马周在为官上完全是个聪明人，他在进谏时比较讲究艺术，不像魏徵那样直来直去，。例如贞观六年的一次上疏，他反对李世民去九成宫避暑，但他不直接说你就知道跑去图凉快，政事交给皇太子，份内工作不好好干，太不像话了，而是以“孝”的名义来劝阻李世民，“太上皇春秋已高，陛下宣朝夕视膳。今九成宫去京师三百余里，太上皇或时思念陛下，陛下何以赴之？”最后提出了自己的要求，请李世民立即颁布回朝之期，“以解众惑”，”。他要求李世民尽孝，李世民总不能因为这个而处罚他吧，所以只能是一点脾气没有，“深纳之”。
马周的聪明还表现在他对李世民心思的揣摩上，。在《新唐书》上记载，马周的一些奏章，其中有一扁主旨就要唐太宗孝敬太上皇。唐太宗李世民是通过玄武门之变杀死哥哥李建成，又用近乎逼宫的手段，从父亲手中取得帝位，。怎样处理好父子的关系，以免遭到时人谴责，这是当时李世民非常闹心的事，。马周从这些看似小事上下手，解皇上的忧，从而取得李世民的喜欢，足以可见马周的政治眼光。我们常说摇尾不一定摇多高，而是要合适，如何在上司面前摇的恰当如何在上司面前摇得恰当，就是要懂上司的心。我们再从另一个事例中来看马周的摇尾之法。时至李世民征辽东，下旨命马周等人辅佐皇太子李治，留在定州监察国事。等到李世民征辽归来，李治安排留在定州的平日很得父皇恩宠的嫔妃在李世民要经过的地方迎接，。李世民自然非常高兴，问李治怎么想起来这么做，李治说：“这都是马周教导儿臣这么做的。”李世民道：“这个山东人总能窥知我的心意。”
如果说马周那些治国的策略属于大智慧，那么这些也许只能算是小聪明，但正是这种小聪明润滑了他与李世民之间的君臣关系，所以李世民对他始终很好，。贞观十二年（639年），马周迁为中书舍人，要调到中书省去办公，。李世民对左右的侍臣说：“我一会儿见不到马周就想他。（我于马周，暂不见则便思之。）”他对马周的评价非常高，。贞观十八年，李世民曾品评朝中重臣，他这样评价马周：“马周见事敏速，性甚贞正，论量人物，直道而言，朕比任使，多能称意。”为了表彰马周勤劳国事，李世民还用飞白书题写了十六个大字“鸾凤冲霄，必资羽翼。股肱之寄，诚在忠良”赐予马周，足见对其倚重之深。