所以，董事会的人都极力反对这个决定，他们劝马云再考虑考虑。
这时候，张瑛站了出来，她解释说这是自己的决定，她是主动要求退出公司的。张瑛本人坚持离开公司，大家便不好再说什么，事后，马云对这件事是这样解释的：“她认为公司到这个时候，让别人看见阿里巴巴CEO的妻子在公司里，不管你做得怎么样，别人看你的眼光都会不一样。”
马云表示，这种痛苦是很能被理解的。妻子张瑛离开阿里巴巴公司，应该可以说是阿里巴巴从创业型公司向经营型公司转变的一个重要举措。
不反对张瑛离开公司，一个原因是马云对妻子的心疼，他动情地说：“这几年来，张瑛几乎没有自己的生活，没有朋友圈子，天天都在公司。”
还有一个原因便是为了企业发展着想，一个企业想要良性发展，自然是需要好的企业管理文化去引导。当初张瑛在阿里巴巴工作，是阿里巴巴处于创业期阶段，需要人手，管理制度、企业文化等等还不明晰的时候。
但是，一个企业一旦发展成熟，走上轨道，势必要专业的管理人员，张瑛明白这个道理，马云也明白。所以，他们夫妇为了阿里巴巴的长远发展，做出了这个决定。让更加适合管理岗位的员工上任，是个好的决定。
“开公司要发扬长处，避开短处。不要总说别人的不是，这样会得罪所有人。因为你没看清楚，不好的东西是有原因的。你该说，这个很好，我们可以继续发扬光大。员工自然会听你的。你要先肯定好的，这个叫求大同，存小异。你要问自己能不能适应公司的文化。你不是改变，而是去完善这个文化，靠逐渐的完善来改变，点滴的完善就是最好的管理，这也是柳传志讲的，叫绕大弯。”马云如是说。
在企业的不断发展中，企业文化是需要逐渐完善的，马云一直都很看重企业文化建设，他认为一家企业赚再多的钱，没有一个积极向上的企业文化，也是不行的。所以，马云说：“我相信在中国的企业里面，都需要共同的目标、共同的使命感、共同的价值观。明确你的目标以后，你必须让每一个员工，甚至门口的保安，甚至保洁阿姨都明白你的使命感才行。否则驾马车方向都不一样，怎么弄？”
在对未来的判断上可以犯错，
在原则上绝不犯错
2011年是马云创办阿里巴巴满12周年的本命年，这一年也是他和阿里巴巴的“多事之秋”。2011年2月21日，阿里巴巴B2B上市公司发布公告称，董事会已经批准B2B公司CEO卫哲、COO李旭晖引咎辞职的请求。