经过生死边缘徘徊的考验，贝多芬选择再次坚持自己的音乐道路，音乐是他坚不可摧的精神支柱。从地狱边缘归来的贝多芬也许离天堂更近了一步。他以饱满的激情再度投入创作，他的音乐有了一种全新的面貌，更加具有打动人心的力量。失聪的贝多芬更加接近音乐的巅峰，为我们奉献了更多美妙的音乐。比如，这个时期的三首钢琴奏鸣曲，以及献给沙皇亚历山大一世的三首小提琴鸣奏曲。这两组曲子既有复古风格的浪漫，也有描写田园美丽风光的意境，或者以一种崭新的形象畅想未来。几乎为零的听力也使他可以屏蔽来自外界的嘈杂评论而坚持自己的风格。展演清唱剧《橄榄山上的基督》，以及第三钢琴协奏曲的音乐会他也不甚关心。后来，他和混血小提琴家乔治·奥古斯汀·波尔特里·布里奇特维合作演出，作品为A大调小提琴鸣奏曲《克莱采》。
《英雄》的旋律仍然在他脑海中反复回响，完成这个作品简直成了他的一块心病。而如今，是时候了，挣脱死神魔掌的贝多芬准备倾注心血铸成《英雄》。19世纪交响乐之最就在1803年的柏林诞生了。
这是音乐史的标志性事件。《英雄》寄托了贝多芬改革交响乐的宏愿，在各个层次全面突破维也纳古典交响乐的传统格式。它致力于表达“一种走向完美的进步”，烘托“全世界为之默哀祭奠”的肃穆气氛，塑造了一个在人们心中长存的为自由而生、为自由而死的英雄形象。贝多芬后来的交响曲进一步丰富了这个完整和特有的“英雄”。
年轻的贝多芬推崇自由和平等观念，他之所以如此积极投身《英雄》的创作，是因为他始终对英雄充满了崇敬之情。这个英雄就是能够建立起未来新的民主社会的拿破仑。他甚至在作品的第一页写上了献给拿破仑的字样。但是拿破仑欺骗了他，加冕消息传来，愤怒的贝多芬撕掉了曾经寄托了无限敬仰的首页，他重新把标题改为《英雄交响曲》。这一年，贝多芬继续创作了《C大调三重奏协奏曲》和《C大调钢琴鸣奏曲》，并且积极准备歌剧《费黛里奥》和鸣奏曲《热情》的创作。
1805年，歌剧《费黛里奥》再一次轰动了维也纳。1790年伯顿《艰难的修道院》创立了“恐怖”或“营救”式歌剧，《费》剧是又一部极为出色的这种风格的歌剧。它赞颂献身精神，讲述忠诚的妻子挽救自己的爱人的故事。拿破仑制造的战争极大地干扰了这部歌剧的排练和上演，贝多芬甚至找不到参加彩排的演员，为招揽观众，他也几度修改该剧，虽然他很不满但也无可奈何。
《费黛里奥》热情地讴歌了新时代的女性。故事的女主角是品德高尚和人格完美的莱欧诺拉。这个有着“美丽容颜，高贵的品质和坚定道德原则”的优秀女性似乎只能存在于贝多芬的想象之中。虽然贝多芬身边也有很多杰出的女性，但他的爱情是那么珍贵和稀缺。他矢志不渝地追求纯洁完美的精神爱恋，而害怕美好的爱情堕落为兽欲。他害怕认识的女性不能了解和认可他，所以只是“毫无目标地招惹偶遇的美妙少女，或就是仅仅驻足远观”。他看似高傲的外表不能掩盖对爱情的渴求，但却总在一次次接近幸福时黯然却步。他遇到了许多对他有重要意义的女性：朱丽耶特·朱切迪伯爵夫人，安娜·玛丽·阿尔特蒂伯爵夫人，特莱莎·约瑟夫姐妹，贝蒂娜·布里特鲁，爱玛丽·赛伯，以及多诺蒂亚等。但是贝多芬与这些女性都没有公开表达彼此的心意。我们不清楚贝多芬是否因此备感遗憾，但纵观他的一生，不难发现他的爱情都无果而终。
接下来的岁月里，贝多芬坚持不懈地创作。1806年他为俄罗斯使节创作了三首四重奏。为了取得更好的效果，他成功地加入了一些俄罗斯民间音乐的元素，大使非常认可。这位名叫拉苏莫夫斯基的大使是位高雅的俄罗斯伯爵，他喜爱音乐，特别修建了一座供音乐家免费使用的豪华表演场所，在他的影响下，俄罗斯风格的音乐在维也纳也一度流行。
1807年，骑士协会接管了维也纳剧院和两座宫廷剧院后，贝多芬觉得这是一个机会，但他的名气未能打动主管的三大亲王，未能取得预期的职位，所以贝多芬又重返自己热爱的创作之中。
1808年夏天，贝多芬为维也纳剧院奉献了一场精心准备的超长版音乐会，此次音乐会可谓维也纳历史上的音乐盛典。许多经典曲目，如《命运》和《田园》，即第五、第六交响曲被演奏。此外，还有钢琴管弦乐的《合唱交响曲》、《G大调第四钢琴协奏曲》、《即兴E小调幻想曲》等。
这次音乐会的压轴巨作当数《命运》和《田园》。《命运》极力描绘了与命运作斗争的壮丽画面。Ｃ大调的激昂结尾预示着告别黑暗、迎接光明，雄壮的大号仿佛贝多芬本人面对命运发出的振聋发聩的呐喊。这是一部贝多芬与命运抗争的自传性作品。《田园》则展示了另一幅景象，几乎完全听不见声音的贝多芬在如诗的田园景色间漫步，他通过俯卧在大地上，直接用心去倾听大自然生生不息的美妙旋律。与《命运》中激烈抗争的画面不同，《田园》致力于展现怡然平和的乡村生活的景象。有湍流的泉水，载歌载舞的朴实乡人，暴风雨袭来前的平静和悠扬的牧歌。这部作品对音乐元素的捕捉和运用已经具有后来浪漫主义的雏形。
1809年春末，维也纳又一次被法国入侵。贝多芬不但痛恨拿破仑和他的军队的侵略行径，也愤怒地斥责没有真才实学的维也纳军官。他说：“作为一名将军，对策略的了解就应该像我对对位法的熟悉一样。”1810年，奥地利皇帝忍痛割爱，将十八岁的女儿嫁给比她大了二十二岁的拿破仑，才求得维也纳的和平。战争结束之后，维也纳百废待兴、经济衰败，但是贝多芬并没有受此影响，他专心致志投入创作，陆续完成了《降E大调弦乐四重奏》、第五钢琴协奏曲和其他一些鸣奏曲，其中包括名曲《告别》。此外，他还编写了一本教材。战争没有摧毁他惊人的创造力和才华。但是他又一次求婚失败，感情上一败涂地。